شركة كياجين، 1027411، لوحة فليكسي بليت siRNA، 0.1 نانومول

مجموعة siRNA مخصصة في شكل لوحة 96 بئراً، 0.1 نانومول

سمات

- أقصى قدر من المرونة في اختيار جزيئات الحمض النووي الريبوزي المتداخل الصغير (siRNAs) والمقاييس وتصميم اللوحة
- تتيح الخيارات الاقتصادية فحص المزيد من الجينات المستهدفة
- وصول سريع وسهل عبر GeneGlobe
- يقلل تصميم الحمض النووي الريبوزي المتداخل الصغير (siRNA) المتطور من خطر التأثيرات غير المستهدفة
- يتيح التسليم السريع إجراء الفحص دون تأخير

تفاصيل المنتج

توفر تقنية FlexiPlate siRNA فحصًا مرنًا للغاية لتقنية RNAi، وهي متوفرة بتركيزات 0.1 نانومول، و0.25 نانومول، و1 نانومول في صفائح 96 بئرًا، وبتركيزات 0.1 نانومول و0.25 نانومول في صفائح 384 بئرًا، وذلك لاختيار مجموعة متنوعة من الجينات المستهدفة. ولأقصى قدر من المرونة، يمكن اختيار جزيئات siRNA وتحديد تصميم الصفيحة عبر بوابة GeneGlobe الإلكترونية. كما تتوفر قوائم بجزيئات siRNA المختارة مسبقًا للعديد من عائلات الجينات. وقد صُممت جزيئات siRNA باستخدام برنامج HP OnGuard siRNA Design، الذي يدمج تقنية الشبكات العصبية، وتحليل التماثل الخاص، وميزات متقدمة، مثل تحليل منطقة 3' UTR/المنطقة البذرية، وعدم التماثل، وتجنب تعدد أشكال النوكليوتيدات المفردة (SNP)، وتجنب نمط الإنترفيرون.

ملاحظة: لا توفر شركة QIAGEN مادة FlexiPlate siRNA في مجموعات.

أداء

الميزة: الوصف
تقنية الشبكة العصبية: يستخدم تصميم siRNA الشبكة العصبية BioPredsi، والتي تعتمد على مجموعة بيانات RNAi ضخمة للغاية.
أكبر مشروع للتحقق من صحة جزيئات siRNA في العالم: تم تعزيز عملية التصميم وتحسينها بفضل البيانات المستقاة من هذا المشروع، حيث أثبت علماء شركة QIAGEN فعالية آلاف جزيئات siRNA. وقد ثبت خلال هذا المشروع أن عددًا كبيرًا من جزيئات siRNA الجينية القابلة للاستهداف الدوائي توفر تثبيطًا بنسبة 70% على الأقل.
تحليل التماثل: يستخدم التحليل أداة خاصة وقاعدة بيانات تسلسلية حديثة وغير متكررة.
تحليل Affymetrix GeneChip: مكّن التحليل على مستوى الجينوم من تطوير تحسينات في تصميم siRNA التي تقلل من التأثيرات غير المستهدفة.
تسلسلات هدف siRNA المحدثة: تضمن البيانات الحالية من قواعد بيانات NCBI تصميمًا دقيقًا.
عدم التناظر: تُصمَّم جزيئات siRNA باستقرار غير متساوٍ لأزواج القواعد عند نهاياتها 5'. يسمح هذا للسلسلة المضادة، الأقل ارتباطًا بنهايتها 5'، بالدخول إلى مُركَّب RISC، بينما تتحلل السلسلة المتوافقة. ينتج عن عدم التناظر جزيئات siRNA عالية الفعالية، ويقلل من خطر التأثيرات الجانبية الناتجة عن دخول السلسلة غير الصحيحة إلى مُركَّب RISC.
تحليل منطقة 3' UTR/البذور: يستخدم التحليل عمليات بحث متعددة المعلمات موزونة بذكاء للعثور على تطابقات منطقة البذور لسلسلة siRNA المضادة مع المنطقة غير المترجمة 3' لأهداف mRNA غير المقصودة (انظر النص لمزيد من التوضيح).
تجنب تعدد أشكال النوكليوتيدات المفردة (SNP): تُستخدم قاعدة بيانات RefSNP لاستبعاد جزيئات siRNA التي تغطي تعدد أشكال النوكليوتيدات المفردة (SNPs). يزيد هذا من فعالية siRNA، حيث أن فعالية siRNA الذي يغطي SNP ستختلف.
تجنب أنماط الإنترفيرون: يتم فحص جزيئات siRNA بحثًا عن أنماط تسلسل متعددة معروفة بأنها تؤدي إلى استجابة الإنترفيرون. يتم رفض جزيئات siRNA التي تحتوي على هذه الأنماط.

