Qiagen، 334205، مجموعة مكتبة الحمض النووي الريبوزي منخفضة المدخلات QIAseq (96)

يتضمن كواشف تحضير مكتبة الحمض النووي الريبي لـ 96 عينة، وخرز QIAseq، وتحليل QIAseq المتقدم لبوابة تحليل تسلسل الحمض النووي الريبي.

سمات

- ابدأ بـ 1-1000 نانوغرام من الحمض النووي الريبي الكلي أو الحمض النووي الريبي الرسول المُخصب
- يعمل كاشف إزالة الحمض النووي الريبوزي QIAseq FastSelect المدمج على تثبيط الحمض النووي الريبوزي الريبوسومي أو أنواع الحمض النووي الريبوزي غير المرغوب فيها الأخرى
- يضمن ترميز العينات بعد النسخ العكسي عدم حدوث أي خلط بين العينات
- يتضمن بروتوكولات لبناء مكتبات النسخ الجيني الكامل أو تسلسل الحمض النووي الريبوزي 3' بدءًا من الحمض النووي الريبوزي الكلي أو الحمض النووي الريبوزي الرسول المُخصب
- يتضمن الوصول إلى خدمة رسم خرائط قراءة تسلسل الحمض النووي الريبوزي (RNA-seq) عبر الإنترنت، وتحليل التعبير الجيني التفاضلي، وتحليل المسارات باستخدام بوابة تحليل تسلسل الحمض النووي الريبوزي (RNA-seq) للأنواع المدعومة

تفاصيل المنتج

تستخدم مجموعات QIAseq FastSelect RNA Library Kits آلية عمل بسيطة وسريعة لتحليل النسخ الجيني الكامل بدءًا من 1 نانوغرام من الحمض النووي الريبوزي الكلي. تعتمد آلية العمل البسيطة على كواشف إزالة الحمض النووي الريبوزي FastSelect لكبح الحمض النووي الريبوزي الريبوسومي وأنواع الحمض النووي الريبوزي الأخرى غير المرغوب فيها، مما يتيح دراسة التعبير الجيني وتحديد النسخ من مجموعة متنوعة من النماذج الحيوانية، بما في ذلك الإنسان والفأر والجرذ والأنواع ذات الصلة، والنباتات، والخميرة، وسمك الزيبرا، والذباب، والديدان، والبكتيريا. كما يمكن للباحثين استخدام مجموعات إثراء الحمض النووي الريبوزي الرسول (mRNA) (تُباع منفصلة) وتركيز بناء مكتبة تسلسل الحمض النووي الريبوزي على الحمض النووي الريبوزي الرسول المشفر للبروتين. عند استخدامها مع مجموعات QIAseq UX Index IL UDI Index Kits (تُباع منفصلة)، يمكن دمج 768 عينة فردية في مسار واحد لخلية تدفق التسلسل.

يتضمن الحل المتكامل إمكانية الوصول عبر الإنترنت إلى بوابة تحليل تسلسل الحمض النووي الريبوزي (RNA-seq) (للأنواع المدعومة)، مما يتيح للباحثين البدء بملفات FASTQ وإجراء محاذاة القراءات، وتحليل التعبير الجيني التفاضلي، وتحليل المسارات. علاوة على ذلك، يمكن تحديد فحوصات تفاعل البوليميراز المتسلسل الكمي (qPCR) وتفاعل البوليميراز المتسلسل الرقمي (digital PCR) للتحقق البيولوجي بسهولة في برنامج QIAGEN GeneGlobe بعد تحليل البيانات. كما تدعم مجموعة مكتبات QIAseq FastSelect RNA برامج مثبتة في الموقع من خلال برنامج QIAGEN's CLC Genomics Workbench (يُباع بشكل منفصل).

تحتفظ مكتبات RNA-seq النهائية التي تم إنشاؤها باستخدام مجموعات QIAseq FastSelect RNA Library Kits بالخيط والاتجاه للنسخة الأصلية، مما يزيد من دقة النسخ النهائية المحددة والقياس الكمي.

أداء

تتميز مجموعات QIAseq FastSelect RNA Library Kits بتعدد استخداماتها، إذ تحتوي على جميع الكواشف اللازمة لإنشاء مكتبات RNA-seq الموجهة لتحليل النسخ الكامل أو RNA-seq 3'، وذلك حسب سير العمل المُختار ونوع الحمض النووي الريبوزي (RNA) المُستخدم. يتيح هذا للباحثين اختيار نوع المكتبة المناسب بناءً على الحمض النووي الريبوزي المُدخل، وجهاز التسلسل عالي الإنتاجية (NGS)، وميزانية القراءة، وأهداف المشروع العامة. وقد تم بنجاح إنشاء مكتبات RNA-seq من الحمض النووي الريبوزي الكلي عالي الجودة، والحمض النووي الريبوزي المُجزأ من عينات الأنسجة المُثبتة بالفورمالين والمُضمنة في البارافين (FFPE)، والحمض النووي الريبوزي الرسول (mRNA) المُخصب. للاطلاع على بيانات تجريبية، سجّل الدخول إلى بوابة تحليل RNA-seq وانتقل إلى مجلد QIAseq FastSelect RNA Library.

