نيو إنجلاند بيولابس، R0117S، AatII

تمت إعادة صياغة إنزيم AatII باستخدام الألبومين المؤتلف (rAlbumin) بدءًا من رقم الدفعة 10268404. الفئات ذات الصلة : إنزيمات القطع المحددة: أ، إنزيمات قطع محددة موفرة للوقت. التطبيقات: الاستنساخ السريع: سرّع عمليات الاستنساخ باستخدام كواشف من NEB. مواصفات هضم إنزيم القطع : تعريف الوحدة : تُعرَّف الوحدة الواحدة بأنها كمية الإنزيم اللازمة لهضم 1 ميكروغرام من الحمض النووي λ في ساعة واحدة عند درجة حرارة 37 درجة مئوية في حجم تفاعل إجمالي قدره 50 ميكرولتر. شروط التفاعل: محلول rCutSmart™ بتركيز 1X، يُحضن عند 37 درجة مئوية. محلول rCutSmart™ بتركيز 1X، 50 ملي مولار أسيتات البوتاسيوم، 20 ملي مولار تريس-أسيتات، 10 ملي مولار أسيتات المغنيسيوم، 100 ميكروغرام/مل ألبومين مُعاد التركيب (الأس الهيدروجيني 7.9 عند 25 درجة مئوية). النشاط في محاليل NEBuffers : NEBuffer™ r1.1: <10%، NEBuffer™ r2.1: 50%، NEBuffer™ r3.1: 50%، محلول rCutSmart™: 100%. توافق المخفف : المخفف B، محلول التخزين : 300 ملي مولار كلوريد الصوديوم، 10 ملي مولار تريس-هيدروكلوريد، 1 ملي مولار DTT، 0.1 ملي مولار EDTA، 500 ميكروغرام/مل ألبومين مُعاد التركيب، 50% جلسرين، الأس الهيدروجيني 7.4 عند 25 درجة مئوية. تعطيل الإنزيم بالحرارة عند 25 درجة مئوية، ثم عند 80 درجة مئوية لمدة 20 دقيقة. حساسية المثيلة : مثيلة dam: غير حساسة، مثيلة dcm: غير حساسة، مثيلة CpG: محظورة. الأسئلة الشائعة : س: هل هناك أي عوامل تثبط عملية القطع بواسطة إنزيم AatII؟ ج: لا يعمل إنزيم AatII في ظروف التركيز الأيوني المنخفض. كما أنه محظور بسبب مثيلة CpG. س: هل يكون إنزيم AatII نشطًا عند 25 درجة مئوية؟ ج: تتراوح نسبة نشاطه بين 25% و50% عند 25 درجة مئوية. س: هل يجب عليّ تحضير عمليات الهضم باستخدام إنزيمات Time-Saver™ المعتمدة لمدة تتراوح بين 5 و15 دقيقة؟ هل يمكنني إجراء عملية هضم لفترة أطول؟ ج: تتميز إنزيمات Time-Saver™ من NEB بسرعة عملها (من 5 إلى 15 دقيقة)، كما أنها مصممة ومؤهلة لتحمل عمليات الهضم طوال الليل دون إتلاف الحمض النووي. س: قمتُ باختبار إنزيم التقييد الخاص بكم على الحمض النووي الركيزة الموصى به من NEB، ويبدو أنه نشط، ولكنه لا يهضم الحمض النووي الخاص بي. ما السبب المحتمل؟ ج: تُعد جودة ونقاء الحمض النووي من العوامل الرئيسية التي تؤثر على نشاط الإنزيم. قد تُثبط الأملاح الموجودة في التفاعل إنزيمات القطع النشطة في محلول rCutSmart®، ولكنها أقل نشاطًا في محلول NEBuffer r2.1 و/أو r3.1 (محاليلنا ذات التركيز الملحي العالي). قد تُؤدي إجراءات تنقية الحمض النووي التي تستخدم أعمدة الطرد المركزي إلى محاليل حمض نووي ذات مستويات عالية من الأملاح، والتي قد تنتقل إلى التفاعل وتُثبط نشاط الإنزيم. لتجنب ذلك، نوصي بألا تتجاوز كمية محلول الحمض النووي المُضاف إلى التفاعل 25% من إجمالي حجم التفاعل. يُمكن تحقيق ذلك بتعديل إجمالي حجم التفاعل وفقًا لذلك. س: هل يُمكن استخدام مثبطات البروتياز مع تفاعل مزيج إزالة الغليكوزيل من البروتين؟ ج: عندما يُصبح البروتين غير طبيعي، فإنه يكون أكثر عرضة للتحلل بواسطة البروتيازات. لهذا السبب، يمكن استخدام مزيج من البروتيازات يحتوي على ما يلي مع بروتوكول إزالة الغليكوزيل من البروتين: أبروتينين (تركيز نهائي 10 ميكروغرام/مل)، بنزاميدين (تركيز نهائي 1 ملي مولار)، بيبستاتين (تركيز نهائي 10 ميكروغرام/مل)، ليوبيبتين (تركيز نهائي 1 ميكرومولار)، إي جي تي إيه (تركيز نهائي 1 ملي مولار)، إي دي تي إيه (تركيز نهائي 1 ملي مولار)، بي إم إس إف (تركيز نهائي 1 ملي مولار). حضّر محلولًا مركزًا 1000 ضعف لكل مثبط في الماء، باستثناء البيبستاتين الذي يجب إذابته في الميثانول. ملاحظة: يتميز بي إم إس إف بقدرته على تعديل البقايا القاعدية على ركائز البروتين السكري. س: ما هي إنزيمات التقييد من شركة NEB التي تأتي مع صبغة تحميل الجل، بنفسجية (6X)؟ ج: جميع إنزيمات التقييد HF ومعظم إنزيمات التقييد غير HF من شركة NEB تأتي مع صبغة تحميل الجل، بنفسجية (6X). الإنزيمات المقيدة غير HF التي تأتي مع الصبغة الأرجوانية هي: AatII AsiSI BsmBI-v2 EagI MboI NlaIII PvuI SmaI Acil AvrII BspHI EcoRI MboII NotI RsaI SpeI AfeI BamHI BsrGI EcoRV MluI NspI SacI StuI AflII BbsI ClaI Esp3I FseI MseI PacI SacII AgeI BglII DdeI HaeIII MspI PciI Sali XbaI AluI BsaI DpnI HindIII NcoI PmeI SapI XhoI ApaI BseYI DpnII HpaI NdeI PsiI-v2 SfaNI XmaI ApeKI BsiWI DraI KpnI NheI PstI SfiI XmnI AscI * يتم أيضًا توفير جميع إنزيمات تقييد HF مع تحميل الجل صبغ، بنفسجي (6X) س: هل هذا هل هذا الإنزيم حساس لـ Dam أو DCM أو مثيلة CpG في الثدييات؟ ج: نعم. لا يستطيع هذا الإنزيم قطع مواقع التعرف في الحمض النووي الجينومي للثدييات التي تُحجب بمثيلة CpG. للحصول على أحدث المعلومات حول حساسية المثيلة، يُرجى زيارة Dam-Dcm ومثيلة CpG أو REBASE. س: هل يمكنك إخباري المزيد عن التحول من الألبومين البقري (BSA) إلى الألبومين المُعاد تركيبه (rAlbumin) في محاليل NEBuffers؟ ج: يسرّ NEB أن تُعلن عن استبدال محاليل التفاعل المحتوية على BSA (NEBuffer 1.1، 2.1، 3.1 وCutSmart® Buffer) بمحاليل تحتوي على الألبومين المُعاد تركيبه (NEBuffer r1.1، r2.1، r3.1 وrCutSmart™ Buffer). كما أننا بصدد تحويل جميع تركيبات إنزيمات التقييد لتشمل rAlbumin. نرى أن التخلي عن المنتجات التي تحتوي على مكونات حيوانية خطوة في الاتجاه الصحيح، ونقدم هذا التحسين بنفس السعر. س: هل يمكن تخزين صبغة التحميل الجل، بنفسجي 6X (B7024) في درجات حرارة منخفضة؟ ج: درجة حرارة التخزين الموصى بها لصبغة التحميل الجل، بنفسجي 6X، هي درجة حرارة الغرفة (25 درجة مئوية). عادةً، قد يترسب SDS من المحلول عند تخزين الصبغة في درجات حرارة منخفضة. يمكن التخلص من هذا الترسب الطفيف بترك القارورة في درجة حرارة الغرفة لمدة ساعة، أو تسخينها برفق لمدة 10 دقائق. رجّ القارورة عدة مرات قبل الاستخدام لإعادة المحلول إلى حالته المتجانسة.