نيو إنجلاند بيولابس، C1010S، جهاز أخذ عينات الإشريكية القولونية المؤهل للاستنساخ NEB®

لست متأكدًا من سلالة الاستنساخ التي يجب اختيارها؟ فئات ذات صلة بخلايا الاستنساخ المؤهلة من NEB: الخلايا المؤهلة، سلالات خلايا الاستنساخ المؤهلة، التطبيقات، التحويل، الأسئلة الشائعة. س: لماذا اختار عالم الأحياء التركيبية كريس فويغت من معهد ماساتشوستس للتكنولوجيا سلالة NEB 10-beta لتجميع الحمض النووي واستنساخه؟ ج: هل يمكن للخلية الحية إجراء عمليات حسابية؟ من خلال ترميز الدوائر في الحمض النووي وتحويلها إلى مضيف بكتيري حي، يمكن التلاعب بالكائنات الحية لمعالجة الإشارات البيئية وتغيير وظائفها البيولوجية. يُعدّ هذا التوظيف الجديد للوظائف البيولوجية حجر الزاوية في علم الأحياء التركيبي، وهو يُحدث تحولًا في أسواق مثل الوقود الحيوي وصناعة الأغذية من خلال هندسة كائنات حية جديدة مصممة للتصنيع أو الاستشعار البيولوجي. يتطلب تحقيق ذلك تجميعًا موثوقًا لبنى الحمض النووي الكبيرة بترتيبات محددة لأجزاء الحمض النووي، وكائن حي موصوف جيدًا لوضعها فيه. يُعدّ تصميم بنى الحمض النووي الكبيرة أمرًا معقدًا، وقد يُمثّل التجميع تحديًا كبيرًا. قام كريس فويغت، عالم الأحياء التركيبية في معهد برود، وفريقه بتطوير بيئة حاسوبية (سيلو) لتوحيد تصميم هذه التجميعات بناءً على معايير وقيود يحددها المستخدم. وكما يشير فويغت وفريقه، فإن سلوك الدوائر الجينية يعتمد على أجزاء عديدة قد تختلف وظائفها تبعًا للسياق الجيني والسلالة وظروف النمو. عند اختيار سلالة خلايا مؤهلة، وقع اختيارهم على سلالة NEB 10-beta من الإشريكية القولونية. لماذا تم اختيار NEB 10-beta لسيلو؟ انخفاض إعادة التركيب الناتج عن طفرة RecA1، القدرة على استنساخ ونشر البلازميدات الكبيرة، كفاءة تحويل عالية، نمو أفضل على وسط M9 مع الجلوكوز مقارنةً ببعض السلالات الأخرى، مقاومة لفيروس T1، نمط جيني محدد، وهي مستخدمة بالفعل في العديد من المختبرات حول العالم. س: كيف يتم تحضير القطع للتجميع باستخدام NEBuilder HiFi؟ ج: يمكن تحضير القطع باستخدام الطرق التالية: يمكن تنقية القطع الناتجة عن تفاعل البوليميراز المتسلسل (PCR) باستخدام عمود Monarch PCR أو مجموعة Exo-CIP Rapid PCR Cleanup Kit إذا كانت نقاوة المُضخَّم أكبر من 95%. إذا استُخدم الحمض النووي البلازميدي كقالب أثناء تفاعل PCR، فيمكن إزالته بمعالجة DpnI عند الضرورة. في حال ظهور حزم متعددة، نوصي بتحسين تفاعل PCR. إذا لم يكن ذلك ممكنًا، يُوصى بتنقية الجل. قد يُؤدي استخلاص الجل إلى إدخال ثيوسيانات الغوانيدين (من محلول الإذابة) مما قد يُقلل من كفاءة تفاعل التجميع. لتقليل هذا التلوث، يُنصح بتقليم شريحة الجل بحيث يُمكن استخدام كمية أقل من محلول إذابة الجل. يُمكن إجراء هضم البلازميد باستخدام إنزيمات التقييد، يليه تعطيله بالحرارة أو تنقيته باستخدام العمود. يُمكن إعادة تعليق القطع المطلوبة تجاريًا في ماء خالٍ من النيوكلياز أو محلول TE واستخدامها مباشرةً في تفاعل التجميع.