Qiagen، 181717، مجموعة QIAseq UPX لتحليل الحمض النووي للخلايا المفردة (576)

تحتوي هذه المجموعة على 576 عينة موزعة على 24 مكتبة، كل مكتبة تضم 24 عينة مجمعة. تشمل المجموعة محاليل ومواد كيميائية لتحليل الخلايا، وتضخيم الجينوم الكامل، وترميز العينات، وإعداد المكتبات، بما في ذلك تجزئة الحمض النووي، وإصلاح الأطراف، وربط المحولات. كما تتضمن المجموعة خرزات QIAseq ولوحة واحدة تحتوي على 24 محولًا مرمزًا برمز UDI للاستخدام مع أجهزة Illumina. تُنشئ هذه المجموعة 24 مكتبة، كل مكتبة تضم ما يصل إلى 24 تفاعل MDA مجمع، بإجمالي 575 عينة.
عرض المزيد

سمات

- تجميع 24 عينة في مكتبة واحدة بعد تضخيم الجينوم الكامل باستخدام Repli-g (WGA)
- متوافق مع تقنيات التسلسل منخفضة التمرير أو لوحات الإثراء بالتقاط الهجين مثل لوحات QIAseq xHYB Human Hybrid Capture Panels
- يوفر بوليميراز الحمض النووي REPLI-g MDA تضخيمًا عالي الدقة بدون تفاعل البوليميراز المتسلسل ويقلل من النتائج الإيجابية الكاذبة
- يتضمن فهرسين مزدوجين فريدين (UDI) لتقليل تشوهات التسلسل الناتجة عن "قفز الفهرس" على أجهزة Illumina NGS
تخضع محاليل ومواد REPLI-g MDA لإجراء تطهير فريد لتجنب تضخيم الحمض النووي الملوث

تفاصيل المنتج

تستخدم مجموعة QIAseq UPX Single Cell DNA Lib Kit بروتوكولًا مُحسَّنًا لتضخيم الحمض النووي وإعداد المكتبات، مما يسمح بتجميع الحمض النووي المُضخَّم مع تقليل العدد الإجمالي للمكتبات. وتعتمد خطوات تضخيم الحمض النووي الرئيسية على تقنية التضخيم متعدد الإزاحة (MDA) من QIAGEN مع إنزيم REPLI-g لتضخيم الحمض النووي الجينومي مباشرةً من الخلايا المفردة أو الحمض النووي الجينومي المعزول مسبقًا.

أثناء تفاعل تضخيم الحمض النووي المتعدد (MDA)، تُدمج الرموز الشريطية للعينات في الحمض النووي المُضخّم، مما يسمح بتجميع ما يصل إلى 24 عينة في مكتبة واحدة. هذا يقلل بشكل كبير من خطوات تحضير المكتبة المُرهقة، مما يُخفض تكاليف تحضير المكتبة والمواد البلاستيكية المُستهلكة.

تتضمن هذه المجموعة جميع الكواشف اللازمة لتحليل الخلايا، وتضخيم الجينوم الكامل باستخدام بوليميراز الحمض النووي REPLI-g، وإعداد مكتبة التسلسل الجيني من الجيل التالي (NGS) المتوافقة مع جهاز Illumina NovaSeq وأجهزة NGS الأخرى. توفر هذه المجموعة تغطية جينومية شاملة ودقة تسلسل استثنائية، مما يقلل من النتائج الإيجابية الخاطئة ويحد من حالات فقدان البيانات.

تحتوي المجموعة على محولات QIAseq الفريدة ثنائية الفهرسة وخرزات QIAseq لتنقية نواتج التفاعل. تدعم مجموعة QIAseq UPX Single Cell DNA Lib Kit ما يصل إلى 576 عينة من خلال دمج 24 مكتبة فقط.

أداء

توفر هذه المجموعة تغطية جينومية استثنائية من الخلايا المفردة، ومجموعات الخلايا، وكميات قليلة من الحمض النووي الجينومي، بما في ذلك المناطق ذات المحتوى العالي من الجوانين والسيتوزين. وبالمقارنة مع طرق تضخيم الجينوم الكامل القائمة على تفاعل البوليميراز المتسلسل (PCR)، فإن تقنية تضخيم الجينوم المتعدد (MDA) المضمنة في المجموعة تقضي على النسخ المكررة الناتجة عن تفاعل البوليميراز المتسلسل وتقلل من تحيز الجوانين والسيتوزين، مما يضمن تنوعًا عاليًا للمكتبة وتغطية جينومية قصوى. بالإضافة إلى ذلك، فإن بوليميراز الحمض النووي REPLI-g عالي الدقة يُحدث أخطاءً أقل من إنزيمات تفاعل البوليميراز المتسلسل عالية الدقة، مما يقلل من النتائج الإيجابية الكاذبة ويتيح اكتشافًا أكثر حساسية للطفرات. إن انخفاض مستوى الخلفية والتغطية الشاملة يجعلان هذه المجموعة مناسبة للغاية لتحليل اختلال الصيغة الصبغية، وتغيرات عدد النسخ، والطفرات من الخلايا المفردة والعينات ذات الكميات القليلة.

