Qiagen، 333884، QIAseq DIRECT SARS-CoV-2 محسن

يحتوي على جميع المواد التكميلية اللازمة لسير عمل QIAseq DIRECT SARS-CoV-2 المحسن

سمات

- يعمل مع جميع المتغيرات المعروفة المثيرة للقلق، بما في ذلك أوميكرون
- سير عمل سريع، يستغرق 4 ساعات فقط، ولا يتطلب تفاعلات تجزئة أو ربط.
- تغطية جينومية كاملة عالية التوحيد لفيروس SARS-CoV-2
- انخفاض بنسبة 50% في استخدام الإكراميات مقارنةً بسير العمل القائم على نظام ARTIC
- إنتاجية عالية للمكتبات حتى من عينات ذات عدد نسخ منخفض

تفاصيل المنتج

صُممت مجموعات QIAseq DIRECT SARS-CoV-2 خصيصًا لدعم الأبحاث المتعلقة بفيروس SARS-CoV-2، المسبب لمرض كوفيد-19. تُعد هذه المجموعات حلولًا متكاملة لتسلسل الجينوم الفيروسي الكامل. يُشفّر فيروس SARS-CoV-2 بواسطة جزيء RNA أحادي السلسلة موجب الاتجاه، والذي يمكن مزجه مع RNA الخاص بالخلية المضيفة أثناء عزله من العينة. تتضمن المجموعات كواشف لتحويل RNA إلى cDNA، وبادئات لإثراء الجينوم الفيروسي بشكل خاص، ومؤشرات مزدوجة فريدة (UDIs) للتسلسل. تتكون اللوحة من حوالي 550 بادئة لإنشاء 425 مضخمًا، تغطي الجينوم الفيروسي بالكامل.

أداء

حل عالي الجودة في صندوق واحد

يتطلب تضخيم فيروس SARS-CoV-2 المستهدف كلاً من النسخ العكسي وإثراء الجينوم الكامل للحمض النووي الريبي الفيروسي. مجموعة QIAseq DIRECT SARS-COV-2 هي حل متكامل لإنشاء مكتبات جينوم كاملة جاهزة للتسلسل ومتوافقة مع جميع منصات Illumina.

تصميم تمهيدي مبتكر

صُممت مجموعة QIAseq DIRECT SARS-CoV-2 لتحقيق الأداء الأمثل على منصات التسلسل ذات القراءة القصيرة. تُنتج هذه المجموعة مُضخّمات يبلغ طولها حوالي 250 زوجًا قاعديًا، مقارنةً بمُضخّمات يبلغ طولها 400 زوجًا قاعديًا تُنتجها الطرق البديلة، مما ينتج عنه مُضخّمات أقصر لا تتطلب تجزئة. تُنتج المجموعة مكتبات عالية الإنتاجية ومتشابهة الحجم، مما يُحسّن الأداء من حيث تجانس التسلسل وعمق القراءة الإجمالي.

تعدد الإرسال

تتيح مجموعة QIAseq DIRECT SARS-CoV-2 إمكانية إجراء التحليل المتعدد على أجهزة Illumina عالية الإنتاجية، مثل NovaSeq (حتى 384 عينة لكل مسار من خلية تدفق Illumina).

تحليل البيانات

عند استخدام هذه اللوحة مع برنامج QIAGEN CLC Genomics Workbench، فإنها توفر بيانات يمكن تحليلها بسرعة. ويمكن استخدام بيانات التسلسل لتحديد المتغيرات عبر عينات مختلفة، بالإضافة إلى مقارنتها بالعديد من الجينومات - بدءًا من الجينومات المرجعية المتفق عليها وصولًا إلى أحد الجينومات العديدة التي تم تحميلها من جميع أنحاء العالم.

مبدأ

تتكون الفيروسات من حمض نووي (جينوم فيروسي) وعدد محدود من البروتينات التي تُسهّل دخولها إلى الخلية المضيفة، وتضاعف جينومها، وإنتاج الفيروسات. وبينما قد يتكون الجينوم الفيروسي من الحمض النووي الريبي (RNA) أو الحمض النووي الريبوزي منقوص الأكسجين (DNA)، فإن فيروس سارس-كوف-2 (SARS-CoV-2) مُشفّر بواسطة جزيء RNA. يقل حجم جينوم فيروس سارس-كوف-2 عن 30 كيلوبايت، وقد يختلط مع الحمض النووي الريبي (RNA) الخاص بالخلية المضيفة عند عزله من عينة بشرية، مما يجعل إعادة بناء الجينوم الفيروسي الكامل أمرًا صعبًا.

