نيو إنجلاند بيولابس، M0348L، إنزيم تجزئة الحمض النووي المزدوج NEBNext®

بالنسبة لمعظم التطبيقات، وخاصةً تلك التي تتطلب تجزئة قابلة للضبط الزمني أو الحفاظ على المثيلة، نوصي بما يلي: الفئات ذات الصلة: تجزئة الحمض النووي DNA وتجزئة الحمض النووي RNA. المواصفات: شروط التفاعل : محلول تفاعل NEBNext® dsDNA Fragmentase® v2 بتركيز 1X، محلول تفاعل NEBNext® dsDNA Fragmentase® v2 بتركيز 1X، 20 ملي مولار Tris-HCl، 15 ملي مولار MgCl2، 50 ملي مولار NaCl، 0.1 مليغرام/مل BSA، 0.15% Triton® X-100 (الأس الهيدروجيني 7.5 عند 25 درجة مئوية). الأسئلة الشائعة : س: عند تغيير إنزيم dsDNA Fragmentase (NEB #M0348) ليشمل محلول Fragmentase v2، هل طرأ أي تغيير على إنزيم dsDNA Fragmentase نفسه؟ ج: لا، لم تتغير تركيبة إنزيم dsDNA Fragmentase، بل تغير فقط المحلول المرفق مع الإنزيم. س: ما هي منصات التسلسل التي يمكن استخدام شظايا الحمض النووي المُنتجة باستخدام إنزيم dsDNA Fragmentase (NEB #M0348) معها؟ ج: يُعد الحمض النووي المُنتج بواسطة إنزيم dsDNA Fragmentase مناسبًا للعديد من التطبيقات اللاحقة، بما في ذلك تسلسل الجيل التالي. ونظرًا لأن النهايات التي يُنتجها هذا الإنزيم ليست نهايات غير لاصقة، فسيكون إصلاح النهايات ضروريًا في بعض التطبيقات. س: ما هي أنواع الحمض النووي المناسبة للتجزئة باستخدام إنزيم dsDNA Fragmentase (NEB #M0348)؟ ج: يعمل إنزيم dsDNA Fragmentase على الحمض النووي ثنائي السلسلة الخالي من مثبطات الإنزيم وEDTA. إذا كانت عينة الحمض النووي تحتوي على EDTA، فيمكن إضافة MgCl2 المُرفق للتعويض. ولضمان تجزئة متسقة، يجب أن تكون كمية EDTA وMgCl2 متسقة بين العينات. س: ما نوع النهايات التي يُنتجها إنزيم dsDNA Fragmentase (NEB #M0348)؟ ج: على الرغم من أن عملية التجزئة عشوائية إلى حد ما، إلا أن إنزيم تجزئة الحمض النووي المزدوج (dsDNA Fragmentase) يُنتج عادةً نتوءات من 1 إلى 4 قواعد على الطرف 5'. كما تُنتج بعض النهايات غير المتداخلة والنتوءات على الطرف 3'. س: هل يمكن تعطيل إنزيم تجزئة الحمض النووي المزدوج (NEB #M0348) بالحرارة؟ ج: نعم، يمكن تعطيل إنزيم تجزئة الحمض النووي المزدوج بالحرارة عن طريق الحضانة عند 65 درجة مئوية لمدة 15 دقيقة في وجود 50 ملي مول من ثنائي ثيوثريتول (DTT). مع ذلك، يجب تنقية العينة لمعظم التطبيقات اللاحقة، حتى بعد التفكك الحراري. من المهم ملاحظة أن التسخين قد يُتلف الحمض النووي. يُعد إيقاف التفاعل باستخدام ثنائي أمين الإيثيلين رباعي حمض الأسيتيك (EDTA) ثم إزالته أكثر لطفًا على الحمض النووي، ولذلك يُوصى به. س: هل يُمكنني إضافة إنزيم الربط (ligase) إلى عينات الحمض النووي بعد استخدام إنزيم تجزئة الحمض النووي المزدوج (NEB #M0348) لإغلاق أي شقوق؟ ج: نعم، يمكن إضافة إنزيم ربط الحمض النووي E. Coli (NEB #M0205) بعد عملية التنظيف. س: هل يحتوي كاشف التجزئة الموجود في مجموعات NEBNext Ultra® II FS DNA على إنزيم NEBNext dsDNA Fragmentase®؟ ج: لا، تحتوي منتجات Ultra II FS (نظام التجزئة) على مزيج فريد من الإنزيمات التي تُجزئ الحمض النووي، وتُصلح نهاياته، وتُضيف ذيل dA، في أنبوب واحد. إنزيم Fragmentase غير موجود في مزيج إنزيمات FS.