نيو إنجلاند بيولابس، E7810S، وحدة الحمض النووي NEBNext® Ultra™ II FS

هذه الوحدة جزء من فئات NEBNext ذات الصلة : تجزئة الحمض النووي DNA وتجزئة الحمض النووي الريبوزي RNA، وأتمتة تحضير مكتبة NEBNext® NGS، ومواصفات تحضير مكتبة تسلسل الجيل التالي. المواد المطلوبة (غير المرفقة): حامل أو صفيحة مغناطيسية (مثل حامل الفصل المغناطيسي NEBNext® (NEB #S1515S)، أو صفيحة Alpaqua® 96S المغناطيسية الفائقة (#A001322)، أو ما يعادلها). الأسئلة الشائعة : س: عند تحضير العينات باستخدام مجموعة NEBNext Ultra II FS لتحضير مكتبة الحمض النووي DNA، هل يمكن أن يكون الحمض النووي المدخل في محاليل تحتوي على EDTA؟ ج: نعم، نوصي بأن يكون الحمض النووي في محلول TE بتركيز 1X أو محلول TE منخفض التركيز يحتوي على EDTA. يمكن أيضًا أن يكون الحمض النووي في محلول Tris بتركيز 10 ملي مولار ودرجة حموضة 7.0-8.0 أو في الماء. س: ماذا أفعل إذا رأيت راسبًا في محلول التفاعل Ultra II FS؟ ج: من الشائع ملاحظة ترسبات في محلول التفاعل Ultra II FS. في حال حدوث ذلك، قم بسحب المحلول عدة مرات باستخدام الماصة لتفتيت الراسب، ثم قم برجّه سريعًا باستخدام جهاز الخلط الدوامي. قد تلاحظ وجود كمية صغيرة من الترسبات، ولكن هذا لن يؤثر على الأداء. س: هل يمكن حفظ التفاعلات عند درجة حرارة 4 درجات مئوية بعد خطوات التجزئة وتحضير الأطراف في سير عمل NEBNext Ultra II FS؟ ج: نعم، يمكن حفظ الحمض النووي المجزأ والمُحضر الأطراف عند درجة حرارة 4 درجات مئوية لعدة ساعات دون أي تأثير ملحوظ. مع ذلك، بعد التخزين طوال الليل عند درجة حرارة 4 درجات مئوية، يُتوقع انخفاض في المردود بنسبة 20% تقريبًا. س: هل من الضروري حقًا رجّ مزيج إنزيم Ultra II FS؟ ج: نعم، قد يؤدي عدم رجّ مزيج إنزيم Ultra II FS إلى نتائج غير متناسقة. س: ما هو تركيز بادئات الفهرسة؟ ج: تركيز بادئات فهرسة NEBNext هو 10 ميكرومولار. س: ما هي وحدة الربط NEBNext التي يجب استخدامها مع وحدة NEBNext Ultra II FS DNA؟ ج: صُممت هذه الوحدة للاستخدام مع وحدة الربط NEBNext Ultra II (NEB #E7595). س: هل يمكنني استخدام وحدة NEBNext® Ultra™ II FS DNA لتحويل البيسلفيت وتسلسل الميثيل الإنزيمي (EM-seq™)؟ ج: لا، وحدة NEBNext Ultra II FS DNA غير متوافقة مع تحويل البيسلفيت أو تسلسل الميثيل الإنزيمي. نوصي باستخدام NEBNext UltraShear™ (NEB #M7634) أو القص الميكانيكي، متبوعًا بوحدة NEBNext Ultra II لإصلاح نهايات الحمض النووي/إضافة ذيل dA (NEB #E7546) لهذا التطبيق. بعد تجزئة الحمض النووي باستخدام جهاز NEBNext UltraShear، يمكنك الانتقال مباشرةً إلى تفاعل إصلاح الأطراف/إضافة ذيل dA كما هو موضح في القسم 2 من دليل NEBNext UltraShear دون الحاجة إلى تنظيف. س: هل يحتوي كاشف التجزئة المضمن في مجموعات NEBNext Ultra® II FS DNA على إنزيم NEBNext dsDNA Fragmentase®؟ ج: لا، تحتوي منتجات Ultra II FS (نظام التجزئة) على مزيج فريد من الإنزيمات التي تُجزئ الحمض النووي، وتُصلح أطرافه، وتُضيف ذيل dA، في أنبوب واحد. إنزيم Fragmentase غير مُضمن في مزيج إنزيمات FS. س: هل مجموعة NEBNext® Ultra™ II FS DNA Library Prep Kit for Illumina® متوافقة مع جميع أنواع العينات؟ ج: تم اختبار مجموعة تحضير مكتبات الحمض النووي NEBNext® Ultra™ II FS لتقنية Illumina® في العديد من تطبيقات التسلسل، بما في ذلك تسلسل الجينوم الكامل، والتقاط التهجين، وتسلسل الأمبليكون، وتقييم عدد النسخ، وغيرها. صُممت هذه المجموعة لزيادة عدد الجزيئات المُدمجة في مكتبة التسلسل إلى أقصى حد. ونتيجةً لذلك، تُنتج هذه الطريقة مكتبات متنوعة حتى من كميات ضئيلة جدًا من الحمض النووي المُدخل (< 1 نانوغرام). يُرجى مراعاة ما يلي: قد تُستبدل التعديلات الموجودة في الحمض النووي المُدخل، مثل المثيلة والهيدروكسي مثيلة، بصيغتها الأصلية عند استخدام تقنية FS. لا يُنصح باستخدام هذه الطريقة في التطبيقات التي تُدرس فيها القواعد المُعدلة (مثل تسلسل EM-seq وتسلسل البيسلفيت). عند تردد منخفض جدًا (عادةً أقل من 0.1%)، قد تُدخل تقنية FS شوائب تُعرف باسم الكيميرات أو القراءات المتتالية في التحليل اللاحق. يُمكن تصفية هذه الشوائب باستخدام fgbio FindSwitchbackReads. بالنسبة لعينات FFPE، لاحظنا زيادة في التشويش في بعض مكتبات FS. مع ذلك، ونظرًا لتنوع تلف عينات FFPE، لا يمكن التنبؤ بالعينات التي ستُظهر تشويشًا أعلى. للحصول على أفضل جودة للبيانات، نوصي باستخدام مجموعة NEBNext Ultrashear FFPE DNA Library Prep Kit (NEB #E6655) أو مجموعة NEBNext FFPE DNA Library Prep Kit (NEB #E6650). نشجع المستخدمين على تقييم أي طريقة لتحضير المكتبة بعناية للتأكد من ملاءمتها لنوع العينة قيد الدراسة. يُرجى التواصل عبر البريد الإلكتروني info@neb.com في حال وجود أي استفسارات حول تطبيقكم.