نيو إنجلاند بيولابس، E6448L، NEBNext® Multiplex Oligos for Illumina® (96 زوجًا فريدًا من البادئات ذات الفهرس المزدوج، المجموعة 5)

لتحقيق مرونة مثالية في سير العمل، تتوفر جزيئات NEBNext Multiplex Oligos بشكل منفصل عن مجموعات تحضير المكتبات، حيث توفر محولات وبادئات لإنتاج مكتبات Illumina متعددة عالية الإنتاجية. يتميز محول NEBNext ببنية حلقة دبوسية فريدة تقلل من تكوين ثنائي المحول، بينما تُمكّن بادئات NEBNext index PCR من دمج الفهرس (الباركود) أثناء تضخيم المكتبة. تتضمن هذه المجموعة الخامسة من الفهارس المزدوجة الفريدة (UDIs) 96 زوجًا فريدًا من بادئات الفهرس (i5 وi7) ممزوجة مسبقًا، معبأة في صفيحة ذات 96 بئرًا للاستخدام لمرة واحدة مع غطاء من رقائق معدنية قابلة للثقب. الفئات ذات الصلة : تحضير مكتبات تسلسل الجيل التالي، الأسئلة الشائعة: س: هل تم التحقق من صحة محولات وبادئات NEBNext الخاصة بـ Illumina في سير عمل تسلسل الجيل التالي؟ ج: نعم، تم التحقق من صحة محولات وبادئات NEBNext الخاصة بـ Illumina من خلال إنشاء مكتبات الحمض النووي الجينومي، ومكتبات الرقائق، بالإضافة إلى مكتبات mRNA البشري، متبوعة بتسلسل Illumina. س: ما هو تركيز المحول والبادئات في مجموعات NEBNext Multiplex Oligos؟ ج: تركيز المحول 15 ميكرومولار، وتركيز مزيج البادئات 10 ميكرومولار (5 ميكرومولار لكل بادئة). س: هل يمكنني استخدام صفيحة البادئات ذات 96 بئرًا لإجراء تفاعلات PCR عند استخدام NEBNext® Multiplex Oligos for Illumina®؟ ج: لا، لا نوصي باستخدام صفيحة البادئات ذات 96 بئرًا. على الرغم من وجود كمية كافية من البادئات في كل بئر لتفاعل واحد فقط، إلا أننا نوفر كمية زائدة لضمان كفاية الكمية. قد تؤدي هذه الكمية الزائدة من البادئات إلى تكوين ثنائيات البادئات أثناء تفاعل PCR. س: ما هي كمية المحول التي تكفي لتفاعل واحد على الأقل في كل بئر؟ ج: يتم توفير كمية كافية من المحول لتفاعل واحد على الأقل عند أعلى مدخلات من الحمض النووي الريبي (RNA) وهي 1 ميكروغرام. س: هل محول NEBNext مثيل؟ ج: لا، محول NEBNext® الموجود في منتجات NEB #E6440، #E6442، #E6444، #E6446، و#E6448 غير مُمَثْيَل، وبالتالي فهو غير متوافق مع بروتوكولات تسلسل البيسلفيت. يتوفر إصدار مُمَثْيَل من محول NEBNext، بالإضافة إلى بادئات الفهرسة، في منتج NEB #E7535. س: هل يُمكنني إجراء عمليات قراءة مفردة والحصول على تسلسلي الفهرسة؟ هل يُمكنني تشغيل كلٍ من وصفات القراءة المفردة والقراءة المزدوجة باستخدام مكتبات ذات فهرسة مزدوجة؟ ج: نعم. يُرجى تحديد سير العمل المناسب بناءً على نوع خلية التدفق (قراءة مفردة أو قراءة مزدوجة) عند بدء التشغيل لضمان استخدام الكيمياء الصحيحة. في حال استخدام خلية تدفق للقراءة المفردة، يلزم استخدام صندوق بادئات تسلسل الفهرسة المزدوجة TruSeq، للقراءة المفردة (صندوق للاستخدام لمرة واحدة) (رقم الكتالوج FC-121-1003) لتسلسل قراءتي الفهرسة. مُقتبس من موقع Illumina الإلكتروني. س: هل المكتبات ذات الفهرسة المزدوجة متوافقة مع تسلسل القراءة المفردة؟ ج: نعم، تتوافق بادئات NEBNext Oligos الخاصة بـ Illumina، بما في ذلك بادئات الفهرسة المزدوجة، مع تسلسل القراءة المفردة. يُرجى الرجوع إلى دليل نظرة عامة على التسلسل المفهرس من Illumina (الإصدار الحالي) للاطلاع على تفاصيل سير عمل التسلسل ذي الفهرسة المزدوجة على خلية تدفق القراءة المفردة أو خلية تدفق القراءة المزدوجة. س: كم عدد الفهارس المتاحة مع بادئات NEBNext® Multiplex Oligos الخاصة بـ Illumina® (96 زوجًا فريدًا من بادئات الفهرسة المزدوجة) (NEB #E6440، E6442، E6444، E6446، وE6448)؟ ج: تتكون كل مجموعة من أزواج من 96 فهرس i5 فريدًا و96 فهرس i7 فريدًا. تحتوي كل بئر من صفيحة البادئات على زوج فريد من بادئة فهرس i5 وبادئة فهرس i7، مما يوفر 96 فهرسًا مزدوجًا فريدًا. عند استخدامها معًا، تُشكّل المجموعات الخمس مجتمعةً 480 مؤشرًا للتعدد. س: هل يُمكن استخدام أوليغومرات NEBNext Multiplex لـ Illumina (96 زوجًا فريدًا من بادئات الفهرسة المزدوجة) (NEB #E6440، #E6442، #E6444، #E6446، و#E6448) لمعالجة مشكلة "قفز الفهرسة" في خلايا التدفق المُنمّطة من Illumina؟ ج: نعم. صُمّمت أزواج بادئات الفهرسة المزدوجة الـ 96 الفريدة لتسهيل التسلسل على خلايا التدفق المُنمّطة لأجهزة Illumina حيث تُشكّل مشكلة قفز الفهرسة عائقًا. يسمح هذا المزيج الفريد من 96 مؤشرًا مزدوجًا بتحديد القراءات التي تم تبديل فهارسها وتصفيتها بالكامل. المرجع: https://bmcgenomics.biomedcentral.com/articles/10.1186/s12864-018-4703-0 س: ماذا أفعل إذا كانت ورقة العينات من موقع NEB.com الإلكتروني غير متوافقة مع إصدار البرنامج الذي أستخدمه؟ ج: إذا كانت ورقة العينات غير مناسبة لإصدار البرنامج لديك، يمكنك إنشاء ورقة عينات باستخدام برنامج Illumina Experiment Manager (IEM)، ثم نسخ تسلسلات الفهرسة من ورقة العينات الخاصة بنا ولصقها في ورقتك. ننصحك بالتواصل مع شركة Illumina لأي استفسارات حول كيفية استخدام IEM. س: ما هي مجموعات أزواج بادئات الفهرسة المزدوجة الفريدة من NEBNext التي يمكن دمجها في عملية تسلسل واحدة من Illumina؟ ج: يمكن دمج كل من NEB #E6440S/L وE6442S/L وE6444S/L وE6446S/L وE6448S/L. س: ما هي التسلسلات التي يجب تقليمها لمكتبات NEBNext التي يتم تسلسلها على جهاز Illumina؟ ج: تشبه مكتبات NEBNext الخاصة بـ Illumina مكتبات TruSeq ويمكن تقليمها مثل TruSeq: قراءة المحول 1 AGATCGGAAGAGCACACGTCTGAACTCCAGTCA قراءة المحول 2 AGATCGGAAGAGCGTCGTGTAGGGAAAGAGTGT س: ماذا أفعل إذا تلقيت خطأ تصادم الفهرس/تصادم الباركود؟ ج: إذا تلقيت خطأ تصادم الفهرس عند فك ترميز NEBNext Multiplex Oligos، فقم بالترقية إلى: إصدار البرنامج Bclconvert 4.1.7 أو أحدث Bcl2fastq أي إصدار Picard IlluminaBasecallsToSam أي إصدار تواصل مع الدعم الفني إذا كانت لديك أسئلة أخرى.