نيو إنجلاند بيولابس، T1117L، أعمدة الدوران مونارك® S2D والأنابيب

الفئات ذات الصلة: تنقية البلازميد، تطبيقات تنقية الأحماض النووية، الأسئلة الشائعة حول تنقية الأحماض النووية. س: ما هو أصغر حجم من محلول الإذابة الذي يمكن استخدامه مع مجموعة Monarch® Spin Plasmid Miniprep Kit (NEB #T1110)؟ ج: تم تحسين البروتوكول لتوفير غلة جيدة باستخدام حجم إذابة منخفض يصل إلى 30 ميكرولتر من محلول الإذابة. يمكن استخدام كميات أقل لزيادة التركيز، ولكن ستنخفض الغلة الإجمالية بسبب عدم ترطيب الغشاء بشكل كامل. يمكن أيضًا استخدام أحجام إذابة أكبر، ولكن سيكون تركيز الحمض النووي المذاب أقل. س: استخدمت 5 مل من مزرعة الخلايا لعزل البلازميد باستخدام مجموعة Monarch® Spin Plasmid Miniprep Kit (NEB #T1110)، وأحصل على كميات قليلة من البلازميد و/أو الحمض النووي الجينومي الملوث. ما السبب في ذلك، وما هي اقتراحاتكم لتحسين الغلة والنقاء؟ ج: قد تشير الغلة المنخفضة عند استخدام 5 مل من مزارع الخلايا إلى استخدام عدد كبير جدًا من الخلايا في عزل البلازميد. على الرغم من أننا ننصح بأن مجموعتنا تستوعب ما يصل إلى 5 مل من المزرعة (≤ الكثافة الضوئية 15)، إلا أن هناك بعض الحالات التي تكون فيها كثافة الخلايا عالية جدًا مع هذا الحجم. قد يؤدي استخدام عدد كبير جدًا من الخلايا إلى تحلل غير كامل للخلايا، وانخفاض إزالة الحمض النووي الجينومي للمضيف، وانخفاض الإنتاجية بسبب عدم كفاية حجم محلول التحلل Monarch B2 المستخدم في البروتوكول القياسي. بالإضافة إلى ذلك، سيؤدي تحلل عدد كبير جدًا من الخلايا إلى إنتاج حطام خلوي زائد وحمض نووي جينومي ملوث قد يُثقل العمود ويقلل من قدرته على ربط الحمض النووي البلازميدي. إذا تم حصاد مزرعة الخلايا بعد الانتقال إلى الطور الثابت، فقد يؤدي استخدام حجم أقل من مزرعة الخلايا في عملية العزل إلى إنتاجية أفضل. من المرجح أن يؤدي تقسيم مزرعة الـ 5 مل إلى نصفين ومعالجتها في عمودين إلى نتائج أفضل. بدلاً من ذلك، قد يؤدي مضاعفة أحجام إعادة التعليق والتحلل والمعادلة إلى تحسين أداء العمود، ولكنه سيتطلب تحميل العمود مرتين، في كل مرة بنصف العينة المعادلة. س: هل أنابيب التجميع جزء من مجموعة عمود الدوران Monarch® S2D والأنابيب (NEB #T1117L)، أم يجب شراؤها بشكل منفصل؟ ج: يُباع عمود الدوران Monarch® S2D والأنابيب (NEB #T1117L) مع أنابيب التجميع كمجموعة واحدة. ستحصل على 100 عمود دوران و100 أنبوب تجميع. مع ذلك، يمكنك أيضًا شراء أنابيب التجميع فقط (NEB #T2118). س: لاحظت أنني أضغط على العمود لإدخاله في أنبوب التجميع. هل هذا طبيعي؟ ما هي أنابيب التجميع المتوافقة مع الأعمدة؟ ج: تُرفق أنابيب تجميع متوافقة مع جميع مجموعات Monarch® لأعمدة الدوران. إذا كنت تستخدم أنابيب تجميع من خارج المجموعة، فيُرجى استخدام أنابيب تجميع Monarch® Spin (NEB #T2118). تجنب إدخال أي عمود بالقوة في أنابيب تجميع غير مُوصى بها ذات مقاس ضيق جدًا لتفادي تلف العمود. س: ألاحظ وجود بعض رواسب السيليكا في عمود مونارك. هل يُعدّ هذا مشكلة؟ ج: لا، ليس هذا مشكلة. إن وجود بعض رواسب أو جزيئات السيليكا في عمود تنقية الأحماض النووية لا يؤثر على ارتباط الأحماض النووية أو نقائها. صُممت أعمدتنا لاحتجاز ألياف السيليكا، مما يضمن عدم وصولها إلى المستخلص النهائي.