تصميم متطور لـ siRNA

تضمن التطورات في عملية تصميم الحمض النووي الريبوزي المتداخل الصغير (siRNA) أن يوفر نظام HP OnGuard siRNA Design المبتكر والمتطور من QIAGEN جزيئات siRNA فعالة ومحددة. تُصمم جزيئات siRNA باستخدام تقنية الشبكات العصبية بالاعتماد على مجموعة بيانات ضخمة للغاية من تجارب التداخل الريبوزي (RNAi). بعد ذلك، يُفحص تصميم siRNA للتأكد من تطابقه مع جميع تسلسلات الجينوم الأخرى باستخدام قاعدة بيانات تسلسلية حديثة وغير متكررة وأداة تحليل تطابق خاصة. يتضمن نظام HP OnGuard siRNA Design العديد من الميزات الفريدة والمتقدمة (انظر الجدول).

تحليل منطقة 3' غير المترجمة/منطقة البذور

أظهرت العديد من الدراسات أن التأثيرات غير المستهدفة قد تنجم عن تطابق منطقة البذرة في السلسلة المضادة لـ siRNA مع المنطقة غير المترجمة 3' لأهداف mRNA غير المقصودة (انظر الجدول). تتكون منطقة البذرة من 6 نيوكليوتيدات في المواضع من 2 إلى 7 من السلسلة المضادة لـ siRNA في جزيء siRNA المزدوج. يمكن أن تُسهم هذه التطابقات في تثبيط الأهداف غير المقصودة نظرًا لأن siRNA يُحاكي عمل miRNA. يتم تحليل siRNA المُصمم في QIAGEN للتحقق من تكامل منطقة 3' غير المترجمة/منطقة البذرة باستخدام مجموعة خاصة من تسلسلات 3' غير المترجمة المُستمدة من قواعد بيانات RefSeq الخاصة بالإنسان والفأر والجرذ. تتم محاذاة كل siRNA مع هذه التسلسلات للتحقق من أي تشابه قد يُسهم في تأثيرات غير مستهدفة تُشبه تأثيرات miRNA.

يُعدّ تطابق ستة نيوكليوتيدات من أصل ستة في منطقة البذور الخاصة بجزيء siRNA مع تسلسل 3' UTR لجين مستهدف غير ذي صلة أمرًا شائعًا، وليس من الضروري أو العملي استبعاد جزيئات siRNA التي تُظهر مثل هذه التطابقات. وفي حالات نادرة، تُلاحظ تطابقات منطقة البذور بالإضافة إلى عشرة قواعد أو أكثر من التماثل الإضافي في تسلسل siRNA. ويحمل هذا التماثل احتمالية أكبر للتسبب في تأثيرات خارج الهدف، ولذا، يُستبعد هذا الجزيء من جزيئات siRNA، حيثما أمكن، لصالح جزيئات أخرى ذات تماثل أقل أهمية مع جينات مستهدفة غير مقصودة.

بالنسبة لبعض الأهداف، لا يمكن اختيار جزيئات siRNA التي لا تُظهر أي تشابهات من هذا القبيل. في هذه الحالات، تُوفّر قاعدة بيانات GeneGlobe معرّفات EntrezGene للجينات غير ذات الصلة التي قد تكون أهدافًا غير مقصودة لجزيئات siRNA. لا يعني وجود هذا النوع من التشابه بالضرورة أن هذه الجينات ستتأثر بجزيئات siRNA، ولكن يمكن اعتبارها أهدافًا غير مقصودة محتملة لإجراء تحليل لاحق، إذا لزم الأمر.

مبدأ

تتيح لوحة FlexiPlate siRNA تصميم تجارب فحص RNAi بما يتناسب مع متطلبات محددة. يمكن اختيار جزيئات siRNA لأي جين بشري أو فأري، بالإضافة إلى أي ضوابط موجبة وسالبة مطلوبة. من خلال واجهة الويب سهلة الاستخدام، يمكن وضع جزيئات siRNA والضوابط في أي من آبار لوحة 96 أو 384 بئرًا، أو اختيار تخطيط اللوحة من بين مجموعة من أنماط التخطيط المحددة مسبقًا. تتوفر جزيئات siRNA بتركيزات 0.1 نانومول، 0.25 نانومول، أو 1 نانومول، مما يتيح فحصًا اقتصاديًا باستخدام كميات منخفضة أو عالية من siRNA، حسب الحاجة. تتوفر تركيزات 0.1 نانومول، 0.25 نانومول، و1 نانومول في لوحات 96 بئرًا. بينما تتوفر تركيزات 0.1 نانومول و0.25 نانومول في لوحات 384 بئرًا.

إجراء

تُسهّل بوابة GeneGlobe الإلكترونية البحث عن جزيئات siRNA للجينات المستهدفة، وترتيب لوحات الزرع بما يتناسب مع تجارب الفحص. يُمكن تحميل قوائم بأسماء الجينات، ومعرفات Entrez Gene، ومعرفات RefSeq، وأسماء جزيئات siRNA، أو أرقام الكتالوج، مما يجعل عملية طلب لوحات الزرع سريعة وسهلة. اطلب لوحات الزرع فورًا أو احفظها لإجراء التعديلات والطلبات لاحقًا. حمّل تخطيطات لوحات الزرع بسهولة لسجلاتك.

التطبيقات

- تحليل المسار
- تجارب الفحص اللاحقة

تتيح تقنية FlexiPlate siRNA تطبيقات RNAi بما في ذلك: