مجموعة كواشف استنزاف الحمض النووي الريبي الأساسية من نيو إنجلاند بيولابس، E7865X، NEBNext®

نقدم حلاً جديداً لاستنزاف الحمض النووي الريبوزي (RNA) الوفير بشكل مخصص. الفئات ذات الصلة: استنزاف الحمض النووي الريبوزي (RNA) وإثراء الحمض النووي الريبوزي الرسول (mRNA)، تحليل الإبيترانسكريبتوم، تحضير مكتبة الحمض النووي الريبوزي (RNA) لتقنية Illumina، الأسئلة الشائعة : س: كيف يمكنني تصميم مجسات الحمض النووي (DNA) لاستخدامها مع مجموعة كواشف NEBNext الأساسية لاستنزاف الحمض النووي الريبوزي (RNA)؟ ج: يمكنك تصميم مجسات الحمض النووي (DNA) أحادية السلسلة باستخدام أداة تصميم استنزاف الحمض النووي الريبوزي (RNA) المخصصة من NEBNext. ستحتاج إلى توفير تسلسل الحمض النووي الريبوزي (RNA) الذي ترغب في استنزافه من الطرف 5' إلى الطرف 3' بتنسيق FASTA. س: هل المجسات المصممة بواسطة أداة تصميم استنزاف الحمض النووي الريبوزي (RNA) المخصصة من NEBNext ذات اتجاه مباشر أم عكسي؟ ج: ستكون المجسات الناتجة ذات اتجاه عكسي لتسلسل الحمض النووي الريبوزي (RNA) الذي تدخله في أداة تصميم استنزاف الحمض النووي الريبوزي (RNA) المخصصة من NEBNext. س: هل يمكن أن يحتوي تسلسل الإدخال في أداة تصميم استنزاف الحمض النووي الريبوزي (RNA) المخصصة من NEBNext على رمز غموض IUPAC؟ ج: لا. يجب أن يحتوي تسلسل الإدخال على النيوكليوتيدات A أو C أو G أو T فقط. س: هل تتحقق أداة تصميم استنزاف الحمض النووي الريبوزي المخصصة NEBNext من وجود مجسات تستهدف نسخًا أخرى غير تلك المُقدمة؟ ج: لا. تصمم أداة تصميم استنزاف الحمض النووي الريبوزي المخصصة NEBNext المجسات بناءً على تسلسل الحمض النووي الريبوزي المُقدم. عند اختيار تسلسل الحمض النووي الريبوزي المراد استنزافه، يُوصى بالتحقق من تشابه التسلسل مع نسخ أخرى ذات أهمية. س: لقد استخدمت أداة تصميم استنزاف الحمض النووي الريبوزي المخصصة NEBNext وحصلت على تسلسلات المجسات، ما هي الخطوة التالية؟ ج: الخطوة التالية هي طلب المجسات من مُزود تصنيع الأوليغونوكليوتيدات المُفضل لديك. تنقية الأوليغونوكليوتيدات القياسية بإزالة الأملاح كافية لهذا التطبيق. لا حاجة لإجراء أي تعديلات على نهايتي 5′ أو 3′. راجع دليل مجموعة كواشف استنزاف الحمض النووي الريبوزي الأساسية NEBNext لمزيد من التفاصيل. س: كيف أقوم بإنشاء مجموعة مجسات عاملة لاستخدامها مع مجموعة كواشف استنزاف الحمض النووي الريبوزي الأساسية NEBNext؟ ج: نوصي بتحضير مزيج متساوي المولات من المجسات، حيث يتراوح تركيز كل مجس بين 2 و4 ميكرومول، ثم استخدام 1-3 ميكرولتر من هذا المزيج في خطوة تهجين المجسات ضمن بروتوكول مجموعة كواشف NEBNext RNA Depletion Core Reagent Set. قد يتطلب الأمر تحسين كمية المجس المستخدم لتحقيق استنفاد فعال للحمض النووي الريبوزي (RNA) المطلوب. س: ما هو الحد الأقصى لعدد المجسات التي يمكن دمجها في مزيج واحد؟ ج: تم اختبار بروتوكول الاستنفاد باستخدام ما يصل إلى 1000 مجس. يتطلب استخدام مزيج أكبر من المجسات إجراء اختبارات. س: هل يمكنني استخدام هذا المنتج مع الحمض النووي الريبوزي (RNA) المتدهور أو المجزأ؟ ج: نعم، يمكن استخدام هذه المجموعة مع الحمض النووي الريبوزي (RNA) المتدهور أو المجزأ. س: ما هي كمية الحمض النووي الريبوزي (RNA) الكلية التي يجب استخدامها مع مجموعة كواشف NEBNext RNA Depletion Core Reagent Set؟ ج: نوصي باستخدام 10-1000 نانوغرام من الحمض النووي الريبوزي (RNA) الكلي. س: لماذا يجب أن يكون الحمض النووي الريبوزي (RNA) خاليًا من الحمض النووي (DNA)؟ ج: قد يؤدي تلوث الحمض النووي إلى عدم دقة قياس كمية الحمض النووي الريبوزي (RNA) وإعاقة الإزالة السليمة للحمض النووي الريبوزي الرسول (mRNA) والحمض النووي الريبوزي الريبوسومي (rRNA) للغلوبين. س: كيف يمكنني تحديد ما إذا كانت عملية استنفاد الحمض النووي الريبوزي (RNA) فعالة؟ ج: لتقييم كفاءة الاستنفاد، صمم بادئات تفاعل البوليميراز المتسلسل الكمي العكسي (RT-qPCR) للحمض النووي الريبوزي (RNA) المستنفد، وبادئات لجين مرجعي. قارن محتوى الحمض النووي الريبوزي (RNA) قبل الاستنفاد وبعده. س: هل يمكنني استخدام خرزات Agencourt®AMPure XP المغناطيسية بدلاً من خرزات RNAClean® XP المغناطيسية/خرزات تنقية عينات الحمض النووي الريبوزي (RNA) من NEBNext®؟ ج: نعم، من الممكن استخدام خرزات AMPure XP. ومع ذلك، نوصي باستخدام خرزات RNAClean XP/خرزات تنقية عينات الحمض النووي الريبوزي (RNA) من NEBNext®، حيث تم تصنيع هذه الخرزات واختبارها للقضاء على تلوث إنزيم RNase. يتضمن إصدار من المجموعة هذه الخرزات: مجموعة كواشف استنفاد الحمض النووي الريبوزي (RNA) الأساسية من NEBNext® مع خرزات تنقية عينات الحمض النووي الريبوزي (NEB #E7870). س: هل يمكنني استخدام طرق تنقية أخرى غير خرز تنقية عينات الحمض النووي الريبوزي NEBNext®/خرز Agencourt® RNAClean® XP المغناطيسي مع مجموعة كواشف NEBNext الأساسية لاستنزاف الحمض النووي الريبوزي؟ ج: على الرغم من أننا نوصي باستخدام خرز RNAClean® XP لتنقية عينات الحمض النووي الريبوزي NEBNext® (المرفقة في NEB #E7870)، إلا أنه يمكن تنقية العينات المستنزفة من الحمض النووي الريبوزي عن طريق الترسيب بالإيثانول أو باستخدام أدوات تنظيف أعمدة الحمض النووي الريبوزي مثل مجموعة Monarch RNA Cleanup Kit (NEB #T2030). للاستخدام مع أعمدة أخرى، يُرجى مراجعة مواصفات العمود لمعرفة نطاق حجم الحمض النووي الريبوزي لضمان الاحتفاظ بأي حمض نووي ريبوزي مجزأ أثناء عملية التنظيف. س: هل تتحقق أداة NEBNext المخصصة لاستنزاف الحمض النووي الريبوزي من تكرار المجسات أو تداخلها بين تسلسلات الحمض النووي الريبوزي المستهدفة المُدخلة؟ ج: لا. تقوم أداة NEBNext المخصصة لاستنزاف الحمض النووي الريبوزي بتصميم المجسات لجميع التسلسلات المُدخلة بشكل مستقل، حتى لو تم إدخالها في نفس الوقت. لا يتحقق من تكرار/تداخل المجسات بين المدخلات المتعددة. س: هل يمكن استخدام الحمض النووي الريبوزي المُخصب الناتج عن مجموعة استنفاد NEBNext في تطبيقات تسلسل القراءة الطويلة؟ ج: نعم، ولكن تجدر الإشارة إلى أن الحمض النووي الريبوزي يتعرض لبعض التجزئة أثناء عملية الاستنفاد، مما قد يُقلل من طول القراءة.