شركة كياجين، 331535، مكتبة QIAseq miRNA QC Spike-ins

كانت تُعرف سابقًا باسم Exiseq NGS Spike-In Kit رقم 800100. تحتوي على 52 وحدة QIAseq miRNA Library QC Spike-ins، تكفي لما يصل إلى 500 عينة؛ ماء خالٍ من النيوكلياز

سمات

- مراقبة جودة عينات الحمض النووي الريبوزي الميكروي/الحمض النووي الريبوزي الصغير الفريدة القائمة على تفاعل البوليميراز المتسلسل الكمي قبل التسلسل الجيني من الجيل التالي
- ضروري للعينات الصعبة ذات المحتوى المنخفض من الحمض النووي الريبي، مثل السوائل الحيوية
- فحوصات تفاعل البوليميراز المتسلسل (PCR) لـ LNA miRNA في لوحات PCR جاهزة للاستخدام
- متوافق مع جميع أجهزة qPCR الرئيسية
- مجموعة شاملة من 52 عينة من الحمض النووي الريبي (RNA) المضافة، تغطي نطاقًا واسعًا من التركيزات
- تقييم شامل لخطية وتكرارية تقنية التسلسل الجيني من الجيل التالي بعد التسلسل

تفاصيل المنتج

تُمكّن فحوصات ومصفوفات QIAseq miRNA Library QC PCR من إجراء مراقبة جودة دقيقة لكلٍ من جودة العينة قبل تحضير مكتبة NGS وأداء NGS بعد التسلسل. يسمح تضخيم QIAseq miRNA Library QC Spike-ins - وهي مجموعة شاملة من العناصر المضافة أثناء عزل الحمض النووي الريبوزي أو إلى الحمض النووي الريبوزي المعزول - بتقييم قابلية تكرار وخطية قراءات NGS المُطابقة لهذه التسلسلات الخارجية، مما يضمن الحصول على أفضل نتائج تسلسل miRNA.

يوصى باستخدام مجموعات مكتبة QIAseq miRNA لإنشاء مكتبة خالية من الجل لـ miRNA و piRNA و RNA الصغير على أجهزة Illumina و Thermo Fisher Scientific NGS.

مبدأ

مجموعة أدوات QIAseq miRNA Library QC PCR Panel Kit: QIAseq miRNA Library QC Spike-Ins
متوافق مع عينات السوائل الحيوية: ✓
متوافق مع الخلايا/الأنسجة: —
تقييم كمية الحمض النووي الريبي: ✓
تقييم جودة الحمض النووي الريبوزي الميكروي/الحمض النووي الريبوزي الصغير: ✓
تقييم جودة المكتبة: ✓
تقييم قابلية تكرار تقنية التسلسل الجيني من الجيل التالي: ✓
تقييم القيم الشاذة التقنية: ✓

إجراء

- تحديد العينات الشاذة: احسب قيمة دلتا CT لكل من UniSp100 وUniSp101. تتراوح قيمة CT النموذجية لـ UniSp100 بين 31 و34، ولـ UniSp101 بين 25 و28. يجب أن تكون قيمة دلتا CT للعينتين المضافتين حوالي 5-7. عند مقارنة عينات مختلفة، يجب ألا يتجاوز الفرق في قيمة CT بين أي تحليل بين العينات قيمة معينة.
- تقييم تخليق الحمض النووي التكميلي (cDNA): قيّم قيمة UniSp6 عبر جميع العينات. يجب أن تكون القيمة أقل من 2 CT بين أي عينتين.
- تقييم انحلال الدم (لتحديد المؤشرات الحيوية في المصل/البلازما): يجب أن يكون فرق العتبة (ΔCT) بين miR-23a وmiR-451a أقل من 5 للعينات عالية الجودة. تُعتبر العينة التي تتراوح قيمتها بين 5 و7 عينةً على الحد الفاصل. أما العينات التي تزيد قيمتها عن 7، فلا ينبغي استخدامها.

إذا كنت تستخدم مجموعة أدوات مكتبة QIAseq miRNA، فانتقل إلى مركز تحليل بيانات GeneGlobe وقم بتهيئة موقع التحليل لتحليل مجموعة أدوات مكتبة QIAseq miRNA الأساسية. ما عليك سوى تحميل ملف FASTQ الخاص بك وتعيين خيار "إضافة QIAseq Spike-in" إلى "نعم".
في حال استخدامك لخط أنابيب تحليل بيانات التسلسل الجيني من الجيل التالي (NGS) الخاص بك، يجب ربط القراءات بتسلسلات QIAseq NGS Spike-in (باستخدام Bowtie2 أو خوارزمية ربط مشابهة)، ثم استبعاد قراءات Spike-in من باقي البيانات. نوصي باستخدام إعدادات "التطابق التام" عند ربط قراءات QIAseq NGS Spike-in وتصفيتها وحسابها في مجموعة البيانات (ملفات FASTQ). بعد حساب قراءات QIAseq NGS Spike-in، يجب توحيدها وفقًا لإجمالي عدد القراءات لكل عينة.
بعد إجراء عملية التوحيد البسيطة هذه لقراءات العينات الفردية لجميع العينات المُضافة، يجب رسم مصفوفات الارتباط لجميع المقارنات بين العينات. يُجرى ذلك لتقييم الارتباط بين العينات في مجموعة العينات. من المتوقع أن يكون معامل الارتباط R² بين 0.95 و0.99. عند مقارنة الارتباط بين الأيام، يكون الارتباط عادةً أضعف منه داخل مجموعة من العينات التي تم تنقيتها في نفس اليوم. إذا انحرفت العينات عن هذه القيم، فقد تكون قيمًا شاذة تقنيًا، ويُفضل استبعادها من التحليل اللاحق.

تتيح إضافة QIAseq miRNA Library QC Spike-Ins أثناء عزل الحمض النووي الريبي مراقبة قابلية المقارنة والتكرار للعملية بأكملها من عزل الحمض النووي الريبي إلى تحليل بيانات NGS.

يمكن إضافة مُلحقات مراقبة الجودة لمكتبة QIAseq miRNA مباشرةً إلى عينات الحمض النووي الريبوزي (RNA) قبل تحضير مكتبة الحمض النووي الريبوزي الصغير. وللحصول على نسب أكثر دقة بين المُلحقات وmiRNAs الذاتية في أنواع العينات الأخرى أو عند استخدام عينات RNA معزولة، يُنصح بإجراء معايرة تجريبية لملحقات مراقبة الجودة لمكتبة QIAseq miRNA.

يتكون البروتوكول من 5 خطوات:

1. إضافة 52 من مُدخلات مراقبة الجودة لمكتبة QIAseq miRNA إلى العينات أثناء عزل الحمض النووي الريبوزي (RNA).

2. تخليق الحمض النووي التكميلي (cDNA)، بما في ذلك UniSp6 Spike-In

3. تفاعلات qPCR

4. تقييم العينات وتسلسل الجيل التالي للعينات المقبولة

5. تقييم بيانات مراقبة الجودة لمكتبة QIAseq miRNA Spike-Ins

تحليل البيانات وتفسيرها

تتيح لك عناصر التحكم QIAseq miRNA Library QC Spike-In مراقبة الجودة التقنية لعزل الحمض النووي الريبي وتخليق الحمض النووي التكميلي ووجود مثبطات تفاعل البوليميراز المتسلسل في العينة.

تفسير تقنية التسلسل الجيني من الجيل التالي:

سيقوم مركز تحليل البيانات GeneGlobe لمجموعات مكتبة QIAseq miRNA تلقائيًا بمحاذاة وإبلاغ QIAseq miRNA spike-ins بالإضافة إلى small/miRNA/piRNA المحاذية من عينتك.

تفسير نتائج لوحة qPCR واختبارها:

تحليل التسلسل الجيني من الجيل التالي: