مجموعة تحضير مكتبة الحمض النووي NEBNext ULTRAEXPRESS® من شركة نيو إنجلاند بيولابس، E3325S

مجموعة NEBNext UltraExpress لتحضير مكتبات الحمض النووي هي أحدث جيل من منتجات NEBNext لتحضير مكتبات الحمض النووي، وتتميز بسير عمل سريع وسلس. في أقل من ساعتين، يُمكّنك هذا البروتوكول من إنشاء مكتبات عالية الجودة والإنتاجية، من نطاق واسع من كميات الإدخال، مع تقليل النفايات البلاستيكية. علاوة على ذلك، وبتركيزها على البساطة، تتميز المجموعة ببروتوكول واحد لجميع كميات الإدخال، مما يجعل NEBNext UltraExpress لتحضير مكتبات الحمض النووي مناسبًا لجميع معدلات الإنتاجية. الفئات ذات الصلة : تحضير المكتبات لتقنية Illumina، تحضير مكتبات الحمض النووي لتقنية Illumina، أسئلة وأجوبة حول تحضير مكتبات تسلسل الجيل التالي: س: ما أنواع العينات التي يمكنني استخدامها مع مجموعة NEBNext UltraExpress® لتحضير مكتبات الحمض النووي؟ ج: تتوافق مجموعة NEBNext UltraExpress لتحضير مكتبات الحمض النووي مع الحمض النووي الجينومي البشري عالي الجودة، والحمض النووي الخالي من الخلايا (cfDNA)، والحمض النووي من أنواع أخرى (مثل الميكروبات والنباتات، إلخ). لا نوصي باستخدام هذه المجموعة مع الحمض النووي المُثبت بالفورمالين والمُضمن في البارافين (FFPE). بالنسبة لحمض نووي FFPE، يُرجى مراعاة استخدام مجموعة تحضير مكتبة الحمض النووي NEBNext UltraShear FFPE (NEB #E6655). س: هل من الممكن استخدام التجزئة الأنزيمية قبل استخدام مجموعة تحضير مكتبة الحمض النووي NEBNext UltraExpress®؟ ج: يمكن استخدام العينات المُجزأة أنزيميًا كمدخل لهذه المجموعة؛ ومع ذلك، سيتطلب ذلك تحسينات إضافية من المستخدم النهائي. س: ما هو البروتوكول الموصى به للقص الميكانيكي قبل استخدام مجموعة تحضير مكتبة الحمض النووي NEBNext UltraExpress®؟ ج: تم اختبار مجموعة تحضير مكتبة الحمض النووي NEBNext UltraExpress للتأكد من توافقها مع جهاز Covaris ML230 باستخدام المواد الاستهلاكية والبرامج التالية: 8 شرائط AFA-TUBE™ TPX مع أغطية (برنامج 175 زوجًا قاعديًا). يُرجى الرجوع إلى تعليمات الشركة المصنعة لبروتوكولات القص الأخرى في حال استخدام جهاز/طراز مختلف. س: ما الفرق بين مجموعة تحضير مكتبة الحمض النووي NEBNext UltraExpress® ومجموعة تحضير مكتبة الحمض النووي NEBNext® Ultra™ II؟ كيف أختار الأنسب؟ ج: تم تحسين مجموعة NEBNext UltraExpress لتحضير مكتبات الحمض النووي لتبسيط عملية التحضير، حيث تُستخدم تركيز واحد للمُهايئ وظروف دورة تفاعل البوليميراز المتسلسل (PCR) لجميع العينات ضمن نطاق الإدخال من 10 إلى 200 نانوغرام. أما مجموعة NEBNext Ultra II لتحضير مكتبات الحمض النووي، فتتميز بظروف أكثر تخصيصًا بناءً على كمية الحمض النووي المُدخلة، وخطوات وتنظيفات أكثر، ووقت عمل أطول، وتوصيات بنطاق