نيو إنجلاند بيولابس، E6320S، مجموعة تسلسل المناعة NEBNext® (بشري)

تم إيقاف إنتاج الحجم الكبير من هذا المنتج في 15 ديسمبر 2025. وسيظل الحجم الصغير متوفرًا. الفئات ذات الصلة: تسلسل الإنفلونزا، تسلسل الجيل التالي، تحضير المكتبة، الأسئلة الشائعة : س: ما أنواع العينات التي يمكن استخدامها مع مجموعة NEBNext لتسلسل المناعة (البشري) (NEB #E6320)؟ ج: يمكن استخدام الحمض النووي الريبوزي (RNA) من مصادر متنوعة مع مجموعة NEBNext لتسلسل المناعة (البشري)، بما في ذلك: الحمض النووي الريبوزي عالي الجودة من الخلايا البائية أو التائية. يجب أن يكون للحمض النووي الريبوزي درجة RIN ≥ 7 لتوفير أعلى نسبة من النسخ الكاملة لبناء المكتبة. عند استخدام الحمض النووي الريبوزي بدرجات RIN < 4، يتم تقليل تعقيد المكتبة بشكل كبير. الحمض النووي الريبوزي من أي عينة بشرية تحتوي على خلايا بائية أو تائية، مثل خلايا الدم المحيطية أحادية النواة (PBMC) أو الأنسجة. الحمض النووي الريبوزي المستخلص من كريات الخلايا المجمدة، أو الخلايا المستنبتة، أو الخلايا المصنفة لأنواع محددة من الخلايا البائية أو التائية. س: هل تعمل مجموعة NEBNext لتسلسل المناعة (البشري) (NEB #E6320) مع الأنواع غير البشرية؟ ج: لا، لا تتضمن هذه المجموعة بادئات خاصة بالأنواع غير البشرية (مثل الفأر). للاطلاع على بادئات الفأر، يُرجى الرجوع إلى مجموعة NEBNext لتسلسل المناعة (الفأر) (NEB #E6330). س: هل يُمكنني استخدام أنسجة FFPE مع مجموعة NEBNext لتسلسل المناعة (البشري) (NEB #E6320)؟ ج: من غير المرجح أن يكون الحمض النووي الريبوزي (RNA) المُستخلص من أنسجة FFPE بجودة كافية لإنشاء مكتبات تسلسل مناعي عالية الجودة. س: ما نوع طريقة استخلاص الحمض النووي الريبوزي (RNA) التي يجب استخدامها قبل استخدام مجموعة NEBNext لتسلسل المناعة (البشري) (NEB #E6320)؟ ج: معظم بروتوكولات استخلاص الحمض النووي الريبوزي (RNA) الشائعة كافية، ومع ذلك، نوصي باستخدام مجموعة Monarch® Total RNA Miniprep Kit (NEB #T2010). س: ما هي معايير التسلسل التي يجب استخدامها مع هذه المكتبات؟ ج: يجب إجراء التسلسل على جهاز Illumina® MiSeq™، باستخدام تقنية التسلسل Illumina V3. نوصي بتشغيل 300 زوج قاعدي × 300 زوج قاعدي، إن أمكن (باستخدام مجموعة كواشف V3 MiSeq ذات 600 دورة)، مع وضع قراءة الفهرس بين القراءة الأولى والثانية. س: ما هو عمق التسلسل المطلوب لمكتبات التسلسل المناعي؟ ج: يعتمد عمق التسلسل المطلوب بشكل كبير على الأسئلة البيولوجية التي يُراد الإجابة عنها. عادةً، يُعد 500,000 قراءة لكل مكتبة نقطة انطلاق جيدة لمعظم المشاريع لتحقيق تشبع في الكشف عن 3000-4000 نمط مستنسخ. إذا كان تنوع ذخيرة المناعة في عينة الحمض النووي الريبوزي (RNA) أعلى، فستكون هناك حاجة إلى المزيد من قراءات التسلسل للكشف عن جميع الأنماط المستنسخة منخفضة التردد. س: ما هي الرموز الشريطية التي يجب تسلسلها معًا؟ ج: الرموز الشريطية المرفقة مع المجموعة هي جزء من NEBNext® Multiplex Oligos for Illumina® (مجموعة البادئات المزدوجة 1، NEB #E7600). يمكنك اتباع دليل المنتج لاختيار الرموز الشريطية لتجميع المكتبات. س: كيف أحلل البيانات الناتجة عن مكتبات التسلسل المناعي؟ ج: هناك العديد من الأدوات المتاحة للجمهور لإجراء تحليل البيانات. نوصي باستخدام مجموعة أدوات pRESTO، المتوافقة مع بيانات مجموعة NEBNext® للتسلسل المناعي، بما في ذلك فك تشفير المعرف الجزيئي الفريد (UMI). لقد قمنا بتطبيق مسار pRESTO على منصة Galaxy للاستخدام العام. يرجى زيارة هذا الرابط للاطلاع على المسار، والرجوع إلى البرنامج التعليمي الخاص بنا إذا كنت جديدًا على منصة Galaxy. س: ليس لدي جهاز qPCR. هل لا يزال بإمكاني استخدام مجموعة NEBNext للتسلسل المناعي (البشري) (NEB #E6320)؟ ج: خطوة qPCR اختيارية؛ يُستخدم هذا فقط لتحديد ظروف دورات تفاعل البوليميراز المتسلسل (PCR) النهائية المثلى، حيث يمكن أن تحتوي كل عينة على كميات متفاوتة من الجزيئات القابلة للتضخيم. يمكن تحقيق نتيجة مماثلة عن طريق أخذ جزء من تفاعل PCR يدويًا كل 5 دورات، وتصوير كل جزء بتخفيفه 5 مرات وتحميله على جهاز Agilent Bioanalyzer® أو TapeStation™ لتحديد عدد الدورات الأمثل الذي يُنتج أعلى كمية من الناتج مع أقل قدر من التشويش والتضخيم الزائد. عادةً، تُضخّم معظم العينات بشكل أفضل في نطاق 6-18 دورة، اعتمادًا على كمية الحمض النووي الريبوزي (RNA) المُدخلة. س: هل أحتاج إلى إجراء خطوة qPCR في كل مرة؟ ج: من الأفضل إجراء خطوة qPCR في كل مرة يتم فيها استخدام عينة RNA جديدة و/أو تحضير نوع جديد من المكتبة (مثل مستقبلات الخلايا البائية مقابل مستقبلات الخلايا التائية مقابل كليهما). عند تحضير مكتبة مُكررة، يمكن استخدام نفس عدد دورات PCR كما في التحضير الأصلي. س: هل أحتاج إلى استخلاص المكتبة النهائية باستخدام الجل؟ ج: وجدنا أن استخلاص الجل غير ضروري لمعظم المكتبات. عادةً ما يكون التنظيف باستخدام خرز SPRI أو خرز AMPure® كافيًا في النهاية. س: ما هي البادئات الخاصة بجينات الخلايا البائية والخلايا التائية المضمنة في مجموعة NEBNext لتسلسل المناعة (البشرية) (NEB #E6320)؟ ما هو شكل البادئات؟ ج: تتضمن مجموعة NEBNext لتسلسل المناعة (البشرية) بادئات للسلسلة الثقيلة والخفيفة للخلايا البائية (IGH/K/L)، وبادئات للسلسلة ألفا وبيتا للخلايا التائية (TRA/B). تُقدم البادئات المضمنة في هذه المجموعة في أنبوبين. يحتوي أحد الأنبوبين على بادئات للسلسلة الثقيلة والخفيفة للخلايا البائية (IGH/K/L). ويحتوي الأنبوب الآخر على بادئات للسلسلة ألفا وبيتا للخلايا التائية (TRA/B). س: هل ستعمل مجموعة NEBNext لتسلسل المناعة (البشرية) (NEB #E6320) مع الحمض النووي DNA؟ ج: هذه المجموعة مُصممة خصيصًا لاستهداف الحمض النووي الريبوزي (RNA) فقط. قد يوجد الحمض النووي (DNA) في العينة، لكن لن يتم تضخيمه بواسطة البادئات المُضمنة في المجموعة. س: هل تُوفر مجموعة NEBNext لتسلسل المناعة (البشري) (NEB #E6320) معلومات حول اقتران السلاسل الثقيلة والخفيفة؟ ج: لا، تستخدم هذه المجموعة الحمض النووي الريبوزي الكلي المُستخلص من العينة المطلوبة؛ لذلك، ستُفقد معلومات الخلية الواحدة حول اقتران السلاسل الثقيلة والخفيفة.