Thermo Fisher، A37664، Oncomine™ Pan-Cancer Cell-Free Assay

اختبار Oncomine™ الشامل للسرطان الخالي من الخلايا: يُعد اختبار Oncomine الشامل للسرطان الخالي من الخلايا جزءًا من حل متكامل للكشف عن أهداف متعددة في الحمض النووي DNA والحمض النووي الريبوزي RNA المستخلصين من الأورام، والمُعزولين من بلازما الدم الكامل. يوفر الاختبار الكواشف ومجموعة واحدة من بادئات تفاعل البوليميراز المتسلسل المتعدد (PCR) لتحضير مكتبة تضخيم من الحمض النووي الكلي الخالي من الخلايا (cfTNA) المُستخلص من بلازما أنبوب واحد من الدم الكامل سعة 10 مل. يمكن استخدام هذه المكتبة لاحقًا في التسلسل الجيني المستهدف عالي التعدد من الجيل التالي (NGS).
مزايا اختبار Oncomine الخالي من الخلايا:
• من أنبوب دم واحد، يتم إنشاء مكتبة تضخيم من كل من الحمض النووي DNA والحمض النووي الريبي RNA بحد كشف يبلغ 0.
1% للطفرات النقطية المفردة
• تم تحسين حجم الأمبليكون للحمض النووي الخالي من الخلايا القصير، مما يضمن أعلى معدل التقاط ممكن
• تعمل تقنية تسلسل العلامات على تقليل النتائج الإيجابية الخاطئة عن طريق إزالة الأخطاء المدمجة عشوائياً
• يسمح تصميم الفحص المستهدف الأمثل بتقنية التسلسل الجيني عالي التعدد، مما يقلل من تكاليف التسلسل لكل عينة
• سير عمل يستغرق يومين بدءًا من أنبوب دم واحد سعة 10 مل وحتى إعداد التقرير؛ إجمالي الوقت اللازم للوصول إلى المكتبات المستهدفة هو أربع ساعات فقط
• يُمكّن من إجراء دراسات جينية للسرطان باستخدام 5 نانوغرام فقط من الحمض النووي الخالي من الخلايا (cfTNA)
• متوافق مع عينات FFPE لإجراء دراسات التوافق المحتملة. تتضمن لوحة الجينات الـ 52 ما يلي:
• الجينات ذات المواقع الساخنة (الطفرات النقطية المفردة) والحذف والإدخال القصير: AKT1، ALK، AR، ARAF، BRAF، CHEK2، CTNNB1، DDR2، EGFR، ERBB2، ERBB3، ESR1، FGFR1، FGFR2، FGFR3، FGFR4، FLT3، GNA11، GNAQ، GNAS، HRAS، IDH1، IDH2، KIT، KRAS، MAP2K1، MAP2K2، MET، MTOR، NRAS، NTRK1، NTRK3، PDGFRA، PIK3CA، RAF1، RET، ROS1، SF3B1، SMAD4، SMO
• اندماجات جينية: ALK، BRAF، ERG، ETV1، FGFR1، FGFR2، FGFR3، MET، NTRK1، NTRK3، RET، ROS1
• تخطي الإكسون 14 من جين MET
• جينات عدد النسخ (CNVs): CCND1، CCND2، CCND3، CDK4، CDK6، EGFR، ERBB2، FGFR1، FGFR2، FGFR3، MET، MYC
• جينات كابتة للأورام: APC، FBXW7، PTEN، TP53. تم تحديد هذه الجينات على أنها متحولة بشكل متكرر في أنواع متعددة من السرطان، بما في ذلك: سرطان المثانة، وسرطان الدماغ والجهاز العصبي المركزي، وسرطان الثدي، وسرطان عنق الرحم، وسرطان القولون والمستقيم، وسرطان بطانة الرحم، وسرطان المريء، وسرطان المعدة، وسرطان الرأس والرقبة، وسرطان الكلى، وسرطان الكبد، وسرطان الرئة، وسرطان الجلد، وسرطان المبيض، وسرطان البنكرياس، وسرطان البروستاتا، وسرطان اللحمية، وسرطان الغدة الدرقية.
حدود الكشف:
• الطفرات النقطية المفردة/الحذف والإدخال القصير: حد الكشف (LOD) يصل إلى 0.
