Thermo Fisher، 551219، مصفوفة التنميط الجيني متعددة الأنواع لسمك التمباكي والباكو (Axiom SerraSNP)، بتنسيق mini 96

مصفوفة أكسيوم™ متعددة الأنواع لتحديد النمط الجيني لأسماك التمباكي والباكو (Axiom SerraSNP)، بتنسيق mini 96. تُعد مصفوفة أكسيوم متعددة الأنواع لتحديد النمط الجيني لأسماك التمباكي والباكو (Axiom SerraSNP) جزءًا من حلول أكسيوم لتحديد النمط الجيني، حيث يتم تحضير الحمض النووي الجينومي المستهدف ومعالجته على جهاز GeneTitan متعدد القنوات. تتضمن العملية الآلية تهجين الحمض النووي الجينومي مع هذه المصفوفة الدقيقة عالية الإنتاجية، يليها التلوين والغسل والتصوير، ثم إخراج بيانات تحديد النمط الجيني للنيوكليوتيدات المفردة (SNP) لمزيد من التحليل.
صُممت مصفوفة أكسيوم متعددة الأنواع لتحديد النمط الجيني لأسماك التمباكي والباكو بالتعاون مع الدكتور ديوغو تيريو هاشيموتو من جامعة ولاية ساو باولو (UNESP، CAUNESP، جابوتيكابال - البرازيل) والدكتور خوسيه مانويل يانيز من جامعة تشيلي. تحتوي المصفوفة على 29,575 علامة SNP من سمك التمباكي (Colossoma macropomum) و29,612 علامة SNP من سمك الباكو (Piaractus mesopotamicus). علاوة على ذلك، تم التحقق من صحة 3000 علامة SNP متعددة الأشكال لنوع وثيق الصلة من أسماك السيرراسالميد، وهو البيرابيتينغا (Piaractus brachypomus)، وذلك عن طريق حساب معدل التحويل باستخدام علامات SNP الخاصة بالتمباكي والباكو، مما يجعلها مورداً قيماً لتطبيقات برامج التربية الانتقائية ودراسات الحفظ/السكان. هذه المصفوفة متوفرة أيضاً بصيغة 384HT (رقم الكتالوج 551218).
محتوى تامباكي
• يحتوي على 29,575 من المتغيرات الجينية أحادية النوكليوتيد (SNPs)
• تم الحصول على عينات لاكتشاف تعدد أشكال النوكليوتيدات المفردة (SNP) من أمهات مزارع التفريخ التجارية في أمريكا الجنوبية (البرازيل وكولومبيا وبيرو) ونواة تربية مركز الاستزراع المائي (Caunesp) التابع لجامعة ولاية ساو باولو (Unesp)، البرازيل
• تم تحديد 81848 متغيرًا أحادي النوكليوتيد (SNP) باستخدام تقنيات ddRADseq وGBS1 وRNAseq2,3 في البداية
• أسفرت عملية التنبؤ الحاسوبي لاختيار أفضل المجسات وفقًا لمعايير مصفوفة أكسيوم عن 42851 علامة موصى بها.
• تم اختيار المتغيرات النوكليوتيدية المفردة متعددة الأشكال ذات الدقة العالية (Polyhigh) والتي لا تحتوي على تعدد أشكال مجاورة للمجموعة النهائية
• تم التحقق من صحة المصفوفة عن طريق تحديد النمط الجيني لعينات من البرازيل وكولومبيا وبيرو
• متوسط ​​قيمة MAF كان 0.
247 عرضًا لتعدد أشكال النوكليوتيدات المفردة ذات التردد الأليلي العالي لمحتوى الباكو
• يحتوي على 29612 من المتغيرات الجينية أحادية النوكليوتيد (SNPs).
• تم استخدام سمك الباكو لاكتشاف تعدد أشكال النوكليوتيدات المفردة (SNP) من عائلات الأشقاء الكاملة التابعة لنواة التكاثر في مركز تربية الأحياء المائية (Caunesp) التابع لجامعة ولاية ساو باولو (Unesp)، البرازيل
• تم تحديد 130,403 من المتغيرات النوكليوتيدية المفردة (SNPs) التي نشأت بواسطة تقنيات RADseq4 وddRADseq وRNAseq5 في البداية
• أسفرت عملية التنبؤ الحاسوبية لاختيار أفضل المجسات وفقًا لمعايير مصفوفة أكسيوم عن 99682 علامة موصى بها.
