شركة كياجين، 334355، لوحة القراءة الطويلة المخصصة QIAseq xHYB (96)

لوحة مجسات xHYB مخصصة لإثراء الهدف في تسلسل القراءة الطويلة، لوحة ثابتة لـ 96 عينة

سمات

- تغطية شاملة وموحدة: تحقيق تغطية شاملة ومتساوية في جميع المناطق المستهدفة للكشف الدقيق عن المتغيرات
- تقنية الالتقاط الهجين المعيارية الذهبية: تضمن دقة وحساسية عاليتين لإثراء الهدف.
- طول قراءة طويل: يغطي مناطق جينومية معقدة ومتكررة بطول قراءة كافٍ لتحديد المتغيرات وتحديد الطور بدقة
- مرونة وقابلية للتخصيص: صمم لوحات المعلومات لتناسب احتياجات البحث والميزانيات المحددة
- مُحسَّن لمنصات القراءة الطويلة: مصمم خصيصًا للاستخدام مع Pacific Biosciences (PacBio) و Oxford Nanopore Technologies (ONT)

تفاصيل المنتج

توفر لوحات القراءة الطويلة QIAseq xHYB إثراءً مستهدفًا عالي التخصص والحساسية قائمًا على التقاط الهجين لتسلسل القراءة الطويلة، مما يضمن تغطية كاملة وموحدة عبر المناطق الجينومية المعقدة، بما في ذلك محتوى GC العالي والاختلافات الهيكلية.

صُممت هذه اللوحات خصيصًا لأنظمة PacBio (أنظمة Revio وVega للقراءة الطويلة) وأنظمة ONT للقراءة الطويلة، وتوفر بيانات عالية الجودة لإجراء تحليلات لاحقة دقيقة وموثوقة. تتيح مرونتها وخيارات التخصيص للباحثين تصميم التجارب وفقًا لاحتياجاتهم وميزانياتهم الخاصة، بينما يضمن سير العمل المُحسّن وسهل الاستخدام سهولة الاستخدام.

صُممت هذه اللوحات لتعزيز أبحاث السرطان والطب الدقيق وتحليل المتغيرات الهيكلية، وهي تمكّن العلماء من الحصول على رؤى جينومية شاملة وغير متحيزة.

اتصل بنا للحصول على عرض أسعار محدد لمشروعك البحثي أو لمناقشة مشروعك مع فريقنا المتخصص.

أداء

- تحديات تصميم البادئات – يصعب تضخيم المناطق شديدة التعدد الأشكال والمتكررة بكفاءة
- فقدان الأليل – قد تؤدي حالات عدم التطابق في ارتباط البادئات إلى تمثيل غير كامل أو متحيز للمناطق غير المتجانسة
- قابلية التوسع المحدودة – يُعدّ تجميع العديد من المضخمات الكبيرة مشكلة مع توسع المناطق الجينومية التي يتم فحصها
- مشاكل في تحديد المتغيرات البنيوية – قد تكون نقاط الانقطاع في المتغيرات البنيوية الكبيرة غير محددة بدقة، مما يجعل وضع البادئات صعبًا ومتحيزًا.

تحليل دقيق للمناطق الجينومية ذات المحتوى العالي من GC والمناطق الجينومية المعقدة

صُممت لوحات QIAseq xHYB للقراءة الطويلة للتغلب على قيود تسلسل القراءة القصيرة من خلال التقاط وتحليل المناطق ذات المحتوى العالي من GC والتغيرات البنيوية المعقدة بدقة. تستخدم هذه اللوحات تقنية التقاط هجينة متطورة لتقديم رؤى جينومية دقيقة وشاملة، مما يجعلها أداة أساسية للباحثين الذين يعملون مع مناطق جينومية معقدة.

تقنية التقاط هجينة عالية الجودة لتحقيق دقة وحساسية عاليتين

بخلاف الطرق القائمة على تضخيم الحمض النووي، والتي قد تُسبب تحيزًا وعدم كفاءة، تستخدم لوحات القراءة الطويلة QIAseq xHYB تقنية التقاط هجينة فائقة الجودة لضمان دقة وحساسية عاليتين. تُقلل هذه الطريقة بشكل كبير من القراءات غير المستهدفة مع توفير تغطية موحدة، حتى في المناطق التي يصعب تسلسلها.

إطلاق العنان لقوة تسلسل القراءة الطويلة لتحليل التباين الهيكلي

تلعب التغيرات البنيوية، مثل الإدخالات الكبيرة والحذف والانقلابات والتضاعفات والانتقالات، دورًا حاسمًا في تطور الأمراض، بما في ذلك السرطان الوراثي. يوفر تسلسل القراءة الطويلة، المعزز بلوحات QIAseq xHYB Long Read Panels، رؤية أكثر شمولًا ودقة لجينوم السرطان، مما يسهل اكتشاف المؤشرات الحيوية بشكل أفضل وتطبيقات الطب الدقيق.