يمكن تحقيق تردد أليل بنسبة 1% بحساسية تزيد عن 80% وخصوصية تزيد عن 98%*
• TP53 full-target SNVs/indels: 0.
5% AF (بالنظر إلى جميع القواعد داخل المضخمات)
• عمليات الدمج وتجاوز إكسون MET: يمكن تحقيق مستوى كشف منخفض يصل إلى 1%
• أهداف CNV: الكشف عن مستويات منخفضة تصل إلى 1.
يمكن تحقيق تغيير بمقدار 4 أضعاف. يوصى بشدة باستخدام مجموعة MagMAX Cell-Free Total Nucleic Acid Isolation Kit (A36716) لعزل كل من الحمض النووي DNA والحمض النووي RNA من جزء البلازما من الدم الكامل.
يتم تحقيق قابلية التوسع والمرونة باستخدام مجموعة رموز التسلسل 1-24 أو 25-48 (أرقام الكتالوج A31830 و A31847 على التوالي) لتعدد إرسال العينات المشفرة على رقائق Ion S5.
يمكن إجراء تحليل الطفرات النقطية المفردة (SNVs) والحذف والإدخال القصير باستخدام برنامج Torrent Suite 5.
2 أو أعلى. لتحليل الطفرات النقطية المفردة، والحذف والإدخال القصير، والاندماجات، وتغيرات عدد النسخ، يُستخدم برنامج Ion Reporter Software 5.
6 (مستند إلى السحابة أو الخادم) مطلوب.
توجد جزيئات الحمض النووي الخالي من الخلايا (cfDNA) والحمض النووي الريبوزي الخالي من الخلايا (cfRNA) بتراكيز منخفضة للغاية في بلازما الدم الكامل. ونظرًا لانخفاض انتشارها، تُستخدم تقنية تسلسل العلامات في هذا التحليل. تقوم هذه التقنية بربط علامات جزيئية فريدة بالبادئات الخاصة بالجين. بعد التضخيم، تُصنّف الجزيئات الموسومة بناءً على هذه العلامات. تُعتبر المجموعات التي تحتوي على نفس الطفرة بنسبة 80% أو أكثر إيجابية. وباستخدام تقنية العلامات هذه، تُزال المجموعات التي تحتوي على أخطاء عشوائية ناتجة عن عملية بناء المكتبة/التسلسل.
بخلاف التقنيات الأخرى ذات حدود الكشف التي تتراوح بين 1-5%، فإن اختبار Oncomine Pan-Cancer Cell-Free Assay لديه حد كشف مرن يصل إلى 0.
نسبة 1% للطفرات النقطية المفردة أو نسخة طافرة واحدة في خلفية من 1000 نسخة من النوع البري. لتحقيق 0.
يتطلب الأمر حد كشف بنسبة 1%، و20 نانوغرام من الحمض النووي الريبوزي منزوع الأكسجين الخالي من الخلايا (cfTNA). يمكن استخدام كميات أقل من الحمض النووي الريبوزي منزوع الأكسجين الخالي من الخلايا، ولكن ستكون نسبة حد الكشف أعلى اعتمادًا على كمية المدخلات.
توفر الخزعات السائلة العديد من المزايا مقارنة بخزعات الأورام الصلبة التقليدية:
• تُعد عينات الخزعة السائلة أقل توغلاً، مما يسمح بأخذها في أوقات متعددة لمراقبة تطور السرطان.
• تكلفة أقل مقارنة بخزعات الأنسجة التقليدية
• وقت استجابة أسرع من العينة إلى النتائج
• تمثيل أفضل لعدم تجانس الورم* تم تحديد الحساسية والنوعية لكل نوع متغير باستخدام مجموعة من العينات الإيجابية المصطنعة و cfTNA المعزولة من متبرعين أصحاء طبيعيين.
للاستخدام مع (المعدات): نظام Ion GeneStudio S5
خط الإنتاج: أونكوماين™
نوع المنتج: فحص
الكمية: 8 تفاعلات
نوع التسلسل: التسلسل المستهدف القائم على التضخيم
شروط الشحن: ثلج جاف
نوع العينة: الحمض النووي DNA/RNA
حجم الوحدة: كل وحدة