BD، 572310، لوحة بروتينات الأورام BD® OMICS-One

التفاعل: بشري (تم اختباره أثناء التطوير)
التطبيق: تسلسل الحمض النووي للخلايا المفردة من الطرف 3' (مؤهل)
الوضع التنظيمي: للاستخدام البحثي فقط
محلول التخزين: مسحوق مجفف بالتجميد يحتوي على BSA و ≤ 0.25% أزيد الصوديوم.
الوصف: تتكون لوحة بروتينات الأورام BD® OMICS-One من 30 نوعًا مختلفًا من الأجسام المضادة النوعية ضد مؤشرات الأورام الرئيسية في أنبوب واحد. صُممت هذه اللوحة خصيصًا للعمل على نظام BD Rhapsody™، وتم اختبارها لضمان تكاملها التام مع مجموعة أدوات التحليل التالية: تحليل النسخ الكامل (WTA) من BD Rhapsody™، وتحليل mRNA المستهدف، ومجموعة BD® لتحليل الخلايا المفردة المتعددة (SMK)، وتحليل تسلسل CITE-seq داخل الخلايا (IC-AbSeq) من BD®، وتحليل BD Rhapsody™ TCR/BCR Next متعدد الأوميات للخلايا البشرية. تم ربط كل جسم مضاد على حدة بسلسلة قليلة النوكليوتيدات تحتوي على تسلسل باركود خاص بالجسم المضاد، محاط بذيل متعدد الأدينين (polyA) في الطرف 3' وموقع ارتباط بادئ تفاعل البوليميراز المتسلسل (PCR) في الطرف 5'. تم توليد جميع تسلسلات الباركود AbSeq حاسوبيًا بأقل تشابه تسلسلي مع الجينوم البشري، وتتميز ببنية ثانوية متوقعة منخفضة، ومسافة هامينغ عالية ضمن مجموعة الأجسام المضادة والأوليغونوكليوتيدات من BD، مما يسمح بتصحيح أخطاء التسلسل ورسم خرائط فريدة. يسمح ذيل البولي أدينين للأوليغونوكليوتيد بالتقاط تسلسل الباركود بواسطة خرزات BD Rhapsody™ المحسّنة لالتقاط الخلايا. يتيح مقبض PCR 5' توليد مكتبات بكفاءة لمنصات التسلسل المختلفة. يوجد كل جسم مضاد على حدة بتركيز مثالي ضمن مجموعة 30-plex لتمكين دقة فائقة في تحديد الهدف والخلايا. صُممت لوحة بروتين الورم بتقنية SMART. تساعد تقنية SMART على خفض تكلفة التسلسل مع زيادة دقة البيانات عن طريق إضعاف الأجسام المضادة التي تستهدف المؤشرات الأولية عالية التعبير، والسماح بإعادة توجيه قراءات التسلسل إلى المؤشرات ذات التعبير المنخفض. بفضل تقنية SMART، يمكن تحديد كمية المؤشرات منخفضة التعبير دون الحاجة إلى إجراء تسلسل أعمق وتكبد تكلفة تسلسل عالية. الخصائص الثلاثة التي تم إضعافها في لوحة بروتين الورم هي CD44 و HLA-ABC و CD45.
التحضير والتخزين: يُحفظ في درجة حرارة تتراوح بين 2 و8 درجات مئوية، ويُحفظ بعيداً عن الضوء لفترات طويلة. لا يُجمد.
