نيو إنجلاند بيولابس، E3436S، وحدة فهرسة متكاملة لـ NEBNext Flu A

وحدة NEBNext Flu A المتكاملة لتسلسل الفهرسة مخصصة للاستخدام في تخليق الحمض النووي المكمل (cDNA) وتضخيمه وإعداد المكتبات قبل تسلسل فيروس الإنفلونزا A (Flu A). المكتبات المُنشأة باستخدام هذه الوحدة مُخصصة للتسلسل باستخدام تقنيات Oxford Nanopore. التصنيفات ذات الصلة: الأمراض المعدية وتسلسل ARTIC، تسلسل الإنفلونزا، تسلسل الجيل التالي. الأسئلة الشائعة حول إعداد المكتبات: س: ما هي الكواشف الإضافية المطلوبة لتخليق الحمض النووي المكمل (cDNA) وتضخيمه باستخدام وحدة NEBNext Flu A المتكاملة لتسلسل الفهرسة (NEB #E3436)؟ ج: توصي NEB باستخدام وحدة NEBNext Flu A المتكاملة لتسلسل الفهرسة مع مجموعة LunaScript® Multiplex One-Step RT-PCR Kit (NEB #E1555). يمكن الاطلاع على بروتوكول استخدام هذه الكواشف لتوليد مُضخّمات فيروس الإنفلونزا A هنا. س: أين يمكنني العثور على تسلسلات بادئات الفهرسة المتكاملة NEBNext Flu A (NEB #E3436)؟ ج: يمكن العثور على تسلسلات بادئات الفهرسة المتكاملة NEBNext Flu A هنا: https://github.com/nebiolabs/NEBNextFluA. س: ما هي سلالات الإنفلونزا A التي يمكن استهدافها باستخدام بادئات الفهرسة المتكاملة NEBNext Flu A (NEB #E3436)؟ ج: يمكن استخدام خاصية الاستهداف الشامل للإنفلونزا A في البادئات المضمنة في هذه المجموعة لتحديد وتسلسل مجموعة من سلالات الإنفلونزا A، مثل H3N2 وH1N1 وH5N1، من مصادر مضيفة مختلفة (مثل الإنسان والطيور والأبقار، إلخ). س: ما هي كواشف وبروتوكولات تحضير المكتبة التي يمكن استخدامها لتسلسل مضخمات الحمض النووي التكميلي (cDNA) المُصنعة باستخدام وحدة بادئات الفهرسة المتكاملة NEBNext Flu A (NEB #E3436)؟ ج: تتوافق الفهارس المدمجة الملحقة بمضخمات الحمض النووي التكميلي (cDNA) لفيروس الإنفلونزا A مع تسلسل القراءة الطويلة على منصات ONT وبروتوكولات فك ترميز ONT Native Barcoding. كما يمكن العثور هنا على البروتوكول والكواشف اللازمة لتسلسل مضخمات NEBNext لفيروس الإنفلونزا A على منصات Oxford Nanopore Technologies. في حال تجزئة مضخمات الحمض النووي التكميلي (cDNA) (التي يتراوح طولها بين 900 و2500 زوج قاعدي) ومعاملتها كمدخلات حمض نووي غير مفهرسة، يمكن استخدامها في تقنيات تسلسل القراءة القصيرة. لإجراء تسلسل القراءات القصيرة على منصات Illumina، توصي NEB باستخدام وحدة NEBNext Flu A Integrated Indexing Primer Module مع مجموعة LunaScript® Multiplex One-Step RT-PCR Kit (NEB #E1555)، ومجموعة NEBNext UltraExpress® FS DNA Library Prep Kit (NEB #E3340)، ومجموعة NEBNext® Multiplex Oligos for Illumina® (96 زوجًا فريدًا من بادئات الفهرسة المزدوجة، المجموعة 1-5) (انظر neb.com/oligos). اتبع التعليمات الواردة في القسم 1 من دليل وحدة NEBNext Flu A Integrated Indexing Primer Module لإنشاء cDNA، ثم اتبع دليل مجموعة UltraExpress® FS DNA Library Prep Kit لإعداد مكتبات Illumina Flu A. سؤال: هل هناك نطاق مُوصى به لقيمة Ct لمدخلات Flu A عند استخدام وحدة NEBNext Flu A Integrated Primer Module (NEB #E3436)؟ جواب: توصي NEB بمدخلات لا تقل عن 1000 نسخة جينوم. نظرًا لاختلاف قيم Ct باختلاف نوع التحليل والجينوم المستهدف، لا يوجد لدينا نطاق محدد لقيم Ct. س: ما هو الحد الأدنى لعمق القراءة المطلوب لتسلسل فيروس الإنفلونزا A عند استخدام وحدة NEBNext Flu A Integrated Indexing Primer Module (NEB #E3436)؟ ج: بالنسبة لتسلسل ONT على خلية تدفق MinION، توصي NEB بحد أدنى لعمق القراءة يبلغ 100,000 قراءة لكل مكتبة فيروس الإنفلونزا A. أما بالنسبة لتسلسل Illumina، فتوصي NEB بحد أدنى لعمق القراءة يبلغ 0.5 مليون قراءة PE لكل مكتبة فيروس الإنفلونزا A. س: ما هي أنواع العينات التي يمكن استخدام وحدة NEBNext Flu A Integrated Indexing Primer Module (NEB #E3436) معها؟ ج: تم التحقق من صحة بروتوكولات الاستخدام مع وحدة NEBNext Flu A Integrated Indexing Primer Module باستخدام قوالب gRNA عالية الجودة ومتوفرة تجاريًا. تشمل أنواع العينات الإضافية التي تم اختبارها عزلات الحمض النووي الريبوزي (RNA) من مزارع الخلايا، والحمض النووي الريبوزي المستخلص من العينات السريرية (مثل مسحات البلعوم الأنفي). س: ما هي طرق الاستخلاص الموصى بها للاستخدام في سير عمل تسلسل NEBNext Flu A عند استخدام وحدة NEBNext Flu A المتكاملة للبادئات (NEB #E3436)؟ ج: يُوصى باستخدام الحمض النووي الريبوزي المعزول باستخدام مجموعة استخلاص الحمض النووي الفيروسي Monarch® Mag (NEB #T4010S) ومجموعة Monarch® Spin RNA Isolation Kit (Mini) (NEB #T2110). كما يمكن استخدام طرق استخلاص الحمض النووي الريبوزي الأخرى القائمة على الخرز والأعمدة. س: تتضمن مجموعات ONT SQK-LSK114 خرز AMPure® XP، ولكن هل هناك حاجة إلى خرز إضافي لتشغيل سير عمل تحضير مكتبة ONT® باستخدام وحدة NEBNext Flu A المتكاملة للبادئات الفهرسة (NEB #E3436)؟ ج: اعتبارًا من أواخر عام 2025، تأتي مجموعات ONT® SQK-LSK114 مزودة بـ 1200 ميكرولتر من خرز AMPure XP، وهو حجم كافٍ لتشغيل سير عمل تحضير مكتبة NEBNext Flu A Integrated Indexing ONT®. أما مجموعات SQK-LSK114-XL فلا تحتوي على خرز تنقية العينات.