إدخال أوسع (من 500 بيكوغرام إلى 1 ميكروغرام). تُنتج كلتا المجموعتين كميات كبيرة من المكتبات عالية الجودة، ولكننا نوصي باختيار NEBNext UltraExpress DNA لجميع عيناتك القياسية ضمن نطاق كمية الإدخال المذكور، حيث تُعد السرعة أمرًا بالغ الأهمية. ونوصي باختيار NEBNext Ultra II DNA للعينات الأكثر تعقيدًا وقيمة (مثل العينات الغنية بالـ GC، أو ذات الجودة المنخفضة، أو ذات كمية الإدخال المنخفضة). س: هل تأتي مجموعات NEBNext UltraExpress® لتحضير المكتبات مزودة بخرزات؟ ج: لا، نوصي باستخدام مجموعة كواشف SPRIselect® (Beckman Coulter, Inc. #B23317) أو خرز AMPure® XP (Beckman Coulter, Inc. #A63881). س: ماذا أفعل إذا رأيت ثنائي محول في مكتبات NEBNext UltraExpress® الخاصة بي؟ ج: صُممت خطوة التنظيف المرحلي التي تلي تفاعل البوليميراز المتسلسل (PCR) خصيصًا لتقليل ثنائي المحول؛ يُرجى اتباع التعليمات الخاصة بهذه الخطوة كما هي مكتوبة قبل تجربة أي توصيات إضافية. إذا كنت لا تزال ترى كميات صغيرة من ثنائي المحول في العينات، فنوصي بتنظيف باستخدام خرز SPRI بتركيز 0.9X بعد تجميع المكتبات أو زيادة تحسين كمية المحول. س: ما هي أفضل طريقة لتحديد كمية مكتبات الحمض النووي NEBNext UltraExpress® الخاصة بي؟ ج: يمكن تحميل المكتبات على TapeStation باستخدام HSD1000 ScreenTape أو جهاز تحليل شظايا مماثل لتحديد كمية المكتبة. مع ذلك، عند استخدام كمية كبيرة من الحمض النووي مع عدد دورات تفاعل البوليميراز المتسلسل (PCR) الموصى به، ستظهر قمة ثانية بعد العلامة العلوية نتيجةً للتضخيم في مرحلة التضخيم غير الخطي خلال دورات PCR المتأخرة. على الرغم من إمكانية تسلسل الجزيئات المتولدة خلال مرحلة التضخيم غير الخطي للحصول على بيانات عالية الجودة، إلا أن اختلاف سرعة هجرتها على شريط ScreenTape يؤدي إلى عدم دقة قياس تركيز المكتبة. في هذه الحالة، نوصي بقياس تركيز المكتبة باستخدام جهاز NanoDrop أو Lunatic باستخدام 400 زوج قاعدي أو حجم المكتبة المتوقع لتحويل قيم التركيز إلى نانومولار. لمزيد من المعلومات، يُرجى الرجوع إلى دليل المنتج. س: هل يمكن استخدام هذه المجموعة مع محولات وبادئات من موردين آخرين غير NEB؟ ج: نعم، من الممكن استخدام محولات وبادئات من موردين آخرين غير NEB مع مجموعة NEBNext® هذه. يجب أن يكون المحول من نوع T overhang، وقد يكون مردود المكتبة النهائي أقل قليلاً من استخدام محولات NEBNext الخاصة بـ Illumina®. س: ماذا أفعل إذا رأيت راسبًا في محلول تفاعل تحضير نهايات الحمض النووي Ultra II؟ ج: من الشائع رؤية راسب أبيض في محلول إصلاح نهايات الحمض النووي Ultra II. في هذه الحالة، اترك المزيج حتى يصل إلى درجة حرارة الغرفة، ثم استخدم الماصة لسحب المحلول عدة مرات لتفتيت الراسب، ثم قم برجّه سريعًا باستخدام جهاز الخلط الدوامي.