مجموعة مكتبة الحمض النووي الريبوزي (RNA) لمستودع المناعة QIAseq من شركة Qiagen، رقم 333705

مجموعة مكتبة الحمض النووي الريبوزي (RNA) لمستودع المناعة QIAseq لفحص مستودع المناعة البشري والفأري

سمات

- تضمن المؤشرات الجزيئية الفريدة (UMI) نتائج تسلسل دقيقة
- تحليل البيانات عبر الإنترنت من خلال GeneGlobe
- يتضمن خرز QIAseq لتنظيف التفاعل
- بروتوكول سهل الاستخدام للأتمتة لعينات الإنسان أو الفأر
- يتم ترتيب مؤشرات عينات QIAseq بشكل منفصل لدمج ما يصل إلى 384 عينة

تفاصيل المنتج

تستخدم مجموعات مكتبة الحمض النووي الريبوزي (RNA) الخاصة بمستودع المناعة QIAseq مؤشرات جزيئية فريدة (UMI) مع بادئات خاصة بالجينات لاستهداف أنواع محددة من الحمض النووي الريبوزي (RNA) لتسلسل الجيل التالي (NGS). تم تصميم كل لوحة فريدة بعناية والتحقق منها معمليًا لضمان أداء التسلسل باستخدام برنامج محاذاة يدعم UMI لتحقيق أقصى أداء للتسلسل ونتائج دقيقة. تُستخدم لوحة مستقبلات الخلايا التائية البشرية والفأرية لتسلسل منطقة V(D)J لجينات ألفا وبيتا ودلتا وجاما، بما في ذلك مناطق CDR3. يوفر التحليل عبر الإنترنت من خلال مركز تحليل بيانات GeneGlobe مقاييس أساسية لمراقبة جودة التسلسل، بالإضافة إلى تردد وهوية كل نمط مستنسخ تم تسلسله.

تم تحديث هذه المجموعة إلى لوحة QIAseq Targeted RNA-seq لمستقبلات الخلايا التائية. نوصي ببدء المشاريع الجديدة باستخدام المجموعات المُحدَّثة.

أداء

السلسلة: % خلايا جركات
TCR-alpha: 10
1: 1
0.1: 1
0.01: 10
TCR-beta: 10
1: 1
0.1: 2
0.01: 61

نظرة شاملة على مجموعة الخلايا التائية المناعية

حساس بنسبة 0.01% على الأقل

إجراء

تعتمد مجموعة QIAseq Immune Repertoire RNA Library Kit على عملية تخليق cDNA عالية الكفاءة ومخصصة لمستقبلات الخلايا التائية (TCR)، بالإضافة إلى إثراء البادئات الخاصة بجينات TCR، والفهرسة الجزيئية، وذلك لتقييم دقيق وحساس لنمط وتنوع مستنسخات TCR (انظر الشكل "سير عمل QIAseq Immune Repertoire RNA Library"). يتم توفير إنزيم النسخ العكسي لمستقبلات الخلايا التائية (TCR) وبادئات لوحة الإثراء، إلى جانب كواشف المكتبة.

تخليق الحمض النووي التكميلي (cDNA)

تُحوّل عينات الحمض النووي الريبوزي (RNA) أولاً إلى حمض نووي تكميلي (cDNA) باستخدام بادئات النسخ العكسي الخاصة بمستقبلات الخلايا التائية (TCR). بعد ذلك، يحدث تخليق السلسلة الثانية، مما ينتج عنه حمض نووي تكميلي مزدوج السلسلة (ds-cDNA). ثم يُصلح طرفا هذا الحمض النووي التكميلي المزدوج السلسلة ويُضاف إليه ذيل الأدينين (A) في بروتوكول أنبوب واحد.

مهمة UMI

قبل إثراء الهدف وتضخيم المكتبة، يُخصص لكل جزيء cDNA أصلي مُعرّف فريد (UMI) عن طريق ربط مُهايئ يحتوي على تسلسل عشوائي كامل مكون من 12 قاعدة (أي المُعرّف الفريد) بجزيء cDNA ثنائي السلسلة. إحصائيًا، تُوفر هذه العملية 4^12 مُعرّفًا مُحتملًا لكل مُهايئ، ويحصل كل جزيء DNA في العينة على تسلسل مُعرّف فريد. بالإضافة إلى ذلك، يحتوي هذا المُهايئ المربوط أيضًا على مُعرّف العينة الأول.

إثراء الهدف وبناء المكتبة النهائية

بعد تحديد الجزيء الجزيئي الفريد (UMI)، تُجرى عملية إثراء الهدف لضمان إثراء جزيئات الحمض النووي التكميلي (cDNA) لمستقبلات الخلايا التائية (TCR) بشكل كافٍ في المكتبة المُسلسلة. وللإثراء، تُخضع جزيئات الحمض النووي التكميلي المربوطة لتفاعل البلمرة المتسلسل المُستهدف (PCR) باستخدام بادئ واحد خاص بالمنطقة الثابتة لمستقبلات الخلايا التائية وبادئ عام مُكمل للمُهايئ. وفي النهاية، يُجرى تفاعل البلمرة المتسلسل العام لتضخيم المكتبة وإدخال تسلسلات المُهايئ الخاصة بالمنصة، بالإضافة إلى مؤشرات عينة إضافية.