نيو إنجلاند بيولابس، T2057L، أعمدة الدوران مونارك® S2B والأنابيب

اعتبارًا من 24/9/2024، تم تغيير اسم المنتج إلى أعمدة وأنابيب مونارك سبين S2B. الفئات ذات الصلة : تنظيف الحمض النووي الريبوزي (RNA)، استخلاص وتنقية الحمض النووي الريبوزي (RNA)، تنقية الأحماض النووية. الأسئلة الشائعة : س: ما هي أقصى سعة ارتباط للعمود المرفق مع مجموعة مونارك سبين لتنظيف الحمض النووي الريبوزي (RNA)؟ ج: على الرغم من ملاحظة زيادة في كمية الحمض النووي الريبوزي (RNA) في بعض الحالات، إلا أن المادة الأساسية الموجودة في كل عمود كافية لارتباط الكميات التالية من الحمض النووي الريبوزي (RNA): T2030/T2037: 10 ميكروغرام من الحمض النووي الريبوزي (RNA)، T2040/T2047: 50 ميكروغرام من الحمض النووي الريبوزي (RNA)، T2050/T2057: 500 ميكروغرام من الحمض النووي الريبوزي (RNA). من المهم ملاحظة أن التفاعلات الإنزيمية تُدخل مكونات مثل المنظفات والأصباغ والبروتينات والنيوكليوتيدات، والتي يمكن أن تتنافس جميعها على الارتباط بالغشاء أثناء عملية التنظيف وتؤثر على استخلاص الحمض النووي الريبوزي (RNA). س: ما هو أصغر حجم من الماء الخالي من النيوكلياز الذي يمكن استخدامه للاستخلاص باستخدام أعمدة مونارك سبين S1A وS2A وS2B لتنقية الحمض النووي الريبوزي (RNA)؟ ج: T2030/T2037: 6 ميكرولتر؛ أحجام الاستخلاص النموذجية تتراوح بين 6 و20 ميكرولتر. T2040/T2047: 20 ميكرولتر؛ أحجام الاستخلاص النموذجية تتراوح بين 20 و50 ميكرولتر. T2050/T2057: 50 ميكرولتر؛ أحجام الاستخلاص النموذجية تتراوح بين 50 و100 ميكرولتر. من المرجح أن يؤدي استخدام أحجام استخلاص أقل إلى تباين في النتائج بسبب عدم انتظام ترطيب المادة. قد يزداد المردود قليلاً عند استخدام حجم أكبر، ولكن سيكون تركيز الحمض النووي الريبوزي (RNA) أقل. *يمكن إجراء استخلاص ثانٍ لزيادة استخلاص الحمض النووي الريبوزي (RNA) إلى أقصى حد. يمكن إجراء عملية الاستخلاص الثانية باستخدام كمية جديدة من الماء الخالي من النيوكلياز أو باستخدام المذيب من عملية الاستخلاص الأولى لزيادة الاستخلاص إلى أقصى حد مع تقليل الحجم. استخلاص الحمض النووي الريبوزي (RNA) من مجموعات تنقية الحمض النووي الريبوزي Monarch Spin بأحجام استخلاص مختلفة: تم تنقية الحمض النووي الريبوزي الريبوسومي (rRNA) (10 أو 50 أو 500 ميكروغرام، على التوالي، من معيار الريبوسوم 16S و23S من الإشريكية القولونية، سيجما) باستخدام مجموعة تنقية الحمض النووي الريبوزي Monarch Spin (10 ميكروغرام، NEB #T2030) (50 ميكروغرام، NEB #T2040) (500 ميكروغرام، NEB #T2050). تم استخدام الماء الخالي من النيوكلياز لاستخلاص الحمض النووي الريبوزي. تم حساب نسبة استخلاص الحمض النووي الريبوزي (RNA) من قيمة الامتصاص عند 260 نانومتر (A260) باستخدام جهاز Trinean DropSense 16. يمكن استخلاص حوالي 80% من الحمض النووي الريبوزي بكفاءة في 6 ميكرولتر من مجموعة Monarch Spin RNA Cleanup Kit (10 ميكروغرام، NEB #T2030)، و20 ميكرولتر من مجموعة Monarch Spin RNA Cleanup Kit (50 ميكروغرام، NEB #T2040)، و50 ميكرولتر من مجموعة Monarch Spin RNA Cleanup Kit (500 ميكروغرام، NEB #T2050). سؤال: هل يمكنني تحسين استخلاص الحمض النووي الريبوزي باستخدام مجموعات Monarch Spin RNA Cleanup Kit إذا قمت بعملية استخلاص ثانية باستخدام نفس المذيب المستخدم في عملية الاستخلاص الأولى؟ جواب: نعم، يمكن إجراء عملية استخلاص ثانية لزيادة استخلاص الحمض النووي الريبوزي إلى أقصى حد. يمكن إجراء هذه العملية باستخدام كمية جديدة من الماء الخالي من النيوكلياز أو باستخدام نفس المذيب المستخدم في عملية الاستخلاص الأولى، وذلك لزيادة الاستخلاص إلى أقصى حد مع تقليل الحجم. س: ما العوامل التي تؤثر على نسبة الامتصاص عند 260 نانومتر إلى الامتصاص عند 230 نانومتر عند استخدام مجموعة تنقية الحمض النووي الريبوزي (RNA) من مونارك سبين؟ ج: يمكن أن يقلل كل من الغوانيدين والإيثانول، اللذان يُضافان أثناء التحضير، من نسبة الامتصاص عند 260 نانومتر إلى الامتصاص عند 230 نانومتر. اتباع البروتوكول، وخاصة خطوات الغسل، يضمن إزالة هذين المكونين. س: ما حجم الحمض النووي الريبوزي (RNA) الذي يمكن تنقيته باستخدام مجموعة تنقية الحمض النووي الريبوزي (RNA) من مونارك سبين؟ ج: باستخدام البروتوكول القياسي، يمكن تنقية الحمض النووي الريبوزي (RNA) الذي يبلغ طوله 25 نيوكليوتيدًا أو أكثر. مع تعديل بسيط في البروتوكول (إضافة حجمين من الإيثانول بدلًا من حجم واحد بعد إضافة محلول الربط)، يمكن تنقية الحمض النووي الريبوزي (RNA) الذي يزيد طوله عن 15 نيوكليوتيدًا. استخلاص الحمض النووي الريبوزي الصغير باستخدام مجموعة تنقية الحمض النووي الريبوزي (RNA) من مونارك سبين. تم تنقية جزيئات الحمض النووي الريبوزي (RNA) المصنعة (1 ميكروغرام في 50 ميكرولتر من الماء) بأطوال مختلفة (15-100 نيوكليوتيد) باستخدام مجموعة Monarch Spin RNA Cleanup Kit (NEB #T2040)، ثم تم إذابتها في 50 ميكرولتر من الماء الخالي من النيوكلياز. حُسبت نسبة استخلاص الحمض النووي الريبوزي (RNA) من الامتصاص الضوئي عند 260 نانومتر، والذي تم قياسه باستخدام جهاز Trinean DropSense™ 16. يؤدي البروتوكول القياسي لمجموعة Monarch Spin RNA Cleanup Kit إلى استخلاص وتنظيف أكثر من 70% من الحمض النووي الريبوزي (RNA) الذي يبلغ طوله 25 نيوكليوتيد أو أكثر، بينما يؤدي استخدام البروتوكول المعدل (إضافة حجمين من الإيثانول في الخطوة 2) إلى استخلاص وتنظيف أكثر من 70% من جزيئات الحمض النووي الريبوزي (RNA) الأصغر حجمًا (حتى 15 نيوكليوتيد). يرجى ملاحظة أن استخلاص جزيئات الحمض النووي الريبوزي الصغيرة (أقل من 45 نيوكليوتيدًا) قد يتأثر بالتسلسل، والتفاعلات مع الأحماض النووية الأخرى، و/أو البنية الثانوية. تؤثر البنية الثانوية على استخلاص جزيئات الحمض النووي الريبوزي الصغيرة (أقل من 45 نيوكليوتيدًا). ​​تم تنقية جزيئات الحمض النووي الريبوزي المصنعة (1 ميكروغرام في 50 ميكرولتر من الماء) بأطوال مختلفة (25-40 نيوكليوتيدًا) وبنية ثانوية متوقعة متفاوتة* باستخدام مجموعة Monarch Spin RNA Cleanup Kit (NEB #T2040) وتم إذابتها في 50 ميكرولتر من الماء الخالي من النيوكلياز. تم حساب النسبة المئوية لاستخلاص الحمض النووي الريبوزي من قيمة الامتصاص عند 260 نانومتر باستخدام جهاز Trinean DropSense™ 16. تم استخلاص جزيئات الحمض النووي الريبوزي الصغيرة (25-40 نيوكليوتيدًا) ذات البنية الثانوية المتوقعة المنخفضة بكفاءة باستخدام