نيو إنجلاند بيولابس، E7755L، مجموعة استنفاد الغلوبين والحمض النووي الريبوزي NEBNext® (بشري/فأر/جرذ) مع خرزات تنقية عينات الحمض النووي الريبوزي

يُعدّ كلٌّ من mRNA و rRNA الخاص بالغلوبين وفيرًا جدًا في عينات الدم، ويُستحسن إزالتهما بكفاءة ودقة للكشف عن الأهمية البيولوجية للنسخ الأقل وفرة. الفئات ذات الصلة: استنزاف الحمض النووي الريبوزي وإثراء mRNA. المواصفات: المواد المطلوبة (غير مُرفقة): حامل مغناطيسي مثل حامل الفصل المغناطيسي NEBNext (NEB #S1515)، إيثانول 80% (مُحضّر حديثًا)، جهاز تدوير حراري، أنابيب تفاعل البوليميراز المتسلسل (PCR) رقيقة الجدران سعة 200 ميكرولتر، جهاز Bioanalyzer® أو TapeStation® (Agilent Technologies, Inc.) أو محلل شظايا مماثل ومواد استهلاكية. الأسئلة الشائعة : س: ما هي الأنواع التي يُمكنني استخدام مجموعة استنزاف mRNA و rRNA الخاصة بالغلوبين NEBNext® معها؟ هل ستعمل مع أنواع أخرى؟ ج: تعمل المجموعة على استنزاف mRNA و rRNA الخاص بالغلوبين من الحمض النووي الريبوزي الكلي للإنسان والفأر والجرذ. يُمكن استخدامها مع أنواع أخرى إذا كانت تسلسلات rRNA و mRNA الخاص بالغلوبين مُشابهة لتلك الموجودة في الإنسان والفأر والجرذ. س: ما هي أنواع mRNA و rRNA الخاصة بالغلوبين التي يتم استنزافها باستخدام مجموعة NEBNext® لاستنزاف mRNA و rRNA الخاص بالغلوبين (للبشر/الفأر/الجرذ)؟ ج: تستنزف هذه المجموعة mRNA الخاص بالغلوبين لدى البالغين، والجنين، والخلايا الجنينية (HBA 1/2، HBB، HBD، HBM، HBG1/2، HBE، HBQ1، وHBZ). كما تستنزف أيضًا rRNA السيتوبلازمي (5S، 5.8S، 18S، 28S، ITS، وETS) و rRNA الميتوكوندري (12S و16S). س: هل يمكنني استخدام مجموعة NEBNext® لاستنزاف mRNA و rRNA الخاص بالغلوبين (للبشر/الفأر/الجرذ) مع RNA متدهور أو مجزأ؟ ج: نعم، يمكن استخدام هذه المجموعة مع RNA متدهور أو مجزأ. س: ما هي كمية RNA الكلية التي يجب استخدامها؟ ج: تم تحسين هذه المجموعة لاستخدام 10-1000 نانوغرام من الحمض النووي الريبوزي الكلي (100 نانوغرام كحد أدنى للحمض النووي الريبوزي المجزأ أو المتدهور). بالنسبة لتسلسل الحمض النووي الريبوزي (RNA-seq)، نوصي باستخدام كميات أكبر من 100 نانوغرام لزيادة تعقيد المكتبة وتقليل معدل التكرار. س: لماذا يجب أن يكون الحمض النووي الريبوزي خاليًا من الحمض النووي؟ ج: يمكن أن يتسبب الحمض النووي الملوث في عدم دقة قياس كمية الحمض النووي الريبوزي وإعاقة الإزالة الصحيحة للحمض النووي الريبوزي الرسول (mRNA) والحمض النووي الريبوزي الريبوسومي (rRNA) للغلوبين. س: ما هو ناتج الحمض النووي الريبوزي المتوقع استعادته بعد استنفاد الحمض النووي الريبوزي الرسول والحمض النووي الريبوزي الريبوسومي للغلوبين؟ ج: تختلف نسبة الحمض النووي الريبوزي المعزول بعد استنفاد الحمض النووي الريبوزي الرسول والحمض النووي الريبوزي الريبوسومي بين عينات الحمض النووي الريبوزي المختلفة. عادةً، يتم استعادة 1-3% من الحمض النووي الريبوزي المدخل. س: ما هي نسبة الحمض النووي الريبوزي الرسول والحمض النووي الريبوزي الريبوسومي المتبقية بعد الاستنفاد؟ ج: تختلف نسبة الحمض النووي الريبوزي الرسول والحمض النووي الريبوزي الريبوسومي المتبقية بعد الاستنفاد باختلاف الأنواع. عادةً، يتبقى أقل من 1% من mRNA الغلوبين، وما بين 1% (في الإنسان) و5% (في الفأر/الجرذ) من rRNA. س: كيف يمكنني تحديد ما إذا كان استنفاد mRNA الغلوبين وrRNA فعالاً؟ ج: لتقييم كفاءة الاستنفاد، صمم بادئات RT qPCR لـ mRNA الغلوبين وrRNA الخاصين بالنوع المدروس، وبادئات لجين مرجعي. قارن محتوى mRNA الغلوبين وrRNA قبل الاستنفاد وبعده. س: أنا مهتم فقط بالحمض النووي الريبوزي المشفر. هل يمكنني استخدام مجموعة NEBNext® لاستنفاد mRNA وrRNA الغلوبين (الإنسان/الفأر/الجرذ) لإزالة mRNA الغلوبين من mRNA المُخصب مسبقًا؟ ج: نعم. يمكن استخدام هذه المجموعة بعد إثراء mRNA متعدد الأدينين (على سبيل المثال، باستخدام وحدة العزل المغناطيسي NEBNext Poly(A) mRNA، NEB #E7490)، بحيث يحتوي الحمض النووي الريبوزي المُستنفد النهائي على mRNA المطلوب فقط، وليس على الحمض النووي الريبوزي غير المشفر. س: هل تعمل مجموعة NEBNext® لاستنفاد mRNA و rRNA للغلوبين (البشري/الفأري/الجرذي) في تطبيقات تحديد بصمة الريبوسوم أو تحليلها؟ ج: لم يتم التحقق من صحة البروتوكول المرفق بهذه المجموعة لتطبيقات تحديد بصمة الريبوسوم أو تحليلها. س: هل يمكن استخدام الحمض النووي الريبوزي المُثرى الناتج عن مجموعة NEBNext في تطبيقات تسلسل القراءة الطويلة؟ ج: نعم، ولكن تجدر الإشارة إلى أن الحمض النووي الريبوزي يتعرض للتجزئة إلى حد ما أثناء عملية الاستنفاد، مما قد يقلل من طول القراءة.