نيو إنجلاند بيولابس، N0558S، سلم الحمض النووي TriDye™ ذو المدى المنخفض للغاية

الفئات ذات الصلة: علامات وسلالم الحمض النووي، التطبيقات، تحليل الحمض النووي، المواصفات، القواعد، كتلة القطعة (نانوغرام) زوج قاعدي، 1 49 700، 2 46 650، 3 28 400، 4 63 300، 5 28 200، 6 11 150، 7 14 100، 8 21 75، 9 70 50، 10 10 35، 11 16 25، 12 19 15، 13 125، 10، نطاق الحجم الفعال من 10 إلى 700 زوج قاعدي ، محلول التخزين: 10 ملي مولار Tris-HCl، 10 ملي مولار EDTA، 10% جلسرين، 0.006% زيلين سيانول، 0.006% أزرق بروموفينول، 0.06% برتقالي G، الرقم الهيدروجيني 8 عند 25 درجة مئوية، الأسئلة الشائعة : س: ما هي كمية سلم الحمض النووي TriDye™ Ultra Low Range؟ س: ما هي الكمية المناسبة للتحميل؟ ج: نوصي بتحميل 5 ميكرولتر (0.5 ميكروغرام) من سلم الحمض النووي TriDye™ فائق الدقة (منخفض المدى) لكل مسار في هلام البولي أكريلاميد. ونوصي بتحميل 10 ميكرولتر (1 ميكروغرام) من سلم الحمض النووي TriDye™ فائق الدقة (منخفض المدى) لكل مسار في هلام الأغاروز. س: لماذا أرى 12 حزمة فقط في سلم الحمض النووي فائق الدقة (منخفض المدى)؟ ج: في هلام الأغاروز، قد تظهر شظايا الحمض النووي بطول 700 و650 زوجًا قاعديًا كحزمة واحدة. بينما ستظهر بشكل منفصل في هلام البولي أكريلاميد. س: هل أستخدم محلول TBE أم TAE لهلام الأغاروز؟ ج: نوصي باستخدام محلول TBE في هلام الأغاروز ومحاليل الفصل الكهربائي، حيث يوفر محلول TBE دقة فصل أفضل لشظايا الحمض النووي الأصغر. قد لا تنفصل الشظايا التي يقل طولها عن 15 زوجًا قاعديًا بكفاءة عند استخدام محلول TAE. س: هل يمكنني استخدام سلم الحمض النووي TriDye™ ذو النطاق المنخفض للغاية مع أصباغ GelRed® أو SYBR®؟ ج: نوصي باستخدام GelRed® وGelGreen® وSYBR® Safe وSYBR® Gold وSYBR® Green I كأصباغ ما بعد الفصل الكهربائي فقط. قد يؤدي استخدامها كأصباغ مُدمجة مسبقًا في الهلام إلى إعاقة هجرة أصغر أجزاء الحمض النووي، مما ينتج عنه نمط نطاقات غير طبيعي. قد يلزم إجراء تحسينات لرؤية جميع أجزاء الحمض النووي بشكل صحيح. قد تختلف شدة بعض النطاقات. س: ما هي أنواع هلام البولي أكريلاميد التي يمكنني استخدامها؟ ج: يمكن فصل سلم الحمض النووي TriDye™ ذو النطاق المنخفض للغاية بشكل كامل على هلامات البولي أكريلاميد الأصلية بتركيزات 4-20% و10% و20% من محلول TBE. هذا السلم غير مناسب للاستخدام في ظروف التمسخ. س: لماذا تكون بعض النطاقات في سلم الحمض النووي باهتة في أسفل الهلام؟ ج: تسير معظم الصبغات في الاتجاه المعاكس لاتجاه هجرة الحمض النووي. ونتيجةً لذلك، قد يكون تركيز الصبغة أقل في الجزء السفلي من الهلام، مما قد يؤدي إلى تلوين غير متجانس للأشرطة السفلية. وتعتمد مساحة الهلام ذات التركيز المنخفض للصبغة بشكل كبير على ظروف الهجرة (نسبة الهلام، والجهد الكهربائي، والمحلول المنظم، ومدة التشغيل، إلخ). ويمكن التغلب على هذا التأثير بإضافة بعض الصبغة إلى محلول التشغيل. عند استخدام سلم الحمض النووي في الفصل الكهربائي على هلام الأغاروز، نوصي باستخدام بروميد الإيثيديوم بتركيز 0.5 ميكروغرام/مل في كل من الهلام ومحلول الهجرة، لضمان رؤية واضحة لأصغر شظايا الحمض النووي. لا نوصي بصب هلامات يزيد سمكها عن 5 مم، لأن شظايا الحمض النووي الأصغر قد تنتشر بسهولة أكبر وقد يصعب تلوينها بكفاءة في الهلامات السميكة. عند استخدام أمشاط عريضة (10 مم)، نوصي بتحميل 15 ميكرولتر (1.5 ميكروغرام) من مُرَسِّب الحمض النووي TriDye™ Ultra Low Range لكل حارة هلامية لضمان رؤية فعّالة لأصغر شظايا الحمض النووي. وللحصول على رؤية مثالية لجميع الحزم، نوصي بتعريض الهلام للأشعة فوق البنفسجية دون استخدام أي صينية صب كلما أمكن ذلك. حتى الصواني الشفافة للأشعة فوق البنفسجية قد تحجب شظايا الحمض النووي عند التعرض لها. س: لماذا تبدو شظية 10 أزواج قاعدية باهتة مقارنةً بالشظايا الأخرى؟ ج: على الرغم من أن كتلة الحمض النووي لكل حزمة أعلى في شظية 10 أزواج قاعدية مقارنةً بالشظايا الأخرى، إلا أنها ستظهر باهتة على الهلام، وذلك لأن شظايا الحمض النووي الصغيرة جدًا لا ترتبط بعوامل التداخل بنفس كفاءة ارتباط العوامل الأخرى، ولأنها تنتشر بشكل أكبر في مصفوفة الهلام، ولأن عوامل التداخل المشحونة (بروميد الإيثيديوم أو غيره) ستتحرك في اتجاه معاكس في الهلام.