{"product_id":"neb-t3016l","title":"نيو إنجلاند بيولابس، T3016L، محلول استخلاص الحمض النووي الجينومي Monarch®","description":"\u003cb\u003eالفئات ذات الصلة:\u003c\/b\u003e استخلاص وتنقية الحمض النووي الجينومي، \u003cb\u003eتطبيقات\u003c\/b\u003e تنقية الأحماض النووية، \u003cb\u003eالأسئلة الشائعة\u003c\/b\u003e حول تنقية الأحماض النووية: س: ما هو تركيب كل محلول منظم مُرفق مع مجموعة استخلاص الحمض النووي الجينومي Monarch® Spin؟ ج: تركيب المحاليل المنظمة سرية. مع ذلك، يمكننا مشاركة المعلومات التالية: محلول تحلل الأنسجة Monarch® gDNA....................محلول تحلل قائم على المنظفات، محلول تحلل الخلايا Monarch® gDNA........................محلول تحلل قائم على هيدروكلوريد الغوانيدينيوم، محلول تحلل الدم Monarch® gDNA.....................محلول تحلل قائم على هيدروكلوريد الغوانيدينيوم، محلول ربط Monarch® gDNA...........................محلول قائم على ثيوسيانات الغوانيدينيوم، محلول غسل Monarch® gDNA..............................محلول غسل قائم على الإيثانول، محلول استخلاص Monarch® gDNA............................10 ملي مولار Tris-HCl، درجة الحموضة 9.0، 0.1 ملي مولار EDTA. س: ما هو الحد الأدنى لحجم الاستخلاص الذي يمكن استخدامه مع أعمدة مجموعة استخلاص الحمض النووي الجينومي Monarch® Spin؟ ج: الحد الأدنى لحجم الاستخلاص هو 35 ميكرولتر. وللحصول على أقصى استخلاص، يُوصى باستخدام 100 ميكرولتر. ستؤدي أحجام الاستخلاص الأصغر إلى عينات أكثر تركيزًا ولكن أيضًا إلى إنتاجية أقل. عادةً، عند استخدام 35 ميكرولتر للاستخلاص، تكون كمية الحمض النووي المستخلص أقل بنسبة 20% تقريبًا مقارنةً باستخدام 100 ميكرولتر. استخدام أحجام استخلاص أقل من 35 ميكرولتر يؤدي إلى ترطيب غير متجانس لمصفوفة السيليكا وانخفاض ملحوظ في الاستخلاص. استخلاص الحمض النووي الجينومي باستخدام أحجام استخلاص مختلفة في مجموعة استخلاص الحمض النووي الجينومي Monarch Spin. يتراوح حجم الاستخلاص الأمثل بين 35 و100 ميكرولتر. تم تحضير مجموعة من المستخلصات باستخدام 10 ملغ من عينات كبد الفئران المثبتة بمحلول RNAlater®، باتباع بروتوكول Monarch للأنسجة. كانت أحجام الاستخلاص المستخدمة في ثلاث عينات مكررة هي 25، 30، 35، 40، 50، 75، و100 ميكرولتر. بلغ متوسط ​​كمية الحمض النووي المستخلص عند استخدام حجم استخلاص 100 ميكرولتر 19.1 ميكروغرام، وهو ما يُعتبر استخلاصًا بنسبة 100%. باستخدام 35 ميكرولتر للاستخلاص، بلغ متوسط ​​العائد 81.6%؛ بينما حقق استخدام 25 ميكرولتر و20 ميكرولتر عائدًا بنسبة 74% و70.6% على التوالي. بالنسبة للأحجام ≥ 35 ميكرولتر، كان الحجم المسترد بعد الاستخلاص أقل بحوالي 5 ميكرولتر من حجم الاستخلاص المضاف، وبالنسبة للأحجام \u0026lt; 30 ميكرولتر، كان الحجم المسترد أقل بحوالي 10 ميكرولتر. أظهرت الاختبارات التي أُجريت باستخدام مواد أولية أخرى نتائج مماثلة، مع انخفاض في العائد الإجمالي بنسبة 20-25% عند تقليل أحجام الاستخلاص من 100 إلى 35 ميكرولتر. لمزيد من المعلومات، راجع \"اعتبارات الاستخلاص والتخزين\" في دليل المنتج. س: ما مدى أهمية تسخين محلول الاستخلاص مسبقًا إلى 60 درجة مئوية؟ هل 56 درجة مئوية مناسبة؟ ج: يُعد تسخين محلول الاستخلاص مسبقًا ضروريًا لتحقيق أقصى قدر من الاستخلاص باستخدام مجموعة استخلاص الحمض النووي الجينومي Monarch® Spin. إذا كان ذلك أكثر ملاءمة، يمكن استخدام درجة حرارة 56 درجة مئوية، ولكن قد يؤدي ذلك إلى انخفاض طفيف جدًا في كمية الناتج. كما يمكن استخدام محلول الإذابة بدرجة حرارة الغرفة، ولكن سيؤدي ذلك إلى انخفاض في كمية الناتج بنسبة 20-30%، وقد يتطلب الأمر عملية إذابة ثانية. بالإضافة إلى ذلك، عند درجة حرارة الغرفة، ستنفصل شظايا الحمض النووي الجينومي الكبيرة بكفاءة أقل، وبالتالي سيكون متوسط ​​حجم الحمض النووي الجينومي المستخلص أصغر. لمزيد من المعلومات، راجع قسم \"اعتبارات الإذابة والتخزين\" في دليل المنتج. سؤال: هل يمكنني الحصول على استخلاص أفضل باستخدام مجموعة استخلاص الحمض النووي الجينومي Monarch® Spin إذا قمت بعملية إذابة ثانية باستخدام المذيب الناتج من عملية الإذابة الأولى؟ جواب: تم ​​تحسين بروتوكول Monarch لتنقية الحمض النووي الجينومي لتحقيق أقصى سرعة وسهولة. تُمكّن خطوة الإذابة باستخدام محلول الإذابة المُسخّن مسبقًا من الحصول على أقصى استخلاص في خطوة واحدة فقط. ومع ذلك، يمكن إجراء خطوة إذابة ثانية لزيادة الاستخلاص إلى أقصى حد. يمكن إجراء عملية الاستخلاص الثانية باستخدام جزء جديد من محلول استخلاص الحمض النووي الجينومي Monarch أو باستخدام المذيب المستخدم في عملية الاستخلاص الأولى، وذلك لتقليل تخفيف الحمض النووي. قد يُحقق ذلك زيادة بنسبة 10% في إجمالي الكمية المستخلصة. لمزيد من المعلومات، يُرجى مراجعة قسم \"اعتبارات الاستخلاص والتخزين\" في دليل المنتج. سؤال: هل يُمكنني استخدام محلول استخلاص مختلف عن المحلول المُرفق مع مجموعة استخلاص الحمض النووي الجينومي Monarch® Spin (NEB #T3010)؟ جواب: محلول الاستخلاص المُرفق مع المجموعة هو 10 ملي مولار من Tris-HCl، درجة الحموضة 9.0، و0.1 ملي مولار من EDTA. يُعد هذا المحلول مثاليًا للتخزين طويل الأمد للحمض النووي الجينومي. يُمكن استخدام أي محلول منخفض الملوحة للاستخلاص، مثل 10 ملي مولار من Tris-HCl بدرجة حموضة 8.5، أو محلول TE، أو الماء الخالي من النيوكلياز. يُضمن تسخين محلول الاستخلاص مسبقًا إلى 60 درجة مئوية استخلاصًا سريعًا وفعالًا للحمض النووي الجينومي. للمزيد من المعلومات، راجع قسم \"اعتبارات الاستخلاص والتخزين\" في دليل المنتج. س: ما هو حجم الحمض النووي الجينومي الذي يمكن تنقيته باستخدام مجموعة استخلاص الحمض النووي الجينومي Monarch® Spin؟ ج: بافتراض استخدام مواد أولية عالية الجودة، يتراوح حجم الحمض النووي الجينومي المعزول بهذه المجموعة بين 50 و60 كيلوبايت. عادةً ما تكون أرقام سلامة الحمض النووي (DINs) للحمض النووي الجينومي المعزول من الدم أو الخلايا أو الأنسجة حوالي 9.0. تم تحسين بروتوكول تنقية الحمض النووي الجينومي Monarch لعزل الحمض النووي الجينومي الأكبر حجمًا من ذلك المعزول بواسطة مجموعات تجارية أخرى. على سبيل المثال، يتضمن الاستخلاص باستخدام محلول منظم مُسخن مسبقًا، مما يُحسّن استخلاص قطع الحمض النووي الأكبر حجمًا. مع ذلك، تحتوي بعض المواد الأولية، مثل مسحات الخد أو اللعاب، على نسبة كبيرة من الخلايا الميتة. في هذه الخلايا، تُفعّل آليات الاستماتة النيوكليازات التي تهضم الحمض النووي الجينومي إلى أجزاء أقصر. يتراوح حجم ذروة الحمض النووي الجينومي المعزول من هذه العينات عادةً بين 20 و40 كيلوبايت. س: كيف يمكنني تقييم سلامة ونقاء الحمض النووي الجينومي؟ ج: يتم تقييم نقاء عينات الحمض النووي الجينومي المستخلص بمراجعة نسب الامتصاص الضوئي التي تم جمعها أثناء قياس الطيف الضوئي الروتيني. عادةً ما يكون للحمض النووي الجينومي النقي نسبة امتصاص ضوئي عند 260\/280 نانومتر تتراوح بين 1.8 و1.9، ونسبة امتصاص ضوئي عند 260\/230 نانومتر تتراوح بين 1.8 و2.5. يتم تقييم سلامة الحمض النووي الجينومي بتحميل حوالي 100 نانوغرام لكل عينة على هلام أجاروز بنسبة 0.75% ومقارنة توزيع الحجم بعلامة مناسبة، مثل الحمض النووي لامدا، إما كحمض نووي كامل الطول (NEB #N3011) أو مهضوم بإنزيم HindIII (NEB #N3012). عادةً، بالنسبة للحمض النووي الجينومي السليم، ستكون غالبية إشارة الحمض النووي الجينومي أكبر من الشريط العلوي لهضم HindIII. بدلاً من ذلك، يمكن تحليل عينات الحمض النووي الجينومي (gDNA) باستخدام جهاز Agilent TapeStation® وشريط فحص الحمض النووي الجينومي (Genomic DNA ScreenTape). يوفر هذا النظام معلومات حول حجم ذروة الحمض النووي الجينومي وسلامته العامة عبر رقم سلامة الحمض النووي (DIN). تشير أحجام الذروة الكبيرة (\u0026gt;50 كيلوبايت) وقيم DIN التي تزيد عن 8.5 إلى جودة عالية للحمض النووي. لمزيد من المعلومات حول تقييم نقاء الأحماض النووية، يُرجى تنزيل مذكرة التطبيق الخاصة بنا، \"دليل عملي لتحليل تركيز ونقاء الأحماض النووية باستخدام أجهزة قياس الطيف الضوئي ذات الحجم الميكروي\". سؤال: هل يمكنني حذف خطوة الطرد المركزي للربط بسرعة منخفضة لتوفير الوقت؟ جواب: يمكنك حذف هذه الخطوة إذا رغبت، وستظل تحصل على نتائج جيدة. مع ذلك، ستكون النتائج غير متسقة، واعتمادًا على المادة الأولية، قد تنخفض الكمية بنسبة 5-30%. يُعد الربط بسرعة منخفضة مهمًا بشكل خاص لتحقيق الاستخلاص الأمثل عند معالجة عينات الأنسجة التي تحتوي على كميات كبيرة من الحمض النووي، وعند تنفيذ بروتوكول تنظيف الحمض النووي الجينومي. س: كيف يُمكنني تخزين عينات الحمض النووي الجينومي المُنقّى؟ ج: يُمكن تخزين عينات الحمض النووي الجينومي المُنقّى عند درجة حرارة 4 درجات مئوية. مع ذلك، نوصي بتخزينها عند درجة حرارة -20 درجة مئوية للتخزين طويل الأمد. توفر مجموعة استخلاص الحمض النووي الجينومي Monarch® Spin (10 ملي مولار Tris-HCl، درجة الحموضة 9.0، 0.1 ملي مولار EDTA) المُرفقة مع مجموعة تنقية الحمض النووي الجينومي Monarch مزيدًا من الأمان للتخزين طويل الأمد لعينات الحمض النووي الجينومي. س: عند استخدام مجموعات تجارية أخرى تعتمد على أعمدة السيليكا، ألاحظ أحيانًا وجود راسب أبيض في المُستخلص. ما هذا؟ ج: تُطلق بعض مصفوفات السيليكا ألياف السيليكا أثناء عملية الاستخلاص. على الرغم من أن ألياف السيليكا لا تؤثر عمومًا على معظم التطبيقات اللاحقة، إلا أنها تؤثر على قياسات الامتصاص الضوئي، ويجب إزالتها بالطرد المركزي إذا لزم الحصول على قيم طيفية ضوئية موثوقة. تحتوي أعمدة تنقية الحمض النووي الجينومي من مونارك على غشاء مانع يمنع مرور ألياف السيليكا، مما يُغني عن الحاجة إلى إجراء عملية طرد مركزي إضافية قبل التحليل الطيفي الضوئي الدقيق. س: هل الحمض النووي الجينومي المنقى باستخدام مونارك متوافق مع منصات التسلسل من الجيل التالي (NGS) مثل PacBio و nanopore؟ ج: نعم. يمكن استخدام الحمض النووي الجينومي المنقى بهذه المجموعة في تطبيقات متنوعة على منصات التسلسل هذه. بافتراض استخدام مادة إدخال عالية الجودة، يمكن الحصول على أطوال قراءة تصل إلى 50 كيلوبايت بشكل روتيني باستخدام الحمض النووي الجينومي المنقى باستخدام مونارك من مواد أولية مختلفة. جودة الحمض النووي المنقى باستخدام مونارك تفوق جودة الحمض النووي المنقى باستخدام بروتينيز SDS K، والذي يُستخدم عادةً في تسلسل Nanopore. تم تجزئة 2 ميكروغرام من الحمض النووي الجينومي لبكتيريا الإشريكية القولونية، المستخلص إما باستخدام مونارك أو باتباع بروتوكول بروتينيز SDS K التقليدي باستخدام الإيزوبروبانول، إنزيميًا مع فترات حضانة متطابقة، واستُخدم كحمض نووي مُدخل لإعداد مكتبة MinION. تم اتباع بروتوكول مجموعة أدوات 1D من شركة Oxford Nanopore Technology لإعداد المكتبات. تم تشغيل كلتا المكتبتين على جهاز MinION، وجُمعت البيانات لمدة 48 ساعة، ثم تم تحديد القواعد باستخدام برنامج Albacore. أظهر الحمض النووي المُنقّى بتقنية Monarch أداءً أفضل في جميع مقاييس التسلسل، بما في ذلك طول القراءة وجودتها وإجمالي بيانات التسلسل المُجمّعة. توضح الرسوم البيانية أن البيانات المُنقّاة بتقنية Monarch توفر نسبة أعلى من بيانات التسلسل عالية الجودة مقارنةً بالحمض النووي المُنقّى باستخدام بروتينيز SDS K. توفر تقنية Monarch مادة أولية ممتازة الجودة لتسلسل Pacific Biosciences (PacBio). تم عزل الحمض النووي الجينومي البكتيري من 5 × 10⁹ خلية من بكتيريا الإشريكية القولونية ER2683 الحاملة للبلازميد pACYC184 باتباع بروتوكول Monarch السريع للبكتيريا سالبة الجرام. تم تقطيع 10 ميكروغرام من الحمض النووي الجينومي المُنقّى بتقنية Monarch باستخدام أنبوب Covaris® g-TUBE، بهدف الوصول إلى حجم شظايا 10 كيلوبايت. استُخدم 5 ميكروغرام من الحمض النووي المقطّع لتحضير المكتبة وفقًا لبروتوكول PacBio القياسي (بدون اختيار الحجم). تم تسلسل العينات على جهاز تسلسل Pacific Biosciences RSII، باستخدام كيمياء P6\/C4، وتم تحميلها كمكتبة SMRTbell بتركيز 10 بيكومولار، وجُمعت البيانات في فيلم مدته 5 ساعات. إجمالي القواعد (الناتج): 1208 ميجابايت، متوسط ​​طول قراءة البوليميراز: 16046، جودة قراءة البوليميراز: 0.85. متوسط ​​طول قراءات الإدخال: 6060، جودة قراءات الإدخال: 0.89، أطول قراءة للإدخال: 43680. أ. تشير أطوال الإدخال إلى أن غالبية القراءات كانت ضمن نطاق حجم الإدخال المطلوب. ب. تشير أطوال قراءة البوليميراز إلى أن الحمض النووي المنقى كان عالي الجودة، مما سمح للإنزيم بقراءة الإدخال عدة مرات داخل بنية SMRTbell. ج. توضح بيانات تقييم التحميل أيضًا أن الحمض النووي المنقى عالي الجودة.","brand":"New England Biolabs","offers":[{"title":"Default Title","offer_id":46835534626985,"sku":"T3016L","price":0.99,"currency_code":"USD","in_stock":true}],"url":"https:\/\/iright.com\/ar\/products\/neb-t3016l","provider":"Iright","version":"1.0","type":"link"}