مجموعة اختبار CUT&RUN، CST، 86652P

مجموعة أدوات CUT&RUN للدراسة في مجال البحث. تخزين جميع المكونات الموجودة في هذه المجموعة مستقرة لمدة 12 شهرًا على الأقل عند تخزينها في درجة الحرارة الموصى بها. بروتوكول البروتوكولات المتاحة: CUT&RUN النوعية / الحساسية يمكن استخدام مجموعة اختبار CUT&RUN مع أي جسم مضاد معتمد بتقنية CUT&RUN للكشف عن المستويات الطبيعية لتفاعلات البروتين مع الحمض النووي وتعديلات الهيستون في خلايا الثدييات (انظر الأشكال من 1 إلى 6). تتوافق المجموعة مع أنواع متعددة من الأجسام المضادة، بما في ذلك أجسام الأرانب والفئران. يكشف الجسم المضاد أحادي النسيلة للأرانب رقم 9751، المستخدم كعنصر تحكم إيجابي، عن بروتين الهيستون H3 ثلاثي الميثيل (Lys4) (C42D8)، في أنواع متعددة من هذا البروتين، بما في ذلك الإنسان والفأر والجرذ والقرد. تتضمن المجموعة مجموعات بادئات لموقع جين RPL30، المستخدم كعنصر تحكم إيجابي في الإنسان (رقم 7014) والفأر (رقم 7015)؛ ومع ذلك، يتطلب استخدام أنواع أخرى مع المجموعة تصميم مجموعات بادئات تحكم إضافية. خلفية على غرار اختبار الترسيب المناعي للكروماتين (ChIP)، يُعد اختبار القطع تحت الأهداف والإطلاق باستخدام النيوكلياز (CUT&RUN) تقنيةً فعّالةً ومتعددة الاستخدامات لدراسة تفاعلات البروتين مع الحمض النووي ضمن سياق الكروماتين الطبيعي للخلية (1-4). يُمكن استخدام هذا الاختبار إما لتحديد بروتينات متعددة مرتبطة بمنطقة جينومية واحدة ومحددة (باستخدام أجسام مضادة مختلفة)، أو على العكس، لرسم خريطة للمناطق الجينومية المختلفة المرتبطة ببروتين واحد محل اهتمام. إضافةً إلى ذلك، يُمكن استخدام اختبار CUT&RUN لتحديد العلاقة المكانية والزمانية لتفاعل بروتين معين مع الحمض النووي. على سبيل المثال، يُمكن استخدام اختبار CUT&RUN لتحديد الترتيب المحدد لاستقطاب عوامل بروتينية مختلفة إلى مُحفز جين، أو لقياس الكمية النسبية لتعديل هيستون معين عبر موقع جيني كامل أثناء تنشيط الجين. بالإضافة إلى بروتينات الهيستون، يُمكن استخدام اختبار CUT&RUN لتحليل ارتباط عوامل النسخ والعوامل المساعدة، وعوامل تضاعف الحمض النووي، وبروتينات إصلاح الحمض النووي (الأشكال 1-6). يوفر اختبار CUT&RUN طريقة سريعة ودقيقة وفعّالة للكشف عن تفاعلات البروتين مع الحمض النووي داخل الخلية، حتى مع عدد قليل من الخلايا. على عكس اختبار ChIP، لا يتطلب اختبار CUT&RUN الربط المتبادل بالفورمالديهايد، أو تجزئة الكروماتين، أو الترسيب المناعي، مما يجعله طريقة أسرع وأكثر كفاءة لإثراء تفاعلات البروتين مع الحمض النووي وتحديد الجينات المستهدفة. يُمكن إجراء اختبار CUT&RUN في أقل من يوم واحد، بدءًا من الخلايا أو الأنسجة وصولًا إلى الحمض النووي النقي، وقد ثبتت فعاليته مع عدد قليل من الخلايا يتراوح بين 5000 و10000 خلية لكل اختبار (الأشكال 1-4). بدلاً من تفتيت جميع الكروماتين الخلوي كما هو الحال في تقنية ChIP، تستخدم تقنية CUT&RUN هضم الكروماتين الموجه بالأجسام المضادة، مما ينتج عنه إشارة خلفية أقل بكثير من تلك الموجودة في اختبار ChIP. ونتيجة لذلك، تتطلب تقنية CUT&RUN عُشر عمق التسلسل المطلوب لاختبارات ChIP-seq فقط (1،2). وأخيرًا، يسمح تضمين الحمض النووي المُضاف للتحكم من الخميرة بالقياس الكمي والتطبيع بدقة، مما يُصحح الاختلافات التقنية بين العينات أثناء تنقية الحمض النووي، وإعداد المكتبة، وخطوات التسلسل من الجيل التالي (NGS). أسماء بديلة CnR؛ قص وهروب؛ قص ووسم؛ قص وهروب؛ قص وهروب؛ قص ووسم؛ قص وهروب؛ قص ووسم؛ قص وهروب؛ قص ووسم؛ تعديل الهيستون