نيو إنجلاند بيولابس، E7103L، NEBNext® Ultra™ II تحضير مكتبة الحمض النووي مع خرز تنقية العينات

الفئات ذات الصلة: تحضير مكتبة الحمض النووي لتقنية Illumina، تحليل مثيلة الحمض النووي بواسطة تحويل البيسلفيت، أتمتة تحضير مكتبة NEBNext® NGS، المواد المطلوبة ( غير متوفرة ): 80% إيثانول (مُحضر حديثًا)، ماء خالٍ من النيوكلياز، محلول TE بتركيز 0.1X (1 مليمولار Tris-HCl، درجة الحموضة 8.0، 0.1 مليمولار EDTA)، أنابيب ربط الحمض النووي (Eppendorf #022431021)، أوليغومرات NEBNext المتعددة لتقنية Illumina (للاطلاع على القائمة الكاملة، تفضل بزيارة www.neb.com/oligos)، حامل أو صفيحة مغناطيسية (مثل حامل الفصل المغناطيسي NEBNext® (NEB #S1515S)، صفيحة Alpaqua® 96S المغناطيسية الفائقة (#A001322)، أو ما يعادلها)، جهاز تفاعل البوليميراز المتسلسل (PCR). اختياري: 10 مليمولار Tris-HCl، درجة الحموضة 8.0 أو Tris/NaCl، درجة الحموضة 8.0 (10 ملي مولار تريس، 10 ملي مولار كلوريد الصوديوم) (لتخفيف مُهايئ مدخلات الحمض النووي ≤ 100 نانوغرام) درجة حرارة التخزين: العبوة 1: مجموعة تحضير مكتبة الحمض النووي NEBNext Ultra II لـ Illumina - تُحفظ في درجة حرارة -20 درجة مئوية. العبوة 2: خرز تنقية العينات NEBNext - تُحفظ في درجة حرارة الغرفة. لا تُجمد. الأسئلة الشائعة : س: ما نوع تحضير العينات/بناء المكتبة الذي يُمكنني استخدام مجموعة تحضير مكتبة الحمض النووي NEBNext Ultra II لـ Illumina من أجله؟ ج: تتوافق مجموعة تحضير مكتبة الحمض النووي NEBNext Ultra II لـ Illumina مع البروتوكولات التي تتطلب وجود امتداد 3´ A على جزيئات المكتبة لتسهيل الربط بالمُهايئات التي تحتوي على امتداد 5´ T، مثل تحضير المكتبة للتسلسل على منصة Illumina. في الوقت الحالي، قمنا بالتحقق من صحة مجموعة تحضير مكتبة الحمض النووي Ultra II على منصة Illumina فقط. س: ما نوع وكمية المادة الأولية التي أحتاجها عند تحضير المكتبات باستخدام مجموعة NEBNext Ultra II لتحضير مكتبات الحمض النووي لـ Illumina؟ ج: يُوصى باستخدام 500 بيكوغرام إلى 1 ميكروغرام من الحمض النووي المقطّع. س: هل اختيار الحجم ضروري، وما هي الطريقة المُوصى بها؟ ج: نعم، نوصي باختيار الحجم باستخدام خرز SPRIselect أو AMPure XP عند تحضير المكتبات من مدخلات الحمض النووي التي تزيد عن 50 نانوغرام. لا يُوصى باختيار الحجم إذا كانت مدخلات الحمض النووي أقل من أو تساوي 50 نانوغرام. تتوافق مجموعة Ultra II أيضًا مع طرق اختيار الحجم الأخرى، بما في ذلك هلام الأغاروز وهلام E. يتضمن المنتج بروتوكولًا مفصلًا لاختيار الحجم، حيث يتراوح حجم قطعة الحمض النووي من 150 زوجًا قاعديًا إلى 500-700 زوجًا قاعديًا (حجم المكتبة النهائي 250-800 زوجًا قاعديًا). س: هل يُمكنني استخدام كواشف مجموعة NEBNext Ultra II لتحضير مكتبات الحمض النووي لـ Illumina لتحضير المكتبات للتسلسل على جهاز Ion Torrent PGM أو Proton؟ ج: لا. المحولات المُرفقة مع جهاز ThermoFisher Ion Torrent ذات نهايات غير لاصقة وليست ذات نهايات بارزة 5'-T. س: هل يُمكن لشركة NEB توفير أي من الكواشف اللازمة لخطوة توليد العناقيد أو لعملية التسلسل نفسها؟ ج: لا. س: هل هذه الكواشف متوفرة بتنسيق مُخصص، أو بتنسيق أكبر، أو بتنسيق 96 بئرًا؟ ج: نعم، يُمكننا توفير تنسيقات مُخصصة. يُرجى التواصل مع قسم تصنيع المعدات الأصلية (OEM) لدينا عبر البريد الإلكتروني custom@neb.com لمزيد من التفاصيل. س: أستخدم حاليًا خرز Agencourt Ampure XP. هل ستكون خرز تنقية العينات NEBNext بديلًا مناسبًا؟ ج: نعم، يُمكن لخرز تنقية العينات NEBNext أن يحل محل خرز Ampure في سير عملك. يُرجى اتباع بروتوكولات اختيار الحجم وتنظيف التفاعل في دليل مجموعة تحضير مكتبة الحمض النووي Ultra II. س: هل يُمكنني استخدام مجموعة NEBNext هذه مع محولات وبادئات من موردين آخرين غير NEB؟ ج: نعم، يُمكن استخدام المحولات والبادئات من موردين آخرين غير NEB مع مجموعة NEBNext هذه. يجب أن يكون المحول من نوع T overhang، وقد يكون مردود المكتبة النهائي أقل قليلاً من استخدام محولات NEBNext الخاصة بـ Illumina®. تتوفر تعليمات الاستخدام مع المحولات غير التابعة لـ NEBNext، كاملة الطول، والمُرمّزة، بالإضافة إلى بادئات PCR العالمية P5 وP7، في أدلة محولات NEBNext المفهرسة/UMI. يُمكن العثور على هذه الأدلة على الموقع الإلكتروني neb.com/E7416 (RNA) أو neb.com/E7395 (DNA). اختر دليل مجموعة NEBNext التي ستستخدمها. كُتبت هذه الأدلة خصيصًا لمحولات NEBNext المفهرسة/UMI، وينبغي أن يعمل البروتوكول نفسه مع محولات أخرى ذات تصميم مشابه. نوصي بإجراء تجربة أولية باستخدام مجموعة تحضير المكتبة والمحولات المفهرسة المطلوبة، واستخدام عينات قابلة للاستهلاك لتحسين ظروف التجربة. س: ماذا أفعل إذا رأيت راسبًا في محلول تفاعل تحضير نهايات الحمض النووي Ultra II؟ ج: من الشائع رؤية راسب أبيض في محلول إصلاح نهايات الحمض النووي Ultra II. في هذه الحالة، اترك المزيج حتى يصل إلى درجة حرارة الغرفة، ثم استخدم الماصة لسحب المحلول عدة مرات لتفتيت الراسب، ثم قم برجّه سريعًا باستخدام جهاز الخلط الدوامي. س: هل تتضمن المجموعة محولًا وبادئات؟ ج: لا. يمكن استخدام المجموعة مع NEBNext Multiplex Oligos for Illumina. للاطلاع على القائمة الكاملة، راجع مخطط اختيار NEBNext® Multiplex Oligos. للاستخدام مع مجموعات تحضير مكتبات NEBNext، راجع دليل مجموعة تحضير المكتبات. تحتوي الأدلة الخاصة بمجموعة oligo المتعددة أيضًا على نصائح لإعداد تفاعلات PCR. للاطلاع على خيارات موازنة الألوان، يرجى مراجعة NEBNext® Index Oligo Selector للاطلاع على تركيبات الباركود الصحيحة.