شركة كياجين، 180025، مجموعة QIAseq cfDNA المتكاملة (96)

لـ 96 تفاعلًا على أجهزة تسلسل Illumina®: أعمدة QIAamp Mini، وأنابيب، وكواشف، ومحاليل منظمة لاستخلاص الحمض النووي الخالي من الخلايا (cfDNA) لتقنية التسلسل من الجيل التالي (NGS). إنزيمات ومحاليل منظمة لتحضير مكتبة الحمض النووي الخالي من الخلايا، ولوحة محول Illumina 96-plex، وبادئ تضخيم مكتبة Illumina، ومزيج التفاعل الرئيسي لتفاعل البوليميراز المتسلسل (PCR Master Mix).

سمات

- التحويل الأمثل للحمض النووي الخالي من الخلايا في كل خطوة من البلازما إلى مكتبة التسلسل الجيني من الجيل التالي من خلال كيمياء الربط عالية الكفاءة
- الانتقال مباشرة من المذيب إلى تحضير المكتبة دون تحديد الكمية باستخدام بروتوكول يدعم أوسع نطاق من مدخلات الحمض النووي الخالي من الخلايا (1-100 نانوغرام)
- إنشاء مكتبات خالية من تفاعل البوليميراز المتسلسل (PCR) من 10 نانوغرام من الحمض النووي الخالي من الخلايا (cfDNA).
- تقليل التحيز في تفاعل البوليميراز المتسلسل (PCR) باستخدام كواشف تضخيم عالية الدقة
- تقليل خطر التلوث المتبادل باستخدام محولات الألواح الموزعة مسبقًا لما يصل إلى 96 عينة/تشغيل NGS

تفاصيل المنتج

توفر مجموعات QIAseq cfDNA المتكاملة حلاً مثالياً لتحليل الحمض النووي الخالي من الخلايا (cfDNA) باستخدام أي منصة تسلسل الجيل التالي (NGS) من Illumina أو Ion Torrent. تُمكّن هذه المجموعات من التحويل الأمثل للحمض النووي الخالي من الخلايا في كل خطوة - من البلازما إلى مكتبة NGS - وتتيح الكشف الحساس حتى عن أندر المتغيرات، مما يمنحك أعلى درجات الثقة في نتائجك.

هل تحتاج إلى عرض سعر لمشروعك البحثي أو ترغب في مناقشة مشروعك مع فريقنا المتخصص؟ تواصل معنا

أداء

مصمم لـ cfDNA

تم تحسين بروتوكول QIAseq cfDNA الشامل خصيصًا لتحليل الحمض النووي الخالي من الخلايا (cfDNA)، حيث يُنتج مكتبات تسلسل الجيل التالي (NGS) جاهزة للاستخدام من البلازما في أقل من 3 ساعات (انظر الشكل "مصمم لأي بحث يعتمد على تقنية NGS لتحليل الحمض النووي الخالي من الخلايا"). يجمع هذا البروتوكول بشكل فريد بين استخلاص الحمض النووي الخالي من الخلايا من البلازما وتحضير المكتبات بطريقة تمنع فقدان العينة، مع ضمان تحويلها الأمثل في كل خطوة. ينتج عن ذلك تغطية متجانسة للغاية للجينوم الكامل أو الإكسوم الكامل (انظر الشكل "تغطية متجانسة للغاية").

معدل التحويل الأمثل للحمض النووي الخالي من الخلايا إلى مكتبة التسلسل الجيني من الجيل التالي

توفر تقنيات ربط المحولات عالية الكفاءة في مجموعة QIAseq cfDNA الشاملة معدلات تحويل فائقة لـ cfDNA مقارنةً بالموردين الآخرين (انظر الشكل "معدل تحويل فائق لجزيئات cfDNA إلى مكتبة NGS"). يتيح ذلك الكشف عالي الحساسية عن الطفرات حتى نسبة 1% من الأليلات (انظر الشكل "الكشف الموثوق عن المتغيرات النادرة جدًا")، مما يُمكّن من تحديد حتى أندر المتغيرات والثقة في نتائج cfDNA.

