مختبرات نيو إنجلاند البيولوجية، R0185S، Tth111I

تمت إعادة صياغة Tth111I باستخدام الألبومين المؤتلف (rAlbumin) بدءًا من رقم الدفعة 10237498. الفئات ذات الصلة: إنزيمات القطع المحددة TZ، إنزيمات قطع محددة موفرة للوقت. التطبيقات: الاستنساخ السريع: تسريع عمليات الاستنساخ باستخدام كواشف من NEB. مواصفات هضم إنزيم القطع: تعريف الوحدة: تُعرَّف الوحدة الواحدة بأنها كمية الإنزيم اللازمة لهضم 1 ميكروغرام من حمض pBC4 DNA في ساعة واحدة عند 65 درجة مئوية في حجم تفاعل إجمالي قدره 50 ميكرولتر. شروط التفاعل: محلول rCutSmart™ بتركيز 1X، يُحضن عند 65 درجة مئوية. محلول rCutSmart™ بتركيز 1X، 50 ملي مولار أسيتات البوتاسيوم، 20 ملي مولار أسيتات التريس، 10 ملي مولار أسيتات المغنيسيوم، 100 ميكروغرام/مل ألبومين مُعاد التركيب (الأس الهيدروجيني 7.9 عند 25 درجة مئوية). النشاط في محاليل NEBuffer™: NEBuffer™ r1.1: 25%، NEBuffer™ r2.1: 100%، NEBuffer™ r3.1: 25%، محلول rCutSmart™: 100%. توافق المخفف : المخفف B، محلول التخزين : 10 ملي مولار تريس-هيدروكلوريد، 500 ملي مولار كلوريد الصوديوم، 1 ملي مولار DTT، 0.1 ملي مولار EDTA، 200 ميكروغرام/مل ألبومين مُعاد التركيب، 50% جلسرين، الأس الهيدروجيني 7.4 عند 25 درجة مئوية. تعطيل حراري عند 25 درجة مئوية، لا حساسية للمثيلة، مثيلة dam: غير حساسة، مثيلة dcm: غير حساسة، مثيلة CpG: غير حساسة، النشاط عند درجة حرارة 37 درجة مئوية: 10% ، أسئلة شائعة : س: ما هو النشاط النجمي وكيف يمكن تجنبه؟ ج: لقد ثبت أنه في ظل ظروف غير قياسية قاسية، تكون إنزيمات القطع قادرة على قطع تسلسلات مشابهة ولكنها ليست مطابقة لتسلسل التعرف المحدد لها. يُطلق على هذه الخصوصية المتغيرة أو المتساهلة اسم "النشاط النجمي". وقد اقتُرح أن النشاط النجمي قد يكون خاصية عامة لإنزيمات القطع، وأنه يمكن جعل أي إنزيم قطع يقطع مواقع غير تقليدية في ظل ظروف قاسية معينة. تعتمد طريقة تغيير خصوصية الإنزيم على الإنزيم وعلى الظروف المستخدمة لتحفيز النشاط النجمي. تشمل أكثر أنواع النشاط المُعدَّل شيوعًا استبدال قاعدة واحدة، وقص القواعد الخارجية في تسلسل التعرُّف، وقطع السلسلة المفردة. يُمكن التحكُّم الكامل في النشاط النجمي في الغالبية العظمى من الحالات، ولا يُشكِّل عادةً مصدر قلق عند إجراء عمليات الهضم باستخدام إنزيمات التقييد. لن تُظهر إنزيمات شركة نيو إنجلاند بيولابس أي نشاط نجمي عند استخدامها في ظل الظروف الموصى بها في محاليل NEBuffers المُرفقة. فيما يلي شروط التفاعل المعروفة بتحفيز أو تثبيط النشاط النجمي. العوامل المساهمة في نشاط الإنزيم النجمي: 1. تركيز عالٍ من الجلسرين [> 5% حجم/حجم] 2. نسبة عالية من الوحدات إلى ميكروغرام من الحمض النووي [تختلف باختلاف الإنزيم، وعادةً ما تكون > 100 وحدة/ميكروغرام] 3. قوة أيونية منخفضة [< 25 ملي مولار] 4. درجة حموضة عالية [> 8.0] 5. وجود مذيبات عضوية [ثنائي ميثيل سلفوكسيد، إيثانول، إيثيلين جليكول، ثنائي ميثيل أسيتاميد، ثنائي ميثيل فورماميد، سلفالان] 6. استبدال أيونات المغنيسيوم (Mg++) بأيونات ثنائية التكافؤ أخرى [منغنيز (Mn++)، نحاس (Cu++)، كوبالت (Co++)، زنك (Zn++] تثبيط النشاط النجمي: إذا كنت قلقًا بشأن النشاط النجمي، نوصي باتباع الإرشادات التالية: 1. استخدم أقل عدد ممكن من الوحدات للحصول على هضم كامل. هذا يمنع الهضم الزائد ويقلل من تركيز الجلسرين النهائي في التفاعل. ٢. تأكد من خلو التفاعل من أي مذيبات عضوية، مثل الكحولات، التي قد تكون موجودة في تحضير الحمض النووي. ٣. ارفع القوة الأيونية لمحلول التفاعل إلى ١٠٠-١٥٠ ملي مولار (شريطة ألا يكون الإنزيم مثبطًا بتركيز عالٍ من الملح). ٤. اخفض الرقم الهيدروجيني لمحلول التفاعل إلى ٧.٠. ٥. استخدم أيونات المغنيسيوم (Mg++) كأيون ثنائي التكافؤ. س: هل يجب أن تكون مواقع التعرف المتغيرة متناظرة؟ ج: معظم مواقع التعرف في إنزيمات القطع متناظرة وتتضمن أزواج قواعد محددة فقط (مثلًا، EcoRI يتعرف على GAATTC). مع ذلك، تحتوي بعض الإنزيمات على مواقع متغيرة، أي أنها تحتوي على زوج أو أكثر من أزواج القواعد غير المحددة بدقة (مثلًا، BsrFI-v2 يتعرف على RCCGGY، حيث R = A أو G و Y = C أو T). بالنسبة للإنزيمات المتغيرة، يمكن أن توجد أي قاعدة ممثلة بالرمز المكون من حرف واحد في أي من موقعي التعرف لحدوث القطع. على سبيل المثال، يتعرف إنزيم BsrFI-v2 على جميع التسلسلات التالية: ACCGGC، ACCGGT، GCCGGC، GCCGGT. س: كيف يمكن تعطيل هذا الإنزيم؟ ج: لتعطيل الإنزيمات التي لا يمكن تعطيلها بالحرارة، نوصي باستخلاص الفينول متبوعًا بالترسيب بالإيثانول أو استخدام عمود طرد مركزي تجاري مصمم لتنقية الحمض النووي. س: اختبرت إنزيم القطع الخاص بكم على الحمض النووي الركيزة الموصى به من قبل NEB، ويبدو أنه نشط، ولكنه لا يهضم الحمض النووي الخاص بي. ما السبب المحتمل؟ ج: جودة ونقاء الحمض النووي من العوامل الرئيسية التي تؤثر على نشاط الإنزيم. قد يتم تثبيط إنزيمات القطع النشطة في محلول rCutSmart®، ولكنها أقل نشاطًا في محلول NEBuffer r2.1 و/أو r3.1 (محاليلنا ذات الملوحة العالية)، بسبب الملح في التفاعل. قد تؤدي إجراءات تنقية الحمض النووي التي تستخدم أعمدة الطرد المركزي إلى محاليل حمض نووي ذات مستويات عالية من الملح، والتي يمكن أن تنتقل إلى التفاعل وتثبط نشاط الإنزيم. لتجنب ذلك، نوصي بألا تتجاوز كمية محلول الحمض النووي المضاف إلى التفاعل 25% من إجمالي حجم التفاعل. ويمكن تحقيق ذلك بتعديل إجمالي حجم التفاعل وفقًا لذلك. س: هل هذا الإنزيم حساس لـ Dam أو Dcm أو مثيلة CpG في الثدييات؟ ج: لا. هذا الإنزيم غير حساس لـ Dam أو Dcm أو مثيلة CpG في الثدييات. للحصول على معلومات محدثة حول حساسية المثيلة، يُرجى زيارة Dam-Dcm ومثيلة CpG أو REBASE. س: هل يمكنك إخباري المزيد عن التحول من BSA إلى الألبومين المؤتلف (rAlbumin) في NEBuffers؟ يسرّ شركة NEB أن تعلن عن استبدال محاليل التفاعل المحتوية على الألبومين البقري (NEBuffer 1.1، 2.1، 3.1 وCutSmart® Buffer) بمحاليل تحتوي على الألبومين المُعاد تركيبه (NEBuffer r1.1، r2.1، r3.1 وrCutSmart™ Buffer). كما أننا بصدد تحويل جميع تركيبات إنزيمات التقييد لتشمل الألبومين المُعاد تركيبه. ونرى أن التخلي عن المنتجات الحيوانية خطوة في الاتجاه الصحيح، ونقدم هذا التحسين بنفس السعر.