نيو إنجلاند بيولابس، E7626L، وحدة NEBNext® ARTIC SARS-CoV-2 RT-PCR

تم إيقاف إنتاج الحجم الصغير من هذا المنتج في 15 ديسمبر 2024. وسيظل الحجم الكبير (NEB #E7626L) متاحًا. الفئات ذات الصلة: منتجات NEBNext® ARTIC لتسلسل SARS-CoV-2، تحضير مكتبة الحمض النووي الريبي لمواصفات Illumina. المواد المطلوبة (غير متوفرة): 80% إيثانول (مُحضر حديثًا)، ماء خالٍ من النيوكلياز، أنابيب ربط الحمض النووي (Eppendorf® #022431021)، حامل مغناطيسي (NEB #S1515، Alpaqua®، رقم المنتج #A001322 أو ما يعادله)، جهاز تدوير حراري، خلاط دوامي، جهاز طرد مركزي دقيق، جهاز Agilent® Bioanalyzer® أو محلل شظايا مماثل والمواد الاستهلاكية المرتبطة به، أنابيب شرائح تفاعل البوليميراز المتسلسل الخالية من DNase وRNase (USA Scientific®1402-1708)، مجموعة كواشف SPRIselect® (Beckman Coulter, Inc. #B23317) أو خرز AMPure® XP (Beckman Coulter, Inc. #A63881). الأسئلة الشائعة : س: ما الفرق بين س: ما الفرق بين مزيج بادئات NEBNext VarSkip Short v2 SARS-CoV-2 ومزيج بادئات NEBNext VarSkip Short SARS-CoV-2 الأصلي؟ ج: تم تحسين مزيج بادئات NEBNext VarSkip Short v2 SARS-CoV-2 لزيادة تغطية متحور أوميكرون. في هذا المزيج (v2)، تم استبدال 10 بادئات، مما أثر على 7 أزواج من البادئات. س: ما الفرق بين مزيج بادئات NEBNext VarSkip v2 Short SARS-CoV-2 ومزيج بادئات NEBNext ARTIC SARS-CoV-2؟ ج: يعتمد مزيجا VarSkip Short v2 SARS-CoV-2، 1 و2، لتضخيم جينوم SARS-CoV-2 على تسلسلات hCoV-2019/nCoV-2019 الإصدار 3 (v3) مع تراكيز متوازنة من البادئات. صُممت مجموعتا NEBNext VarSkip Short v2 SARS-CoV-2، 1 و2، لتضخيم جينوم فيروس SARS-CoV-2، بهدف تقليل تأثير المتغيرات على كفاءة التضخيم. يبلغ طول مُضخّمات NEBNext ARTIC SARS-CoV-2 حوالي 400 زوج قاعدي، بينما يبلغ طول مُضخّمات NEBNext VarSkip Short v2 SARS-CoV-2 حوالي 550 زوج قاعدي. س: أين يمكنني العثور على معلومات تسلسل البادئات لمجموعتي NEBNext VarSkip Short v2 SARS-CoV-2 وNEBNext ARTIC SARS-CoV-2؟ ج: يمكن العثور على تسلسلات بادئات NEBNext VarSkip Short v2 SARS-CoV-2 هنا: https://github.com/nebiolabs/VarSkip، ويمكن العثور على تسلسلات بادئات NEBNext ARTIC SARS-CoV-2 هنا: https://github.com/joshquick/artic-ncov2019/blob/master/primer_schemes/nCoV-2019/V3/nCoV-2019.tsv. س: هل يمكن إضافة مزيج بادئات NEBNext ARTIC SARS-CoV-2 ومزيج بادئات NEBNext VarSkip Short v2 SARS-CoV-2 إلى نفس تفاعل التضخيم المستهدف؟ ج: لا، لا يمكن إضافة مزيج بادئات NEBNext ARTIC SARS-CoV-2 ومزيج بادئات NEBNext VarSkip Short v2 SARS-CoV-2 إلى نفس تفاعل التضخيم. س: أيّ نظام بادئات يجب أن أستخدم: مزيج بادئات NEBNext ARTIC SARS-CoV-2 أم مزيج بادئات NEBNext VarSkip Short v2 SARS-CoV-2؟ ج: يُوصى باستخدام مزيج بادئات NEBNext VarSkip Short v2 SARS-CoV-2 لعينات SARS-CoV-2 المعروفة أو المتوقعة. س: هل تغطي بادئات NEBNext VarSkip Short v2 SARS-CoV-2 عينات SARS-CoV-2 غير المتحورة؟ ج: نعم، يمكن استخدامها أيضًا لتضخيم عينات SARS-CoV-2 غير المتحورة. س: ما هي متحورات SARS-CoV-2 التي تغطيها بادئات NEBNext VarSkip Short v2 SARS-CoV-2؟ ج: صُممت بادئات VarSkip Short SARS-CoV-2 القصيرة لتكون مقاومة للمتحورات. لقد تأكدنا من أن هذه البادئات توفر تغطية جينومية عالية للمتغيرات التالية: B.1.351 (بيتا)، P.1. (جاما)، B1.617.1 (كابا)، B.1.617.2 (دلتا)، B.1.617.3، BA.1 (أوميكرون)، BA.2 (أوميكرون). س: كيف يمكنني تحليل بيانات تسلسل VarSkip Short v2 SARS-CoV-2؟ ج: يمكن تحليل بيانات تسلسل VarSkip Short v2 SARS-CoV-2 باستخدام نفس أساليب التحليل المستخدمة في تسلسل تضخيم ARTIC المتعدد. جميع ملفات المراجع اللازمة لتعديل مسارات تحليل تسلسل ARTIC لتحليل تسلسل VarSkip Short v2 SARS-CoV-2 موجودة على الرابط التالي: https://github.com/nebiolabs/VarSkip. س: هل يجب أن تكون عينة الحمض النووي الريبوزي الكلي خالية من الحمض النووي قبل بدء عملية ARTIC؟ ج: لا، ليس من الضروري أن يكون الحمض النووي الريبوزي خاليًا من الحمض النووي لعملية ARTIC. س: هل يمكن تحسين التغطية للمتغيرات الحديثة؟ ج: نعم، تم تصميم واختبار بادئات داخلية لمعالجة مناطق التغطية المنخفضة الناتجة عن متغيرات KP وJN. يمكن توفير هذه البادئات مجانًا عند الطلب. يرجى التواصل عبر البريد الإلكتروني info@neb.com. بدلاً من ذلك، يمكن استخدام التسلسلات أدناه لتصنيع بادئات مخصصة من مزود الأوليغونوكليوتيدات المفضل لديك. يجب استخدام هذه البادئات الداخلية مع بادئات VarSkip Short v2 باتباع البروتوكولات أدناه. تركيز تسلسل البادئات المستهدفة في مزيج VSSv2f Spike-in في 1xPool (ميكرومولار) 1 varskip-0317-1_1_LEFT_ALT3 ATCTCTTGTAGATCTGTTCTCTAAACG 0.5 1 varskip-0317-1_05_RIGHT_ALT2 GACAATTTCACAAGCACAGGTTGAG 0.5 1 varskip-0317-1_07_LEFT_ALT2 CCTCTAAAAGCCCCAAAAGAAATTATC 0.5 1 varskip-0317-1_09_RIGHT_ALT2 GTTTACTTTCAGTTATAAATGGCTTAACTTC 0.5 1 varskip-0317-1_11_LEFT_ALT2 GTGGCACTACTGAAATGCTAGC 0.5 1 varskip-0317-1_13_RIGHT_ALT2 TTCATAAGAAAGTGTGCCCATGTAC 0.5 1 