نيو إنجلاند بيولابس، B7024S، صبغة تحميل جل الحمض النووي

صبغة تحميل الجل، بنفسجية (6X) هي صبغة تحميل الجل الرائدة من NEB للحصول على نطاقات واضحة ودقيقة. الفئات ذات الصلة: محاليل تحميل الجل، سلالم الحمض النووي البنفسجية سريعة التحميل، مواصفات المحاليل: مكونات محلول 1X : 2.5% فيكول®-400، 10 ملي مولار EDTA، 3.3 ملي مولار Tris-HCl، 0.08% SDS، 0.02% صبغة 1، 0.001% صبغة 2، درجة الحموضة 8 عند 25 درجة مئوية. الأسئلة الشائعة : س: هل لصبغة تحميل الجل البنفسجية أي مزايا على صبغة التحميل الزرقاء التقليدية؟ ج: نعم. لا تُنتج صبغة التحميل البنفسجية ظلاً تحت ضوء الأشعة فوق البنفسجية؛ لذلك، لا تُحجب نطاقات الجل في الصور بظل الأشعة فوق البنفسجية كما هو الحال عند استخدام صبغة بروموفينول الزرقاء التقليدية. س: كم عدد نطاقات اللون التي يجب أن أراها على الجل؟ ج: ينفصل اللون البنفسجي إلى لونين عند إجراء الفصل الكهربائي على الجل. تتحرك الحزمة الحمراء/الوردية البارزة بشكل مشابه لصبغة بروموفينول الأزرق (حوالي 400 زوج قاعدي على هلام أجاروز بنسبة 1%). أما الصبغة الزرقاء الفاتحة فتتحرك عند حوالي 4000 زوج قاعدي على هلام الأجاروز. س: لا أستطيع رؤية الصبغة الزرقاء عند تشغيلها على الهلام. لماذا؟ ج: الصبغة الزرقاء باهتة جدًا ولا ينبغي استخدامها كمؤشر رئيسي. الصبغة الحمراء هي المؤشر الرئيسي وتتحرك بشكل مشابه لصبغة بروموفينول الأزرق. س: لماذا يوجد SDS في الصبغة؟ ج: غالبًا ما يؤدي وجود SDS إلى حزم أكثر وضوحًا، حيث من المعروف أن بعض إنزيمات التقييد تبقى مرتبطة بالحمض النووي بعد القطع. س: هل يمكنني استخدام صبغة تحميل الهلام البنفسجية مع مجموعة استخلاص الهلام QIAquick؟ ج: نعم. يرجى ملاحظة أن صبغة تحميل الهلام البنفسجية تحتوي على صبغة حمراء اللون ستُنتج لونًا برتقاليًا مشابهًا لمؤشر على تغير الرقم الهيدروجيني. لا داعي للقلق إلا إذا هاجر شريط الحمض النووي الذي تستخلصه في نفس اتجاه هجرة الصبغة (حوالي 300 زوج قاعدي في هلام أجاروز بنسبة 1.2%). لم تلاحظ شركة NEB أي آثار سلبية لإضافة الأسيتات بالكميات الموصى بها في حال عدم التأكد. س: هل يمكن تخزين صبغة تحميل الجل، بنفسجي 6X (B7024) في درجات حرارة منخفضة؟ ج: درجة حرارة التخزين الموصى بها لصبغة تحميل الجل، بنفسجي 6X، هي درجة حرارة الغرفة (25 درجة مئوية). عادةً، قد يترسب كبريتات دوديسيل الصوديوم (SDS) من المحلول عند تخزين الصبغة في درجات حرارة منخفضة. يمكن التخلص من هذا الراسب الطفيف بترك القارورة في درجة حرارة الغرفة لمدة ساعة، أو تسخينها برفق لمدة 10 دقائق. اخلط القارورة عدة مرات قبل الاستخدام لإعادة المحلول إلى تجانسه. س: كيف يتم تغليف صبغات التحميل 6X؟ ج: يتم تغليف صبغات التحميل في 4 قوارير سعة كل منها 1 مل، بإجمالي 4 مل. س: هل صبغة تحميل الجل البنفسجية (6X) أو صبغة تحميل الجل البنفسجية (6X) الخالية من SDS متوافقة مع أصباغ ربط الحمض النووي الأخرى مثل SYBR® وGelRed™ أثناء عملية الفصل الكهربائي الهلامي؟ ج: نظرًا لأن أصباغ ربط الأحماض النووية عالية الألفة قد تؤثر على هجرة الحمض النووي أثناء الفصل الكهربائي، يُنصح بشدة بتلوين الهلام بصبغات SYBR أو GelRed بعد الفصل. مع ذلك، يمكن استخدام هذه الأصباغ أيضًا كأصباغ مُسبقة الصب (داخل هلام الأغاروز). نظرًا لأن صبغة تحميل الجل البنفسجية (6X) تحتوي على تركيز أعلى من SDS، فقد يُلاحظ بعض التداخل عند استخدام SYBR أو GelRed كأصباغ مُسبقة الصب. عند استخدام هذه الأصباغ كأصباغ مُسبقة الصب، توصي NEB باستخدام صبغة تحميل الجل البنفسجية الخالية من SDS (6X) (NEB #B7025S) بدلاً منها. يرجى اتباع التوصيات التالية لكلا الصبغتين البنفسجيتين عند استخدام صبغات SYBR كصبغات مُسبقة الصب: قلل كمية الحمض النووي المُحمّل إلى 250-500 نانوغرام، واستخدم تركيز 0.5X فقط من صبغات SYBR في الهلامات مُسبقة الصب. هذه الصبغات أكثر حساسية من بروميد الإيثيديوم. قد يؤدي التحميل الزائد إلى ظهور حزم غير واضحة أو مُلطخة. عند استخدام صبغة تحميل الهلام، البنفسجية (6X) B7024S، استخدم محلول TBE بدلاً من محلول TAE، حيث يزداد تداخل SDS عند استخدام محلول TAE (في الهلام وكسائل تشغيل). استخدم صبغات SYBR وفقًا لتوصيات الشركة المصنعة: أضف صبغة SYBR إلى محلول TBE أولاً، ثم أضف مزيج صبغة SYBR/TBE إلى محلول الأغاروز المنصهر. يُفضل الانتظار لبضع دقائق قبل إضافة صبغات SYBR إلى الأغاروز المنصهر. إضافة صبغة GelRed إلى محلول أجاروز مُبرد (أعلى من درجة حرارة التجلط، 45 درجة مئوية) تُحسّن النتائج. يُنصح دائمًا بتشغيل هلام أجاروز مُحضّر حديثًا، لمرة واحدة فقط. إعادة تشغيل الهلام ستؤدي إلى نتائج رديئة. يُرجى اتباع التوصيات التالية لكلا الصبغتين البنفسجيتين عند استخدام صبغات GelRed كصبغات مُسبقة الصب: قلّل كمية الحمض النووي المُحمّل إلى 60-125 نانوغرام، واستخدم 0.5X فقط من صبغة GelRed في الهلامات مُسبقة الصب. هذه الصبغة أكثر حساسية من EtBr. قد يتسبب التحميل الزائد في ظهور حزم غير واضحة أو مُلطخة. يُفضّل الانتظار لبضع دقائق قبل إضافة صبغة GelRed إلى الأجاروز المنصهر. إضافة صبغة GelRed إلى محلول أجاروز مُبرد (أعلى من درجة حرارة التجلط، 45 درجة مئوية) تُحسّن النتائج. يُنصح دائمًا بتشغيل هلام أجاروز مُحضّر حديثًا، لمرة واحدة فقط. إعادة تشغيل الهلام ستؤدي إلى نتائج رديئة. SYBR® هي علامة تجارية مسجلة لشركة Life Technologies Corporation، وGelRed™ هي علامة تجارية لشركة Biotium.