نيو إنجلاند بيولابس، T1130L، مجموعة مونارك® سبين لتفاعل البوليميراز المتسلسل وتنظيف الحمض النووي (5 ميكروغرام)

الفئات ذات الصلة: تفاعل البوليميراز المتسلسل وتنقية الحمض النووي، تطبيقات تنقية الأحماض النووية، الأسئلة الشائعة حول تنقية الأحماض النووية: س: هل يمكنني شراء أعمدة وأنابيب تجميع إضافية من Monarch® لمجموعة استخلاص الحمض النووي من الجل MonarchSpin (NEB #T1120) ومجموعة Monarch Spin لتفاعل البوليميراز المتسلسل وتنقية الحمض النووي (NEB #T1130) بشكل منفصل؟ ج: نعم، تُباع الأعمدة وأنابيب التجميع المتوافقة مع استخلاص الحمض النووي من الجل وتنقية تفاعل البوليميراز المتسلسل (NEB #T2037L) بشكل منفصل أيضًا. س: هل يمكنني استخدام الماء لاستخلاص الحمض النووي عند استخدام مجموعات Monarch®؟ ج: نعم، يمكن استخدام الماء لاستخلاص الحمض النووي من أعمدة Monarch. وللحصول على أقصى كفاءة استخلاص، تأكد من خلو الماء من النيوكلياز. إذا كنت ستخزن الحمض النووي لفترة طويلة، نوصي باستخدام محلول Monarch Buffer EY المرفق (محلول استخلاص الحمض النووي)، والذي يحتوي على 0.1 ملي مول من EDTA. س: ما هو أصغر حجم لمحلول الإذابة الذي يمكن استخدامه مع أعمدة Monarch® Spin Columns S1A (NEB #T2037)؟ ج: يتراوح الحجم الأمثل لمحلول الإذابة بين 5 و20 ميكرولتر. س: ما هو تركيب كل محلول مرفق مع مجموعة Monarch® PCR & DNA Cleanup Kit (5 ميكروغرام) (NEB #T1130)؟ ج: تركيب المحاليل سرّي. ومع ذلك، يمكننا مشاركة المعلومات التالية: محلول Monarch BZ: محلول ربط قائم على الغوانيدين والإيزوبروبانول. محلول Monarch WZ: محلول غسيل قائم على الإيثانول. محلول Monarch EY: محلول إذابة مكون من 10 ملي مولار من Tris و0.1 ملي مولار من EDTA، ودرجة حموضة 8.5. س: ما هي أقصى سعة ربط لأعمدة Monarch® Spin Columns S1A المرفقة مع مجموعة Monarch Spin PCR & DNA Cleanup Kit (5 ميكروغرام) (NEB #T1130)؟ ج: يمكن للمادة المساعدة المرفقة في كل عمود أن ترتبط بما يصل إلى 5 ميكروغرام من الحمض النووي. يؤدي تنقية الحمض النووي من تفاعل البلمرة المتسلسل (PCR) أو أي تفاعل إنزيمي آخر إلى إدخال مكونات مثل المنظفات والأصباغ والبروتينات والنيوكليوتيدات، والتي قد تتنافس جميعها على الارتباط بالغشاء وتؤثر على استخلاص الحمض النووي. س: ما العوامل التي تؤثر على نسبة الامتصاص عند 260/230 نانومتر عند استخدام مجموعة Monarch® Spin PCR & DNA Cleanup Kit (NEB #T1130)؟ ج: يمكن للغوانيدين والإيثانول، وكلاهما يُضاف أثناء التحضير، أن يقلل من نسبة الامتصاص عند 260/230 نانومتر. اتباع البروتوكول يضمن إزالة هذه المكونات. بالإضافة إلى ذلك، وعلى الرغم من استبعاد حدوث ذلك، قد تخرج بعض الجسيمات التي يمكن أن تؤثر على النسبة أيضًا. في هذه الحالة، يُنصح بإجراء عملية تدوير إضافية لمدة 15 ثانية للحمض النووي المُستخلص قبل تقييمه باستخدام مطياف (Nanodrop®). كما يُنصح بسحب عينة الحمض النووي من أعلى العينة لتجنب نقل أي جسيمات. س: ما هو حجم البادئات التي يمكن إزالتها بفعالية من تفاعل البلمرة المتسلسل (PCR) باستخدام مجموعة Monarch® Spin PCR & DNA Cleanup Kit (NEB #T1130)؟ ج: تُزال البادئات التي يصل طولها إلى 45 نيوكليوتيدًا بكفاءة عالية باستخدام الظروف القياسية الموصى بها في المجموعة. يمكن أيضًا إزالة البادئات الأطول، ولكن أي بنية ثانوية أو تكامل مع أنواع DNA أخرى في المزيج قد يزيد من الارتباط الأولي بالمصفوفة ويؤدي إلى استعادة آثار ضئيلة. س: هل يمكن استخدام مجموعة Monarch® Spin PCR & DNA Cleanup Kit (5 ميكروغرام) (NEB #T1130) لتنقية الحمض النووي الريبوزي (RNA)؟ ج: سيرتبط الحمض النووي الريبوزي (RNA) بعمود Monarch Spin Column S1A، ولكن لم يتم تحسين المحاليل المنظمة والبروتوكول لضمان استعادة موثوقة وخالية من إنزيم RNase. لذلك، لا نوصي باستخدام هذه المجموعة لتنقية الحمض النووي الريبوزي (RNA). تقدم NEB ثلاث مجموعات مصممة خصيصًا لتنقية وتركيز عينات الحمض النووي الريبوزي (NEB #T2030، #T2040، #T2050). س: هل لديكم أي توصيات لتنقية الحمض النووي أحادي السلسلة (ssDNA) عند استخدام مجموعة Monarch® Spin PCR & DNA Cleanup Kit (NEB #T1130)؟ ج: يمكن استخدام مجموعة Monarch Spin PCR & DNA Cleanup Kit (5 ميكروغرام) لتنقية الحمض النووي أحادي السلسلة من التفاعلات الإنزيمية، وكذلك للتنظيف العام لإزالة مثبطات تفاعل البوليميراز المتسلسل (PCR) المحتملة. يرتبط الحمض النووي أحادي السلسلة بشكل أضعف من الحمض النووي ثنائي السلسلة، وتتأثر قوة الارتباط بالطول والتسلسل وتكوين أي بنية ثانوية. بالنسبة للحمض النووي أحادي السلسلة الذي يقل طوله عن 200 نيوكليوتيد، نوصي باستخدام بروتوكول تنظيف قليل النيوكليوتيدات المرفق مع المجموعة، وهو مُحسَّن لاستخلاص الحمض النووي الأقصر. على الرغم من أن مجموعة Monarch Spin PCR & DNA Cleanup Kit (5 ميكروغرام) ستعمل بشكل جيد مع الحمض النووي أحادي السلسلة، إلا أنه من الصعب التنبؤ بكفاءة استخلاصه. لذلك، نوصي بإجراء تجربة استخلاص باستخدام الحمض النووي المطلوب قبل استخدام العينة كاملة. س: هل الأعمدة الموجودة في مجموعة Monarch® Spin PCR & DNA Cleanup Kit (5 ميكروغرام) (NEB #T1130) هي نفسها الموجودة في مجموعة Monarch Spin DNA Gel Extraction Kit (NEB #T1120)؟ ج: نعم، تستخدم كلتا المجموعتين نفس عمود الإذابة ذي الحجم المنخفض لتمكين تنقية وتركيز عيناتك بكفاءة عالية. كما تتوفر أعمدة Monarch Spin Columns S1A والأنابيب للشراء بشكل منفصل (NEB # T2037L). س: ما هو حجم الحمض النووي الذي يمكن تنقيته باستخدام أعمدة Monarch® Spin Columns S1A (NEB #T2037)؟ ج: يمكن استخلاص الحمض النووي من 50 زوجًا قاعديًا إلى 25 كيلو قاعدة باستخدام أعمدة Monarch Spin Columns S1A، المتوفرة في كل من مجموعة Monarch Spin DNA Gel Extraction Kit (NEB #T1120) ومجموعة Monarch Spin PCR & DNA Cleanup Kit (5 ميكروغرام) (NEB #T1130). تقل الكفاءة مع زيادة طول الحمض النووي نتيجةً لارتباطه الوثيق بالمصفوفة. يمكن تحسين استخلاص الحمض النووي الذي يبلغ طوله 15 كيلوبايت أو أكثر بتعديل طريقة الإذابة، باستخدام محلول إذابة ساخن (50 درجة مئوية) وإطالة فترات الحضانة. للحصول على أفضل استخلاص لقطع الحمض النووي الكبيرة، يُرجى اتباع التعليمات الواردة في الدليل. س: هل أعمدة Monarch® Spin Columns S1A (NEB #T2037) متوافقة مع مشعبات التفريغ؟ ج: لقد اختبرنا توافق أعمدة Monarch من مجموعات Monarch التالية للاستخدام مع مشعبات التفريغ المكتبية الشائعة: مجموعة استخلاص الحمض النووي من الجل (NEB #T1020 و#T1120)، مجموعة تفاعل البوليميراز المتسلسل وتنظيف الحمض النووي (NEB #T1030 و#T1130)، مجموعات تنظيف الحمض النووي الريبوزي (NEB #T2030). يُرجى الرجوع إلى البروتوكولات الخاصة باستخدام مشعبات التفريغ الموضحة في الدليل. يمكن استخدام مشعبات التفريغ مع بعض أعمدة مونارك الأخرى، ولكن قد يتطلب ذلك تحسينًا و/أو وقتًا إضافيًا لتدفق السائل بالكامل. س: هل يمكنني استخدام مجموعة مونارك® سبين لتنقية الحمض النووي بعد تفاعل البوليميراز المتسلسل (NEB #T1130) لتنقية قليل النوكليوتيدات وشظايا الحمض النووي الأخرى؟ ج: نعم. يُحسّن تعديل بسيط في البروتوكول، بإضافة الإيثانول إلى العينة قبل الارتباط، كفاءة ارتباط الحمض النووي الصغير بالمصفوفة، مما يسمح لقليل النوكليوتيدات والحمض النووي ثنائي السلسلة القصير بالارتباط بالعمود. يُرجى الرجوع إلى بروتوكول تنقية قليل النوكليوتيدات. س: هل مكونات الإصدار السابق من مجموعة مونارك® لتنقية الحمض النووي بعد تفاعل البوليميراز المتسلسل (NEB #T1030) متوافقة مع الإصدار الجديد؟ هل يمكنني استخدام محاليل التخزين المؤقت #T1030 على أعمدة مونارك سبين الجديدة S1A (NEB #T2037) أو العكس؟ ج: نعم، على الرغم من أن الإصدار الجديد من مجموعة Monarch Spin PCR & DNA Cleanup Kit (NEB #T1130) مُطوّر بتحسينات في الأداء، إلا أن محاليل المجموعة من الإصدار السابق متوافقة. سيظل استخدام المجموعة مع محاليل Monarch الأخرى من الإصدارات السابقة يُنتج حمضًا نوويًا عالي الجودة ونقيًا مناسبًا لمختلف التطبيقات اللاحقة. مع ذلك، قد يكون هناك اختلاف في الكمية المُنتجة يصل إلى 20% في بعض الحالات عند عدم استخدام المحاليل المتوافقة المُرفقة ضمن المجموعة. س: هل أعمدة Monarch® Spin Columns الجديدة والمُطوّرة (NEB #T2037) متوافقة مع نظام QIAcube®؟ ج: صُممت أعمدة Monarch Spin Columns وأنابيب التجميع الجديدة لضمان تنقية عالية الجودة للأحماض النووية. تتميز بحجم إخراج منخفض، وعدم احتفاظها بالمحلول، وتقليل استخدام البلاستيك. مع ذلك، هذه الأعمدة الجديدة غير متوافقة مع نظام QIAcube. س: أرى بعض بقايا السيليكا في عمود Monarch الخاص بي. هل هذه مشكلة؟ ج: لا، هذه ليست مشكلة. لا يؤثر وجود بعض بقايا السيليكا أو جزيئاتها في عمود تنقية الأحماض النووية على ارتباط الأحماض النووية أو نقائها. صُممت أعمدتنا خصيصًا لاحتجاز ألياف السيليكا، مما يضمن عدم وصولها إلى المستخلص النهائي.