نيو إنجلاند بيولابس، E7878S، NEBNext® Multiplex Oligos for Illumina® (Unique Dual Index UMI Adaptors DNA Set 4)

فئات ذات صلة بـ NEBNext: سلاسل NEBNext® المتعددة (محولات وبادئات)، أسئلة شائعة حول تحضير مكتبات التسلسل من الجيل التالي: س: ما الفرق بين محولات NEBNext الفريدة ذات الفهرس المزدوج UMI ومحولات NEBNext المستخدمة مع البادئات المتعددة؟ ج: محولات NEBNext الفريدة ذات الفهرس المزدوج UMI هي محولات كاملة الطول مزودة برمز شريطي، تحتوي على جميع التسلسلات اللازمة للتسلسل على منصات Illumina. وهي متوافقة مع تحضير المكتبات بدون تفاعل البوليميراز المتسلسل (PCR). بالإضافة إلى ذلك، تحمل هذه المحولات مُعرّفًا جزيئيًا فريدًا (UMI) مكونًا من 12 قاعدة في الطرف 3' لفهرس i7، مما يُمكّن من إزالة القراءات المكررة بدقة أكبر وتصحيح الأخطاء من خلال بناء تسلسل توافقي. من ناحية أخرى، يكون محول NEBNext مُختصرًا ولا يحتوي على فهرس العينة. يتم إدخال الفهرس والتسلسلات الأخرى اللازمة للتسلسل على منصة Illumina من خلال البادئات أثناء تضخيم PCR عند استخدام محول NEBNext. لذلك، فإن المكتبات المُنشأة باستخدام مُهايئ NEBNext غير متوافقة مع تحضير المكتبات الخالية من تفاعل البوليميراز المتسلسل (PCR). س: ما هي التطبيقات الرئيسية لمجموعات مُهايئات NEBNext الفريدة ذات الفهرس المزدوج (UMI) من الحمض النووي (DNA) من 1 إلى 4؟ ج: يُوصى باستخدام مجموعات مُهايئات NEBNext الفريدة ذات الفهرس المزدوج (UMI) من الحمض النووي (DNA) من 1 إلى 4 للتطبيقات التي تتطلب تحضير المكتبات الخالية من تفاعل البوليميراز المتسلسل (PCR) وتجميع العينات قبل تضخيمها. بالإضافة إلى ذلك، يسمح دمج مُعرّف جزيئي فريد (UMI) مكون من 12 قاعدة بما يلي: 1) تحديد القراءات المُكررة وإزالتها بدقة، و2) بناء تسلسل توافقي وتصحيح الأخطاء، وهو ما يُناسب تمامًا التحليل الدقيق لبيانات التسلسل الجيني الكمي من الجيل التالي (NGS)، بما في ذلك الكشف عن الطفرات منخفضة التردد. علاوة على ذلك، صُممت مُهايئات الفهرس المزدوج الفريدة (UMI) لتسهيل التسلسل على خلايا التدفق المُنمّطة لأجهزة Illumina حيث يُمثل تبديل الفهرس مشكلة. يسمح الجمع الفريد بين الفهرسين بتحديد القراءات التي تم تبديل فهرسها وتصفيتها بالكامل. https://www.biorxiv.org/content/early/2017/10/10/200790 س: ما طول مُعرّفات UMI وأين توجد على المُهايئات؟ ج: يبلغ طول مُعرّفات UMI 12 قاعدة وتقع في الطرف 3′ لفهارس i7. س: كيف يتم تسلسل مُعرّفات UMI، وأين يمكنني العثور عليها؟ ج: يتم تسلسل مُعرّفات UMI كجزء من قراءات فهرس i7 بإجمالي 20 قاعدة. ويمكن العثور عليها في قراءات فهرس i7. س: هل يُمكنني تخطي تسلسل مُعرّفات UMI إذا لم أكن بحاجة إليها لتطبيقاتي؟ ج: نعم. يُمكنك تخطي تسلسل مُعرّفات UMI وتعيين قراءة فهرس i7 إلى 8 قواعد في هذه الحالة. يسمح تصميم مُهايئات NEBNext Unique Dual Index UMI بأوضاع تسلسل فهرس مرنة، وهي متوافقة مع قراءات الفهرس الفردي (مع مُعرّف UMI وبدونه) وقراءات الفهرس المزدوج (مع مُعرّف UMI وبدونه). س: هل مجموعات محولات الحمض النووي الفريدة ذات الفهرس المزدوج UMI من NEBNext (1-4) متوافقة مع كواشف NEBNext لتحضير مكتبات Illumina؟ ج: نعم، مجموعات محولات الحمض النووي الفريدة ذات الفهرس المزدوج UMI من NEBNext (1-4) متوافقة مع مجموعات NEBNext لتحضير مكتبات الحمض النووي DNA وRNA وChIP-Seq لتقنية Illumina. مع ذلك، فهي غير متوافقة مع تحضير مكتبات الحمض النووي الريبوزي الصغير (RNA) لتقنية Illumina. لتحضير مكتبات الحمض النووي الريبوزي الصغير لتقنية Illumina، يُرجى الرجوع إلى مجموعاتنا (NEB #E7300 وE7580)، التي تحتوي على محولاتها الخاصة وبادئات مُرمّزة. س: هل مجموعات محولات الحمض النووي الفريدة ذات الفهرس المزدوج UMI من NEBNext (1-4) متوافقة مع كواشف تحضير المكتبات المتوفرة تجاريًا؟ ج: هي متوافقة فقط مع بروتوكولات تحضير المكتبات القياسية التي تعتمد على ربط قاعدة T/A المتدلية أحادية القاعدة. س: كم عدد تفاعلات محولات UMI الموجودة في كل بئر؟ ج: صُممت صفيحة المحولات للاستخدام لمرة واحدة. على الرغم من وجود كمية كافية من المحولات في كل بئر لتفاعل واحد فقط، فإننا نوفر كمية إضافية لضمان حجم كافٍ. نوصي بشدة بعدم استخدام أي محولات متبقية لتجنب التلوث المتبادل مع محولات أخرى مفهرسة. س: هل المحولات مثيلة؟ ج: لا، المحولات في NEB #E7395 و#E7874 و#E7876 و#E7878 غير مثيلة، وبالتالي فهي غير متوافقة مع تسلسل البيسلفيت. للحصول على محولات مثيلة وبادئات مفهرسة، يرجى الرجوع إلى NEB #E7140. س: ما هو تركيز المحولات ومزيج بادئات تفاعل البوليميراز المتسلسل (PCR) في NEBNext Multiplex Oligos (مجموعات محولات الحمض النووي الفريدة ذات الفهرس المزدوج UMI من 1 إلى 4)؟ ج: تركيز المحولات 20 ميكرومولار، وتركيز البادئات 40 ميكرومولار. س: كم عدد المؤشرات المتاحة مع NEBNext Multiplex Oligos for Illumina (مجموعات محولات UMI الفريدة ذات المؤشر المزدوج 1-4)؟ ج: تتكون كل مجموعة من 96 مؤشر i5 فريدًا و96 مؤشر i7 فريدًا، مما يوفر ما يصل إلى 96 مؤشرًا مزدوجًا فريدًا. تحتوي كل بئر في لوحة المحولات على زوج فريد من مؤشر i5 ومؤشر i7. عند استخدامها معًا، توفر المجموعات من 1 إلى 4، 384 زوجًا فريدًا من بادئات المؤشر المزدوج للتعدد. س: هل تم التحقق من صحة مجموعات محولات UMI الفريدة ذات المؤشر المزدوج 1-4 من NEBNext في سير عمل تسلسل الجيل التالي؟ ج: نعم، تم التحقق من صحة محولات NEBNext UMI من خلال تحضير مكتبات الحمض النووي الجينومي ومكتبات mRNA البشري، متبوعًا بتسلسل Illumina. س: هل محولات NEBNext UMI متوافقة مع التسلسل أحادي الطرف والتسلسل ثنائي الطرف؟ ج: نعم، محولات NEBNext UMI متوافقة مع كلٍ من التسلسل أحادي الطرف والتسلسل ثنائي الطرف. س: هل أحتاج إلى إضافة بادئات تسلسل مخصصة عند تسلسل المكتبات المُصنعة باستخدام NEBNext Multiplex Oligos for Illumina (مجموعات محولات UMI الفريدة ثنائية الفهرسة DNA من 1 إلى 4) على منصات Illumina؟ ج: لا. المكتبات المُصنعة باستخدام NEBNext Multiplex Oligos for Illumina (مجموعات محولات UMI الفريدة ثنائية الفهرسة DNA من 1 إلى 4) متوافقة تمامًا مع بروتوكولات تسلسل Illumina لمكتبات TruSeq HT. بالنسبة لأنظمة HiSeq أو HiScanSQ أو GAIIx على خلايا التدفق أحادية القراءة، يجب طلب صندوق بادئات التسلسل TruSeq ثنائي الفهرسة، أحادي القراءة (صندوق للاستخدام لمرة واحدة) (رقم الكتالوج FC-121-1003) بشكل منفصل عند استخدام كلا الفهرسين. هذا الصندوق الإضافي غير مطلوب مع نظام MiSeq أو على خلايا التدفق ذات النهايات المزدوجة لأنظمة HiSeq وHiScanSQ وGAIIx. يُرجى الرجوع إلى موقع Illumina الإلكتروني للاطلاع على المعلومات الكاملة. س: هل يُمكنني إجراء عمليات قراءة مفردة والحصول على تسلسلي الفهرسة؟ هل يُمكنني تشغيل كلٍ من وصفات القراءة المفردة والقراءات المزدوجة مع مكتبات ذات فهرسة مزدوجة؟ ج: نعم. يُرجى تحديد سير العمل المناسب بناءً على نوع خلية التدفق (قراءة مفردة أو قراءات مزدوجة) عند بدء التشغيل لضمان استخدام الكيمياء الصحيحة. في حال استخدام خلية تدفق للقراءة المفردة، فإن صندوق TruSeq Dual Index Sequencing Primer Box، للقراءة المفردة (صندوق للاستخدام لمرة واحدة) (رقم الكتالوج FC-121-1003) ضروري لتسلسل قراءتي الفهرسة. مُقتبس من موقع Illumina الإلكتروني. س: أين يُمكنني العثور على أوراق العينات لمجموعات الحمض النووي NEBNext Unique Dual Index UMI Adaptors من 1 إلى 4؟ ج: يمكن تنزيل أوراق العينات الخاصة بالأجهزة من قسم إرشادات الاستخدام الموجود ضمن علامة التبويب "البروتوكولات، الدليل، والاستخدام" في صفحة منتج المجموعة ذات الصلة، أو العثور عليها في الجدول أدناه: محولات NEBNext الفريدة ذات الفهرس المزدوج UMI DNA: إصدار ورقة العينة: اسم الملف (يتضمن تفاصيل منصة Illumina*): المجموعة 1 (NEB #E7395) ورقة عينة سير عمل السلسلة الأمامية لـ E7395: NovaSeq 6000 مع مجموعات الكواشف v1.0، MiniSeq مع مجموعات الكواشف السريعة، MiSeq، HiSeq 2000/2500 (خلية تدفق مزدوجة النهاية)، HiSeq 3000/4000 (خلية تدفق أحادية القراءة) ورقة عينة سير عمل المكمل العكسي لـ E7395: iSeq 100، MiniSeq مع مجموعات الكواشف القياسية، أنظمة NextSeq، NovaSeq 6000 مع كاشف v1.5 مجموعات، HiSeq 2000/2500 (خلية تدفق قراءة واحدة)، HiSeq 3000/4000 (خلية تدفق قراءة مزدوجة) UMI Forward Forward Strand Workflow Sample Sheet for E7395 UMI: NovaSeq 6000 with v1.0 reagent kits, MiniSeq with Rapid reagent kits, MiSeq, HiSeq 2000/2500 (paired end flow cell), HiSeq 3000/4000 (single read flow cell) UMI Reverse Reverse Complement Workflow Sample Sheet for E7395 UMI: iSeq 100, MiniSeq with Standard reagent kits, NextSeq Systems, NovaSeq 6000 with v1.5 reagent kits, HiSeq 2000/2500 (single read flow cell), HiSeq 3000/4000 (خلية تدفق مزدوجة النهاية) المجموعة 2 (NEB #E7874) ورقة عينة سير عمل السلسلة الأمامية لـ E7874: NovaSeq 6000 مع مجموعات الكواشف v1.0، MiniSeq مع مجموعات الكواشف السريعة، MiSeq، HiSeq 2000/2500 (خلية تدفق مزدوجة النهاية)، HiSeq 3000/4000 (خلية تدفق أحادية القراءة) ورقة عينة سير عمل المكمل العكسي لـ E7874: iSeq 100، MiniSeq مع مجموعات الكواشف القياسية، أنظمة NextSeq، NovaSeq 6000 مع مجموعات الكواشف v1.5، HiSeq 2000/2500 (خلية تدفق أحادية القراءة)، HiSeq 3000/4000 (خلية تدفق مزدوجة النهاية) ورقة عينة سير عمل السلسلة الأمامية لـ E7874 UMI: NovaSeq 6000 مع مجموعات الكواشف v1.0، MiniSeq مع مجموعات الكواشف السريعة، MiSeq، HiSeq 2000/2500 (خلية تدفق مزدوجة النهاية)، HiSeq 3000/4000 (خلية تدفق أحادية القراءة) UMI Reverse Reverse Complement Workflow Sample Sheet for E7874 UMI: iSeq 100، MiniSeq مع مجموعات الكواشف القياسية، أنظمة NextSeq، NovaSeq 6000 مع مجموعات الكواشف v1.5، HiSeq 2000/2500 (خلية تدفق أحادية