مختبرات نيو إنجلاند البيولوجية، R0101T، EcoRI

تمت إعادة صياغة EcoRI باستخدام الألبومين المؤتلف (rAlbumin) بدءًا من رقم الدفعة 10227213. الفئات ذات الصلة: إنزيمات القطع المحددة CG، تطبيقات إنزيمات القطع المحددة الموفرة للوقت: الاستنساخ السريع: سرّع عمليات الاستنساخ باستخدام كواشف من NEB، مواصفات هضم إنزيم القطع، تعريف الوحدة : تُعرَّف الوحدة الواحدة بأنها كمية الإنزيم اللازمة لهضم 1 ميكروغرام من الحمض النووي λ في ساعة واحدة عند 37 درجة مئوية في حجم تفاعل إجمالي قدره 50 ميكرولتر. شروط التفاعل: محلول NEBuffer™ EcoRI/SspI بتركيز 1X، يُحضن عند درجة حرارة 37 درجة مئوية. محلول NEBuffer™ EcoRI/SspI بتركيز 1X، يحتوي على: 100 ملي مولار Tris-HCl، 50 ملي مولار NaCl، 10 ملي مولار MgCl2، 0.025% Triton® X-100 (الأس الهيدروجيني 7.5 عند 25 درجة مئوية). النشاط في محاليل NEBuffer™: NEBuffer™ r1.1: 25%، NEBuffer™ r2.1: 100%، NEBuffer™ r3.1: 50%، محلول rCutSmart™: 50%. توافق المخفف : محلول التخزين المخفف C: يحتوي على: 10 ملي مولار KPO4، 300 ملي مولار NaCl، 0.1 ملي مولار EDTA، 200 ميكروغرام/مل ألبومين مُعاد التركيب، 50% جلسرين، 1 ملي مولار DTT، 0.15% Triton®. X-100 عند درجة حموضة 7 ودرجة حرارة 25 درجة مئوية، تعطيل حراري عند 65 درجة مئوية لمدة 20 دقيقة. حساسية المثيلة : مثيلة dam: غير حساسة، مثيلة dcm: غير حساسة، مثيلة CpG: محجوبة ببعض تركيبات التداخل. الأسئلة الشائعة : س: ما هو النشاط النجمي وكيف يمكن تجنبه؟ ج: لقد ثبت أنه في ظل ظروف غير قياسية قاسية، تكون إنزيمات القطع قادرة على قطع تسلسلات مشابهة ولكنها ليست مطابقة لتسلسل التعرف المحدد لها. يُطلق على هذه الخصوصية المتغيرة أو المتساهلة اسم "النشاط النجمي". وقد اقتُرح أن النشاط النجمي قد يكون خاصية عامة لإنزيمات القطع، وأنه يمكن جعل أي إنزيم قطع يقطع مواقع غير تقليدية في ظل ظروف قاسية معينة. تعتمد طريقة تغيير خصوصية الإنزيم على الإنزيم نفسه وعلى الظروف المستخدمة لتحفيز النشاط النجمي. تشمل أكثر أنواع النشاط المُعدَّل شيوعًا استبدال قاعدة واحدة، وقص القواعد الخارجية في تسلسل التعرُّف، وقطع السلسلة المفردة. يُمكن التحكُّم الكامل في النشاط النجمي في الغالبية العظمى من الحالات، ولا يُشكِّل عادةً مصدر قلق عند إجراء عمليات الهضم باستخدام إنزيمات التقييد. لن تُظهر إنزيمات شركة نيو إنجلاند بيولابس أي نشاط نجمي عند استخدامها في ظل الظروف الموصى بها في محاليل NEBuffers المُرفقة. فيما يلي شروط التفاعل المعروفة بتحفيز أو تثبيط النشاط النجمي. العوامل المساهمة في نشاط الإنزيم النجمي: 1. تركيز عالٍ من الجلسرين [> 5% حجم/حجم] 2. نسبة عالية من الوحدات إلى ميكروغرام من الحمض النووي [تختلف باختلاف الإنزيم، وعادةً ما تكون > 100 وحدة/ميكروغرام] 3. قوة أيونية منخفضة [< 25 ملي مولار] 4. درجة حموضة عالية [> 8.0] 5. وجود مذيبات عضوية [ثنائي ميثيل سلفوكسيد، إيثانول، إيثيلين جليكول، ثنائي ميثيل أسيتاميد، ثنائي ميثيل فورماميد، سلفالان] 6. استبدال أيونات المغنيسيوم (Mg++) بأيونات ثنائية التكافؤ أخرى [منغنيز (Mn++)، نحاس (Cu++)، كوبالت (Co++)، زنك (Zn++] تثبيط النشاط النجمي: إذا كنت قلقًا بشأن النشاط النجمي، نوصي باتباع الإرشادات التالية: 1. استخدم أقل عدد ممكن من الوحدات للحصول على هضم كامل. هذا يمنع الهضم الزائد ويقلل من تركيز الجلسرين النهائي في التفاعل. ٢. تأكد من خلو التفاعل من أي مذيبات عضوية، مثل الكحولات، التي قد تكون موجودة في تحضير الحمض النووي. ٣. ارفع القوة الأيونية لمحلول التفاعل إلى ١٠٠-١٥٠ ملي مولار (شريطة ألا يُثبط الإنزيم بتركيز عالٍ من الملح). ٤. اخفض الرقم الهيدروجيني لمحلول التفاعل إلى ٧.٠. ٥. استخدم أيونات المغنيسيوم (Mg++) كأيون ثنائي التكافؤ. س: هل يجب عليّ تحضير عمليات الهضم باستخدام إنزيمات Time-Saver™ لمدة ٥-١٥ دقيقة؟ هل يمكنني الهضم لفترة أطول؟ ج: تتميز إنزيمات Time-Saver™ من NEB بسرعة عملها (٥-١٥ دقيقة)، كما أنها مصممة ومؤهلة لتحمل عمليات الهضم طوال الليل دون تحلل الحمض النووي. س: ما هي إنزيمات التقييد من NEB التي تأتي مع صبغة تحميل الجل، بنفسجية (٦X)؟ ج: جميع إنزيمات التقييد HF ومعظم إنزيمات التقييد غير HF من NEB تأتي مع صبغة تحميل الجل، بنفسجية (٦X). الإنزيمات المقيدة غير HF التي تأتي مع الصبغة الأرجوانية هي: AatII AsiSI BsmBI-v2 EagI MboI NlaIII PvuI SmaI Acil AvrII BspHI EcoRI MboII NotI RsaI SpeI AfeI BamHI BsrGI EcoRV MluI NspI SacI StuI AflII BbsI ClaI Esp3I FseI MseI PacI SacII AgeI BglII DdeI HaeIII MspI PciI Sali XbaI AluI BsaI DpnI HindIII NcoI PmeI SapI XhoI ApaI BseYI DpnII HpaI NdeI PsiI-v2 SfaNI XmaI ApeKI BsiWI DraI KpnI NheI PstI SfiI XmnI AscI * يتم أيضًا توفير جميع إنزيمات تقييد HF مع تحميل الجل صبغ، بنفسجي (6X) س: هل هذا هل هذا الإنزيم حساس لـ Dam أو Dcm أو مثيلة CpG في الثدييات؟ ج: نعم. لا يستطيع هذا الإنزيم قطع مواقع التعرف في الحمض النووي الجينومي للثدييات التي تُحجب ببعض تركيبات مثيلة CpG المتداخلة. للحصول على أحدث المعلومات حول حساسية المثيلة، يُرجى زيارة Dam-Dcm ومثيلة CpG أو REBASE.