نيو إنجلاند بيولابس، T2030L، مجموعة تنظيف الحمض النووي الريبي مونارك® سبين (10 ميكروغرام)

اعتبارًا من 24 سبتمبر 2024، تم تعديل اسم المنتج إلى Monarch. الفئات ذات الصلة : تنظيف الحمض النووي الريبوزي (RNA)، استخلاص وتنقية الحمض النووي الريبوزي (RNA)، تنقية الأحماض النووية. الأسئلة الشائعة : س: ما هو تركيب كل محلول منظم مُرفق مع مجموعات Monarch Spin لتنظيف الحمض النووي الريبوزي (RNA)؟ ج: تركيب المحاليل المنظمة سرية. ومع ذلك، يمكننا مشاركة ما يلي: محلول Monarch BX: محلول ربط قائم على الغوانيدين. محلول Monarch WX: محلول غسيل قائم على الإيثانول. س: ما هي أقصى سعة ربط للعمود الخاص بعمود تنظيف الحمض النووي الريبوزي (RNA) المُرفق مع مجموعة Monarch Spin لتنظيف الحمض النووي الريبوزي (RNA)؟ ج: على الرغم من ملاحظة زيادة في كمية الحمض النووي الريبوزي (RNA) في بعض الحالات، إلا أن المادة المضافة في كل عمود كافية لربط الكميات التالية من الحمض النووي الريبوزي: T2030/T2037: 10 ميكروغرام من الحمض النووي الريبوزي، T2040/T2047: 50 ميكروغرام من الحمض النووي الريبوزي، T2050/T2057: 500 ميكروغرام من الحمض النووي الريبوزي. من المهم ملاحظة أن التفاعلات الإنزيمية تُدخل مكونات مثل المنظفات والأصباغ والبروتينات والنيوكليوتيدات، والتي قد تتنافس جميعها على الارتباط بالغشاء أثناء عملية التنقية وتؤثر على استخلاص الحمض النووي الريبوزي. س: ما هو أصغر حجم من الماء الخالي من النيوكلياز الذي يمكن استخدامه للاستخلاص باستخدام أعمدة Monarch Spin S1A وS2A وS2B لتنقية الحمض النووي الريبوزي؟ ج: T2030/T2037: 6 ميكرولتر؛ أحجام الاستخلاص النموذجية هي 6-20 ميكرولتر، T2040/T2047: 20 ميكرولتر. تتراوح أحجام الإذابة النموذجية بين 20 و50 ميكرولتر (T2050/T2057: 50 ميكرولتر)؛ وتتراوح أحجام الإذابة النموذجية بين 50 و100 ميكرولتر. من المرجح أن يؤدي استخدام أحجام إذابة أقل إلى تباين في النتائج نتيجة عدم انتظام ترطيب المادة. قد يزداد المردود قليلاً عند استخدام حجم أكبر، ولكن سيكون تركيز الحمض النووي الريبي أقل. *يمكن إجراء عملية إذابة ثانية لزيادة استخلاص الحمض النووي الريبي إلى أقصى حد. يمكن إجراء هذه العملية الثانية باستخدام كمية جديدة من الماء الخالي من النيوكلياز أو باستخدام المذيب من عملية الإذابة الأولى لزيادة الاستخلاص إلى أقصى حد مع تقليل الحجم. استُخلص الحمض النووي الريبوزي (RNA) من مجموعات تنقية الحمض النووي الريبوزي Monarch Spin باستخدام أحجام استخلاص مختلفة. تم تنقية الحمض النووي الريبوزي الريبوسومي (rRNA) (10، 50، أو 500 ميكروغرام، على التوالي، من معيار الريبوسوم 16S و23S من الإشريكية القولونية، سيغما) باستخدام مجموعة تنقية الحمض النووي الريبوزي Monarch Spin (10 ميكروغرام، NEB #T2030) (50 ميكروغرام، NEB #T2040) (500 ميكروغرام، NEB #T2050). استُخدم الماء الخالي من النيوكلياز لاستخلاص الحمض النووي الريبوزي. تم حساب نسبة استخلاص الحمض النووي الريبوزي (RNA) من قيمة الامتصاص عند 260 نانومتر (A260) باستخدام جهاز Trinean DropSense 16. يمكن استخلاص حوالي 80% من الحمض النووي الريبوزي بكفاءة في 6 ميكرولتر من مجموعة Monarch Spin RNA Cleanup Kit (10 ميكروغرام، NEB #T2030)، و20 ميكرولتر من مجموعة Monarch Spin RNA Cleanup Kit (50 ميكروغرام، NEB #T2040)، و50 ميكرولتر من مجموعة Monarch Spin RNA Cleanup Kit (500 ميكروغرام، NEB #T2050). سؤال: هل يمكنني تحسين استخلاص الحمض النووي الريبوزي باستخدام مجموعات Monarch Spin RNA Cleanup Kit إذا قمت بعملية استخلاص ثانية باستخدام نفس المذيب المستخدم في عملية الاستخلاص الأولى؟ جواب: نعم، يمكن إجراء عملية استخلاص ثانية لزيادة استخلاص الحمض النووي الريبوزي إلى أقصى حد. يمكن إجراء هذه العملية باستخدام كمية جديدة من الماء الخالي من النيوكلياز أو باستخدام نفس المذيب المستخدم في عملية الاستخلاص الأولى، وذلك لزيادة الاستخلاص إلى أقصى حد مع تقليل الحجم. س: ما العوامل التي تؤثر على نسبة الامتصاص عند 260 نانومتر إلى الامتصاص عند 230 نانومتر عند استخدام مجموعة تنقية الحمض النووي الريبوزي (RNA) من مونارك سبين؟ ج: يمكن أن يقلل كل من الغوانيدين والإيثانول، اللذان يُضافان أثناء التحضير، من نسبة الامتصاص عند 260 نانومتر إلى الامتصاص عند 230 نانومتر. اتباع البروتوكول، وخاصة خطوات الغسل، يضمن إزالة هذين المكونين. س: ما حجم الحمض النووي الريبوزي (RNA) الذي يمكن تنقيته باستخدام مجموعة تنقية الحمض النووي الريبوزي (RNA) من مونارك سبين؟ ج: باستخدام البروتوكول القياسي، يمكن تنقية الحمض النووي الريبوزي (RNA) الذي يبلغ طوله 25 نيوكليوتيدًا أو أكثر. مع تعديل بسيط في البروتوكول (إضافة حجمين من الإيثانول بدلًا من حجم واحد بعد إضافة محلول الربط)، يمكن تنقية الحمض النووي الريبوزي (RNA) الذي يزيد طوله عن 15 نيوكليوتيدًا. استخلاص الحمض النووي الريبوزي الصغير باستخدام مجموعة تنقية الحمض النووي الريبوزي (RNA) من مونارك سبين. تم تنقية جزيئات الحمض النووي الريبوزي (RNA) المصنعة (1 ميكروغرام في 50 ميكرولتر من الماء) بأطوال مختلفة (15-100 نيوكليوتيد) باستخدام مجموعة Monarch Spin RNA Cleanup Kit (NEB #T2040)، ثم تم إذابتها في 50 ميكرولتر من الماء الخالي من النيوكلياز. حُسبت نسبة استخلاص الحمض النووي الريبوزي (RNA) من الامتصاص الضوئي عند 260 نانومتر، والذي تم قياسه باستخدام جهاز Trinean DropSense™ 16. يؤدي البروتوكول القياسي لمجموعة Monarch Spin RNA Cleanup Kit إلى استخلاص وتنظيف أكثر من 70% من الحمض النووي الريبوزي (RNA) بطول 25 نيوكليوتيد أو أكبر، بينما يؤدي استخدام البروتوكول المعدل (إضافة حجمين من الإيثانول في الخطوة 2) إلى استخلاص وتنظيف أكثر من 70% من جزيئات الحمض النووي الريبوزي (RNA) الأصغر حجمًا (حتى 15 نيوكليوتيد). يرجى ملاحظة أن استخلاص جزيئات الحمض النووي الريبوزي الصغيرة (أقل من 45 نيوكليوتيدًا) قد يتأثر بالتسلسل، والتفاعلات مع الأحماض النووية الأخرى، و/أو البنية الثانوية. تؤثر البنية الثانوية على استخلاص جزيئات الحمض النووي الريبوزي الصغيرة (أقل من 45 نيوكليوتيدًا). ​​تم تنقية جزيئات الحمض النووي الريبوزي المصنعة (1 ميكروغرام في 50 ميكرولتر من الماء) بأطوال مختلفة (25-40 نيوكليوتيدًا) وبنية ثانوية متوقعة متفاوتة* باستخدام مجموعة Monarch Spin RNA Cleanup Kit (NEB #T2040) وتم إذابتها في 50 ميكرولتر من الماء الخالي من النيوكلياز. تم حساب النسبة المئوية لاستخلاص الحمض النووي الريبوزي من قيمة الامتصاص عند 260 نانومتر باستخدام جهاز Trinean DropSense™ 16. تم استخلاص جزيئات الحمض النووي الريبوزي الصغيرة (25-40 نيوكليوتيدًا) ذات