Bio-Rad، 17005726، مجموعة تحضير مكتبة الحمض النووي الريبوزي المتسلسل الكاملة SEQuoia، 24 تفاعلًا

مجموعة أدوات تسلسل الحمض النووي الريبوزي (RNA-Seq) عالية الأداء، قادرة على استخلاص الحمض النووي الريبوزي الطويل والقصير في مكتبة واحدة، حتى من عينات محدودة ومنخفضة الجودة. توفر المجموعة جميع المكونات اللازمة لإنشاء مكتبة RNA-Seq لمنصات Illumina. حجم المجموعة يكفي لإجراء 24 تفاعلًا.
ملخص
الأسئلة الشائعة
تعرف على المزيد حول كيفية استخدام هذا المنتج.
مجموعة SEQuoia Complete Stranded RNA Library Prep Kit هي مجموعة عالية الأداء لتحليل تسلسل الحمض النووي الريبوزي (RNA-Seq)، حيث تقوم باستخلاص الحمض النووي الريبوزي الطويل والقصير في مكتبة واحدة، حتى من العينات المحدودة والمنخفضة الجودة. يقلل سير العمل المبسط من عدد خطوات السحب بالماصة، ويختصر وقت البروتوكول الإجمالي إلى أقل من 4 ساعات. تتيح المجموعة إنشاء مكتبات ذات نسبة تسلسل تزيد عن 99%، وهي مناسبة لتسلسل الجيل التالي على منصات Illumina، كما تتضمن الوصول إلى حلول وأدوات تحليل SEQSense، وهي عبارة عن مسار مخصص لتحليل البيانات الثانوية.
يتميز هذا النظام باستخدام SEQzyme، وهو إنزيم مُهندس حاصل على براءة اختراع، يربط بين تخليق الحمض النووي التكميلي (cDNA) وإضافة المُهايئات في تفاعل تخليق مستمر. تُمكّن الخصائص الإنزيمية الفريدة من التقاط جميع أنواع وأحجام جزيئات الحمض النووي الريبوزي (RNA) بفعالية في تفاعل إنزيمي مبتكر، مما يُحسّن بشكل كبير من تنوع وجودة مكتبات الحمض النووي الريبوزي، حتى من عينات الحمض النووي الريبوزي المحدودة أو المتدهورة.
جرب قوة SEQzyme
الميزات والفوائد
• يلتقط الحمض النووي الريبي الطويل والقصير في عملية تحضير واحدة
• قادر على التعامل مع متطلبات إدخال عينات منخفضة
• تم التحقق من صحتها باستخدام عينات FFPE وعينات أخرى منخفضة الجودة
• يمكن إكمال البروتوكول بالكامل في أقل من 4 ساعات
سير عمل تحضير المكتبة عالي الكفاءة ومبسط
تُنتج الخصائص الإنزيمية الفريدة لـ SEQzyme مكتبة RNA قوية وعالية الجودة. صُممت هذه المجموعات لتسهيل عملية تركيب المكتبة بكفاءة باستخدام نطاق واسع من كميات RNA المدخلة (من 100 بيكوغرام إلى 1 ميكروغرام)، وهي متوافقة مع بناء مكتبات التسلسل الآلي من الجيل التالي. يقلل سير العمل المُبسط من عدد خطوات السحب بالماصة، ويُخفض وقت البروتوكول الإجمالي بشكل كبير إلى أقل من 4 ساعات.
مكتبات متنوعة ذات جودة منخفضة وعينات إدخال محدودة
تُنشئ هذه المجموعة مكتبةً مُوجَّهة (>99%) تستوعب جميع أنواع الحمض النووي الريبوزي (RNA)، سواءً الطويلة منها أو القصيرة، حتى من عينات الحمض النووي الريبوزي ذات الجودة الرديئة (مثل عينات الأنسجة المُثبَّتة بالفورمالين والمُضمَّنة في البارافين). تُمكِّن هذه الميزة الباحثين من اكتشاف اختلافات ذات أهمية بيولوجية في مناطق أوسع من النسخ الجيني.
التطبيقات والاستخدامات
• تحليل التعبير الجيني التفاضلي وتحليل كامل النسخ الجيني لعينات الحمض النووي الريبوزي (RNA) عالية ومنخفضة الجودة، باستخدام تقنيات الفرز الخلوي أو التشريح المجهري للخلايا المفردة، وتوصيف الحمض النووي الريبوزي غير متعدد الأدينين، وتحديد اندماج الجينات، واكتشاف التغيرات في النوكليوتيدات المفردة.
