مختبرات نيو إنجلاند بيولابس، E6330S، مجموعة تسلسل المناعة NEBNext® (الفأر)

تم إيقاف إنتاج الحجم الكبير من هذا المنتج في 15 ديسمبر 2025. وسيظل الحجم الصغير متوفرًا. الفئات ذات الصلة: تسلسل الإنفلونزا، تحضير مكتبة تسلسل الجيل التالي، الأسئلة الشائعة : س: ما أنواع العينات التي يمكن استخدامها مع مجموعة NEBNext لتسلسل المناعة (الفأر) (NEB #E6330)؟ ج: يمكن استخدام الحمض النووي الريبوزي (RNA) من مصادر متنوعة مع مجموعة NEBNext لتسلسل المناعة (الفأر)، بما في ذلك: الحمض النووي الريبوزي عالي الجودة من الخلايا البائية أو التائية. يجب أن يكون للحمض النووي الريبوزي درجة RIN ≥ 7 لتوفير أعلى نسبة من النسخ الكاملة لبناء المكتبة. عند استخدام الحمض النووي الريبوزي بدرجات RIN < 4، يتم تقليل تعقيد المكتبة بشكل كبير. الحمض النووي الريبوزي من أي عينة فأر تحتوي على خلايا بائية أو تائية، مثل خلايا الدم المحيطية أحادية النواة (PBMC) أو الأنسجة. الحمض النووي الريبوزي المستخلص من كريات الخلايا المجمدة، أو الخلايا المستنبتة، أو الخلايا المصنفة لأنواع محددة من الخلايا البائية أو التائية. س: هل تعمل مجموعة NEBNext لتسلسل المناعة (الفأر) (NEB #E6330) مع أنواع أخرى غير الفئران؟ ج: لا، لا تتضمن مجموعة الفئران بادئات خاصة بالأنواع الأخرى (مثل البادئات البشرية). للاطلاع على البادئات البشرية، يُرجى الرجوع إلى مجموعة NEBNext لتسلسل المناعة (البشر) (NEB #E6320). س: هل يمكنني استخدام أنسجة مثبتة بالفورمالين ومضمنة في البارافين (FFPE) مع مجموعة NEBNext لتسلسل المناعة (الفأر) (NEB #E6330)؟ ج: من غير المرجح أن يكون الحمض النووي الريبوزي (RNA) المستخلص من أنسجة FFPE بجودة كافية لإنشاء مكتبات تسلسل مناعي عالية الجودة. س: ما نوع طريقة استخلاص الحمض النووي الريبوزي (RNA) التي يجب استخدامها قبل استخدام مجموعة NEBNext لتسلسل المناعة (الفأر) (NEB #E6330)؟ ج: معظم بروتوكولات استخلاص الحمض النووي الريبوزي (RNA) الشائعة كافية، ولكننا نوصي باستخدام مجموعة Monarch® Total RNA Miniprep Kit (NEB #T2010). س: ما هي معايير التسلسل التي يجب استخدامها مع هذه المكتبات؟ ج: يجب إجراء التسلسل على جهاز Illumina® MiSeq™، باستخدام تقنية التسلسل Illumina V3. نوصي بتشغيل 300 زوج قاعدي × 300 زوج قاعدي، إن أمكن (باستخدام مجموعة كواشف V3 MiSeq ذات 600 دورة)، مع وضع قراءة الفهرس بين القراءة الأولى والثانية. س: ما هو عمق التسلسل المطلوب لمكتبات التسلسل المناعي؟ ج: يعتمد عمق التسلسل المطلوب بشكل كبير على الأسئلة البيولوجية التي يُراد الإجابة عنها. عادةً، يُعد 500,000 قراءة لكل مكتبة نقطة انطلاق جيدة لمعظم المشاريع لتحقيق تشبع في الكشف عن 3000-4000 نمط مستنسخ. إذا كان تنوع ذخيرة المناعة في عينة الحمض النووي الريبوزي (RNA) أعلى، فستكون هناك حاجة إلى المزيد من قراءات التسلسل للكشف عن جميع الأنماط المستنسخة منخفضة التردد. س: ما هي الرموز الشريطية التي يجب تسلسلها معًا؟ ج: الرموز الشريطية المرفقة مع المجموعة هي جزء من NEBNext® Multiplex Oligos for Illumina® (مجموعة البادئات المزدوجة 1، NEB #E7600). يمكن اتباع دليل المنتج لاختيار الرموز الشريطية لتجميع المكتبات. س: ليس لدي جهاز qPCR، هل يمكنني استخدام مجموعة NEBNext Immune Sequencing Kit (الفأر) (NEB #E6330)؟ ج: خطوة qPCR اختيارية؛ تُستخدم فقط لتحديد ظروف دورة تفاعل البوليميراز المتسلسل (PCR) النهائية المثلى، حيث يمكن أن تحتوي كل عينة على كميات متفاوتة من الجزيئات القابلة للتضخيم. يمكن الحصول على نتيجة مماثلة عن طريق أخذ جزء من تفاعل PCR يدويًا كل 5 دورات، وتصوير كل جزء بتخفيفه 5 مرات وتحميله على جهاز Agilent Bioanalyzer® أو TapeStation™ لتحديد عدد الدورات الأمثل الذي ينتج عنه أعلى كمية من المنتج مع أقل قدر من التشويش والتضخيم الزائد. عادةً، تُضخّم معظم العينات بشكل أفضل في نطاق 6-18 دورة، وذلك حسب كمية الحمض النووي الريبوزي (RNA) المُدخلة. س: كيف أحلل البيانات الناتجة عن مكتبات التسلسل المناعي؟ ج: تتوفر العديد من الأدوات العامة لتحليل البيانات. نوصي باستخدام مجموعة أدوات pRESTO، المتوافقة مع بيانات مجموعة NEBNext® للتسلسل المناعي، بما في ذلك فك تشفير المعرّف الجزيئي الفريد (UMI). لقد قمنا بتطبيق مسار عمل pRESTO على منصة Galaxy للاستخدام العام. يُرجى زيارة هذا الرابط للاطلاع على مسار العمل، والرجوع إلى دليلنا التعليمي إذا كنت جديدًا على منصة Galaxy. س: هل أحتاج إلى إجراء خطوة qPCR في كل مرة؟ ج: من الأفضل إجراء خطوة qPCR في كل مرة يتم فيها استخدام عينة RNA جديدة و/أو تحضير نوع جديد من المكتبات (مثل مستقبلات الخلايا البائية مقابل مستقبلات الخلايا التائية مقابل كليهما). عند تحضير مكتبة مُكررة، يمكن استخدام نفس عدد دورات PCR كما في التحضير الأصلي. س: هل أحتاج إلى استخلاص مكتبتي النهائية باستخدام الجل؟ ج: وجدنا أن استخلاص الجل غير ضروري لمعظم المكتبات. عادةً ما يكون التنظيف باستخدام خرز SPRI أو خرز AMPure® كافيًا في النهاية. س: ما هي البادئات الخاصة بجينات الخلايا البائية والخلايا التائية المضمنة في مجموعة NEBNext لتسلسل المناعة (الفأر) (NEB #E6330)؟ ما هو شكل البادئات؟ ج: تتضمن مجموعة NEBNext لتسلسل المناعة (الفأر) بادئات للسلسلة الثقيلة والخفيفة للخلايا البائية (IGH/K/L)، وبادئات للسلسلة ألفا، وبيتا، وجاما، ودلتا للخلايا التائية (TRA/B/G/D). تُقدم البادئات المضمنة في هذه المجموعة في أنبوبين. يحتوي أحد الأنبوبين على بادئات للسلسلة الثقيلة والخفيفة للخلايا البائية (IGH/K/L). ويحتوي الأنبوب الآخر على بادئات للسلسلة ألفا وبيتا للخلايا التائية (TRA/B). س: هل تعمل مجموعة NEBNext لتسلسل المناعة (الفأر) (NEB #E6330) مع الحمض النووي DNA؟ ج: هذه المجموعة مُحسَّنة لاستهداف الحمض النووي RNA فقط. قد يكون الحمض النووي DNA موجودًا في العينة، لكن لن يتم تضخيمه بواسطة البادئات المضمنة في المجموعة. س: هل توفر مجموعة NEBNext لتسلسل المناعة (الفأر) (NEB #E6330) معلومات عن اقتران السلاسل الثقيلة والخفيفة؟ ج: لا، تستخدم هذه المجموعة الحمض النووي RNA الكلي المستخلص من العينة المطلوبة؛ لذلك، ستُفقد معلومات الخلية الواحدة المتعلقة باقتران السلاسل الثقيلة والخفيفة.