مبدأ

تعتمد هذه المجموعة على ثلاث تقنيات رئيسية لإنتاج مكتبات تسلسل الجينوم الكامل (WGS) عالية التنوع من خلايا مفردة. بعد تحلل الخلايا، يُستخدم تفاعل تضخيم الحمض النووي المتعدد الإزاحة (MDA) عالي الدقة لتضخيم كميات ضئيلة من الحمض النووي الجينومي (gDNA) باستخدام بوليميراز الحمض النووي REPLI-g عالي الدقة. خلال تفاعل MDA، تُدمج رموز العينات الشريطية في الحمض النووي المُضخّم، مما يسمح بتجميع ما يصل إلى 24 عينة في مكتبة واحدة. هذا يقلل بشكل كبير من خطوات تحضير المكتبة المُرهقة، وبالتالي يقلل من تكاليف تحضير المكتبة والمواد البلاستيكية المُستهلكة.

تُجرى عملية إنشاء المكتبة بعد تجميع الحمض النووي التكميلي (cDNA) مع الربط الموجه لمحول فهرس العينة الأول (BC-i5-UDI). ثم تُعالج شظايا الحمض النووي المرتبطة بـ BC-i5-UDI في الخطوة التالية بكواشف التجزئة لتقليل حجم الشظايا وتكوين الطرف الثاني، والذي يُربط لاحقًا بمحول فهرس العينة الثاني (BC-i7-UDI). تُضخّم المكتبات المكتملة باستخدام مزيج تضخيم HiFi، ويمكن موازنتها تلقائيًا باستخدام مجموعات QIAseq Normalizer (تُباع منفصلة).

إجراء

مجموعة QIAseq UPX Single Cell DNA Lib Kit هي حل متكامل لتحويل الخلايا إلى مكتبات جينومية، إذ تتضمن جميع الكواشف اللازمة لإنشاء مكتبات تسلسل جينومي كامل (WGS) عالية التنوع من خلايا مفردة أو كميات محدودة من الحمض النووي الجينومي السليم. تحتوي المجموعة على كواشف لتحليل الخلايا المفردة المعزولة أو مجموعات صغيرة من الخلايا بكفاءة. بعد التحليل، يُضخّم الحمض النووي الجينومي باستخدام بوليميراز الحمض النووي REPLI-g عالي الدقة والمزود بخاصية التدقيق. يمكن تجميع ما يصل إلى 24 عينة مُضخّمة بتقنية MDA ومُرمّزة. يُنقّى هذا التجميع باستخدام خرز QIAseq لإزالة أي رموز شريطية غير مُدمجة ومكونات التفاعل المتبقية من تقنية MDA.

لإنشاء المكتبة، تُعالج العينات المجمعة المكونة من خيوط الحمض النووي المُضخّم بالكامل (WGA-DNA) بمُسهّل EP لتكوين نهايات لاصقة وقبول مُهايئ BC-i5-UDI. تُزيل عملية تنقية QIAseq Beads بعد ربط المُهايئ الأول أي مُهايئات غير مربوطة. يتم توجيه ربط مُهايئ BC-i5-UDI لضمان بدء القراءة الأولى بتسلسل الباركود الخاص بالعينة.

في الخطوة التالية، يتم معالجة الشظايا بكواشف التجزئة لتقليل حجم الشظايا وتوليد نهايات لاصقة مناسبة لمحول BC-i7-UDI الثاني.

في الخطوات التالية، تُنقى المكتبة لإزالة محولات BC-i7-UDI غير المرتبطة، ثم تُضخّم باستخدام البادئات القياسية P7 وP5. تحتوي هذه المحولات على تسلسلات أساسية لتضخيم الجسر وتسلسله على أي جهاز من أجهزة Illumina NGS.

التطبيقات

- دراسات المراقبة
- تحليل عدم تجانس الجينوم بين الخلايا
- الكشف عن الطفرات
- تحليل تباين عدد النسخ
- تحليل اختلال الصيغة الصبغية
- الإثراء اللاحق عن طريق الالتقاط الهجين*

*لن تكون المكتبات المعالجة بواسطة QIAseq Normalizer متوافقة مع عملية الالتقاط الهجين