نيو إنجلاند بيولابس، M0544S، مزيج NEBNext® Ultra™ II Q5® الرئيسي

فئات ذات صلة بـ NEBNext Ultra II Q5: تحضير مكتبات الحمض النووي لتقنية Illumina، تحليل مثيلة الحمض النووي عن طريق تحويل البيسلفيت، أتمتة تحضير مكتبات NEBNext® NGS، تطبيقات تفاعل البوليميراز المتسلسل (PCR)، الأسئلة الشائعة : س: ما الجديد في مزيج NEBNext Ultra II Q5 الرئيسي؟ ج: تم تحسين مزيج NEBNext Ultra II Q5 الرئيسي لزيادة إنتاجية تفاعل البوليميراز المتسلسل (PCR) لمكتبات NGS، مع الحد الأدنى من تحيز GC. طبيعته القائمة على الأبتامر، وبدء التشغيل الساخن تجعله مثاليًا للأتمتة، وهو متوافق مع العديد من الخرزات المغناطيسية الكربوكسيلية، والتوسيلية، والستربتافيدينية التي تُستخدم غالبًا مع سير عمل NGS. س: هل مزيج NEBNext Ultra II Q5 الرئيسي هو بدء تشغيل ساخن؟ ج: نعم، مزيج NEBNext Ultra II Q5 الرئيسي هو بدء تشغيل ساخن. يمكنك إعداد تفاعل PCR على الجليد أو في درجة حرارة الغرفة. س: هل مزيج NEBNext Ultra II Q5 الرئيسي هو نفسه مزيج Q5 Hot Start High-Fidelity 2X الرئيسي (M0494)؟ ج: لا. على الرغم من احتواء كلا المزيجين الرئيسيين على بوليميراز الحمض النووي عالي الدقة Q5 Hot Start، إلا أن تركيبة المزيج الرئيسي مختلفة. تم تحسين مزيج NEBNext Ultra II Q5 الرئيسي خصيصًا لتضخيم مكتبات NGS بكفاءة عالية، بينما تم تحسين مزيج Q5 Hot Start High-Fidelity 2X الرئيسي لتضخيم مجموعة متنوعة من القوالب، بما في ذلك المضخمات الأطول. س: ما الفرق بين مزيج NEBNext Ultra II Q5 الرئيسي ومزيج NEBNext Q5 Hot Start HiFi PCR الرئيسي (M0543)؟ ج: على الرغم من احتواء كلا المزيجين الرئيسيين على بوليميراز الحمض النووي عالي الدقة Q5 Hot Start، إلا أن تركيبة المزيج الرئيسي مختلفة. تم تحسين مزيج NEBNext Ultra II Q5 الرئيسي خصيصًا لتضخيم مكتبات NGS بدقة عالية وبأقل قدر من التحيز في التضخيم. بالإضافة إلى ذلك، لا يُكوّن مزيج NEBNext Ultra II Q5 الرئيسي راسبًا. في المقابل، قد يُكوّن مزيج NEBNext Q5 Hot Start HiFi PCR الرئيسي راسبًا ويتطلب خلطًا إضافيًا. يختلف عدد دورات تفاعل البوليميراز المتسلسل (PCR) الموصى بها لكل تركيبة، ومن المهم اتباع إرشادات التدوير الصحيحة. س: ما الفرق بين مزيج NEBNext Ultra II Q5 Master Mix ومزيج NEBNext High-Fidelity 2X PCR Master Mix (M0541)؟ ج: على الرغم من احتواء كلا المزيجين على بوليميراز الحمض النووي Q5 عالي الدقة، إلا أن تركيب المزيج الرئيسي مختلف. تم تحسين مزيج NEBNext Ultra II Q5 Master Mix خصيصًا لتضخيم مكتبات التسلسل الجيني من الجيل التالي (NGS) بدقة عالية وبأقل قدر من التحيز في التضخيم. بالإضافة إلى ذلك، يكون تضخيم مكتبات NGS أكثر قوة في وجود أو غياب الخرز المغناطيسي، كما أنه يتميز ببدء تشغيل سريع، مما يجعله مثاليًا لسير العمل الذي يتضمن الأتمتة. س: ما هي ظروف التدوير التي يجب استخدامها مع مزيج NEBNext Ultra II Q5 Master Mix؟ ج: لقد قمنا بتحسين ظروف التدوير لتضخيم مكتبات NGS بقوة عالية وبأقل قدر من التحيز. نوصي بدرجة حرارة تمديد تبلغ 65 درجة مئوية لهذا التطبيق. في حال استخدام بادئات أخرى غير بادئات NEBNext، قد تحتاج إلى ضبط درجة حرارة التلدين. س: هل يمكنني زيادة حجم تفاعل PCR لزيادة إنتاجية المكتبة؟ ج: نوصي بحجم 50 ميكرولتر لتفاعل PCR. زيادة حجم التفاعل وحدها لا تزيد الإنتاجية. يمكنك زيادة عدد دورات PCR تدريجيًا و/أو زيادة تركيز البادئات في تفاعل PCR بحجم 50 ميكرولتر لتحقيق إنتاجية أعلى. يُرجى ملاحظة أنه من الشائع أن تُظهر المكتبات ذات الإنتاجية 2 ميكروغرام أو أعلى تحيزًا في التضخيم. س: كم عدد دورات PCR التي يجب إجراؤها باستخدام NEBNext Ultra II Q5 Master Mix؟ ج: يعتمد ذلك على كمية المدخلات. للاستخدام مع مجموعات NEBNext، راجع الإرشادات المرفقة ببطاقة البروتوكول أو بروتوكول مجموعة المكتبة المحددة. س: هل يمكنني استخدام NEBNext Ultra II Q5 Master Mix لتضخيم الحمض النووي منخفض الجودة، مثل الحمض النووي FFPE؟ ج: نعم. مع ذلك، وكما هو الحال مع معظم المنتجات، قد تتوقع انخفاضًا في المردود مع الحمض النووي المتضرر بشدة، مثل الحمض النووي المستخلص من عينات FFPE. س: هل يحتوي مزيج NEBNext Ultra II Q5 Master Mix على dUTP؟ ج: لا. لا يحتوي مزيج NEBNext Ultra II Q5 Master Mix على dUTP، وهو غير متوافق مع الحمض النووي المعالج بالبيسلفيت. بالنسبة للبروتوكولات التي تستخدم الحمض النووي المعالج بالبيسلفيت، يمكن استخدام مزيج NEBNext® Q5U® Master Mix (أو إنزيم EpiMark™ Hot Start DNA Polymerase). س: هل يمكنني استخدام مزيج NEBNext Ultra II Q5 Master Mix لتضخيم المكتبات المحولة بالبيسلفيت؟ ج: لا. يحتوي مزيج NEBNext Ultra II Q5 Master Mix على بوليميراز الحمض النووي من النوع B الذي لا يتحمل اليوراسيل/dUTP. وبالتالي، فإن مزيج NEBNext Ultra II Q5 Master Mix غير متوافق مع الحمض النووي المحول بالبيسلفيت، ولا يمكنه إضافة dUTP. بالنسبة للبروتوكولات التي تستخدم الحمض النووي المعالج بالبيسلفيت، يمكن استخدام بوليميراز الحمض النووي EpiMark™ Hot Start. س: هل منتجات الحمض النووي الناتجة عن مزيج NEBNext Q5 Hot Start HiFi PCR Master Mix ذات نهايات غير لاصقة أم أنها تحتوي على قاعدة واحدة بارزة في الطرف 3'؟ ج: كما هو الحال مع جميع منتجات Q5، ينتج مزيج NEBNext Ultra II Q5 Master Mix نهايات غير لاصقة. س: هل يتوافق مزيج NEBNext Ultra II Q5 Master Mix مع الخرز المستخدم عادةً في سير عمل NGS؟ ج: نعم، يمكن إجراء تفاعلات PCR باستخدام مزيج NEBNext Ultra II Q5 Master Mix في وجود أنواع مختلفة من الخرز الكربوكسيلي أو التوسيلي المستخدم في سير عمل NGS النموذجي، بما في ذلك خرز AMPure وخرز الستربتافيدين. س: هل يمكنني استخدام مزيج NEBNext Ultra II Q5 Master Mix لإجراء تجارب PCR بسيطة بنقطة نهاية؟ ج: نعم. كما نقدم مزيج Q5 رئيسي آخر، M0494، وهو مُحسَّن لتفاعلات PCR النموذجية بنقطة نهاية. في حال استخدام مزيج NEBNext Ultra II Q5 Master Mix لتفاعل البوليميراز المتسلسل (PCR) ذي نقطة النهاية النموذجية، نوصي باستخدام ظروف دورة M0494 التي تتضمن درجة حرارة تمديد تبلغ 72 درجة مئوية. يمكنكم الاطلاع على المزيد من المعلومات هنا.