• خلايا مفروزة أو خلايا مفردة
• التشريح المجهري
• توصيف الحمض النووي الريبي غير متعدد الأدينيلات
• تحديد اندماج الجينات
• اكتشاف التباين في النوكليوتيدات المفردة
• اكتشاف المؤشرات الحيوية
• تحديد مواقع وصلات الربط
المكونات المضمنة
تحتوي كل مجموعة على علبتين من الكواشف. تحتوي العلبة (أ) على كواشف لتجزئة الحمض النووي الريبوزي (RNA)، وتخليق الحمض النووي التكميلي (cDNA)، وإعداد المكتبة. تُحفظ المجموعة في درجة حرارة -20 درجة مئوية.
• مزيج التجزئة للمُخَفِّف أ
• إنزيم إصلاح الطرفية من العامل B
• محلول منظم متعدد الأدينين (Poly(A)) من الكاشف ج
• بوليميراز بولي (أ) الكاشف د
• مزيج SEQzyme من الكاشف E
• مزيج تضخيم الكاشف F
يحتوي الصندوق "ب" على خرزة مغناطيسية للتنقية. يتم تخزين المجموعة عند درجة حرارة 4 درجات مئوية.
تتوفر كبسولات الإشعال المزدوجة من نوع SEQuoia ويمكن طلبها بشكل منفصل.
الأسئلة الشائعة حول مجموعة تحضير مكتبة الحمض النووي الريبوزي الكاملة من سيكويا
محتويات المجموعة وطريقة التخزين
ما هي محتويات مجموعة تحضير مكتبة الحمض النووي الريبوزي المتسلسل الكاملة من سيكويا؟
توفر مجموعة SEQuoia Complete RNA Library Prep Kit جميع الكواشف اللازمة لإنشاء مكتبة من الحمض النووي الريبي، باستثناء خرز SPRISelect من Beckman Coulter.
هل هناك مواد مطلوبة غير مدرجة في المجموعة؟
المواد الكيميائية التالية مطلوبة ولكنها غير متوفرة. تم التحقق من صحة هذه المواد باستخدام بروتوكول مجموعة تحضير مكتبة الحمض النووي الريبوزي المتسلسل الكاملة من سيكويا. قد لا تُعطي البدائل نتائج مثالية.
• 2 مل من شرائط أنابيب تفاعل البوليميراز المتسلسل الخالية من RNase و DNase، ذات الارتباط المنخفض (TBC0802 أو TBC1202)
• رؤوس ماصة مُرشّحة وخالية من إنزيم RNase: 10 ميكرولتر، 20 ميكرولتر، و200 ميكرولتر
• خرز SPRISelect من Beckman Coulter
• 10 ملي مولار Tris-HCl pH8 (خالي من RNase و DNase)
• 80% إيثانول (يُحضر طازجاً)
المواد الاختيارية غير متوفرة
• مجموعة بادئات SEQuoia ذات الفهرسة المزدوجة (12011928) أو لوحة بادئات SEQuoia ذات الفهرسة المزدوجة (12011930)
• مجموعة استنفاد الحمض النووي الريبوزي
• مجموعة أدوات تحديد كمية مكتبة ddPCR لجهاز Illumina TruSeq (1863040)
قائمة المعدات
• جهاز تدوير حراري لدرجات حرارة حضانة دقيقة
• ماصات معايرة أحادية القناة ومتعددة القنوات: 10 ميكرولتر، 20 ميكرولتر، و200 ميكرولتر
• حامل مغناطيسي لفصل الخرز المغناطيسي على نطاق صغير في أنابيب سعة 0.2 مل
• دوامة
• جهاز طرد مركزي صغير لأنابيب سعة 0.2 مل
• رف تبريد PCR ذو 96 بئراً
• دلو الثلج
تحضير العينة
ما هي طريقة أو مجموعة أدوات عزل الحمض النووي الريبوزي (RNA) التي يجب أن أستخدمها؟
تعتمد استراتيجية تنقية الحمض النووي الريبوزي (RNA) المثلى على نوع العينة والأهداف التجريبية. لقد اختبرنا ونوصي باستخدام كاشف عزل الحمض النووي الريبوزي PureZOL (7326880) لعينات الأنسجة، ومجموعة SingleShot لتحليل الخلايا (1725080) للخلايا المستنبتة. إذا كان الحمض النووي الريبوزي الصغير هو محل الاهتمام، فلا نوصي باستخدام مجموعة تعتمد على الأعمدة، حيث قد تُفقد أجزاء الحمض النووي الريبوزي التي يقل حجمها عن 200 ميكرومتر. بدلاً من ذلك، استخدم مجموعة SingleShot لتحليل الخلايا.