على الرغم من أن تقنية التسلسل الجيني من الجيل التالي (NGS) أصبحت أداةً حيوية، إلا أن تحضير المكتبات لا يزال يمثل عقبةً رئيسيةً في سير عمل هذه التقنية. مجموعة QIAseq DIRECT SARS-CoV-2 هي مجموعة بادئات تفاعل البوليميراز المتسلسل المتعدد (PCR) لتضخيم الجينوم الكامل لفيروس SARS-CoV-2. باستخدام مُضخّمات مُحسّنة لمنصات القراءة القصيرة، تعتمد مجموعة QIAseq DIRECT SARS-CoV-2 على نهج استهداف متداخل ومتكرر لتقليل خطر فقدان التسلسل الناتج عن الطفرات الفيروسية الجديدة.

إجراء

تستخدم تقنية QIAseq DIRECT SARS-CoV-2 سير عمل مبسطًا لمدة 4 ساعات لإثراء وإعداد مكتبة جينوم فيروس SARS-CoV-2.

تخليق الحمض النووي التكميلي (cDNA) وإثراء فيروس سارس-كوف-2

تبدأ عملية QIAseq DIRECT SARS-CoV-2 بتخليق الحمض النووي التكميلي (cDNA) باستخدام بادئات عشوائية (لا يتطلب ذلك استنفاد الحمض النووي الريبوزي الريبوسومي أو اختيار ذيل البولي أدينين). يتميز هذا التفاعل بمرونة فيما يتعلق بكمية الحمض النووي الريبوزي (RNA) المدخلة؛ إذ يكفي 5 ميكرولتر من الحمض النووي الريبوزي الفيروسي كحجم ابتدائي، بغض النظر عن تركيز الفيروس. بعد تخليق الحمض النووي التكميلي، تُستخدم مجموعات من البادئات المتعددة في تفاعل البلمرة المتسلسل المتعدد عالي الدقة (PCR) لتحضير مجموعتين من نواتج التضخيم بطول 250 زوجًا قاعديًا تقريبًا. ثم تُجمع المجموعتان المُخصبتان لكل عينة في أنبوب واحد وتُنقى باستخدام تقنية تنقية الخرز QIAseq.

تضخيم المكتبة وفهرسة العينات

بعد التحديد الكمي والتطبيع، تُضخّم عينات SARS-CoV-2 المُخصّبة وتُفهرس باستخدام تفاعل تضخيم عالي الدقة. خلال هذا التفاعل، تُضاف فهارس ثنائية فريدة (UDIs) إلى العينات. تُقلّل هذه الفهارس بفعالية من خطر سوء تعيين القراءات الناتج عن قفز الفهرس. ويتحقق ذلك من خلال تصفية القراءات المُعيّنة بشكل خاطئ أثناء فصل العينات الفردية، مما يُنتج بيانات إخراج عالية الدقة. لمزيد من المعلومات حول فهارس QIAseq الثنائية الفريدة، يُرجى الرجوع إلى "الملحق أ: فهارس QIAseq DIRECT الثنائية الفريدة" في دليل QIAseq DIRECT SARS-CoV-2.

التسلسل من الجيل التالي

تتوافق مكتبات QIAseq DIRECT SARS-CoV-2 مع منصات Illumina NGS بما في ذلك iSeq 100 و MiniSeq و MiSeq و NextSeq 500/550 و HiSeq 2500 و HiSeq 3000/4000 و NovaSeq 6000.

التطبيقات

يمكن استخدام مجموعة QIAseq DIRECT SARS-CoV-2 لتحقيق تغطية كاملة للجينوم الفيروسي SARS-CoV-2 لأغراض البحث الوبائي والمراقبة الجينومية.

بفضل قدرتها على تحليل ما يصل إلى 384 عينة في وقت واحد، تتيح هذه اللوحة للمختبرات توسيع نطاق قدرات التسلسل الجيني بسرعة وتعزيز جهود المراقبة الجينومية لفيروس SARS-CoV-2. كما يُمكّن التضخيم الدقيق والتغطية العالية لجينوم SARS-CoV-2 من الكشف عن السلالات الجديدة بدقة لا مثيل لها.