نيو إنجلاند بيولابس، N0467L، سلم الحمض النووي Quick-Load® 100 bp

الفئات ذات الصلة: علامات وسلالم الحمض النووي، التطبيقات، تحليل الحمض النووي، المواصفات ، القواعد، كتلة القطعة (نانوغرام) زوج قاعدي، 1 45 1517، 2 35 1200، 3 95 1000، 4 27 900، 5 24 800، 6 21 700، 7 18 600، 8 97 500/517، 9 38 400، 10 29 300، 11 25 200، 12 48 100، نطاق الحجم الفعال: من 100 إلى 1517 زوج قاعدي ، محلول التخزين: 3.3 ملي مولار Tris-HCl، 11 ملي مولار EDTA، 0.015% أزرق بروموفينول، 0.017% SDS، 2.5% Ficoll®-400، درجة الحموضة 8 عند 25 درجة مئوية، الأسئلة الشائعة : س: لماذا تظهر سلالم الحمض النووي في تحليل ساوثرن الخاص بي؟ ما هو تسلسل أو تركيب نطاقات السلم؟ ج: لوحظت هذه الظاهرة في العديد من المختبرات، ورغم عدم وجود تفسير قاطع، إلا أن هناك مصدرين محتملين للتهجين غير المتوقع ظاهريًا بين مسبار المستخدم وحمض DNA الخاص بالسلم. الأول هو أنه إذا كان المسبار نفسه مُستخلصًا من بلازميد قائم على pUC أو pBR، فقد يكون هناك مستوى منخفض من تلوث البلازميد في المسبار الذي يتهجن مع نطاقات السلم، والتي يحتوي معظمها على تسلسلات شبيهة بـ pUC. أما الثاني، فقد يكون مجرد تشابه عشوائي منخفض التخصص بين المسبار وجزء من أجزاء السلم. تتكون النطاقات بالكامل من حمض DNA مُستخلص إما من pUC أو من حمض DNA الخاص بفيروس Adenovirus 2، والذي يُستخدم كحمض DNA حشو لتوليد بلازميدات بالحجم المناسب للعلامات. ولأن الكمية المولية لحمض DNA في نطاقات السلم غالبًا ما تكون فائضة جدًا مقارنةً بحمض DNA الذي يتم فحصه، فإن حتى التشابه المنخفض نسبيًا قد يؤدي إلى دمج كمية كافية من المسبار لإعطاء إشارة قابلة للكشف بسهولة. س: كيف يمكنني تحديد كمية الحمض النووي في كل حزمة من علامات الحمض النووي؟ ج: يمكن تحديد كمية الحمض النووي في كل حزمة بقسمة حجم الحزمة (بالأزواج القاعدية) على حجم جزيء الحمض النووي غير المقطوع (بالأزواج القاعدية)، ثم ضرب الناتج في إجمالي كمية علامات الحمض النووي المحملة على الهلام (بالميكروغرام). س: هل يمكنني استخدام صبغة ميدوري الخضراء مع سلالم الحمض النووي من شركة NEB؟ ج: سلالم الحمض النووي من NEB، بما في ذلك سلم الحمض النووي Quick-Load Purple 1 kb Plus (NEB #N0550)، متوافقة مع صبغة ميدوري الخضراء دون أي تداخل. يُرجى اتباع توصيات الشركة المصنعة للصبغة بدقة. نظرًا لانخفاض شدة الصبغة، قد تحتاج إلى تحميل ما بين 1 و2 ميكروغرام من سلم الحمض النووي للحصول على رؤية جيدة في ظل ظروف الإضاءة فوق البنفسجية القياسية. س: هل يمكنني استخدام صبغات SYBR® و/أو GelRed® مع سلالم الحمض النووي من NEB؟ ج: نظرًا لأن الأصباغ ذات الألفة العالية لربط الأحماض النووية قد تؤثر على هجرة الحمض النووي أثناء الفصل الكهربائي، يُنصح بشدة بتلوين الهلامات بعد الفصل الكهربائي باستخدام صبغات SYBR وGelRed. يُحسّن التلوين بعد الفصل الكهربائي الحساسية ويمنع تداخل الصبغة مع هجرة الحمض النووي. مع أن هلامات الأغاروز يمكن تحضيرها مسبقًا بهذه الأصباغ، إلا أن هجرة و/أو دقة بعض سلالم الحمض النووي قد تتأثر. لذلك، قد تتطلب بعض سلالم الحمض النووي تعديلًا/تخفيفًا عند تشغيلها على هلامات مُحضّرة مسبقًا بهذه الأصباغ. للحصول على أفضل النتائج، يُرجى اتباع توصيات وبروتوكولات الشركة المصنعة للصبغة بدقة، وخاصةً فيما يتعلق بكميات التحميل. نوصي باستخدام سلم الحمض النووي 1 كيلوبايت بلس للتلوين الآمن (NEB #N0559) عند استخدام SYBR أو GelRed كأصباغ مُحضّرة مسبقًا، حيث تم تحسين سلم الحمض النووي هذا خصيصًا لهذا التطبيق. بالإضافة إلى ذلك، تجنب استخدام أصباغ التحميل التي تحتوي على SDS، لأن SDS قد يُسبب نمطًا غير طبيعي للحزم في الهلامات المُحضّرة مسبقًا. نوصي باستخدام صبغة تحميل الجل، بنفسجي (6X)، بدون SDS (NEB #B7025) لهذا التطبيق. س: لماذا يطفو سلم الحمض النووي الخاص بي خارج الآبار؟ ولماذا لا تظهر أي حزم في مسار هلام سلم الحمض النووي؟ ج: إذا تم تجميد سلم الحمض النووي الجاهز للتحميل أو صبغة التحميل 6X المرفقة به في أي وقت، فسيشكل محلول الفيكول تدرجًا في الكثافة داخل القارورة عند إذابته. أي حجم يتم سحبه من أعلى القارورة سيحتوي على كمية صغيرة فقط من عامل الكثافة وسيطفو خارج الآبار. لمنع ذلك، اخلط جيدًا عند الاستلام وقبل الاستخدام. س: ما هي الاختلافات بين الإصدارات الأربعة من سلم الحمض النووي 1 كيلوبايت بلس (المعروف سابقًا باسم سلم الحمض النووي 2-لوغاريتم)، و100 زوج قاعدي، و1 كيلوبايت التي تبيعها شركة NEB؟ ج: تأتي هذه السلالم بأربعة أشكال. اختر من بين السلم التقليدي، أو إصدار Quick-Load® الذي يستخدم إما صبغة أرجوانية غير متألقة (NEB #B7024) أو أزرق بروموفينول كصبغة تثبيت، أو TriDye™ الذي يحتوي على ثلاث صبغات تعمل كـ وسائل بصرية لمراقبة تقدم عملية الهجرة أثناء الفصل الكهربائي على هلام الأغاروز. كما تتضمن النسخ سريعة التحميل قارورة من صبغة التحميل، مجانًا.