{"product_id":"neb-e7658l","title":"New England Biolabs, E7658L, Kit de preparación de biblioteca NEBNext® ARTIC SARS-CoV-2 FS (Illumina®)","description":"El tamaño pequeño de este producto se discontinuó el 15 de diciembre de 2024. El tamaño grande (NEB n.° E7658L) seguirá estando disponible. \u003cb\u003eCategorías relacionadas\u003c\/b\u003e Productos NEBNext® ARTIC para secuenciación de SARS-CoV-2 \u003cb\u003eEspecificación\u003c\/b\u003e \u003cb\u003eMateriales necesarios pero no suministrados\u003c\/b\u003e Oligonucleótidos NEBNext Singleplex o Multiplex para Illumina –www.neb.com\/oligos Etanol al 80 % (recién preparado) Agua sin nucleasas Tubos DNA LoBind (Eppendorf®#022431021) Soporte\/gradilla magnético (NEB #S1515, Alpaqua®, cat. #A001322 o equivalente) Termociclador Mezclador Vortex Microcentrífuga Analizador de fragmentos Agilent®Bioanalyzer® o similar y consumibles asociados ADNasa Tubos de tiras para PCR sin ARNasa (USA Scientific®1402-1708) \u003cb\u003ePreguntas frecuentes\u003c\/b\u003e P: ¿Cuál es la diferencia entre las mezclas de cebadores NEBNext VarSkip Short v2 SARS-CoV-2 y las mezclas de cebadores NEBNext VarSkip Short SARS-CoV-2 originales? R: Las mezclas de cebadores NEBNext VarSkip Short v2 SARS-CoV-2 se han optimizado para mejorar la cobertura de la variante Omicron. En estas mezclas v2, se han reemplazado 10 cebadores, lo que afecta a 7 pares de cebadores. P: ¿Cuál es la diferencia entre las mezclas de cebadores NEBNext VarSkip v2 Short SARS-CoV-2 y las mezclas de cebadores NEBNext ARTIC SARS-CoV-2? R: Las mezclas 1 y 2 de VarSkip Short v2 SARS-CoV-2 para la amplificación del genoma del SARS-CoV-2 se basan en secuencias de hCoV-2019\/nCoV-2019 versión 3 (v3) con concentraciones de cebadores equilibradas. Las mezclas 1 y 2 de NEBNext VarSkip Short v2 SARS-CoV-2 para la amplificación del genoma del SARS-CoV-2 se diseñaron para reducir el impacto de las variantes en la eficiencia de la amplificación. Los amplicones NEBNext ARTIC SARS-CoV-2 tienen aproximadamente 400 pb, mientras que los amplicones NEBNext VarSkip Short v2 SARS-CoV-2 tienen aproximadamente 550 pb. P: ¿Dónde puedo encontrar información sobre la secuencia de cebadores de las mezclas de cebadores NEBNext VarSkip Short v2 SARS-CoV-2 y NEBNext ARTIC SARS-CoV-2? R: Las secuencias de cebadores NEBNext VarSkip Short v2 SARS-CoV-2 se pueden encontrar aquí: https:\/\/github.com\/nebiolabs\/VarSkip Las secuencias de cebadores NEBNext ARTIC SARS-CoV-2 se pueden encontrar aquí: https:\/\/github.com\/joshquick\/artic-ncov2019\/blob\/master\/primer_schemes\/nCoV-2019\/V3\/nCoV-2019.tsv P: ¿Se pueden añadir las mezclas de cebadores NEBNext ARTIC SARS-CoV-2 y NEBNext VarSkip Short v2 SARS-CoV-2 a la misma reacción de amplificación dirigida? R: No, las mezclas de cebadores NEBNext ARTIC SARS-CoV-2 y NEBNext VarSkip Short v2 SARS-CoV-2 no se pueden añadir a la misma reacción de amplificación. P: ¿Qué esquema de cebadores debo usar: NEBNext ARTIC SARS-CoV-2 Primer Mixes o NEBNext VarSkip Short v2 SARS-CoV-2 Primer Mixes? R: Se recomiendan los NEBNext VarSkip Short v2 SARS-CoV-2 Primer Mixes para muestras con variantes conocidas o esperadas del SARS-CoV-2. P: ¿Pueden los NEBNext VarSkip Short v2 SARS-CoV-2 Primers cubrir muestras de SARS-CoV-2 no variantes? R: Sí, también se pueden usar para amplificar muestras de SARS-CoV-2 no variantes. P: ¿Qué variantes del SARS-CoV-2 pueden cubrir los NEBNext VarSkip Short v2 SARS-CoV-2 Primers? R: Los cebadores VarSkip Short SARS-CoV-2 Short fueron diseñados para ser tolerantes a las variantes. Hemos confirmado que estos cebadores proporcionan una alta cobertura genómica para las siguientes variantes: B.1.351 (Beta) P.1. (Gamma) B1.617.1 (Kappa) B.1.617.2 (Delta) B.1.617.3 BA.1 (Ómicron) BA.2 (Ómicron) P: ¿Se pueden añadir los pares de cebadores de control humano NEBNext ARTIC y las mezclas de cebadores NEBNext VarSkip Short v2 SARS-CoV-2 a la misma reacción de amplificación dirigida? R: Sí, los pares de cebadores de control humano NEBNext ARTIC 1 y 2 son controles internos opcionales. Si se utilizan, se deben combinar los pares de cebadores de control humano NEBNext ARTIC y la mezcla de cebadores NEBNext VarSkip Short v2 SARS-CoV-2 adecuados antes de su uso. Los pares de cebadores de control humano 1 se pueden combinar con la mezcla de cebadores 1 de NEBNext ARTIC NEBNext VarSkip Short v2 SARS-CoV-2 y los pares de cebadores de control humano 2 se pueden combinar con la mezcla de cebadores 2 de NEBNext ARTIC NEBNext VarSkip Short v2 SARS-CoV-2. Los pares de cebadores de control humano NEBNext ARTIC generan amplicones de 400 pb, mientras que los amplicones de VarSkip Short v2 son de ~550 pb. Tras la fragmentación enzimática, los tamaños de los fragmentos de control humano y VarSkip Short v2 SARS-CoV-2 son ambos de ~120 pb. P: ¿Cómo analizo los datos de secuenciación de VarSkip Short v2 SARS-CoV-2? R: Los datos de secuenciación de VarSkip Short v2 SARS-CoV-2 se pueden analizar utilizando los mismos métodos de análisis que la secuenciación de amplicones multiplex ARTIC. Todos los archivos de referencia necesarios para modificar los procesos de análisis de secuenciación ARTIC para el análisis de secuenciación VarSkip Short v2 SARS-CoV-2 se pueden encontrar en https:\/\/github.com\/nebiolabs\/VarSkip. P: ¿Son las secuencias de los cebadores en las mezclas de cebadores NEBNext ARTIC SARS-CoV-2 las mismas que las de los cebadores ARTIC Network V3? R: Sí, las secuencias son las mismas y se pueden encontrar aquí. Los cebadores en las mezclas de cebadores NEBNext ARTIC SARS-CoV-2 se han equilibrado, utilizando la metodología desarrollada en NEB basada en datos empíricos de secuenciación, para producir una cobertura más uniforme en todo el genoma. P: ¿Qué longitud de lectura se recomienda para la secuenciación de bibliotecas generadas utilizando el kit NEBNext ARTIC SARS-CoV-2 FS (Illumina)? R: Las bibliotecas generadas con este kit tienen entre 200 y 270 pb, incluidas las secuencias específicas de Illumina. Se recomienda una ejecución de secuenciación de extremos emparejados de 2 x 75 pb para cubrir la longitud del inserto. P: ¿Cuántas lecturas de secuenciación necesito para secuenciar las bibliotecas generadas con los kits NEBNext ARTIC para Illumina? R: El número de lecturas necesarias depende de la calidad y la cantidad del material de partida. Recomendamos comenzar con 0,5 millones de lecturas para garantizar una cobertura adecuada. Tras el análisis, el número de lecturas en las ejecuciones de secuenciación posteriores se puede ajustar para sus muestras. P: ¿Qué valores de Ct se recomiendan para las entradas utilizadas con los kits NEBNext ARTIC para Illumina? R: Se recomienda el uso de muestras con valores de Ct inferiores a 32. P: ¿Cómo analizo los datos de las bibliotecas generadas con los kits NEBNext ARTIC para Illumina? R: Los datos de secuencia producidos son compatibles con varias herramientas de análisis, incluidas https:\/\/nf-co.re\/viralrecon y https:\/\/covid19.galaxyproject.org\/artic\/. Para maximizar la eficacia de la identificación de variantes en este enfoque de amplicones superpuestos, se recomienda enmascarar las regiones de cebadores en los pares de lectura (no en la referencia). Es importante considerar ambos pares al decidir qué bases considerar en la evaluación de variantes. Las regiones de baja cobertura pueden deberse a la presencia de bases variantes en una región