شركة كياجين، 250207، فحوصات الكشف عن الحمض النووي الميكروبي بتقنية تفاعل البوليميراز المتسلسل الرقمي

أنبوب واحد يحتوي على اختبار مجفف بالتجميد، صبغة (فلوروفور) قابلة للتكوين، 200 تفاعل (40 ميكرولتر تفاعل في لوحة نانوية 26 ألف)

سمات

- فحوصات مصممة مسبقًا للكشف عن أنواع الميكروبات، أو جينات الضراوة، أو جينات مقاومة المضادات الحيوية
- فحوصات لأكثر من 800 هدف
- أداة تصميم فحوصات مخصصة للأهداف البكتيرية أو الفطرية أو الفيروسية متوفرة على GeneGlobe
- يتيح اختيار الصبغة إمكانية تعدد الإرسال لما يصل إلى 12 هدفًا لكل تفاعل
- سير عمل dPCR بسيط وسريع على جهاز QIAcuity
- اجمع الحمض النووي الميكروبي والحمض النووي الريبي الفيروسي في تفاعل واحد باستخدام مجموعة QIAcuity OneStep Advanced Probe Kit

تفاصيل المنتج

يُعدّ تحديد هوية الميكروبات وتصنيفها ذا أهمية بالغة في العديد من المجالات، بما في ذلك صحة الإنسان، واختبار الأغذية والأعلاف، والاختبارات البيئية. يحدد تحديد هوية الميكروبات وجودها أو عدم وجودها في العينة، بينما يحدد تصنيفها مدى انتشارها النسبي في ظل ظروف تجريبية متعددة، مما يستلزم وجود عينة مرجعية ومعيار.

تستهدف فحوصاتنا للكشف عن الحمض النووي الميكروبي بتقنية dPCR جينات البكتيريا والفطريات والطفيليات والفيروسات، بالإضافة إلى جينات مقاومة المضادات الحيوية وجينات عوامل الضراوة. بالنسبة للبكتيريا، تستهدف هذه الفحوصات جين 16S rRNA، وبالنسبة للفطريات، تستهدف جينات الحمض النووي الريبوزي. تضم مجموعتنا أكثر من 700 فحص مختلف، 200 منها خضعت لاختبارات معملية بتقنية dPCR. وللأهداف غير المشمولة في مجموعتنا من فحوصات dPCR الميكروبية المصممة مسبقًا، نوفر أداة سهلة الاستخدام لتصميم فحوصات مخصصة للأهداف البكتيرية والفطرية والفيروسية.

يتكون كل اختبار من زوج من البادئات ومسبار تحلل مائي مزود بصبغة فلورية قابلة للتكوين. تشمل الصبغات الفلورية المتاحة FAM وHEX وROX وTAMRA وCy5 وATTO700، ويمكن مزجها ومطابقتها لدعم تحليل ما يصل إلى اثني عشر هدفًا مختلفًا في تفاعل dPCR متعدد الأهداف. كما نوفر أيضًا حزم اختبارات dPCR خماسية الأهداف، تم اختبارها في المختبر، لتحليل الأهداف الشائعة ذات الأهمية؛ راجع قسم التطبيقات أدناه لمزيد من التفاصيل. بالنسبة لتفاعل dPCR، يتم دمج الاختبار مع مجموعة QIAcuity Probe PCR (لأهداف الحمض النووي DNA) أو مجموعة QIAcuity OneStep Advanced Probe (لأهداف الحمض النووي RNA) أو مجموعة QIAcuity High Multiplex Probe PCR (لأكثر من خمسة أهداف في تفاعل واحد).

يعمل هذا الفحص بالتزامن مع نظام QIAcuity Digital PCR وألواح QIAcuity النانوية.

هل ترغب بمعرفة المزيد عن هذا المنتج والتواصل مع أحد متخصصي تقنية تفاعل البوليميراز الرقمي (dPCR) لدينا؟ سجّل دخولك هنا، وسنتواصل معك قريباً.

