مختبرات نيو إنجلاند البيولوجية، R0667L، BtsI-v2

تمت إعادة صياغة BtsI-v2 باستخدام الألبومين المؤتلف (rAlbumin) بدءًا من رقم الدفعة 10295607. الفئات ذات الصلة: إنزيمات القطع المحددة B. التطبيقات: هضم إنزيمات القطع. المواصفات: تعريف الوحدة : تُعرَّف الوحدة الواحدة بأنها كمية الإنزيم اللازمة لهضم 1 ميكروغرام من الحمض النووي λ في ساعة واحدة عند درجة حرارة 37 درجة مئوية في حجم تفاعل إجمالي قدره 50 ميكرولتر. شروط التفاعل: محلول rCutSmart™ بتركيز 1X، يُحضن عند 37 درجة مئوية. محلول rCutSmart™ بتركيز 1X، 50 ملي مولار أسيتات البوتاسيوم، 20 ملي مولار أسيتات التريس، 10 ملي مولار أسيتات المغنيسيوم، 100 ميكروغرام/مل ألبومين مُعاد التركيب (الأس الهيدروجيني 7.9 عند 25 درجة مئوية). النشاط في محاليل NEBuffer™: NEBuffer™ r1.1: 100%، NEBuffer™ r2.1: 100%، NEBuffer™ r3.1: 25%، محلول rCutSmart™: 100%. توافق المخفف : المخفف أ: محلول التخزين ، 10 ملي مولار تريس-هيدروكلوريد، 50 ملي مولار كلوريد البوتاسيوم، 1 ملي مولار داي ثيو ثريتول، 0.1 ملي مولار إيدتا، 200 ميكروغرام/مل ألبومين مُعاد التركيب، 50% جلسرين، الأس الهيدروجيني 7.4 عند 25 درجة مئوية. تعطيل حراري عند 25 درجة مئوية، لا حساسية للمثيلة، مثيلة dam: غير حساسة، مثيلة dcm: غير حساسة، مثيلة CpG: غير حساسة. الأسئلة الشائعة : س: ما هو النشاط النجمي وكيف يمكن تجنبه؟ ج: لقد ثبت أنه في ظل ظروف غير قياسية قاسية، تكون إنزيمات القطع قادرة على قطع تسلسلات مشابهة لتسلسل التعرف المحدد لها، ولكنها ليست مطابقة له. يُطلق على هذه الخصوصية المتغيرة أو المتساهلة اسم "النشاط النجمي". وقد اقتُرح أن النشاط النجمي قد يكون خاصية عامة لإنزيمات القطع، وأنه يمكن جعل أي إنزيم قطع يقطع مواقع غير تقليدية في ظل ظروف قاسية معينة. تعتمد طريقة تغيير خصوصية الإنزيم على الإنزيم نفسه وعلى الظروف المستخدمة لتحفيز النشاط النجمي. أكثر أنواع النشاط المتغير شيوعًا هي استبدال قاعدة واحدة، وبتر القواعد الخارجية في تسلسل التعرف، وقطع سلسلة مفردة. يمكن التحكم بشكل كامل في النشاط النجمي في الغالبية العظمى من الحالات، ولا يُعدّ مصدر قلق عند إجراء عمليات الهضم باستخدام إنزيمات القطع المحددة. لن تُظهر إنزيمات شركة نيو إنجلاند بيولابس أي نشاط نجمي عند استخدامها في الظروف الموصى بها مع محاليل NEBuffers المرفقة. فيما يلي شروط التفاعل المعروفة بتحفيز أو تثبيط النشاط النجمي. العوامل المساهمة في نشاط الإنزيم النجمي: 1. تركيز عالٍ من الجلسرين [> 5% حجم/حجم] 2. نسبة عالية من الوحدات إلى ميكروغرام من الحمض النووي [تختلف باختلاف الإنزيم، وعادةً ما تكون > 100 وحدة/ميكروغرام] 3. قوة أيونية منخفضة [< 25 ملي مولار] 4. درجة حموضة عالية [> 8.0] 5. وجود مذيبات عضوية [ثنائي ميثيل سلفوكسيد، إيثانول، إيثيلين جليكول، ثنائي ميثيل أسيتاميد، ثنائي ميثيل فورماميد، سلفالان] 