إجراءات الفحص الموصى بها: يُقدَّم هذا الكاشف مُجفَّفًا بالتجميد ومُعايرًا مسبقًا. 1. أخرج أنبوب لوحة بروتينات الأورام BD® OMICS-One من الكيس المعدني واتركه في درجة حرارة الغرفة لمدة 5 دقائق. 2. تأكد من وجود الراسب في قاع الأنبوب. إذا لم يكن كذلك، فقم بالطرد المركزي لفترة وجيزة لجمع المحتويات في قاع الأنبوب. 3. أضف 35 ميكرولتر من الماء الخالي من النيوكلياز إلى قاع الأنبوب واترك الأجسام المضادة لتذوب لمدة 5 دقائق في درجة حرارة الغرفة. 4. انقل الأجسام المضادة المذابة إلى الثلج حتى تصبح الخلايا جاهزة للتلوين. ملاحظة: أعد إذابة الجسم المضاد مباشرة قبل تلوين الخلايا. قد يؤدي حضانة الجسم المضاد المذاب لفترة طويلة إلى زيادة الخلفية غير النوعية. ٥. بالنسبة لتقنية BD® AbSeq Ab-Oligo drop-in التي تحتوي على ٦٠ نسخة أو أقل، حضّر مزيج BD® AbSeq labeling MasterMix في أنبوب LoBind سعة ١٫٥ مل على الثلج. ملاحظة: بالنسبة لتقنية drop-in التي تحتوي على أكثر من ٦٠ نسخة، تواصل مع الدعم الفني لإجراء الحسابات. للتوسيم التسلسلي باستخدام علامات العينات أو بدونها، حضّر مزيج BD® AbSeq الرئيسي للتوسيم المباشر كما يلي: ____________________________________________________________________________________________ المكون 1 عينة (ميكرولتر) 1 عينة + 2 عينة + زيادة 30% (ميكرولتر) زيادة 30% (ميكرولتر) لكل BD® AbSeq Ab-Oligo 2.0 2.6 5.2 إجمالي BD® AbSeq Ab-Oligo 2.0 × N* 2.6 × N 5.2 × N FBS † (رقم الكتالوج 554656) 140 – (2.0 × N) 182 – (2.6 × N) 364 – (5.2 × N) الإجمالي 140 182 364 للتوسيم المشترك مع علامات العينات، حضّر مزيج BD® AbSeq الرئيسي للتوسيم المباشر كما يلي: ____________________________________________________________________________________________ المكون 1 عينة (ميكرولتر) عينة واحدة + عينتان + زيادة 30% (ميكرولتر) زيادة 30% (ميكرولتر) لكل BD® AbSeq Ab-Oligo 2.0 2.6 5.2 إجمالي BD® AbSeq Ab-Oligo 2.0 × N* 2.6 × N 5.2 × N FBS † (رقم الكتالوج 554656) 120 – (2.0 × N) 156 – (2.6 × N) 312 – (5.2 × N) الإجمالي 120 156 312 * N = عدد الأجسام المضادة المضافة. N = 0 إذا لم تكن هناك أجسام مضادة مضافة. † FBS = محلول التلوين BD Pharmingen™. 6. امزج مزيج BD® AbSeq الرئيسي للتوسيم باستخدام الماصة. قم بالطرد المركزي لفترة وجيزة لجمع المحتويات في القاع، ثم أعد الأنبوب إلى الثلج. 7. للوسم التسلسلي باستخدام علامات العينات أو بدونها، أضف لكل عينة 140 ميكرولتر من مزيج BD® AbSeq الرئيسي للوسم (المكون من قطرات) إلى الأنبوب الذي يحتوي على 35 ميكرولتر من محلول لوحة بروتين الورم المُعاد تكوينه، ليصل الحجم الإجمالي إلى 175 ميكرولتر. للوسم المشترك باستخدام علامات العينات، أضف لكل عينة 120 ميكرولتر من مزيج BD® AbSeq الرئيسي للوسم (المكون من قطرات) و20 ميكرولتر من علامة العينة إلى الأنبوب الذي يحتوي على 35 ميكرولتر من محلول لوحة بروتين الورم المُعاد تكوينه، ليصل الحجم الإجمالي إلى 175 ميكرولتر. 