• تم اختيار المتغيرات النوكليوتيدية المفردة متعددة الأشكال ذات الدقة العالية (Polyhigh) والتي لا تحتوي على تعدد أشكال مجاورة للمجموعة النهائية
• تم التحقق من صحة المصفوفة عن طريق تحديد النمط الجيني لعينات من أمهات مزارع تفريخ تجارية مختلفة في البرازيل
• متوسط ​​قيمة MAF كان 0.
203 تطبيقات تُظهر تعدد أشكال النوكليوتيدات المفردة (SNPs) ذات تردد أليل عالٍ
• دراسات الارتباط على مستوى الجينوم
• التربية الجزيئية (رسم الخرائط الارتباطية والاختيار الجينومي)
• علم الوراثة السكانية (للتمييز بين أصول الأسماك) المنتجات المطلوبة: برنامج وحدة تحكم GeneChip، جهاز GeneTitan متعدد القنوات، برنامج Axiom Analysis Suite، أداة تصدير Axiom Long Format (AxLE) المراجع: 1. نونيس، جيه آر إس، ليو، إس، بيرتيل، إف، بيرازا، سي إيه، فيليلا، بي إم إس، ألميدا-فال، في إم إف، هيلسدورف، إيه دبليو إس، ليو، زد، وكوتينيو، إل إل. اكتشاف واسع النطاق للعلامات الجينية أحادية النوكليوتيد (SNP) وبناء خريطة جينية عالية الكثافة لسمكة Colossoma macropomum من خلال التنميط الجيني بالتسلسل. تقارير علمية 7، 46112 (2017).
2. أرييدي، ر.
ب.، فريتاس، م.
V., Hata, M.
إي، ماستروشيريكو-فيلو، في.
أ.، بيلارسكي، ف.، باتلوني، إس آر، بورتو-فوريستي، ف. وهاشيموتو، دي تي. الميكروساتلايت المرتبطة بأداء النمو وتحليل مقاومة بكتيريا Aeromonas hydrophila في سمك التمباكي Colossoma macropomum. فرونت. جينيت. 9، 3 (2018).
3. غوميز، ف.، واتانابي، ل.، فيانيز، ج.، نونيس، م.، كاردوسو، ج.، ليما، س.، شنايدر، هـ.، وسامبايو، إ. تحليل مقارن للترانسكريبتوم لأنواع أسماك الأمازون كولوسوما ماكروبوم (تامباكي) والتامباكو الهجين باستخدام تقنية التسلسل من الجيل التالي. PLoS One 14، e0212755 (2019).
4. ماستروتشيريكو-فيلو، ف.أ.، بورخيس، س.هـ.س.، فريتاس، م.ف.، أريدي، ر.ب.، بيلارسكي، ف.، أوتسونوميا، ر.، كارفاليرو، ر.، غوتيريز، أ.ب.، بينالوزا، س.، يانيز، ج.م.، هيوستن، ر.د.، وهاشيموتو، د.ت. تطوير خريطة ارتباط النيوكليوتيدات المفردة ودراسة ارتباط على مستوى الجينوم لمقاومة بكتيريا Aeromonas hydrophila في سمك الباكو (Piaractus mesopotamicus). BMC Genomics 21، 672 (2020).
5. ماستروتشيريكو-فيلو، ف.أ.، هاتا، م.إ.، كورادومي، ر.ي.، فريتاس، م.ف.، أريدي، ر.ب.، بينهيرو، د.ج.، روبيلدو، د.، هيوستن، ر.، وهاشيموتو، د.ت. تحليل التعبير الجيني لسمك الباكو (Piaractus mesopotamicus) المعرض لبكتيريا Aeromonas hydrophila الممرضة: استنتاج حول استجابة الجينات المناعية. فرونت. جينيت. 11، 604 (2020).
الكمية: مجموعة واحدة
شروط الشحن: درجة حرارة الغرفة
المصفوفة: التنميط الجيني
التنسيق: لوحة مصفوفة صغيرة 96
عدد المصفوفات: 96 مصفوفة
الأنواع: أنواع متعددة: باكو وتامباكي
حجم الوحدة: مصفوفة واحدة