الحد الأدنى من التحيز من خلال تضخيم مكتبة تفاعل البوليميراز المتسلسل

تُنتج تركيبات الإنزيمات والمحاليل المنظمة المُحسّنة للحمض النووي الخالي من الخلايا (cfDNA) تركيزات كافية للمكتبات، مما يسمح بتحضير مكتبات التسلسل الجيني من الجيل التالي (NGS) المتوافقة مع أجهزة تسلسل Illumina دون الحاجة إلى تفاعل البوليميراز المتسلسل (PCR)، وذلك باستخدام 10 نانوغرام فقط من الحمض النووي الخالي من الخلايا المعزول (انظر الشكل "معدلات خطأ منخفضة ودقة عالية في سير العمل مع وبدون تفاعل البوليميراز المتسلسل"). في حال البدء بكمية أقل من 10 نانوغرام من الحمض النووي الخالي من الخلايا، يمكن تضخيم المكتبات باستخدام مزيج HiFi PCR الرئيسي، وهو مزيج عالي الدقة يقلل من تحيز تفاعل البوليميراز المتسلسل، وهو مُضمّن أيضًا في المجموعة. لتحضير المكتبات لأجهزة تسلسل Ion Torrent، نوصي بتضخيم المكتبة باستخدام مزيج HiFi PCR الرئيسي (المُضمّن في المجموعة) قبل التسلسل، بغض النظر عن كمية العينة المُدخلة، وذلك لضمان إثراء جزيئات المكتبة المرتبطة بالمحولات الصحيحة.

مرونة في طريقة استخلاص الحمض النووي الخالي من الخلايا دون فقدان العينات أو انخفاض جودة البيانات

تستفيد مجموعة QIAseq cfDNA الشاملة من أعمدة QIAamp Mini لاستخلاص الحمض النووي الخالي من الخلايا (cfDNA) يدويًا. صُممت مجموعة QIAseq cfDNA Library خصيصًا للمختبرات ذات الإنتاجية العالية، حيث توفر كيمياء تحضير مكتبات cfDNA مستقلة لحلول استخلاص cfDNA الآلية. وبدون أي تأثير على كمية المكتبة أو جودة البيانات، يمكن للمختبرات الانتقال من الاستخلاص اليدوي إلى الآلي لـ cfDNA أو العكس (انظر الشكل "نتائج متطابقة مع الاستخلاص اليدوي والآلي").

مبدأ

تم تطوير مجموعة QIAseq cfDNA All-in-One Kit خصيصًا لعينات الحمض النووي الخالي من الخلايا (cfDNA)، وهي حل فريد من نوعه لخزعات الدم السائلة المعتمدة على تقنية التسلسل الجيني من الجيل التالي (NGS). بفضل دمجها لاستخلاص الحمض النووي الخالي من الخلايا وإعداد المكتبة، تضمن هذه المجموعة تحويلًا مثاليًا للعينات لزيادة إنتاجية البيانات وتعزيز موثوقية النتائج. تضمن تقنيات الاستخلاص الرائدة من QIAGEN عزلًا انتقائيًا للغاية للحمض النووي الخالي من الخلايا من البلازما. كما تضمن كفاءة ربط المحولات العالية معدلات تحويل قصوى للعينات إلى مكتبة NGS، وتتيح سير عمل خالٍ من تفاعل البوليميراز المتسلسل (PCR) باستخدام 10 نانوغرام فقط من الحمض النووي الخالي من الخلايا (أجهزة تسلسل Illumina).

إجراء

يتكون سير عمل QIAseq cfDNA All-in-One من خطوتين رئيسيتين: استخراج cfDNA من البلازما وإعداد المكتبة لتقنية NGS.

