نيو إنجلاند بيولابس، N3270S، سلم الحمض النووي TriDye™ 1 kb Plus

الفئات ذات الصلة: علامات وسلالم الحمض النووي، التطبيقات، تحليل الحمض النووي، المواصفات، القواعد، كتلة القطعة (نانوغرام) زوج قاعدي، 1 40 10002، 2 40 8001، 3 48 6001، 4 40 5001، 5 32 4001، 6 120 3001، 7 40 2017، 8 57 1517، 9 45 1200، 10 122 1000، 11 34 900، 12 31 800، 13 27 700، 14 23 600، 15 124 500/517، 16 49 400، 17 37 300، 18 32 200، 19 61 100، نطاق الحجم الفعال: من 100 إلى 10002 زوج قاعدي، محلول التخزين 0.006% زيلين سيانول، 10 ملي مولار تريس-هيدروكلوريد، 10 ملي مولار إيدتا، 10% جلسرين، 0.006% بروموفينول أزرق، 0.06% برتقالي G، درجة الحموضة 8 عند 25 درجة مئوية. الأسئلة الشائعة : س: لماذا تظهر سلالم الحمض النووي في تحليل ساوثرن بلوت؟ ما هو تسلسل أو تركيب حزم السلم؟ ج: لوحظت هذه الظاهرة في العديد من المختبرات، وعلى الرغم من عدم وجود تفسير قاطع، إلا أن هناك مصدرين محتملين للتهجين غير المتوقع على ما يبدو بين مسبار المستخدم وحمض السلم النووي. الأول هو أنه إذا تم توليد المسبار نفسه من بلازميد قائم على pUC أو pBR، فقد يكون هناك مستوى منخفض من تلوث البلازميد في المسبار الذي يتهجن مع حزم السلم، والتي يحتوي معظمها على تسلسلات شبيهة بـ pUC. بدلاً من ذلك، قد يكون هناك مجرد تشابه عشوائي منخفض التخصص بين المسبار وجزء من شظايا السلم. تتكون الحزم بالكامل من الحمض النووي المستخلص إما من pUC أو من الحمض النووي لفيروس الأدينو 2، والذي يُستخدم كحمض نووي حشو لتوليد بلازميدات بالحجم المناسب للعلامات. ولأن كمية الحمض النووي في حزم السلم غالبًا ما تكون أعلى بكثير من كمية الحمض النووي المراد فحصه، فإن حتى التشابه المنخفض نسبيًا قد يؤدي إلى دمج كمية كافية من المجس لإعطاء إشارة قابلة للكشف بسهولة. س: كيف يمكنني تحديد كمية الحمض النووي في كل حزمة من علامات الحمض النووي؟ ج: يمكن تحديد كمية الحمض النووي في كل حزمة بقسمة حجم الحزمة (بالأزواج القاعدية) على حجم جزيء الحمض النووي غير المقطوع (بالأزواج القاعدية) وضرب الناتج في إجمالي كمية علامات الحمض النووي المحملة على الهلام (بالميكروغرام). س: هل يمكنني استخدام صبغة ميدوري الخضراء مع سلالم الحمض النووي من NEB؟ ج: سلالم الحمض النووي من NEB، بما في ذلك سلم الحمض النووي Quick-Load Purple 1 kb Plus (NEB #N0550)، متوافقة مع صبغة ميدوري الخضراء دون أي تداخل ملحوظ. يُرجى اتباع توصيات الشركة المصنعة للصبغة بدقة. نظرًا لانخفاض كثافة الصبغة، قد تحتاج إلى تحميل ما بين 1 و2 ميكروغرام من سلم الحمض النووي لتحقيق رؤية جيدة في ظل ظروف الإضاءة فوق البنفسجية القياسية. س: هل يمكنني استخدام صبغات SYBR® و/أو GelRed® مع سلالم الحمض النووي من NEB؟ ج: نظرًا لأن الصبغات ذات الألفة العالية لربط الأحماض النووية قد تؤثر على هجرة الحمض النووي أثناء الفصل الكهربائي، يُنصح بشدة بتلوين الهلامات بعد الفصل الكهربائي باستخدام صبغات SYBR وGelRed. يؤدي التلوين بعد الفصل الكهربائي إلى حساسية فائقة ويمنع تداخل الصبغة مع هجرة الحمض النووي. على الرغم من إمكانية تحضير هلامات الأغاروز مسبقًا بهذه الصبغات، إلا أن هجرة و/أو دقة بعض سلالم الحمض النووي قد تتأثر. لذلك، قد تتطلب بعض سلالم الحمض النووي تحسينًا/تخفيفًا عند تشغيلها على هلامات مُحضرة مسبقًا بهذه الصبغات. للحصول على أفضل النتائج، يُرجى اتباع توصيات وبروتوكولات الشركة المصنعة للصبغة بعناية، وخاصة فيما يتعلق بكميات التحميل. نوصي باستخدام سلم الحمض النووي 1 كيلوبايت بلس للتلوين الآمن (NEB #N0559) عند استخدام SYBR أو GelRed كأصباغ جاهزة، حيث تم تحسين هذا السلم خصيصًا لهذا الغرض. بالإضافة إلى ذلك، تجنب استخدام أصباغ التحميل التي تحتوي على SDS، لأن SDS قد يتسبب في ظهور نمط غير طبيعي للشرائط في الهلامات الجاهزة. نوصي باستخدام صبغة تحميل الهلام، بنفسجية (6X)، خالية من SDS (NEB #B7025) لهذا الغرض. س: لماذا يطفو سلم الحمض النووي الخاص بي خارج الآبار؟ ولماذا لا تظهر أي حزم في مسار هلام سلم الحمض النووي؟ ج: إذا تم تجميد سلم الحمض النووي الجاهز للتحميل أو صبغة التحميل 6X المرفقة به في أي وقت، فسيشكل محلول الفيكول تدرجًا في الكثافة داخل القارورة عند إذابته. أي حجم يتم سحبه من أعلى القارورة سيحتوي على كمية صغيرة فقط من عامل الكثافة وسيطفو خارج الآبار. لمنع ذلك، اخلط جيدًا عند الاستلام وقبل الاستخدام. س: ما هي الاختلافات بين الإصدارات الأربعة من سلم الحمض النووي 1 كيلوبايت بلس (المعروف سابقًا باسم سلم الحمض النووي 2-لوغاريتم)، و100 زوج قاعدي، و1 كيلوبايت التي تبيعها شركة NEB؟ ج: تأتي هذه السلالم بأربعة أشكال. اختر من بين السلم التقليدي، أو إصدار Quick-Load® الذي يستخدم إما صبغة أرجوانية غير متألقة (NEB #B7024) أو أزرق بروموفينول كصبغة تثبيت، أو TriDye™ الذي يحتوي على ثلاث صبغات تعمل كـ وسائل بصرية لمراقبة تقدم عملية الهجرة أثناء الفصل الكهربائي على هلام الأغاروز. كما تتضمن النسخ سريعة التحميل قارورة من صبغة التحميل، مجانًا.