de cebado. Los amplicones adyacentes pueden usarse para diferenciar entre estos eventos mediados por variantes y la variación de cobertura estocástica. P: ¿Qué adaptadores y cebadores NEBNext se recomiendan para usar con los kits ARTIC para Illumina? R: Instrumento: NextSeq 1000\/2000, NovaSeq, cualquier instrumento con problemas de salto de código de barras. Recomendación: Cualquiera de los cuatro oligos multiplex NEBNext para Illumina (pares de cebadores de índice dual únicos), conjuntos 1-4: E6440, E6442, E6444, E6446. \u0026lt;96 muestras Compre el tamaño S ≥96 muestras La recomendación depende de cuántas muestras planee el usuario agrupar para cada ejecución de secuenciación: si se agrupan \u0026gt; 96 muestras para una sola ejecución, los usuarios necesitarán varios conjuntos UDI. Esto es más probable con instrumentos de alto rendimiento, p. ej., NovaSeq. Si no se agruparán ≥96 muestras para una sola ejecución, se recomienda el tamaño L de un kit. Instrumento MiSeq y NextSeq 500\/550 Recomendación Se puede utilizar cualquier producto NEBNext Oligos. Si existe la posibilidad de que las bibliotecas se secuencien en NextSeq o NovaSeq, se recomiendan los conjuntos Unique Dual Index. \u0026lt;96 muestras Si solo hay MiSeq disponibles y se agrupan \u0026lt;96 muestras, el conjunto de cebadores de índice único de 96 placas (E6609) es el más fácil de usar. ≥96 muestras Se pueden utilizar todos los NEBNext Oligos y los usuarios deben decidir su formato de producto preferido. Instrumento MiniSeq Recomendación Se puede utilizar cualquier producto NEBNext Oligos. Si existe la posibilidad de que las bibliotecas se secuencien en NextSeq o NovaSeq, se recomiendan los conjuntos Unique Dual Index. \u0026lt;96 muestras Si solo hay MiniSeqs disponibles y se agrupan \u0026lt;96 muestras, el conjunto de cebadores de índice único en placa de 96 (E6609) es el más fácil de usar. ≥96 muestras Se pueden usar todos los oligos NEBNext y los usuarios deben decidir su formato de producto preferido. P: ¿Necesito agregar PhiX a la ejecución de secuenciación? R: Las bibliotecas generadas con este método son lo suficientemente complejas como para que PhiX no sea necesario para aumentar la complejidad. Sin embargo, se recomienda agregar PhiX a \u0026gt; 1% como control de calidad para la ejecución de secuenciación. P: ¿Necesito normalizar la concentración de la biblioteca antes de la secuenciación? R: Para optimizar el número de lecturas de secuencia obtenidas para cada biblioteca, se recomienda la normalización antes de la secuenciación. Sin embargo, para este método la normalización puede no ser necesaria. Hemos recibido comentarios de usuarios que han obtenido buenos resultados sin normalización. P: ¿Cuál debería ser la concentración de carga final para las plataformas de secuenciación Illumina® MiSeq® y NextSeq® 500\/550? R: La concentración de carga final depende del instrumento Illumina y de los reactivos de secuenciación. Para la secuenciación MiSeq con reactivos V2 o V3, recomendamos de 8 a 10 pM. Para NextSeq 500\/550, recomendamos de 1,2 a 1,4 pM. P: ¿Es necesario que mi muestra de ARN total esté libre de ADN antes de iniciar el flujo de trabajo ARTIC? R: No, el ARN no necesita estar libre de ADN para el flujo de trabajo ARTIC. P: ¿Se puede mejorar la cobertura para las variantes recientes? R: Sí, los cebadores de adición se han diseñado y probado para abordar las áreas de baja cobertura causadas por las variantes KP y JN. Estos cebadores se pueden proporcionar de forma gratuita si se solicitan. Por favor, contacte con info@neb.com. Alternativamente, las secuencias a continuación se pueden utilizar para la síntesis de cebadores personalizados de su proveedor de oligonucleótidos