استخلاص الحمض النووي الخالي من الخلايا

تستخدم مجموعة استخلاص الحمض النووي الخالي من الخلايا (cfDNA) من QIAseq أعمدة QIAamp Mini لعزل الحمض النووي الخالي من الخلايا من بلازما الدم حتى 5 مل. تم تحسين البروتوكول خصيصًا لتقنية التسلسل الجيني من الجيل التالي (NGS) فيما يتعلق بالحساسية المطلوبة للكشف عن المتغيرات. باتباع خطوات "التحلل، والربط، والغسل، والإذابة" المعتادة، يُحرر الحمض النووي الخالي من الخلايا أولًا من الهستونات ويرتبط بشكل انتقائي بغشاء السيليكا. تُغسل الملوثات الأخرى والمثبطات والبروتينات الموجودة في البلازما. في الخطوة الأخيرة، يُحرر الحمض النووي الخالي من الخلايا من الغشاء ويُذاب في محلول منظم مُرفق مع المجموعة. نظرًا لأن حجم الحمض النووي الخالي من الخلايا يبلغ عادةً حوالي 170 زوجًا قاعديًا، فلا حاجة إلى تجزئته قبل تحضير المكتبة. يمكن استخدام كمية من الحمض النووي الخالي من الخلايا تتراوح بين 1 و100 نانوغرام في ما يصل إلى 43 ميكرولتر أو 56.5 ميكرولتر من المحلول المنظم مباشرةً لتحضير مكتبة Illumina أو Ion Torrent، على التوالي.

تحضير المكتبة لأجهزة التسلسل Illumina

يتم تحضير مكتبات الحمض النووي لتسلسل Illumina عبر إجراء بسيط من خطوتين في أنبوب واحد. في الخطوة الأولى، تُصلح نهايات الحمض النووي الخالي من الخلايا (cfDNA) وتُضاف إليها ذيل الأدينين عند الطرف 3'. يسمح هذا بربط محولات التسلسل الخاصة بـ Illumina في الخطوة الثانية. محولات التسلسل المرفقة مع مجموعة QIAseq cfDNA الشاملة مزودة برمزين شريطيين، ومُقدمة في صفيحة مغلقة ذات 96 بئرًا. يتيح ذلك تضخيم ما يصل إلى 96 عينة مختلفة في عملية تسلسل واحدة. يمكن تضخيم كميات محدودة جدًا من الحمض النووي الخالي من الخلايا (cfDNA) المدخل، أقل من 10 نانوغرام، باستخدام مزيج التفاعل الرئيسي عالي الدقة لتفاعل البوليميراز المتسلسل (PCR) المرفق مع المجموعة.

إعداد المكتبة لأجهزة التسلسل Ion Torrent

تعتمد عملية تحضير مكتبات التسلسل لأجهزة Ion Torrent على تفاعل شامل خاص يجمع بين تلميع الأطراف وربط المحولات. يتم إصلاح الأطراف وربط المحولات في خطوة واحدة داخل أنبوب واحد. محولات تسلسل QIAseq المرفقة في المجموعة مذابة في محلول منظم ثنائي، وهي جاهزة للاستخدام. تحتوي كل بئر من صفيحة الاستخدام الواحد ذات 24 عينة على مزيج متساوي المولات من محولات الباركود العامة والفردية. يتيح ذلك تعدد إرسال ما يصل إلى 24 عينة مختلفة في عملية تسلسل واحدة. المحولات المرفقة مع المجموعة فقط هي المتوافقة مع تفاعل إصلاح الأطراف والربط الشامل المبتكر. تحتوي المجموعة أيضًا على كواشف تضخيم عالية الدقة وبادئات خاصة بأجهزة Ion Torrent لإثراء جزيئات cfDNA المرتبطة بالمحولات بشكل صحيح.

التطبيقات

يمكن استخدام مجموعة QIAseq cfDNA الشاملة لأي تطبيق يعتمد على تقنية التسلسل الجيني من الجيل التالي (NGS) لتحليل الحمض النووي الخالي من الخلايا (cfDNA). فهي تُنتج مكتبات NGS من البلازما لأي تطبيق تسلسل جينومي كامل أو تسلسل التقاط هجين، وبالتالي فهي مناسبة لأبحاث اكتشاف المؤشرات الحيوية، ومراقبة علاج السرطان، أو الاختبارات غير الجراحية قبل الولادة.