مبدأ

تتميز مجموعات مكتبات الحمض النووي الريبوزي QIAseq FastSelect بالعديد من المزايا المبتكرة مقارنة بمجموعات مكتبات الحمض النووي الريبوزي الأخرى:

أولًا، يتيح دمج تقنية QIAseq FastSelect في سير العمل إزالة الحمض النووي الريبوزي (rRNA) بسرعة وكفاءة أثناء تفاعل تخليق الحمض النووي التكميلي (cDNA). في خطوة واحدة، تزيل QIAseq FastSelect ما يصل إلى 99% من جميع جزيئات rRNA غير المرغوب فيها، حتى عند التعامل مع عينات صعبة أو في الحالات التي يكون فيها الحمض النووي الريبوزي متحللًا بالفعل، مثل عينات الأنسجة المثبتة بالفورمالين والمضمنة في البارافين (FFPE).

ثانيًا، خلال عملية النسخ العكسي، يتضمن كل نسخ متسلسل مُعرّف عينة فريد. بعد هذه الخطوة، يمكن تتبع العينات لمنع أي اختلاط بينها. خلال فهرسة العينات وتضخيم المكتبة النهائي، يمكن استخدام ما يصل إلى 768 فهرسًا مزدوجًا فريدًا مختلفًا.

يُقدَّم بروتوكول بديل يسمح بتجميع الحمض النووي التكميلي (cDNA) بعد خطوة النسخ العكسي. عند استخدام تجميع الحمض النووي التكميلي، يمكن تسلسل أكثر من 10000 عينة معًا في مسار خلية تدفق واحد.

إجراء

يُسخّن الحمض النووي الريبوزي الكلي أو الحمض النووي الريبوزي الرسول المُخصّب، ثم يُبرّد تدريجيًا للسماح لتقنية QIAseq FastSelect بحجب الحمض النووي الريبوزي الريبوسومي وغير المرغوب فيه. بعد ذلك، يُحوّل الحمض النووي الريبوزي المُعالج إلى حمض نووي تكميلي (cDNA) عن طريق النسخ العكسي. يختار الباحثون بادئات النسخ العكسي التي سيستخدمونها لبناء مكتبات تسلسل الحمض النووي الريبوزي (RNA-seq): بادئات سداسية عشوائية، أو بادئات أوليغو-dt، أو مزيج من البادئتين لتغطية كاملة للحمض النووي الريبوزي. خلال عملية النسخ العكسي، تُمنح كل عينة مُعرّفًا فريدًا لتجنب اختلاط العينات.

بعد تخليق الحمض النووي التكميلي (cDNA)، يتم تضخيم كل مكتبة وإضافة مؤشرات مزدوجة فريدة باستخدام مجموعات QIAseq UX Index Kits في خطوة تفاعل البوليميراز المتسلسل (PCR) واحدة. تُقاس كمية المكتبات من حيث المردود وحجم القطع، ثم تُجمع وتُسلسل باستخدام جهاز Illumina NGS. يمكن استخدام خطوة تجميع اختيارية بعد تخليق الحمض النووي التكميلي (cDNA) لتبسيط بناء المكتبة وزيادة عدد العينات لكل عملية تسلسل.

تستغرق عملية سير العمل الكاملة من الحمض النووي الريبي الكلي إلى المكتبة الجاهزة للتسلسل عادةً أقل من 5 ساعات من الوقت الإجمالي، مع 2.5 ساعة فقط من العمل اليدوي.

لتحليل بيانات تسلسل الحمض النووي الريبوزي (RNA-seq)، يمكن تحميل ملفات FASTQ إلى منصة QIAGEN GeneGlobe لاستخدامها مع بوابة تحليل تسلسل الحمض النووي الريبوزي (RNA-seq Analysis Portal) لفصل العينات، وتحليل التعبير الجيني التفاضلي، وتحليل المسارات. تحتوي هذه الأداة الإلكترونية على مسارات وخوارزميات شائعة الاستخدام في تقنية التسلسل من الجيل التالي (NGS)، مصممة خصيصًا لمكتبات QIAseq FastSelect. ما عليك سوى تحميل أو نقل ملفات FASTQ الخاصة بك، وتكوين التجارب دون الحاجة إلى تنزيل أو شراء أي أجهزة أو برامج حاسوبية.

التطبيقات

تدعم مجموعات QIAseq FastSelect RNA Library Kits إنشاء مكتبات RNA-seq الموجهة لتحديد النسخ، واكتشاف الجينات المدمجة، والتعبير الجيني عالي الإنتاجية. يمكن أن يكون الحمض النووي الريبوزي المدخل عالي الجودة أو مجزأً، مما يسمح بإنشاء مكتبات RNA-seq من الأنسجة، والإكسوسومات، وعينات FFPE، وخطوط الخلايا. كما تدعم هذه المجموعات الحمض النووي الريبوزي من عينات حقيقية النواة، وبدائية النواة، والفطريات.