مزايا مقارنة بالاستهداف القائم على التضخيم

على الرغم من أن الطرق القائمة على تضخيم الحمض النووي تُستخدم بشكل شائع للتسلسل المستهدف، إلا أنها تنطوي على العديد من القيود، بما في ذلك:

في المقابل، توفر لوحات القراءة الطويلة QIAseq xHYB حلاً هجينًا قائمًا على الالتقاط يقضي على هذه المشكلات، مما يتيح اكتشافًا أكثر موثوقية وغير متحيز للاختلافات الجينومية المعقدة.

مكتبات الحمض النووي عالية الدقة ذات تجانس استثنائي

تم تحسين مجموعة QIAseq xHYB Long-Read Kit لإنتاج مكتبات الحمض النووي البشري عالية الجودة بدقة استثنائية. يضمن تصميم مسبار الالتقاط الهجين تغطية موحدة عبر المناطق الجينومية ذات المحتوى العالي من GC وغيرها من المناطق الجينومية التي يصعب الوصول إليها عادةً، مما يقلل التحيز ويزيد دقة التسلسل إلى أقصى حد.

مبدأ

صُممت لوحات QIAseq xHYB للقراءة الطويلة لإطلاق الإمكانات الكاملة لتسلسل القراءة الطويلة، مما يوفر أداءً وكفاءةً لا مثيل لهما. تُنتج عملية تحضير المكتبة شظايا DNA يتراوح طولها بين 3 و10 كيلوبايت إما من خلال التجزئة الميكانيكية (باستخدام جهاز الطرد المركزي) أو التجزئة الأنزيمية عالية الإنتاجية. تستخدم كلتا الطريقتين خطوات تلميع الأطراف وإضافة الأدينين قبل ربط المحولات. ثم تُزيل عملية اختيار الحجم اللاحقة الشظايا التي يقل طولها عن 3 كيلوبايت لمنع تحيز التضخيم. وأخيرًا، يُمكّن فهرسة تفاعل البوليميراز المتسلسل (PCR) من تجميع العينات وتوفير كمية كافية من المادة لالتقاط التهجين.

تعتمد تقنية إثراء المكتبة على استراتيجية التقاط التهجين QIAseq xHYB لإثراء الهدف من أجزاء يتراوح طولها بين 3 و10 كيلوبايت. صُممت هذه اللوحات لتحقيق أداءٍ عالٍ، وتضمن تغطيةً متجانسةً وخصوصيةً وحساسيةً استثنائية، مما يمكّن الباحثين من التعمق أكثر في تعقيدات الجينوم.

إجراء

تبدأ عملية QIAseq xHYB Long-Read بتفتيت إنزيمي أو ميكانيكي مُحسَّن لإنتاج شظايا DNA يتراوح طولها بين 3 و10 كيلوبايت. يُجرى التفتيت الميكانيكي باستخدام أنابيب Covaris g-TUBEs، وذلك بتقسيم DNA فيزيائيًا بناءً على سرعة جهاز الطرد المركزي. لا يُعد التقسيم الميكانيكي مُحسَّنًا للتفتيت عالي الإنتاجية، إذ أن التعامل مع الأنابيب وعددها محدود بحجم جهاز الطرد المركزي والتعامل الفيزيائي مع أنابيب g-TUBEs. في المقابل، يُسهِّل التفتيت الإنزيمي التفتيت عالي الإنتاجية بفضل عملية بسيطة تعتمد على ماصة متعددة القنوات. في التفتيت الميكانيكي، يُختار DNA حسب الحجم بعد التفتيت لتركيز DNA المُجزَّأ من حجم التفتيت في أنبوب g-TUBE (50 ميكرولتر) وإزالة DNA المُجزَّأ الأصغر من 3 كيلوبايت. تستخدم عمليات التجزئة الميكانيكية والإنزيمية أنظمة مختلفة لتلميع الأطراف: تُجرى التجزئة الإنزيمية باستخدام تقنية التجزئة والتلميع القائمة على FX، بينما يُستخدم التلميع القائم على ERA وإضافة الأدينين (A) في التجزئة الميكانيكية. بعد تلميع أطراف الحمض النووي المُجزأ، يُضاف الأدينين (A) إلى الطرف 3'؛ يصبح هذا الناتج جاهزًا لربط محول القراءة الطويلة، حيث يُضاف المحول إلى طرفي شظايا الحمض النووي. بعد ربط المحول، يُزيل اختيار الحجم القائم على الخرز شظايا الحمض النووي الأصغر من 3 كيلوبايت، والتي ستُضخّم بشكل تفضيلي على شظايا الحمض النووي الأطول إذا لم تُزل. ثم تُضخّم المكتبات باستخدام الفهرسة القائمة على تفاعل البوليميراز المتسلسل (PCR) للسماح بتجميع العينات وإنتاج كتلة كافية لالتقاط التهجين اللاحق.

