نيو إنجلاند بيولابس، E7416S، NEBNext® Multiplex Oligos for Illumina (Unique Dual Index UMI Adaptors RNA Set 1)

فئات ذات صلة بـ NEBNext: NEBNext® Multiplex Oligos (محولات وبادئات)، أسئلة وأجوبة حول تحضير مكتبات التسلسل من الجيل التالي: س: ما هي مزايا محولات UMI؟ ج: لتمثيل مستويات وفرة النسخ الحقيقية بشكل أفضل، يمكن استخدام المعرفات الجزيئية الفريدة (UMIs) لتمييز النسخ المكررة الناتجة عن تفاعل البوليميراز المتسلسل (PCR) عن القراءات التي تنشأ من جزيئات أصلية مختلفة. يمكن أن يؤثر التحديد الدقيق لهذه القطع الأثرية بشكل كبير على قياس وفرة النسخ، وبالتالي يؤثر على تحليلات التعبير التفاضلي، خاصةً للجينات منخفضة الوفرة. س: ما هي مجموعات تحضير المكتبات المتوافقة مع محولات NEBNext® Unique Dual Index UMI للحمض النووي الريبوزي (RNA)؟ ج: تتوافق محولات NEBNext® الفريدة ذات الفهرس المزدوج UMI للحمض النووي الريبوزي مع مجموعات تحضير مكتبة الحمض النووي الريبوزي NEBNext® Ultra II (NEB #E7760، #E7770) مع إثراء الحمض النووي الريبوزي الرسول متعدد الأدينين (NEB #E7490) أو استنفاد الحمض النووي الريبوزي الريبوسومي (NEB #E7400، NEB #E7490، #E6350، NEB #E7750، NEB #E7850). س: كيف يمكنني تقليل ثنائي المحول؟ ج: خلال خطوة الربط، يمكن خلط مزيج الربط الرئيسي ومعزز الربط قبل إعداد التفاعل، ولكن تأكد من عدم إضافة المحول إلى المزيج الرئيسي قبل إعداد التفاعل. احتفظ بجميع الكواشف والمحاليل المنظمة على الثلج ما لم يُذكر خلاف ذلك، وتأكد من إعداد تفاعل الربط على الثلج. من الشائع رؤية ثنائيات المحول عند المدخلات المنخفضة. في حال وجود ثنائي المحول، قم بتقليل حجم المكتبات إلى 50 ميكرولتر باستخدام محلول TE بتركيز 0.1x، ثم كرر خطوات تنظيف العينات باستخدام خرز SPRIselect أو خرز تنقية عينات NEBNext. بدلاً من ذلك، وخاصةً للمواد الثمينة أو ذات الكمية المنخفضة، يمكن تجميع العينات وإجراء عملية تنظيف ثانية باستخدام حجم 0.9x من الخرز قبل تحميلها على جهاز التسلسل. س: هل لديكم أوراق عينات للاستخدام مع NEBNext® Multiplex Oligos for Illumina® (مجموعة RNA من 96 محول UMI مزدوج الفهرسة الفريدة 1)؟ ج: نعم، تتوفر أوراق عينات تحتوي على تسلسلات الفهرسة لأجهزة NovaSeq® وMiSeq® وHiSeq® 2000 وHiSeq 2500، مع تضمين تسلسل UMI وبدونه. كما تتوفر أوراق عينات تحتوي على تسلسلات الفهرسة لأجهزة NextSeq® وMiniSeq® وHiSeq 3000 وHiSeq 4000، مع تضمين تسلسل UMI وبدونه. س: هل تم التحقق من صحة محولات NEBNext® الفريدة ذات الفهرس المزدوج UMI للحمض النووي الريبي (RNA) في سير عمل تسلسل الجيل التالي؟ ج: نعم، تم التحقق من صحة محولات NEBNext الفريدة ذات الفهرس المزدوج UMI لـ Illumina من خلال إنشاء مكتبات RNAseq، متبوعةً بتسلسل Illumina. س: هل محولات NEBNext® الفريدة ذات الفهرس المزدوج UMI للحمض النووي الريبي (RNA) متوافقة مع تسلسل القراءة المفردة وتسلسل النهاية المزدوجة؟ ج: نعم، محولات NEBNext® الفريدة ذات الفهرس المزدوج UMI للحمض النووي الريبي (RNA) لـ Illumina متوافقة مع كلٍ من تسلسل القراءة المفردة وتسلسل النهاية المزدوجة. س: ما هي تركيزات المحول والبادئات في المجموعة؟ ج: تركيز محول UMI الفريد ذي الفهرس المزدوج الموجود في مجموعة NEBNext® Unique Dual Index UMI Adaptors RNA Set 1 هو 1 ميكرومول، وتركيز مزيج بادئات تفاعل البوليميراز المتسلسل (PCR) هو 40 ميكرومول. س: كم عدد تفاعلات المحول الموجودة في كل بئر؟ ج: يتم توفير كمية كافية من المحول لإجراء تفاعل واحد على الأقل عند أعلى مدخلات من الحمض النووي الريبي (RNA) وهي 1 ميكروغرام. س: هل محول NEBNext مثيل؟ ج: لا، محول NEBNext® في NEB #E6440 و#E6442 و#E6444 و#E6446 و#E6448 غير مثيل، وبالتالي فهو غير متوافق مع بروتوكولات تسلسل البيسلفيت. يتم توفير نسخة مثيلة من محول NEBNext، بالإضافة إلى بادئات الفهرسة، في NEB #E7535. س: كم عدد الفهارس المتاحة مع NEBNext® Multiplex Oligos for Illumina® (مجموعة 96 محول UMI فريد مزدوج الفهرسة RNA 1) NEB #7416؟ ج: تتكون كل وحدة من 96 فهرسًا مزدوجًا فريدًا. تحتوي لوحة E7416S على 96 فهرس i5 فريدًا و96 فهرس i7 فريدًا مجتمعة. يقلل هذا المزيج من مؤشرات i5 و i7 الفريدة من تداخل المؤشرات. تحتوي مجموعة E7416L على أربع لوحات بنفس التوليفات الـ 96 الفريدة من مؤشرات i5 و i7. س: هل محول NEBNext® الفريد ذو المؤشر المزدوج UMI للحمض النووي الريبوزي متوافق مع مجموعات تحضير المكتبات من الشركات المصنعة الأخرى؟ ج: نعم، محول NEBNext® الفريد ذو المؤشر المزدوج UMI متوافق مع طرق تحضير المكتبات الأخرى غير منتجات NEBNext®. اتبع بروتوكولات الشركة المصنعة، مع استبدال محولات NEBNext UMI بالتركيزات المحددة من قبلها. س: هل المكتبات ذات المؤشر المزدوج متوافقة مع تسلسل الطرف الواحد؟ ج: نعم، قليل النوكليوتيدات NEBNext لـ Illumina، بما في ذلك قليل النوكليوتيدات ذو المؤشر المزدوج، متوافقة مع تسلسل القراءة المفردة. يرجى الرجوع إلى دليل نظرة عامة على التسلسل المفهرس من Illumina (الإصدار الحالي) للحصول على تفاصيل حول سير عمل التسلسل ذي المؤشر المزدوج على خلية تدفق القراءة المفردة أو خلية تدفق الطرفين المزدوجين. س: ما هي التسلسلات التي يجب تقليمها لمكتبات NEBNext التي يتم تسلسلها على جهاز Illumina؟ ج: تشبه مكتبات NEBNext الخاصة بـ Illumina مكتبات TruSeq ويمكن تقليمها مثل TruSeq: قراءة المحول 1 AGATCGGAAGAGCACACGTCTGAACTCCAGTCA قراءة المحول 2 AGATCGGAAGAGCGTCGTGTAGGGAAAGAGTGT س: ماذا أفعل إذا تلقيت خطأ تصادم الفهرس/تصادم الباركود؟ ج: إذا تلقيت خطأ تصادم الفهرس عند فك ترميز NEBNext Multiplex Oligos، فقم بالترقية إلى: إصدار البرنامج Bclconvert 4.1.7 أو أحدث Bcl2fastq أي إصدار Picard IlluminaBasecallsToSam أي إصدار تواصل مع الدعم الفني إذا كانت لديك أسئلة أخرى.