8. امزج الخليط باستخدام الماصة، ثم قم بالطرد المركزي لفترة وجيزة لجمع المحتويات في قاع الأنبوب، ثم أعد الأنبوب إلى الثلج. 9. قم بالطرد المركزي للخلايا عند 400 × g لمدة 5 دقائق. في حال استخدام مُثبِّط مستقبلات Fc، انتقل إلى الخطوة 10. وإلا، فانتقل إلى الخطوة 11. 10. (اختياري) بالنسبة للعينات التي تحتوي على خلايا نخاعية وخلايا ليمفاوية بائية، توصي شركة BD Biosciences بحجب الإشارات الإيجابية الكاذبة غير النوعية التي تتوسطها مستقبلات Fc باستخدام مُثبِّط مستقبلات Fc البشري من BD (رقم المنتج 564220). أ. لإجراء عملية الحجب، ضع مزيج مُثبِّط مستقبلات Fc الرئيسي في أنبوب LoBind جديد سعة 1.5 مل موضوع على الثلج: _________________________________________________________________________________ المكون عينة واحدة (ميكرولتر)* عينة واحدة + زيادة 20% (ميكرولتر) مصل جنيني بقري† (رقم المنتج 554656) 20.0 24.0 مُثبِّط مستقبلات Fc‡ (رقم المنتج 564220) 5.0 6.0 الإجمالي 25.0 30.0 * يكفي لما يصل إلى مليون خلية. لحجب المزيد من الخلايا، اضبط الحجم. † FBS = محلول التلوين BD Pharmingen™. ‡ Fc Block = BD Pharmingen™ Human BD Fc Block. ب. امزج مزيج Fc Block MasterMix باستخدام الماصة، ثم قم بالطرد المركزي لفترة وجيزة. ضعه على الثلج. ج. أزل السائل الطافي من الخلايا دون تحريك الراسب. د. أعد تعليق الخلايا في 25 ميكرولتر من مزيج Fc Block MasterMix. هـ. حضّن الخلايا في درجة حرارة الغرفة (من 15 إلى 25 درجة مئوية) لمدة 10 دقائق. و. أضف 175 ميكرولتر من مزيج BD® AbSeq labeling MasterMix من الخطوة 8 إلى معلق الخلايا. امزج باستخدام الماصة، ثم انتقل إلى الخطوة 12. 11. أزل السائل الطافي من الخلايا دون تحريك الراسب. أضف 25 ميكرولتر من محلول التلوين (FBS) إلى 175 ميكرولتر من محلول BD® AbSeq الرئيسي المُحضر في الخطوة 8، ليصل الحجم الإجمالي إلى 200 ميكرولتر. أعد تعليق الخلايا في هذا الحجم الإجمالي. امزج المحلول جيدًا باستخدام الماصة. 12. انقل الخلايا مع محلول BD® AbSeq الرئيسي إلى أنبوب فالكون جديد من البوليسترين سعة 5 مل. 13. لوّن الخلايا على الجليد لمدة 30 دقيقة. 14. أضف 3-4 مل من محلول التلوين (FBS) إلى الخلايا المُلَوَّنة وامزجها جيدًا باستخدام الماصة. 15. افصل الأنبوب بالطرد المركزي عند 400 × g لمدة 5 دقائق. 