varskip-0317-1_15_RIGHT_ALT1 GCTCCAAAGACAACGTATACACC 0.5 1 varskip-0317-1_35_LEFT_ALT2 GATGATTATTTCAATAAAAAGGACTGGTATG 0.5 1 varskip-0317-1_45_RIGHT_ALT2 ATTGATCTCCAGGCGGTGGTTT 0.5 1 49_R_ALT2 GTAATAAGAACACCATTACGGGCAT 0.5 1 varskip-0317-1_53_RIGHT_ALT2 TGAGGATCTGAAAACTTTGTCAGG 0.5 1 55_L_ALT1 CCTACTTATTGTTAATAACGCTACTAATGTT 0.5 1 varskip-0317-1_57_LEFT_ALT6 CTCTGCTTTACTAATGTCTATGCAGA 0.5 2 varskip-0317-1_24_LEFT_ALT2 GCCTTTAATACTTTACTATTCCTTATGTC 0.5 2 varskip-0317-1_28_RIGHT_ALT2 AGGCCAAAGTAACAAGTACAAAAATAGC 0.5 2 varskip-0317-1_32_RIGHT_ALT2 CTGTTATTGCCTGACCAGTACC 0.5 2 varskip-0317-1_34_RIGHT_ALT2 ATCACAGAATTGTACTGTTTTTAACAAAGC 0.5 2 varskip-0317-1_54_RIGHT_ALT2 CTTCAAGGTCCATAAGAAAAGGCT 0.5 2 56L_ALT1 TTATTATGTGGGTTATCTTCAACCTAGG 0.5 2 varskip-0317-1_56_RIGHT_ALT2 CAGCCTGTAAAATCATCTGGTAATTTAT 0.5 بروتوكولات استخدام البادئات المُضافة: بالنسبة لمجموعات 96 تفاعلًا: قم بإذابة مزيج البادئات المُضافة VSSv2f 1، ومزيج البادئات المُضافة VSSv2f 2، ومزيج البادئات VSSv2 1، ومزيج البادئات VSSv2 2. اخلط جميع الأنابيب الأربعة وقم بتدويرها بسرعة. أضف 3 ميكرولتر من مزيج البادئات المُضافة VSSv2f 1 إلى مزيج البادئات VSSv2 1، وقم بالخلط باستخدام جهاز الخلط الدوامي، ثم قم بالتدوير، وضع المزيج على الثلج. أضف 2.5 ميكرولتر من مزيج VSSv2f Spike-in Mix 2 إلى مزيج VSSv2 Primer Mix 2، ثم رجّ المزيج جيدًا، ثم قم بالطرد المركزي، وضع المزيج على الثلج. استخدم مزيج VarSkip Short v2 Primer Mix 1 و2 المُدعّمين لبروتوكول RT-PCR. بالنسبة لمجموعات 24 تفاعلًا: قم بإذابة مزيج VSSv2f Spike-in Mix 1، ومزيج VSSv2f Spike-in Mix 2، ومزيج VSSv2 Primer Mix 1، ومزيج VSSv2 Primer Mix 2. امزج جميع الأنابيب الأربعة وقم بالطرد المركزي السريع. أضف 2 ميكرولتر من مزيج VSSv2f Spike-in Mix 1 إلى 2 ميكرولتر من محلول TE بتركيز 0.1x لتحضير تخفيف ½ من مزيج VSSv2f Spike-in Mix 1. أضف 1.5 ميكرولتر من مزيج VSSv2f Spike-in Mix 1 المخفف إلى مزيج VSSv2 Primer Mix 1، ثم رجّ المزيج جيدًا، ثم قم بالطرد المركزي، وضع المزيج على الثلج. أضف 2 ميكرولتر من مزيج VSSv2f Spike-in Mix 2 إلى 2 ميكرولتر من محلول TE بتركيز 0.1x لتحضير تخفيف ½ من مزيج VSSv2f Spike-in Mix 2. أضف 1.25 ميكرولتر من مزيج VSSv2f Spike-in Mix 2 المخفف إلى مزيج VSSv2 Primer Mix 2، ثم اخلط المزيج جيدًا، وقم بتدويره، وضعه على الثلج. استخدم مزيج VarSkip Short v2 Primer Mix 1 و2 المُضاف إليهما في بروتوكول RT-PCR.