القراءة)، HiSeq 3000/4000 (خلية تدفق مزدوجة النهاية) المجموعة 3 (NEB #E7876) Forward Forward Strand Workflow Sample Sheet for E7876: NovaSeq 6000 مع مجموعات الكواشف v1.0، MiniSeq مع مجموعات الكواشف السريعة، MiSeq، HiSeq 2000/2500 (خلية تدفق مزدوجة النهاية)، HiSeq 3000/4000 (خلية تدفق أحادية القراءة) ورقة عينة سير عمل التسلسل العكسي المكمل العكسي لـ E7876: iSeq 100، MiniSeq مع مجموعات الكواشف القياسية، أنظمة NextSeq، NovaSeq 6000 مع مجموعات الكواشف v1.5، HiSeq 2000/2500 (خلية تدفق أحادية القراءة)، HiSeq 3000/4000 (خلية تدفق مزدوجة النهاية) ورقة عينة سير عمل التسلسل الأمامي لـ E7876 UMI: NovaSeq 6000 مع مجموعات الكواشف v1.0، MiniSeq مع مجموعات الكواشف السريعة، MiSeq، HiSeq 2000/2500 (خلية تدفق مزدوجة النهاية)، HiSeq 3000/4000 (خلية تدفق أحادية القراءة) UMI ورقة عينة سير عمل التسلسل العكسي المكمل لـ E7876 UMI: iSeq 100، MiniSeq مع مجموعات الكواشف القياسية، أنظمة NextSeq، NovaSeq 6000 مع مجموعات الكواشف v1.5، HiSeq 2000/2500 (خلية تدفق أحادية القراءة)، HiSeq 3000/4000 (خلية تدفق مزدوجة النهاية) المجموعة 4 (NEB #E7878) ورقة عينة سير عمل التسلسل الأمامي لـ E7878: NovaSeq 6000 مع مجموعات الكواشف v1.0، MiniSeq مع مجموعات الكواشف السريعة، MiSeq، HiSeq 2000/2500 (خلية تدفق مزدوجة النهاية)، HiSeq 3000/4000 (خلية تدفق أحادية القراءة) ورقة عينة سير عمل التسلسل العكسي المكمل لـ E7878: iSeq 100، MiniSeq مع الكاشف القياسي مجموعات، أنظمة NextSeq، جهاز NovaSeq 6000 مع مجموعات الكواشف v1.5، جهاز HiSeq 2000/2500 (خلية تدفق قراءة واحدة)، جهاز HiSeq 3000/4000 (خلية تدفق قراءة مزدوجة) UMI Forward، ورقة عينة سير عمل السلسلة الأمامية لـ E7878 UMI: جهاز NovaSeq 6000 مع مجموعات الكواشف v1.0، جهاز MiniSeq مع مجموعات الكواشف السريعة، جهاز MiSeq، جهاز HiSeq 2000/2500 (خلية تدفق قراءة مزدوجة)، جهاز HiSeq 3000/4000 (خلية تدفق قراءة واحدة) UMI Reverse، ورقة عينة سير عمل المكمل العكسي لـ E7878 UMI: جهاز iSeq 100، جهاز MiniSeq مع مجموعات الكواشف القياسية، أنظمة NextSeq، جهاز NovaSeq 6000 مع مجموعات الكواشف v1.5، جهاز HiSeq 2000/2500 (خلية تدفق القراءة المفردة)، HiSeq 3000/4000 (خلية تدفق القراءة المزدوجة) * تستند أوراق العينات لدينا إلى دليل نظرة عامة على تسلسل Illumina الحالي. يُرجى اختيار ورقة العينات الصحيحة، بناءً على جهاز Illumina ومجموعات الكواشف الخاصة بك. لمزيد من المعلومات حول فهرسة Illumina، يُرجى الرجوع إلى أحدث إصدار من دليل نظرة عامة على تسلسل Illumina. س: ما هي التسلسلات التي يجب تقليمها لمكتبات NEBNext التي يتم تسلسلها على جهاز Illumina؟ ج: تشبه مكتبات NEBNext الخاصة بـ Illumina مكتبات TruSeq ويمكن تقليمها مثل TruSeq: قراءة المحول 1 AGATCGGAAGAGCACACGTCTGAACTCCAGTCA قراءة المحول 2 AGATCGGAAGAGCGTCGTGTAGGGAAAGAGTGT س: ماذا أفعل إذا تلقيت خطأ تصادم الفهرس/تصادم الباركود؟ ج: إذا تلقيت خطأ تصادم الفهرس عند فك تشفير NEBNext Multiplex Oligos، فقم بالترقية إلى: إصدار البرنامج Bclconvert 4.1.7 أو أحدث، Bcl2fastq أي إصدار، Picard IlluminaBasecallsToSam أي إصدار. تواصل مع الدعم الفني إذا كانت لديك أي أسئلة أخرى.