16. انزع غطاء الأنبوب واقلبه لتفريغ السائل الطافي في حاوية النفايات الخطرة بيولوجيًا. أبقِ الأنبوب مقلوبًا وجففه برفق بقطعة قماش خالية من الوبر لإزالة أي سائل طافي متبقٍ من حافة الأنبوب. ١٧. كرر الخطوات من ١٤ إلى ١٦ مرتين إضافيتين ليصبح المجموع ثلاث غسلات. ١٨. أعد تعليق راسب الخلايا المغسولة في ٦٢٠ ميكرولتر من محلول العينة البارد من كاشف خرطوشة BD Rhapsody™ المحسن V3 (رقم الكتالوج ٦٦٧٠٥٢)، ثم تابع عملية التقاط الخلايا المفردة مع الغسل على الخرطوشة الموضح في الخطوات الفرعية من أ إلى ج. راجع بروتوكول التقاط الخلايا المفردة وتخليق الحمض النووي التكميلي (cDNA) لنظام تحليل الخلايا المفردة BD Rhapsody™ HT (معرف المستند ٢٣-٢٤٢٥٢) أو بروتوكول التقاط الخلايا المفردة وتخليق الحمض النووي التكميلي (cDNA) لنظام BD Rhapsody™ HT Xpress (معرف المستند ٢٣-٢٤٢٥٣) لمزيد من التفاصيل. ملاحظة: قم بإجراء الغسل على الخرطوشة بعد استقرار الخلايا (حضانة لمدة ٨ دقائق) كما يلي: أ. في قسم البروتوكول الخاص بـ "تحميل الخلايا في خرطوشة BD Rhapsody™ ذات 8 مسارات"، بعد تحميل الخلايا، حضّن الخرطوشة في الظلام عند درجة حرارة الغرفة لمدة 8 دقائق. ب. ضع الخرطوشة على جهاز BD Rhapsody™ HT Xpress وقم بتنفيذ خطوات غسل الخرطوشة التالية: _____________________________________________________________ المادة المراد تحميلها الحجم (ميكرولتر) مسار واحد وضع الماصة هواء 380 تحضير/غسل محلول عينة بارد 380 تحضير/غسل هواء 380 تحضير/غسل محلول عينة بارد 380 تحضير/غسل ج. (اختياري) قم بتنفيذ خطوة الماسح الضوئي: تحميل الخلايا مسح ضوئي، إذا كنت تستخدم نظام تحليل الخلايا المفردة BD Rhapsody™ HT بروتوكول التقاط الخلايا المفردة وتخليق الحمض النووي التكميلي (معرف المستند 23-24252). لا حاجة للتأخير لمدة 8 دقائق قبل المسح الضوئي. تحذير: تُعتبر جميع العينات والمواد البيولوجية خطرة بيولوجيًا. تعامل مع العينة بحذر كما لو كانت قادرة على نقل العدوى، وتخلص منها باتباع الاحتياطات اللازمة وفقًا للوائح الفيدرالية والولائية والمحلية. لا تستخدم الفم أبدًا في عملية السحب. ارتدِ ملابس واقية مناسبة، ونظارات واقية، وقفازات. قائمة بجميع أنواع AbSeq البشرية الثلاثين المضمنة في لوحة BD® OMICS-One للأورام: _____________________________________________________________________________ النوع المستنسخ معرف الأوليغونوكليوتيد رمز BD® AbSeq التسلسل الشريطي CD274 (PD-L1) MIH1 AHS0004 ATCGTAAGGCTCGTGGTTCGTAAGTAAGTTCGTATC CD279 (PD-1) EH12.1 AHS0014 ATGGTAGTATCACGACGTAGTAGGGTAATTGGCAGT CD45 HI30 AHS0040 GTGCGAAATGGCGGAATGTTATCTGCGAATGTAGTC CD324 (E-cad) 67A4 AHS0041 GATATGAATGGGTTGCGGTGTAAAGTCGTAATGGTT CD24 ML5 AHS0042 ACTTTGGGTTGAGCGCATGATTATTCGTGACACTTT CD90 5E10 AHS0045 GACTATATGTACGGTGTTAATTCGGGATCCTGCGCT