preferido. Estos cebadores de adición deben utilizarse con los cebadores VarSkip Short v2 siguiendo los protocolos que se indican a continuación. Concentración objetivo de la secuencia del cebador de mezcla de adición VSSv2f en 1xPool (µM) 1 varskip-0317-1_1_LEFT_ALT3 ATCTCTTGTAGATCTGTTCTCTAAACG 0.5 1 varskip-0317-1_05_RIGHT_ALT2 GACAATTTCACAAGCACAGGTTGAG 0.5 1 varskip-0317-1_07_LEFT_ALT2 CCTCTAAAAGCCCCAAAAGAAATTATC 0.5 1 varskip-0317-1_09_RIGHT_ALT2 GTTTACTTTCAGTTATAAATGGCTTAACTTC 0.5 1 varskip-0317-1_11_LEFT_ALT2 GTGGCACTACTGAAATGCTAGC 0.5 1 varskip-0317-1_13_RIGHT_ALT2 TTCATAAGAAAGTGTGCCCATGTAC 0.5 1 varskip-0317-1_15_RIGHT_ALT1 GTCCAAAGACAACGTATACACC 0.5 1 varskip-0317-1_35_LEFT_ALT2 GATGATTATTTCAATAAAAAGGACTGGTATG 0.5 1 varskip-0317-1_45_RIGHT_ALT2 ATTGATCTCCAGGCGGTGGTTT 0.5 1 49_R_ALT2 GTAATAAGAACACCATTACGGGCAT 0.5 1 varskip-0317-1_53_RIGHT_ALT2 TGAGGATCTGAAAACTTTGTCAGG 0.5 1 55_L_ALT1 CCTACTTATTGTTAATAACGCTAACTAATGTT 0.5 1 varskip-0317-1_57_ALT_IZQUIERDA6 CTCTGCTTTACTAATGTCTATGCAGA 0.5 2 varskip-0317-1_24_ALT_IZQUIERDA2 GCCTTTAATACTTTACTATTCCTTATGTC 0.5 2 varskip-0317-1_28_ALT_DERECHA2 AGGCCAAAGTAACAAGTACAAAAATAGC 0.5 2 varskip-0317-1_32_ALT_DERECHA2 CTGTTATTGCCTGACCAGTACC 0.5 2 varskip-0317-1_34_ALT_DERECHA2 ATCACAGAATTGTACTGTTTTTAACAAAGC 0.5 2 varskip-0317-1_54_ALT_DERECHA2 CTTCAAGGTCCATAAGAAAAGGCT 0.5 2 56L_ALT1 TTATTATGTGGGTTATCTTCAACCTAGG 0.5 2 varskip-0317-1_56_RIGHT_ALT2 CAGCCTGTAAAATCATCTGGTAATTTAT 0.5 Protocolos para el uso de cebadores de adición: Para kits de 96 reacciones: Descongele la mezcla de adición 1 de VSSv2f, la mezcla de adición 2 de VSSv2f, la mezcla de cebadores 1 de VSSv2 y la mezcla de cebadores 2 de VSSv2. Mezcle y centrifugue rápidamente los cuatro tubos. Añada 3 μl de la mezcla de adición 1 de VSSv2f a la mezcla de cebadores 1 de VSSv2, agite en vórtex, centrifugue y coloque en hielo. Añada 2,5 μl de la mezcla de adición 2 de VSSv2f a la mezcla de cebadores 2 de VSSv2, agite en vórtex, centrifugue y coloque en hielo. Utilice la mezcla de cebadores VarSkip Short v2 1 y 2 enriquecida para el protocolo de RT-PCR. Para kits de 24 reacciones: Descongele la mezcla de adición 1 de VSSv2f, la mezcla de adición 2 de VSSv2f, la mezcla de cebador 1 de VSSv2 y la mezcla de cebador 2 de VSSv2. Mezcle y centrifugue rápidamente los cuatro tubos. Añada 2 μl de la mezcla de adición 1 de VSSv2f a 2 μl de TE 0,1x para diluir a la mitad la mezcla de adición 1 de VSSv2f. Añada 1,5 μl de la mezcla de adición 1 de VSSv2f diluida a la mezcla de cebador 1 de VSSv2, agite en vórtex, centrifugue y coloque en hielo. Añada 2 μl de la mezcla de adición 2 de VSSv2f a 2 μl de TE 0,1x para diluir a la mitad. Añada 1,25 μl de la mezcla de adición 2 de VSSv2f diluida a la mezcla de cebadores 2 de VSSv2, agite en vórtex, centrifugue y reserve en hielo. Utilice las mezclas de cebadores 1 y 2 VarSkip Short v2 enriquecidas para el protocolo de RT-PCR. P: ¿Puedo seguir creando bibliotecas ARTIC-SARS-CoV-2 para Illumina sin fragmentación enzimática? R: Sí. Necesitará los siguientes kits para recapitular nuestro producto descontinuado E7650. E7626 Módulo RT-PCR NEBNext® ARTIC SARS-CoV-2 E7645 Kit de preparación de biblioteca de ADN NEBNext® Ultra™ II para Illumina® E6440 Oligos multiplex NEBNext® para Illumina (96 pares de cebadores de índice doble únicos) Siga el manual E7650 simplemente reemplazando la mezcla maestra de PCR de biblioteca NEBNext con la mezcla maestra NEBNext Ultra II Q5.","brand":"New England Biolabs","offers":[{"title":"Default Title","offer_id":46835525812393,"sku":"E7658L","price":0.99,"currency_code":"USD","in_stock":true}],"url":"https:\/\/iright.com\/es\/products\/neb-e7658l","provider":"Iright","version":"1.0","type":"link"}