البنية الثانوية المتوقعة المنخفضة بكفاءة باستخدام البروتوكول القياسي لمجموعة Spin Monarch RNA Cleanup Kit. مع ذلك، فإن زيادة مستويات البنية الثانوية تقلل من استخلاص جزيئات الحمض النووي الريبوزي الصغيرة (بطول 25-40 نيوكليوتيدًا). يمكن عادةً زيادة نسبة الاستخلاص إلى أكثر من 70% (الخط البرتقالي) باستخدام مجموعة تنظيف الحمض النووي الريبوزي Spin Monarch مع البروتوكول المُعدَّل (إضافة حجمين من الإيثانول في الخطوة 2). *تم التنبؤ بالبنية الثانوية باستخدام خادم RNAstructure على الويب: رويتر، جيه إس، وماثيوز، دي إتش (2010). RNAstructure: برنامج للتنبؤ بالبنية الثانوية للحمض النووي الريبوزي وتحليلها. BMC Bioinformatics. 11,129. في حال ملاحظة انخفاض في إنتاجية الحمض النووي الريبوزي الصغير باستخدام بروتوكول تنظيف الحمض النووي الريبوزي القياسي (إضافة حجم واحد من الإيثانول قبل الارتباط بالعمود)، نوصي باستخدام البروتوكول المُعدَّل (إضافة حجمين من الإيثانول قبل الارتباط بالعمود)، والذي يستخدم نسبة أعلى من الإيثانول إلى العينة لتغيير حد الاستبعاد وتمكين التقاط جزيئات الحمض النووي الريبوزي الأصغر. س: هل يمكنني استخدام مجموعة تنظيف الحمض النووي الريبوزي Monarch Spin لتنظيف الحمض النووي الريبوزي المُعالَج بإنزيم DNase I؟ ج: نعم، ستزيل مجموعات تنظيف الحمض النووي الريبوزي (RNA) من Monarch Spin بقايا نشاط إنزيم DNase I (NEB #M0303) من عينات الحمض النووي الريبوزي. غالبًا ما يؤدي استخدام إنزيم DNase I أثناء عملية الفصل إلى بقاء بعض نشاطه، لذا لا نوصي باستخدامه مع مجموعة Monarch Spin، بل نوصي باستخدامه في المحلول قبل عملية التنظيف. س: هل لديكم بروتوكول لفصل جزيئات الحمض النووي الريبوزي الصغيرة والكبيرة إلى جزأين منفصلين؟ ج: نعم، يحتوي دليل مجموعة Monarch Spin على بروتوكول لفصل الحمض النووي الريبوزي إلى جزيئات يزيد طولها عن 200 نيوكليوتيد وأخرى يقل طولها عن 200 نيوكليوتيد. يمكن أيضًا الوصول إلى البروتوكول عبر الإنترنت. باتباع هذا البروتوكول، يتم تركيز جزيئات الحمض النووي الريبوزي التي يقل طولها عن 200 نيوكليوتيد في جزء "الحمض النووي الريبوزي الصغير"، بينما يتم تركيز جزيئات الحمض النووي الريبوزي التي يزيد طولها عن 200 نيوكليوتيد في جزء "الحمض النووي الريبوزي الكبير". لا يسمح أي بروتوكول تجزئة بفصل دقيق لجزيئات الحمض النووي الريبوزي (RNA) ذات الأحجام المتشابهة بناءً على الطول فقط. وجدنا أن جزيئات الحمض النووي الريبوزي التي يتراوح طولها بين 100 و200 نيوكليوتيد تتوزع بشكل تفضيلي على أجزاء مختلفة بناءً على عوامل متعددة، بما في ذلك البنية الثانوية المتوقعة والتفاعلات مع جزيئات الحمض النووي الريبوزي الأخرى داخل العينة. عادةً ما تندرج الجزيئات ذات البنية العالية التي يتراوح طولها بين 100 و200 نيوكليوتيد ضمن جزء الحمض النووي الريبوزي الصغير، بينما تندرج جزيئات الحمض النووي الريبوزي غير المنظمة التي يتراوح طولها بين 100 و200 نيوكليوتيد ضمن جزء الحمض النووي الريبوزي الكبير. يمكن استخدام مجموعة Monarch Spin RNA Cleanup Kit لفصل الحمض النووي الريبوزي إلى أجزاء كبيرة وصغيرة. تم فصل الحمض النووي الريبوزي الكلي من خلايا HeLa (5.2 ميكروغرام، A1 وB1) إلى أجزاء كبيرة (A2 وB2) وصغيرة (A3 وB3) باتباع بروتوكول تنقية الحمض النووي الريبوزي الصغير والكبير إلى أجزاء منفصلة، ​​وذلك باستخدام شريحة Agilent Bioanalyzer® RNA Pico. تم استخلاص أكثر من 96% (5 ميكروغرام) من الحمض النووي الريبوزي (RNA) المُدخل في أجزاء الحمض النووي الريبوزي المنفصلة. تم تخفيف العينتين 1 و2 بنسبة 1:20 قبل التحليل. س: هل يُمكنني استخدام مجموعات Monarch Spin لتنقية الحمض النووي الريبوزي من هلام الأغاروز؟ ج: نعم، يحتوي دليل مجموعة Monarch Spin لتنقية الحمض النووي الريبوزي على بروتوكول لتنقية الحمض النووي الريبوزي من هلام الأغاروز، على الرغم من أن هذا ليس استخدامها الأساسي. تتراوح نسبة الاستخلاص من الحمض النووي الريبوزي من الأغاروز بين 40 و70%، وهي أقل من نسبة الاستخلاص المتوقعة لتنقية الحمض النووي الريبوزي من التفاعلات الإنزيمية. يُمكن أيضًا الوصول إلى البروتوكول عبر الإنترنت. س: هل يُمكنني استخدام مجموعات Monarch Spin لتنقية الحمض النووي الريبوزي بعد استخلاصه باستخدام TRIzol®/الكلوروفورم؟ ج: نعم، يمكن استخدام مجموعة Monarch Spin RNA Cleanup Kit لتنقية الطور المائي من أي عملية استخلاص باستخدام غوانيدينيوم ثيوسيانات-فينول-كلوروفورم، مما يُغني عن خطوات ترسيب الحمض النووي الريبوزي (RNA) المُرهقة. يمكن الاطلاع على البروتوكول عبر الإنترنت أو في دليل المنتج. س: هل مجموعات Monarch Spin RNA Cleanup Kits متوافقة مع كواشف Luna RT-qPCR؟ ج: نعم. يمكن استخدام الحمض النووي الريبوزي (RNA) المُنقّى باستخدام هذه المجموعات في تفاعل RT-qPCR مع جميع مجموعات Luna One-Step RT-qPCR من NEB ومنتجات LunaScript® RT. س: هل مجموعات Monarch Spin RNA Cleanup Kits متوافقة مع كواشف NEBNext لتحضير مكتبات الحمض النووي الريبوزي (RNA)؟ ج: نعم. يمكن استخدام الحمض النووي الريبوزي (RNA) المُنقّى باستخدام هذه المجموعة لتحضير مكتبات الحمض النووي الريبوزي (RNA) باستخدام كواشف NEBNext RNA Library Prep من NEB. س: هل الأعمدة الموجودة في مجموعات تنظيف الحمض النووي الريبوزي (RNA) من Monarch Spin هي نفسها الموجودة في مجموعة تحضير الحمض النووي الريبوزي الكلي (Monarch Total RNA Miniprep Kit) (NEB #T2010)؟ ج: لا، الأعمدة الموجودة في مجموعات تنظيف الحمض النووي الريبوزي (RNA) من Monarch (NEB #T2030، #T2040، و#T2050) تختلف عن تلك الموجودة في مجموعة تحضير الحمض النووي الريبوزي الكلي (Monarch Total RNA Miniprep Kit) (NEB #T2010). س: هل يمكنني شراء محاليل وأعمدة Monarch® بشكل منفصل؟ ج: تتوفر أعمدة Monarch Spin والعديد من محاليل وكواشف Monarch بشكل منفصل أيضًا. س: هل يمكنني إجراء معالجة DNase I على العمود باستخدام أعمدة تنظيف الحمض النووي الريبوزي (RNA)؟ ج: لن تتم إزالة DNase I بالكامل إذا تم استخدامها للهضم على العمود باستخدام أعمدة Monarch لتنظيف الحمض النووي الريبوزي (أعمدة Monarch Spin S1A، S2A، S2B). يُنصح بمعالجة DNase I في المحلول، متبوعة بتنظيف الحمض النووي الريبوزي (RNA). س: هل يمكن استخدام مجموعات تنقية الحمض النووي الريبوزي (RNA) من مونارك سبين (NEB #T2030، #T2040، #T2050) لتنقية الحمض النووي (DNA)؟ ج: لقد استخدمنا مجموعات تنقية الحمض النووي الريبوزي (RNA) من مونارك سبين بنجاح لتنقية الحمض النووي الريبوزي (RNA)، والحمض النووي أحادي السلسلة (ssDNA)، والحمض النووي ثنائي السلسلة (dsDNA). مع ذلك، وللحصول على أفضل تنقية للحمض النووي (DNA)، نوصي باستخدام مجموعة تنقية الحمض النووي (DNA) وتفاعل البوليميراز المتسلسل (PCR) من مونارك سبين (NEB #T1130). س: هل يمكن استخدام مجموعات تنقية الحمض النووي الريبوزي (RNA) من مونارك سبين لاستخلاص الحمض النووي الريبوزي (RNA)؟ ج: نعم. على الرغم من أنها طُوّرت في الأصل لتطبيقات تنقية الحمض النووي الريبوزي (RNA)، إلا أنه يمكن استخدام هذه المجموعات أيضًا لاستخلاص الحمض النووي الريبوزي (RNA) من الخلايا، واللعاب، وعينات المسحات. عند استخدامها لاستخلاص الفيروسات، يجب استخدام كاشف حماية الحمض النووي/الحمض النووي الريبوزي (DNA/RNA) من مونارك (يُباع بشكل منفصل، NEB #T2011) لتعطيل الفيروسات. للحصول على مزيد من المعلومات، تفضل بزيارة بروتوكولاتنا الإلكترونية: استخلاص الحمض النووي الريبوزي (RNA) من الخلايا باستخدام مجموعات تنظيف الحمض النووي الريبوزي Monarch Spin، استخلاص الحمض النووي الريبوزي من مسحات الفم/البلعوم الأنفي باستخدام مجموعات تنظيف الحمض النووي الريبوزي Monarch Spin، استخلاص الحمض النووي الريبوزي من اللعاب باستخدام مجموعات تنظيف الحمض النووي الريبوزي Monarch Spin، أتمتة استخلاص الحمض النووي الريبوزي الفيروسي من اللعاب باستخدام مجموعة تنظيف الحمض النووي الريبوزي Monarch Spin. س: لاحظتُ تغييرًا في أسماء المحاليل المنظمة في مجموعات تنظيف الحمض النووي الريبوزي. هل هذه المحاليل بنفس التركيبة السابقة؟ ج: نعم، تعمل شركة NEB على توحيد تسمية محاليل Monarch المنظمة. تتغير أسماء المحاليل، لكن تركيباتها تبقى كما هي. أصبح اسم محلول الربط لتنظيف الحمض النووي الريبوزي Monarch® الآن Monarch® Buffer BX. وأصبح اسم محلول الغسل لتنظيف الحمض النووي الريبوزي Monarch® الآن Monarch® Buffer WX. س: لاحظتُ أنني أضغط بقوة لإدخال العمود في أنبوب التجميع. هل هذا صحيح؟ ما هي أنابيب التجميع المتوافقة مع الأعمدة؟ ج: تُرفق أنابيب تجميع مُطابقة مع جميع مجموعات Monarch® لأعمدة الطرد المركزي. في حال استخدام أنابيب تجميع من خارج المجموعة، يُرجى استخدام أنابيب تجميع Monarch® Spin (NEB #T2118). تجنب إدخال أي عمود بالقوة في أنابيب تجميع غير مُوصى بها ذات إحكام شديد لتفادي تلف العمود. س: ألاحظ وجود بعض بقايا السيليكا في عمود Monarch. هل يُعدّ هذا مشكلة؟ ج: لا، ليس هذا مشكلة. إن وجود بعض بقايا أو جزيئات السيليكا في عمود تنقية الأحماض النووية لا يؤثر على ارتباط الأحماض النووية أو نقائها. صُممت أعمدتنا لاحتجاز ألياف السيليكا، مما يضمن عدم وصولها إلى المُستخلص النهائي. س: كيف يُمكنني تقييم سلامة ونقاء الحمض النووي الريبوزي (RNA)؟ ج: يُمكن تقييم نقاء عينات الحمض النووي الريبوزي المُستخلصة بسرعة من خلال مراجعة نسب الامتصاص الضوئي (OD) التي تم جمعها أثناء قياس الطيف الضوئي الروتيني. عادةً ما تتراوح نسبة الامتصاص الضوئي للحمض النووي الريبي النقي عند 260 نانومتر إلى 280 نانومتر بين 1.9 و2.1، ونسبة الامتصاص الضوئي عند 260 نانومتر إلى 230 نانومتر بين 2.0 و2.2. وتؤثر عوامل عديدة على هذه القيم، مثل استخدام محلول مرجعي مناسب، ودرجة حموضة المحلول المنظم، والملوثات كالبروتينات وأملاح المحلول المنظم والإيثانول، وغيرها. لمزيد من المعلومات حول هذا الموضوع، يُرجى مراجعة قسم تقييم الحمض النووي الريبي.