بالإضافة إلى ذلك، توفر هذه المراجع نظرة عامة جيدة على الطرق المختلفة لعزل الحمض النووي الريبي الصغير؛
• يتيح قياس كمية الحمض النووي الريبوزي الصغير غير المشفر إجراء مقارنة دقيقة لملامح التعبير الجيني للحمض النووي الريبوزي الميكروي. ماسوتي أ، وآخرون. مجلة الطب الحيوي والتكنولوجيا الحيوية، المجلد 2009، رقم المقالة 659028
• مقارنة بين مجموعات الاستخلاص الآلية واليدوية المتوفرة تجاريًا لعزل الحمض النووي الريبوزي الكلي من عينات الأنسجة الصغيرة. سيلين جيفريز إم كيه، كيس إيه جيه، سميث إيه دبليو، أوريس جيه تي. بي إم سي للتكنولوجيا الحيوية، 201414:94
ما هو نطاق كمية الحمض النووي الريبي الكلي المدخل الذي يمكن استخدامه في تحضير المكتبة؟
تتوافق مجموعة تحضير مكتبة الحمض النووي الريبي المجدول الكاملة من SEQuoia مع 1 نانوغرام إلى 1 ميكروغرام من الحمض النووي الريبي الكلي (مستنفد مسبقًا من الحمض النووي الريبي الريبوسومي).
تضخيم مكتبة الحمض النووي الريبي
كم عدد دورات تفاعل البوليميراز المتسلسل (PCR) الموصى بها لتضخيم المكتبة؟
عادةً، تتطلب مجموعة تحضير مكتبة الحمض النووي الريبوزي المتسلسل الكاملة من SEQuoia من 3 إلى 5 دورات أقل مقارنةً بالمجموعات التجارية الأخرى، وذلك بفضل معدل التحويل العالي. يُعد هذا ميزةً لأن التضخيم الزائد قد يؤدي إلى ظهور نتائج غير مرغوب فيها، مثل تحيز التضخيم، وزيادة معدلات التكرار، وظهور الحمض النووي الهجين. لتقليل هذه النتائج، يُنصح بتحسين عدد دورات تضخيم تفاعل البوليميراز المتسلسل (PCR) بحيث يتراوح تركيز المكتبة النهائي بين 200 و1000 نانوغرام. يعتمد عدد دورات PCR على كمية ونوعية الحمض النووي الريبوزي المُدخل. يوفر الجدول التالي إرشادات عامة، ويمكن استخدامه كنقطة انطلاق للتحسين.
توصيات دورة تفاعل البوليميراز المتسلسل (PCR)
ما هي الجزيئات التي يتم التقاطها بواسطة مجموعة تحضير مكتبة الحمض النووي الريبي المجدول الكاملة من SEQuoia؟
تستخلص مجموعة SEQuoia Complete Stranded RNA Library Prep Kit كلا النوعين من الحمض النووي الريبوزي (RNA) القصير والطويل، بما في ذلك mRNA وmiRNA وlncRNA وsnoRNA. ولأن هذه المجموعة تستخلص الحمض النووي الريبوزي الصغير بكفاءة عالية، يُنصح بأن يكون عمق التسلسل من 20 إلى 30 مليون قراءة لضمان دقة النتائج.
التسلسل وتحليل البيانات
ما هي معايير التسلسل الموصى بها؟
نوصي بإجراء التسلسل باستخدام قراءات أحادية الطرف لتوفير تكلفة التسلسل.
• أول 8 قواعد على R2 هي تسلسل علامات عشوائي يمكن استخدامه كـ UMI.
• طول القراءة الموصى به: 100 × 8 أو 75 × 8 من القراءة 1 × القراءة 2
• يجب تحديد عمق القراءة بناءً على التطبيق والخبرة السابقة. يتراوح النطاق النموذجي بين 20 و30 مليون قراءة أحادية الطرف نظرًا لعدد شظايا الحمض النووي الريبي الصغيرة التي يتم التقاطها، مما يزيد من تعقيد المكتبة.
• باستخدام القراءات الفردية، باستخدام مجموعة تحضير مكتبة الحمض النووي الريبي الكاملة من SEQuoia، يمكنك الحصول على تغطية كاملة للنسخة كما هو موضح مع جميع البيانات الموجودة في هذه الصفحة.
• بالنسبة لقراءات الطرف المزدوج، قد يكون هناك انخفاض كبير في جودة القراءة لـ R2 بسبب وجود تسلسل poly(T).
هل مجموعة تحضير مكتبة الحمض النووي الريبي المجدول الكاملة من SEQuoia متوافقة مع منصة Ion Torrent؟
لا. المحولات الموجودة في مجموعات تحضير مكتبة الحمض النووي الريبي الكاملة من SEQuoia متوافقة مع خلايا التدفق المستخدمة مع منصات Illumina.
اطلع على جميع الأسئلة الشائعة حول سيكويا »
خيارات التكوين
المنتجات ذات الصلة
• كاشف عزل الحمض النووي الريبي PureZOL
• مجموعة تحليل الخلايا بجرعة واحدة
• جهاز التدوير الحراري C1000 Touch
• مجموعة أدوات تحديد كمية مكتبة ddPCR لجهاز Illumina TruSeq