أداء

كشف دقيق ومحدد

تُمكّن فحوصات الكشف عن الحمض النووي الميكروبي بتقنية تفاعل البوليميراز الرقمي (dPCR) ونظام QIAcuity dPCR من إجراء قياس كمي دقيق باستخدام تقنية تفاعل البوليميراز الرقمي. أظهر تحليل المادة المرجعية للمعهد الوطني للمعايير والتكنولوجيا (NIST) التركيز المتوقع للقالب المُدخل. انظر الشكل الخاص بقياس كمية المعيار المرجعي NIST 8376 باستخدام الحمض النووي الجينومي من بكتيريا الشيغيلا سوناي لمزيد من التفاصيل.

الأداء في تعدد الإرسال

يُتيح الكشف عن الأهداف الميكروبية بتقنية تفاعل البوليميراز الرقمي المتعدد (dPCR) إعدادًا مرنًا لمجموعات صغيرة من العينات في عدد أقل من التفاعلات، مما يُحافظ على العينات الثمينة. كما يُعزز هذا الأسلوب إنتاجية التحليل، إذ يتطلب عددًا أقل من آبار لوحة النانو ويزيد من عدد العينات التي يُمكن تحليلها في كل دورة. يُمكن دمج فحوصات الكشف عن الحمض النووي الميكروبي بتقنية dPCR الخاصة بنا لإجراء تحليل متعدد.

يمكنك دمج فحوصاتك الخاصة لإجراء تحليلات متعددة عن طريق طلب فحوصات فردية باستخدام أصباغ مختلفة (FAM، HEX، TAMRA، ROX، Cy5، وATTO700). أو يمكنك الاختيار من بين باقات فحوصاتنا الخماسية، والتي تم اختبارها مسبقًا في مختبراتنا بتقنية dPCR من قبل علمائنا. أما التركيبات الأخرى لأكثر من 700 فحص مصمم مسبقًا، فينبغي التحقق منها في مختبرك.

تُظهر مقارنة بين التحليل الأحادي والتحليل المتعدد باستخدام فحوصات الكشف عن الحمض النووي الميكروبي بتقنية dPCR نتائج مماثلة ودقيقة للغاية في تحديد كمية جميع الأهداف. بالإضافة إلى دقة تحديد كمية الأهداف، يُظهر تشغيل dPCR ذي 12 هدفًا أيضًا كشفًا عالي التخصص لمسببات الأمراض الميكروبية المختلفة في المياه.

مبدأ

صُممت فحوصات الكشف عن الحمض النووي الميكروبي الجاهزة وفحوصات تفاعل البوليميراز الرقمي المخصصة للميكروبات للاستخدام في تفاعل البوليميراز الرقمي النانوي. يعتمد كل فحص على تضخيم تفاعل البوليميراز المتسلسل النهائي لمنطقة جينية خاصة بنوع الميكروب المعني أو منطقة من جين ميكروبي فردي. يُكشف عن الناتج المُضخّم باستخدام مجسات تحلل فلورية خاصة بالهدف، مما يُحسّن من دقة الفحص.

تستهدف فحوصات الكشف عن الحمض النووي الميكروبي بتقنية تفاعل البوليميراز الرقمي (dPCR) للكشف عن أنواع البكتيريا جينات الحمض النووي الريبوزي (rRNA)، وخاصةً جين 16S، وقد صُممت باستخدام قاعدة بيانات GreenGenes لتسلسلات 16S وتسلسلات الحمض النووي للسلالات النمطية المودعة في المركز الوطني لمعلومات التقانة الحيوية (NCBI). أما فحوصات الكشف عن الفطريات والفيروسات والحيوانات متعددة الخلايا، فتستهدف مناطق جينية محددة، بما في ذلك جينات الحمض النووي الريبوزي (rRNA) وجينات علامات فردية أخرى، وكلها مودعة في المركز الوطني لمعلومات التقانة الحيوية (NCBI). وقد استُخدمت قواعد بيانات متنوعة لتصميم فحوصات جينات مقاومة المضادات الحيوية (مثل lahey.org وARDB وغيرها) وجينات عوامل الضراوة (مثل VFDB).