البروتوكول القياسي لمجموعة Spin Monarch RNA Cleanup Kit. مع ذلك، فإن زيادة مستويات البنية الثانوية تقلل من استخلاص جزيئات الحمض النووي الريبوزي الصغيرة (بطول 25-40 نيوكليوتيدًا). يمكن عادةً زيادة نسبة الاستخلاص إلى أكثر من 70% (الخط البرتقالي) باستخدام مجموعة تنظيف الحمض النووي الريبوزي Spin Monarch مع البروتوكول المُعدَّل (إضافة حجمين من الإيثانول في الخطوة 2). *تم التنبؤ بالبنية الثانوية باستخدام خادم RNAstructure على الويب: رويتر، جيه إس، وماثيوز، دي إتش (2010). RNAstructure: برنامج للتنبؤ بالبنية الثانوية للحمض النووي الريبوزي وتحليلها. BMC Bioinformatics. 11,129. في حال ملاحظة انخفاض في إنتاجية الحمض النووي الريبوزي الصغير باستخدام بروتوكول تنظيف الحمض النووي الريبوزي القياسي (إضافة حجم واحد من الإيثانول قبل الارتباط بالعمود)، نوصي باستخدام البروتوكول المُعدَّل (إضافة حجمين من الإيثانول قبل الارتباط بالعمود)، والذي يستخدم نسبة أعلى من الإيثانول إلى العينة لتغيير حد الاستبعاد وتمكين التقاط جزيئات الحمض النووي الريبوزي الأصغر. س: هل يمكنني استخدام مجموعة تنظيف الحمض النووي الريبوزي Monarch Spin لتنظيف الحمض النووي الريبوزي المُعالَج بإنزيم DNase I؟ ج: نعم، ستزيل مجموعات تنظيف الحمض النووي الريبوزي (RNA) من مونارك سبين نشاط إنزيم ديوكسي ريبونيوكلياز I المتبقي (NEB #M0303) من عينات الحمض النووي الريبوزي. غالبًا ما يؤدي استخدام إنزيم ديوكسي ريبونيوكلياز I أثناء عملية الفصل إلى بقاء نشاطه، لذا لا نوصي باستخدامه مع مجموعة مونارك سبين، بل نوصي باستخدامه في المحلول قبل عملية التنظيف. س: هل يمكنني استخدام مجموعات تنظيف الحمض النووي الريبوزي من مونارك سبين لتنقية الحمض النووي الريبوزي من هلام الأغاروز؟ ج: نعم، يحتوي دليل استخدام مجموعة مونارك سبين على بروتوكول لتنقية الحمض النووي الريبوزي من هلام الأغاروز، مع العلم أن هذا ليس استخدامها الأساسي. تتراوح نسبة استخلاص الحمض النووي الريبوزي من الأغاروز بين 40 و70%، وهي أقل من النسبة المتوقعة لتنقية الحمض النووي الريبوزي من التفاعلات الإنزيمية. يمكن أيضًا الاطلاع على البروتوكول عبر الإنترنت. س: هل يمكنني استخدام مجموعة تنظيف الحمض النووي الريبوزي (RNA) من مونارك سبين لتنظيف الحمض النووي الريبوزي بعد استخلاصه باستخدام TRIzol®/الكلوروفورم؟ ج: نعم، يمكن استخدام مجموعة تنظيف الحمض النووي الريبوزي من مونارك سبين لتنظيف الطور المائي من أي عملية استخلاص باستخدام غوانيدينيوم ثيوسيانات-فينول-كلوروفورم، مما يُغني عن خطوات ترسيب الحمض النووي الريبوزي المُرهقة. يمكن الاطلاع على البروتوكول عبر الإنترنت أو في دليل المنتج. س: هل يمكنني استخدام مجموعة تنظيف الحمض النووي الريبوزي من مونارك سبين لتنظيف تفاعل النسخ المختبري (IVT)؟ ج: نعم، مجموعة تنظيف الحمض النووي الريبوزي من مونارك سبين (50 ميكروغرام) (NEB #T2040) مناسبة لتنظيف تفاعلات النسخ المختبري التي لا يُتوقع أن يتجاوز ناتجها 50 ميكروغرام. إذا كان من المتوقع أن يتجاوز إنتاج الحمض النووي الريبوزي (RNA) من عملية النسخ المختبري 50 ميكروغرامًا، فنوصي بتقسيم التفاعل على عدة أعمدة تنقية الحمض النووي الريبوزي Monarch Spin (50 ميكروغرامًا) أو تنقيته باستخدام مجموعة تنقية الحمض النووي الريبوزي Monarch Spin (500 ميكروغرامًا) (NEB #T2050)، نظرًا لقدرتها الأكبر على الارتباط بالحمض النووي الريبوزي. س: هل مجموعات تنقية الحمض النووي الريبوزي Monarch Spin متوافقة مع كواشف Luna RT-qPCR؟ ج: نعم. يمكن استخدام الحمض النووي الريبوزي المنقى باستخدام هذه المجموعات في تفاعل RT-qPCR مع جميع مجموعات Luna One-Step RT-qPCR من NEB ومنتجات LunaScript® RT. س: هل مجموعات تنقية الحمض النووي الريبوزي Monarch Spin متوافقة مع كواشف NEBNext لتحضير مكتبة الحمض النووي الريبوزي؟ ج: نعم. يمكن استخدام الحمض النووي الريبوزي المنقى باستخدام هذه المجموعة لتحضير مكتبة الحمض النووي الريبوزي باستخدام كواشف NEBNext RNA Library Prep من NEB. س: أصبحت عيّنتي عكرة بعد إضافة محلول الربط لتنظيف الحمض النووي الريبي (RNA) من مونارك والإيثانول. هل هذا طبيعي؟ ج: عند تنظيف كميات كبيرة من الحمض النووي الريبي (أكثر من 100 ميكروغرام)، قد يحدث بعض الترسيب بعد إضافة محلول الربط لتنظيف الحمض النووي الريبي (RNA) من مونارك والإيثانول إلى العينة. قد تتشكل كتلة تحتوي على الحمض النووي الريبي المطلوب على جانب العمود بعد عملية الطرد المركزي الأولى. لزيادة استخلاص هذا الحمض النووي الريبي إلى أقصى حد، يُنصح بإجراء عملية فصل ثانية. ولتحقيق أقصى استخلاص، يُرجى توخي الحذر عند إجراء عملية الفصل والتأكد من وضع الماء الخالي من النيوكلياز مباشرةً على الكتلة. يُنصح بإجراء عملية فصل ثانية لضمان اكتمال الاستخلاص. س: لماذا أحتاج إلى حضانة العمود لمدة 5 دقائق مع محلول الفصل (ماء خالٍ من النيوكلياز)؟ ج: يمكن زيادة استخلاص كميات كبيرة من الحمض النووي الريبي (أكثر من 50 ميكروغرام) إلى أقصى حد عن طريق حضانة محلول الفصل (ماء خالٍ من النيوكلياز) مع العمود لمدة 5 دقائق في درجة حرارة الغرفة قبل الطرد المركزي. يؤدي تقليل وقت الحضانة إلى انخفاض استخلاص الحمض النووي الريبوزي (RNA). ويمكن زيادة استخلاص الحمض النووي الريبوزي عن طريق حضانة العمود مع محلول الإذابة (ماء خالٍ من النيوكلياز) قبل عملية الطرد المركزي. تم تنقية الحمض النووي الريبوزي الريبوسومي (16S و23S، المعيار الريبوسومي من الإشريكية القولونية، سيجما) باستخدام مجموعة Monarch RNA Cleanup Kit (500 ميكروغرام، NEB #T2050). أُضيف 100 ميكرولتر من الماء الخالي من النيوكلياز إلى العمود وحُضن لمدة 0 أو 1 أو 3 أو 5 دقائق في درجة حرارة الغرفة قبل الطرد المركزي لاستخلاص الحمض النووي الريبوزي. حُسبت النسبة المئوية لاستخلاص الحمض النووي الريبوزي من الامتصاصية عند 260 نانومتر الناتجة، والتي تم قياسها باستخدام جهاز Trinean Dropsense 16. أعطت فترة حضانة لمدة خمس دقائق أعلى إنتاجية. سؤال: هل الأعمدة في مجموعات Monarch Spin RNA Cleanup Kits هي نفسها الموجودة في مجموعة Monarch Total RNA Miniprep Kit (NEB #T2010)؟ ج: لا، الأعمدة الموجودة في مجموعات تنظيف الحمض النووي الريبوزي (RNA) من مونارك (NEB #T2030، #T2040، و#T2050) تختلف عن تلك الموجودة في مجموعة تحضير الحمض النووي الريبوزي الكلي (RNA) المصغرة من مونارك (NEB #T2010). س: هل يمكنني شراء محاليل وأعمدة مونارك بشكل منفصل؟ ج: تتوفر أعمدة مونارك الدوارة والعديد من محاليل وكواشف مونارك بشكل منفصل أيضًا. س: هل يمكنني إجراء معالجة DNase I على العمود باستخدام أعمدة تنظيف الحمض النووي الريبوزي (RNA)؟ ج: لن تتم إزالة DNase I بالكامل إذا تم استخدامها للهضم على العمود باستخدام أعمدة مونارك لتنظيف الحمض النووي الريبوزي (أعمدة مونارك الدوارة S1A، S2A، S2B). يوصى بمعالجة DNase I في المحلول، متبوعة بتنظيف الحمض النووي الريبوزي (RNA). س: هل يمكن استخدام مجموعات تنظيف الحمض النووي الريبوزي الدوارة من مونارك (NEB #T2030، #T2040، #T2050) لتنقية الحمض النووي (DNA) أيضًا؟ ج: لقد استخدمنا بنجاح مجموعات Monarch Spin RNA Cleanup Kits لتنقية الحمض النووي الريبوزي (RNA) والحمض النووي أحادي السلسلة (ssDNA) والحمض النووي ثنائي السلسلة (dsDNA). مع ذلك، وللحصول على أفضل تنقية للحمض النووي (DNA)، نوصي باستخدام مجموعة Monarch Spin PCR & DNA Cleanup Kit (NEB #T1130). س: أرغب في تنقية حوالي 150 ميكروغرام من الحمض النووي الريبوزي (RNA). هل من الأفضل استخدام عدة أعمدة سعة 50 ميكروغرام (NEB #T2040/#T2047) أم عمود واحد سعة 500 ميكروغرام (NEB #T2050/#T2057)؟ ج: نوصي باستخدام عمود واحد سعة 500 ميكروغرام (NEB #T2050/#T2057) لتنقية 150 ميكروغرام من الحمض النووي الريبوزي (RNA) بدلاً من استخدام 3-4 أعمدة سعة 50 ميكروغرام. نتوقع استرداد ما لا يقل عن 80-90% من 150 ميكروغرام على عمود 500 ميكروغرام، وسيكون ذلك أكثر فعالية من حيث التكلفة مقارنةً باستخدام عدة أعمدة ذات سعة أقل. مع ذلك، تجدر الإشارة إلى أن عمود 500 ميكروغرام يتطلب حضانة لمدة 5 دقائق مع ماء خالٍ من النيوكلياز أثناء عملية الإذابة، لذا فإن سير العمل أطول قليلاً. س: لاحظتُ أنني أضغط على العمود لإدخاله في أنبوب التجميع. هل هذا طبيعي؟ ما هي أنابيب التجميع المتوافقة مع الأعمدة؟ ج: تُرفق أنابيب تجميع مناسبة مع جميع مجموعات Monarch® لأعمدة الطرد المركزي. إذا استخدمتَ أنابيب تجميع من خارج المجموعة، فيُرجى استخدام أنابيب تجميع Monarch® Spin (NEB #T2118). تجنب إدخال أي عمود بالقوة في أنابيب تجميع غير مُوصى بها ذات مقاس ضيق جدًا لتفادي تلف العمود. س: أرى بعض بقايا السيليكا في عمود Monarch الخاص بي. هل هذه مشكلة؟ ج: لا، هذه ليست مشكلة. لا يؤثر وجود بعض بقايا السيليكا أو جزيئاتها في عمود تنقية الأحماض النووية على ارتباط الأحماض النووية أو نقائها. صُممت أعمدتنا لاحتجاز ألياف السيليكا، مما يضمن عدم وصولها إلى المستخلص النهائي. س: كيف يمكنني تقييم سلامة ونقاء الحمض النووي الريبوزي (RNA)؟ ج: يمكن تقييم نقاء عينات الحمض النووي الريبوزي المستخلص بسرعة من خلال مراجعة نسب الامتصاص الضوئي التي تم جمعها أثناء قياس الطيف الضوئي الروتيني. عادةً ما يكون للحمض النووي الريبوزي النقي نسبة امتصاص ضوئي عند 260/280 نانومتر تتراوح بين 1.9 و2.1، ونسبة امتصاص ضوئي عند 260/230 نانومتر تتراوح بين 2.0 و2.2. تؤثر عوامل عديدة على هذه القيم، مثل استخدام محلول مرجعي مناسب، ودرجة حموضة المحلول المنظم، والملوثات مثل البروتين، وأملاح المحلول المنظم، والإيثانول، وما إلى ذلك. لمزيد من المعلومات حول هذا الموضوع، يُرجى الاطلاع على قسم "تقييم الحمض النووي الريبوزي".