الإثراء المستهدف بالتقاط الهجين

تُجمع مكتبات الحمض النووي البشري ذات القطع الطويلة، المُختارة حسب الحجم والمفهرسة بتقنية تفاعل البوليميراز المتسلسل (PCR)، بكتل متساوية من كل مكتبة، ويُضاف إليها محلول حجب مُحسّن لمنع التهجين غير النوعي. ثم تُجفف المكتبات المُجمعة باستخدام نظام SpeedVac. بعد التجفيف، تُعلق المكتبات المُجمعة وتُخضع لعملية فصل السلاسل. تُخلط لوحة QIAseq xHYB Long-Read مع مزيج التهجين وتُخضع لعملية فصل السلاسل في أنبوب منفصل. بعد تبريد كل من المكتبات المُجمعة ولوحة QIAseq xHYB Long-Read، تُضاف لوحة xHYB Long-Read إلى المكتبات المُجمعة، وتُوضع طوال الليل في جهاز تدوير حراري حيث تتهجن المجسات مع أهدافها. بعد الحضانة الليلية، ترتبط المجسات المُؤشرة بالبيوتين وأي نواتج التقاط بخرزات مُغطاة بالستربتافيدين. تُغسل المجسات المرتبطة وخرزات الستربتافيدين لإزالة أي قطع غير مرتبطة وغير نوعية من المكتبة، ثم تُعلق المكتبة المرتبطة بالستربتافيدين مع مُحسِّن LR-amp. تُجرى عملية الإذابة باستخدام هيدروكسيد الصوديوم، ثم تُعادل باستخدام محلول HN. بعد ذلك، تُجرى عملية تضخيم أولي بحجم صغير لتحويل الحمض النووي أحادي السلسلة المُستخلص إلى مكتبات ثنائية السلسلة، وإنتاج كتلة كافية لإجراء تضخيم ثانوي فعال بحجم أكبر، ما يُنتج كمية كافية من المادة لمعالجة مكتبة تسلسل القراءة الطويلة، سواءً لمنصات PacBio أو Oxford Nanopore. بعد التضخيم، يُجرى اختيار نهائي للحجم، وتُجرى مراقبة الجودة على المكتبات الناتجة باستخدام جهاز Qubit BR للقياس الكمي، ويُقيّم توزيع الحجم باستخدام إحدى الطرق التالية: الترحيل الكهربائي على هلام الأغاروز بنسبة 0.7%، أو اختبار الحمض النووي الجينومي QIAxcel أو TapeStation، وهي ضرورية لتحديد تركيز الحمض النووي ثنائي السلسلة وتوزيع حجم مكتبات الاستخلاص.

تسلسل القراءة الطويلة

بالنسبة لتسلسل القراءة الطويلة بتقنية PacBio، تكون المكتبات جاهزة لربط محولات SMRTbell بعد إجراء فحص الجودة. يرجى الرجوع إلى بروتوكولات ربط وتحميل محولات SMRTbell الخاصة بشركة Pacific Biosciences.

للحصول على معلومات حول تسلسل القراءة الطويلة بتقنية Oxford Nanopore، راجع الملحق ب: بروتوكول تسلسل Oxford Nanopore.

تحليل البيانات

توفر بوابة تحليل البيانات GeneGlobe تحليلاً مبسطاً للبيانات اللاحقة لتحديد النمط الفرداني لمستضدات الكريات البيضاء البشرية (HLA). ويُستخدم برنامج QIAGEN CLC Genomics Workbench للكشف عن المتغيرات البنيوية الكبيرة في السرطانات الوراثية.

التطبيقات

تحليل اضطراب التوسع المتكرر

الكشف بدقة عن التوسعات المتكررة المرتبطة بالاضطرابات العصبية والوراثية، مثل مرض هنتنغتون ومتلازمة إكس الهشة وضمور العضلات التوتري، وتحديد خصائصها، مما يضمن تحديدًا دقيقًا للتوسعات المسببة للأمراض.

تحديد النمط النسيجي HLA

يعمل التسلسل طويل القراءة على حل مناطق HLA شديدة التعدد الأشكال، مما يتيح تحديد النمط الجيني HLA بدقة للتطبيقات في توافق عمليات الزرع، وأبحاث أمراض المناعة الذاتية، وعلم المناعة الجيني.

تحديد مراحل المتغيرات الجينية

تحديد بنية النمط الفرداني للمتغيرات الجينومية على مسافات ممتدة، مما يوفر رؤى حاسمة حول أنماط الوراثة والتعبير الخاص بالأليل وعلم الوراثة السكانية.

الكشف عن المتغيرات الهيكلية

تحديد التغيرات الجينومية واسعة النطاق، بما في ذلك عمليات الإدخال والحذف والانقلاب والتكرار والانتقال، بدقة عالية، مما يدعم البحث في علم جينوم السرطان ودراسات الأمراض الوراثية وعلم الأحياء التطوري.