نيو إنجلاند بيولابس، N0551S، سلم الحمض النووي Quick-Load® الأرجواني 100 زوج قاعدي

الفئات ذات الصلة: سلالم الحمض النووي الأرجوانية سريعة التحميل، علامات وسلالم الحمض النووي، تطبيقات تحليل الحمض النووي، المواصفات: القواعد ، كتلة القطعة (نانوغرام) زوج قاعدي، 1 45 1517، 2 35 1200، 3 95 1000، 4 27 900، 5 24 800، 6 21 700، 7 18 600، 8 97 500/517، 9 38 400، 10 29 300، 11 25 200، 12 48 100، نطاق الحجم الفعال : من 100 إلى 1517 زوج قاعدي، محلول التخزين : 2.5% فيكول®-400، 10 ملي مولار EDTA، 3.3 ملي مولار Tris-HCl، 0.001% صبغة 2، 0.02% صبغة 1، الرقم الهيدروجيني 8 عند 25 درجة مئوية، الأسئلة الشائعة: س: هل يمكنني استخدام ميدوري؟ هل تتوافق سلالم الحمض النووي من NEB مع صبغة Midori Green؟ ج: سلالم الحمض النووي من NEB، بما في ذلك سلم الحمض النووي Quick-Load Purple 1 kb Plus (NEB #N0550)، متوافقة مع صبغة Midori Green دون أي تداخل ملحوظ. يُرجى اتباع توصيات الشركة المصنعة للصبغة بدقة. نظرًا لانخفاض شدة الصبغة، قد تحتاج إلى تحميل ما بين 1 و2 ميكروغرام من سلم الحمض النووي للحصول على رؤية جيدة في ظل ظروف الإضاءة فوق البنفسجية القياسية. س: لماذا تظهر حزم إضافية على هلامات البولي أكريلاميد؟ ج: لزيادة شدة الحزم الأصغر وحزم المرجع، تم استنساخ أجزاء متعددة من نفس الحجم في البلازميدات المستخدمة في العديد من سلالم الحمض النووي. هذه الأجزاء، المتطابقة في الحجم، لا يمكن تمييزها على هلامات الأغاروز، ولكن على هلامات الأكريلاميد، حتى الاختلافات الطفيفة في تسلسل الحمض النووي يمكن أن تؤدي إلى معدلات هجرة مختلفة بشكل ملحوظ. لا تتحرك الأجزاء من نفس الحجم دائمًا بنفس الطريقة على الأكريلاميد. بالنسبة لسلم الحمض النووي ذي 100 زوج قاعدي، تنفصل القطعتان 500 و517 زوج قاعدي، اللتان تظهران كشريطين متقاربين على هلام الأغاروز، بوضوح تام على هلام الأكريلاميد، حيث يقع الشريط 517 زوج قاعدي تقريبًا في منتصف المسافة بين القطعتين 500 و600 زوج قاعدي. تُعد هذه الهجرة "الشاذة" سمة متأصلة في الرحلان الكهربائي على هلام الأكريلاميد، ولا تشير إلى أي خطأ في الحجم المُحدد لقطع الحمض النووي في سلمنا. أما بالنسبة لسلم الحمض النووي ذي 50 زوج قاعدي وسلم الوزن الجزيئي المنخفض، فإن اثنين أو أكثر من الأشرطة المكونة للشريط المرجعي 200 زوج قاعدي تميل إلى الظهور بشكل مختلف، مما ينتج عنه شريط إضافي واحد أو أكثر يمكن اكتشافه حول نطاق 200 زوج قاعدي. وكما هو الحال مع سلم الحمض النووي ذي 100 زوج قاعدي، يُعزى هذا الأمر بشكل أكبر إلى قيود تقنية هلام الأكريلاميد وليس إلى مشكلة في تركيب السلم. كما هو مُعرّف في معظم أدلة مختبرات البيولوجيا الجزيئية (دليل ماناتيس للاستنساخ الجزيئي في كولد سبرينغز هاربور، الطبعة الثانية)، وكما أقرّ بذلك مُصنّعو هلامات الأكريلاميد، يُنصح باستخدام هلامات الأغاروز كلما أمكن ذلك في التطبيقات التي تتطلب تحديدًا دقيقًا لأحجام شظايا الحمض النووي. س: هل يُمكنني استخدام صبغات SYBR® و/أو GelRed® مع سلالم الحمض النووي من NEB؟ ج: نظرًا لأن الصبغات ذات الألفة العالية لربط الأحماض النووية قد تؤثر على هجرة الحمض النووي أثناء الفصل الكهربائي، يُوصى بشدة بتلوين الهلامات بعد الفصل الكهربائي باستخدام صبغات SYBR وGelRed. يُؤدي التلوين بعد الفصل الكهربائي إلى حساسية فائقة ويُزيل احتمال تداخل الصبغة مع هجرة الحمض النووي. مع أن هلامات الأغاروز يُمكن تحضيرها مُسبقًا بهذه الصبغات، إلا أن هجرة و/أو دقة بعض سلالم الحمض النووي قد تتأثر. لذلك، قد تتطلب بعض سلالم الحمض النووي تحسينًا/تخفيفًا عند تشغيلها على هلامات مُحضّرة مُسبقًا بهذه الصبغات. للحصول على أفضل النتائج، يُرجى اتباع توصيات الشركة المصنعة للصبغة وبروتوكولاتها بدقة، وخاصةً فيما يتعلق بكميات التحميل. نوصي باستخدام سلم الحمض النووي 1 كيلوبايت بلس للتلوين الآمن (NEB #N0559) عند استخدام SYBR أو GelRed كصبغات جاهزة، حيث تم تحسين سلم الحمض النووي هذا خصيصًا لهذا التطبيق. بالإضافة إلى ذلك، تجنب استخدام صبغات التحميل التي تحتوي على SDS، لأن SDS قد يتسبب في ظهور نمط غير طبيعي للأشرطة في الهلامات الجاهزة. نوصي باستخدام صبغة تحميل الجل، بنفسجية (6X)، خالية من SDS (NEB #B7025) لهذا التطبيق. س: لماذا يطفو سلم الحمض النووي الخاص بي خارج الآبار؟ ولماذا لا تظهر أي حزم في مسار هلام سلم الحمض النووي؟ ج: إذا تم تجميد سلم الحمض النووي الجاهز للتحميل أو صبغة التحميل 6X المرفقة به في أي وقت، فسيشكل محلول الفيكول تدرجًا في الكثافة داخل القارورة عند إذابته. أي حجم يتم سحبه من أعلى القارورة سيحتوي على كمية صغيرة فقط من عامل الكثافة وسيطفو خارج الآبار. لمنع ذلك، اخلط جيدًا عند الاستلام وقبل الاستخدام. س: ما هي الاختلافات بين الإصدارات الأربعة من سلم الحمض النووي 1 كيلوبايت بلس (المعروف سابقًا باسم سلم الحمض النووي 2-لوغاريتم)، و100 زوج قاعدي، و1 كيلوبايت التي تبيعها شركة NEB؟ ج: تأتي هذه السلالم بأربعة أشكال. اختر من بين السلم التقليدي، أو إصدار Quick-Load® الذي يستخدم إما صبغة أرجوانية غير متألقة (NEB #B7024) أو أزرق بروموفينول كصبغة تثبيت، أو TriDye™ الذي يحتوي على ثلاث صبغات تعمل كـ وسائل بصرية لمراقبة تقدم عملية الهجرة أثناء الفصل الكهربائي على هلام الأغاروز. كما تتضمن النسخ سريعة التحميل قارورة من صبغة التحميل، مجانًا.