6. استبدال أيونات المغنيسيوم (Mg++) بأيونات ثنائية التكافؤ أخرى [منغنيز (Mn++)، نحاس (Cu++)، كوبالت (Co++)، زنك (Zn++] تثبيط النشاط النجمي: إذا كنت قلقًا بشأن النشاط النجمي، نوصي باتباع الإرشادات التالية: 1. استخدم أقل عدد ممكن من الوحدات للحصول على هضم كامل. هذا يمنع الهضم الزائد ويقلل من تركيز الجلسرين النهائي في التفاعل. ٢. تأكد من خلو التفاعل من أي مذيبات عضوية، مثل الكحولات، التي قد تكون موجودة في تحضير الحمض النووي. ٣. ارفع القوة الأيونية لمحلول التفاعل إلى ١٠٠-١٥٠ ملي مولار (شريطة ألا يكون تركيز الملح العالي مثبطًا للإنزيم). ٤. اخفض الرقم الهيدروجيني لمحلول التفاعل إلى ٧.٠. ٥. استخدم أيونات المغنيسيوم (Mg++) كأيون ثنائي التكافؤ. س: اختبرتُ إنزيم القطع الخاص بكم على الحمض النووي الركيزة الموصى به من قِبل شركة NEB، ويبدو أنه نشط، ولكنه لا يهضم الحمض النووي الخاص بي. ما السبب المحتمل؟ ج: تُعد جودة ونقاء الحمض النووي من العوامل الرئيسية التي تؤثر على نشاط الإنزيم. قد تُثبط الأملاح الموجودة في التفاعل إنزيمات القطع النشطة في محلول rCutSmart®، ولكنها أقل نشاطًا في محلول NEBuffer r2.1 و/أو r3.1 (محاليلنا ذات التركيز الملحي العالي). قد تُنتج إجراءات تنقية الحمض النووي التي تستخدم أعمدة الطرد المركزي محاليل حمض نووي تحتوي على مستويات عالية من الأملاح، والتي قد تنتقل إلى التفاعل وتُثبّط نشاط الإنزيم. ولمنع ذلك، نوصي بألا تتجاوز كمية محلول الحمض النووي المُضاف إلى التفاعل 25% من إجمالي حجم التفاعل. ويمكن تحقيق ذلك بتعديل إجمالي حجم التفاعل وفقًا لذلك. س: هل هذا الإنزيم حساس لـ Dam أو Dcm أو مثيلة CpG في الثدييات؟ ج: لا. هذا الإنزيم غير حساس لـ Dam أو Dcm أو مثيلة CpG في الثدييات. للحصول على معلومات مُحدّثة حول حساسية المثيلة، يُرجى زيارة Dam-Dcm ومثيلة CpG أو REBASE. س: هل يُمكنكم إخباري المزيد عن التحوّل من BSA إلى الألبومين المُعاد تركيبه (rAlbumin) في NEBuffers؟ ج: يسرّ شركة NEB أن تعلن عن استبدال محاليل التفاعل المحتوية على BSA (NEBuffer 1.1، 2.1، 3.1 وCutSmart® Buffer) بمحاليل تحتوي على الألبومين المُعاد تركيبه (NEBuffer r1.1، r2.1، r3.1 وrCutSmart™ Buffer). كما أننا بصدد تحويل جميع تركيبات إنزيمات التقييد لتشمل الألبومين المُعاد تركيبه. ونعتقد أن التخلي عن المنتجات الحيوانية خطوة في الاتجاه الصحيح، ونقدم هذا التحسين بنفس السعر. س: هل تكون بعض إنزيمات التقييد أكثر نشاطًا عند درجات حرارة حضانة أعلى من الموصى بها؟ ج: إنزيمات التقييد من NEB نشطة بنسبة 100% عند درجة حرارة الحضانة الموصى بها في المحلول الموصى به المرفق مع كل إنزيم. مع بعض إنزيمات التقييد المعزولة من الكائنات المحبة للحرارة، قد تلاحظ زيادة في النشاط عند درجات حرارة حضانة أعلى. لا نوصي بزيادة درجة الحرارة حيث قد تظهر أنشطة نوكلياز إضافية عند درجات حرارة غير موصى بها.