نيو إنجلاند بيولابس، E3390S، مجموعة بادئات الفهرسة المزدوجة الفريدة NEBNext® LV 2A

تتضمن مجموعة NEBNext LV Unique Dual Index Primers Set 2A أربعة وعشرين زوجًا فريدًا من بادئات الفهرسة i5 و i7 المُحسَّنة لسير عمل NEBNext منخفض الحجم (LV)، بما في ذلك NEBNext EM-seq™ v2 و E5hmC-seq™ و NEBNext Low-bias Small RNA Library Prep Kit، مع فئات Illumina ذات الصلة NEBNext® Multiplex Oligos (Adaptors & Primers). الأسئلة الشائعة حول تحضير مكتبة تسلسل الجيل التالي: س: ما الفرق بين بادئات NEBNext® لعلم التخلق وبادئات NEBNext LV Unique Dual Index Primers؟ ج: يشير اسما "NEBNext Primers for Epigenetics" و "NEBNext LV Unique Dual Index Primers" إلى نفس عائلة منتجات بادئات UDI منخفضة الحجم. ستشترك جميع المنتجات الجديدة في هذه المجموعة في بنية اسم "NEBNext LV Unique Dual Index"، بينما سيتم تغيير أسماء المنتجات المتبقية التي تحمل بنية اسم "Primers for Epigenetics" (NEB #E3392 و#E3404) بحلول أوائل عام 2025. عند تغيير الاسم، ستحتفظ المنتجات برقم المنتج الأصلي (NEB #). لتسهيل الرجوع، يرجى الرجوع إلى جدول التحويل التالي: NEB #: الاسم الأصلي: الاسم النهائي: E3400 غير متوفر NEBNext LV Unique Dual Index Primers Set 1 E3402 غير متوفر NEBNext LV Unique Dual Index Primers Set 2 E3390 غير متوفر NEBNext LV Unique Dual Index Primers Set 2A E3392 NEBNext Primers for Epigenetics (Unique Dual Index Set 2B) NEBNext LV Unique Dual Index Primers Set 2B E3404 NEBNext Primers for Epigenetics (Unique Dual Index Set 3) NEBNext مجموعة بادئات الفهرسة المزدوجة الفريدة LV 3 E3406 غير متوفرة NEBNext، مجموعة بادئات الفهرسة المزدوجة الفريدة LV 4 E3408 غير متوفرة NEBNext، مجموعة بادئات الفهرسة المزدوجة الفريدة LV 5. س: هل تتوفر أوراق عينات للاستخدام مع مجموعات بادئات الفهرسة المزدوجة الفريدة NEBNext® LV من 1 إلى 5؟ ج: نعم، تتوفر أوراق العينات ويمكن العثور عليها في قسم إرشادات الاستخدام في صفحة منتج كل مجموعة بادئات. س: هل المكتبات التي تم فهرستها المزدوجة باستخدام بادئات الفهرسة المزدوجة الفريدة NEBNext® LV متوافقة مع التسلسل أحادي الطرف؟ ج: نعم، المكتبات التي تم إنشاؤها باستخدام بادئات الفهرسة المزدوجة الفريدة NEBNext LV متوافقة مع التسلسل أحادي القراءة. يرجى الرجوع إلى دليل نظرة عامة على التسلسل المفهرس من Illumina (الإصدار الحالي) للحصول على تفاصيل حول سير عمل التسلسل المفهرس المزدوج على خلية تدفق أحادية القراءة أو خلية تدفق مزدوجة الطرف. س: كم عدد أزواج البادئات المتوفرة في مجموعات NEBNext® LV Unique Dual Index Primer Pairs من 1 إلى 5؟ ج: تتوفر بادئات NEBNext LV Unique Dual Index (UDI) في شكلين/حجمين للوحات: لوحة كاملة ذات 96 بئرًا، ولوحة ذات 96 بئرًا مع 24 بئرًا مملوءة. إجمالاً، يتوفر 480 زوجًا فريدًا من البادئات. تتوفر المجموعات التالية على شكل 96 تفاعلًا في صفيحة ذات 96 بئرًا: المجموعة 1 (NEB #E3400)، المجموعة 2 (NEB #E3402)، المجموعة 3 (NEB #E3404)، المجموعة 4 (NEB #E3406)، المجموعة 5 (NEB #E3408). وتتوفر المجموعات التالية على شكل 24 تفاعلًا في صفيحة ذات 96 بئرًا: المجموعة 2A (NEB #E3390)، المجموعة 2B (NEB #E3392). ملاحظة: المجموعتان 2A و2B هما مجموعتان فرعيتان من المجموعة 2، ولذلك لا يُنصح باستخدامهما مع المجموعة 2؛ يمكن دمج المجموعتين 2A و2B للحصول على ما مجموعه 48 مؤشرًا فريدًا مزدوجًا (UDI). س: هل يمكن استخدام بادئات NEBNext® LV الفريدة ذات المؤشر المزدوج لمعالجة ظاهرة "قفز المؤشر" في خلايا التدفق المنقوشة بتقنية Illumina®؟ ج: نعم. صُممت أزواج البادئات الفريدة ذات الفهرس المزدوج (UDI) لتسهيل التسلسل على خلايا التدفق المنقوشة لأجهزة Illumina حيث يمثل تبديل الفهرس مشكلة. تسمح التركيبات الفريدة للفهارس المزدوجة بتحديد القراءات التي تم تبديل فهارسها وتصفيتها بالكامل. س: هل بادئات NEBNext® LV الفريدة ذات الفهرس المزدوج هي نفسها بادئات NEBNext Multiplex Oligos لأجهزة Illumina®؟ ج: لا. تم تحسين حجم بادئات NEBNext LV الفريدة ذات الفهرس المزدوج للاستخدام مع مجموعات تحضير المكتبات الأحدث، بما في ذلك مجموعة NEBNext Enzymatic 5hmC-seq (NEB #E3350) ومجموعة NEBNext Enzymatic Methyl-seq V2 (NEB #E8015). لا تتضمن منتجات بادئات NEBNext LV الفريدة ذات الفهرس المزدوج محولًا، ويتم توفير المحول المطلوب في مجموعات تحضير المكتبات المتوافقة. تتطابق مؤشرات i5 و i7 المزدوجة الفريدة المرتبطة بكل بئر في مجموعة NEBNext LV Unique Dual Index Primers Set 3 (NEB #E3404S) مع تلك الموجودة في لوحة 96 بئراً من NEBNext Multiplex Oligos for Illumina (96 Unique Dual Index Primer Pairs Set 3) (NEB #E6444). أما مؤشرات NEBNext LV Unique Dual Index Primers Set 2B (NEB #E3392S) فهي مجموعة فرعية من NEBNext Multiplex Oligos for Illumina (96 Unique Dual Index Primer Pairs Set 2) (NEB #E6442). س: هل تم التحقق من صحة مؤشرات NEBNext® LV Unique Dual Index Primers لسير عمل EM-seq™ v2 أو E5hmC-seq™؟ ج: نعم. تخضع مؤشرات LV (منخفضة الحجم) لاختبارات مكثفة لضمان الأداء الأمثل مع مجموعات تحضير المكتبات التي تتطلبها. يشمل ذلك EM-seq v2 وE5hmC-seq. س: ما هو تركيز بادئات الفهرسة في بادئات الفهرسة المزدوجة الفريدة NEBNext® LV؟ ج: تُقدم بادئات الفهرسة المزدوجة الفريدة NEBNext® LV بتركيز 10 ميكرومولار. س: ما هي كمية البادئات اللازمة لتفاعل واحد في كل بئر من بادئات الفهرسة المزدوجة الفريدة NEBNext® LV؟ ج: صُممت صفائح بادئات الفهرسة المزدوجة الفريدة NEBNext® LV للاستخدام لمرة واحدة. على الرغم من وجود كمية كافية من البادئات في كل بئر لتفاعل واحد فقط، إلا أنه يتم توفير كمية إضافية لضمان كفاية الكمية. نوصي بشدة بعدم استخدام أي بادئات متبقية لتجنب التلوث المتبادل مع بادئات الفهرسة الأخرى. س: هل يمكنني استخدام صفيحة البادئات ذات 96 بئرًا المرفقة مع بادئات الفهرسة المزدوجة الفريدة NEBNext® LV لإجراء تفاعلات PCR؟ ج: لا، لا نوصي باستخدام صفيحة الـ 96 بئرًا التي تُعبأ فيها البادئات. على الرغم من وجود كمية كافية من البادئات في كل بئر لتفاعل واحد فقط، فإننا نوفر كمية إضافية لضمان كفاية الكمية. قد تؤدي هذه الكمية الإضافية من البادئات إلى تكوين ثنائيات البادئات أثناء تفاعل البلمرة المتسلسل (PCR). س: هل أحتاج إلى إضافة بادئات تسلسل مخصصة عند تسلسل المكتبات المُصنعة باستخدام بادئات NEBNext® LV Unique Dual Index على أجهزة تسلسل Illumina®؟ ج: لا. المكتبات المُصنعة باستخدام بادئات NEBNext LV Unique Dual Index متوافقة تمامًا مع بروتوكولات تسلسل Illumina لمكتبات TruSeq® HT. بالنسبة لأنظمة HiSeq® أو HiScan®SQ أو GAIIx على خلايا التدفق أحادية القراءة، يجب طلب صندوق بادئات التسلسل TruSeq Dual Index، أحادي القراءة (صندوق للاستخدام لمرة واحدة) (رقم كتالوج Illumina: FC-121-1003) بشكل منفصل عند استخدام كلا المؤشرين. لا يلزم استخدام هذا الصندوق الإضافي مع نظام MiSeq® أو على خلايا التدفق ذات النهايات المزدوجة لأجهزة HiSeq وHiScanSQ وGAIIx. يُرجى مراجعة موقع Illumina الإلكتروني للاطلاع على المعلومات الكاملة. س: هل يُمكنني إجراء عمليات قراءة مفردة والحصول على تسلسلي الفهرسة؟ هل يُمكنني تشغيل كلٍ من وصفات القراءة المفردة والقراءة المزدوجة مع مكتبات ذات فهرسة مزدوجة؟ ج: نعم. يُرجى تحديد سير العمل المناسب بناءً على نوع خلية التدفق (قراءة مفردة أو قراءة مزدوجة) عند بدء التشغيل لضمان استخدام الكيمياء الصحيحة. في حال استخدام خلية تدفق للقراءة المفردة، فإن صندوق TruSeq Dual Index Sequencing Primer Box، للقراءة المفردة (صندوق للاستخدام لمرة واحدة) (رقم الكتالوج FC-121-1003) ضروري لتسلسل قراءتي الفهرسة. مُقتبس من موقع Illumina الإلكتروني. س: ما هي التسلسلات التي يجب تقليمها لمكتبات NEBNext التي يتم تسلسلها على جهاز Illumina؟ ج: تشبه مكتبات NEBNext الخاصة بـ Illumina مكتبات TruSeq، ويمكن تقليمها مثل TruSeq: قراءة المحول 1 AGATCGGAAGAGCACACGTCTGAACTCCAGTCA قراءة المحول 2 AGATCGGAAGAGCGTCGTGTAGGGAAAGAGTGT س: ماذا أفعل إذا تلقيت خطأ تصادم الفهرس/تصادم الباركود؟ ج: إذا تلقيت خطأ تصادم الفهرس عند فك تشفير NEBNext Multiplex Oligos، فقم بالترقية إلى: إصدار البرنامج Bclconvert 4.1.7 أو أحدث، أي إصدار من Bcl2fastq، أي إصدار من Picard، أي إصدار من IlluminaBasecallsToSam. تواصل مع الدعم الفني إذا كانت لديك أسئلة أخرى.