تُصمَّم فحوصات dPCR الميكروبية المخصصة باستخدام برنامج تصميم الفحوصات الخاص بنا، والذي يعتمد على خوارزمية متطورة ومُختَبَرة بدقة، طُوِّرت خصيصًا للأهداف الميكروبية. يضمن هذا البرنامج أن كل تصميم فحص يفي بمعايير أداء صارمة، لتقديم فحوصات قوية وعالية الجودة، تتميز بحساسية ونوعية مثاليتين.

تم وصف مبدأ تفاعل dPCR في الصفائح النانوية هنا.

إجراء

يُعدّ بروتوكول فحص الكشف عن الحمض النووي الميكروبي بتقنية dPCR وبروتوكول فحوصات dPCR الميكروبية المخصصة بسيطًا ويمكن إجراؤه في أي مختبر باستخدام جهاز QIAcuity dPCR. يُستخلص الحمض النووي من العينة ويُضاف إلى مزيج QIAcuity Probe Mastermix الجاهز للاستخدام وماء خالٍ من الحمض النووي الميكروبي (ماء UCP). يُوزّع هذا المزيج في كل بئر من آبار صفيحة dPCR التحضيرية، التي تحتوي على مجموعات مُوزّعة مسبقًا من البادئات ومجسات التحلل. تُنقل مخاليط التفاعل من الصفيحة التحضيرية إلى آبار صفيحة dPCR النانوية، التي تُغلق بإحكام ثم تُنقل إلى جهاز QIAcuity dPCR (انظر الشكل A: سير عمل بسيط وسريع قائم على الصفيحة). تتم خطوات التقسيم والتدوير والتصوير تلقائيًا بالكامل بواسطة جهاز QIAcuity dPCR وفقًا للمعايير المُحددة مسبقًا. اعتمادًا على بروتوكول التدوير، يمكن تحليل نتائج تشغيل dPCR في مجموعة برامج QIAcuity بعد حوالي ساعتين (انظر الشكل Microbial dPCR في حوالي ساعتين مع الحد الأدنى من وقت العمل اليدوي).

التطبيقات

معرّف الحزمة: حقل التطبيق
WW-001: مياه الصرف الصحي 1
WW-002: مياه الصرف الصحي 2
WW-003: مياه الصرف الصحي 3
HM-001: الميكروبيوم البشري 1
PB-001: البروبيوتيك 1
RG-001: جينات المقاومة 1
RG-002: جينات المقاومة 2
VG-001: جينات الضراوة 1
CP-001: إنتاج القنب 1
HM-002: الميكروبيوم البشري 2
RG-003: جينات المقاومة 3
VG-002: جينات الضراوة 2
VG-003: جينات الضراوة 3

تُعدّ فحوصات الكشف عن الحمض النووي الميكروبي بتقنية تفاعل البوليميراز الرقمي (dPCR) مناسبة للغاية للكشف عن أنواع البكتيريا والفطريات والفيروسات، بالإضافة إلى جينات مقاومة المضادات الحيوية أو عوامل الضراوة الميكروبية. ويمكن تحليل مجموعة متنوعة من العينات، بما في ذلك البراز والبلغم ومسحات المهبل ومياه الصرف الصحي وغيرها.

بالإضافة إلى ذلك، تسمح أداة تصميم المقايسات الميكروبية المخصصة بتقنية dPCR بتصميم مقايسات بسلاسة لأي هدف ميكروبي (بكتيريا، فطريات، فيروسات) ذي أهمية غير مغطى بمقايسات الكشف عن الحمض النووي الميكروبي بتقنية dPCR المصممة مسبقًا.

حزم 5-plex تم اختبارها في المختبر الرطب بتقنية dPCR

* F: FAM، H: HEX، T: TAMRA، R: ROX أو C: Cy5