CD34 581 AHS0061 TGGGTGTATTACGGTTAGTTTATGCGCGAAGGTGTT CD117 YB5.B8 AHS0064 GGATTAGTTGTCGTTATAGGGAGTGCGTTCTTAGCG HLA-A,B,C G46-2.6 AHS0066 GATATGCATGGCGAGTAGGTAGAACGAAGCTTAGGT CD54 HA58 AHS0076 AAGAGAATATATGCGTGCGTTGTTAAGGGAATGCGT CD29 MAR4 AHS0080 TGGTAAGGTGGTTGCGAGTAAGTAGCGGTGAGTTGT CD47 B6H12 AHS0087 TGTTAGGTTCGACGTATTATGTGTAGATCCGCAAGG CD326 (EpCam) EBA-1 AHS0089 TTGAGCGTAAAGTTGCGTCCGGTAATTGAGTTGCGT CD66 B1.1/CD66 AHS0094 GTCTGCGCAAGGTAAGCTAAGTAACGAAAGGGATCT CD133 W6B3C1 AHS0103 TTTGGTATTGGCACGGTTTGTAGCGAGTTGACGGTC CD26 M-A261 AHS0109 TGTAGGTTGCGCGGTTATTAGGGTATTATCGATCTG CD155 TX24 AHS0111 GCGGTGGATCGATGGGTATAGTTGGTAATTTGCGTC CD146 P1H12 AHS0127 AGGTTATTTAGGTGACGGTTGTATTGACGAGAGAGG C-MET 3D6 AHS0132 AGCGTGAGTTGTCGGTAGTTAATTATCGGAGAGTTT ITGRN BTA 7 FIB504 AHS0158 TTTCAGTTTGGTCGCAGTTAAGGTATCGTATGGGTC CD44 L178 AHS0167 GTGATTGATTAGGACAGTTCGTTGCTTAGTAGTGGG PECAM1 (CD31) WM59 AHS0170 CTAAGGGACGTAATTGAGTTTCGGTGATCGCAGTTT EphB2 2H9 AHS0176 TATTGCGGGTAGGATTTGTCTCGAAGCGTAGGTAGC Vista MIH65.RMAB AHS0187 ATCAGGGAATCTCGGTAAGTTAAACGTGTATAGTGC PDPLN LPMAB-17 AHS0192 TTTATTGAGTATTACGTCTGTTGCGATTGTTGGCGGT NOTCH1 MHN1-519 AHS0214 CGTAGTAGGAGCGTGTTTCATCGGCATTATCGTTTG CD325 (n-Cad) 8C11 AHS0223 TAGGATGAGTTTCGTAAGGTAGTCGTATGGCT CD58 1C3 AHS0237 TTGGTGAGTATTGGTGCGTAGTATGCGGGATGTTTG EGFR EGFR.1 AHS0241 ATATGATTGATGCGGGTTAGCCTACAGATTCGAGTT CD227 (MUC1) HMFG2 AHS0247 AGTGCATGGTTAGTGTGTGTGTCGTTAGATATTC
إشعارات المنتج: يُرجى مراجعة www.bdbiosciences.com/us/s/resources للاطلاع على البروتوكولات الفنية. مصدر جميع بروتينات المصل هو مسالخ معتمدة من وزارة الزراعة الأمريكية (USDA) تقع في الولايات المتحدة. خضعت عملية الإنتاج لاختبارات صارمة وتحقق دقيق لضمان إنتاج مُرَكَّب عالي الجودة ذي أداء ثابت ونشاط ارتباط نوعي. مع ذلك، لم تُجرَ اختبارات التحقق على جميع دفعات المُرَكَّب. يُرجى مراجعة http://regdocs.bd.com للوصول إلى صحائف بيانات السلامة (SDS). للاطلاع على براءات الاختراع الأمريكية التي قد تنطبق، يُرجى زيارة bd.com/patents. تحذير: يُنتج أزيد الصوديوم حمض الهيدرازويك شديد السمية في الظروف الحمضية. خفف مركبات الأزيد بالماء الجاري قبل التخلص منها لتجنب تراكم رواسب قابلة للانفجار في أنابيب الصرف الصحي. اتبع الإرشادات المحلية والولائية عند التخلص من النفايات الخطرة. انتقل إلى https://abseq-ref-gen.genomics.bd.com/ للوصول إلى ملفات مرجعية AbSeq بصيغة FASTA لتحليلات المعلوماتية الحيوية. هذا الكاشف مُجفف بالتجميد ومُعاير مسبقًا.