شركة كياجين، 334605، لوحة QIAseq RNA Fusion XP (96)

مجموعة تحتوي على جميع الكواشف (باستثناء المؤشرات) تكفي لمعالجة 96 عينة لتحليل تسلسل الحمض النووي الريبوزي (RNA) لاندماجات الجينات، والتعبير الجيني، وتعدد أشكال النوكليوتيدات المفردة/الحذف في الحمض النووي الريبوزي (RNA SNP/InDel).

سمات

- يتضمن تقنية QIAseq للإثراء لمرونة التصميم
- تعمل المؤشرات الجزيئية الفريدة (UMIs) على إزالة النسخ المكررة من تفاعل البوليميراز المتسلسل (PCR) وزيادة الحساسية والنوعية إلى أقصى حد.
- قابل للتخصيص بالكامل
- سير عمل مبسط وحوض إثراء ذو ​​أنبوب واحد لسهولة الإعداد
- حل ممتاز لأنواع العينات الصعبة مثل عينات FFPE

تفاصيل المنتج

يُمكّن جهاز QIAseq RNA Fusion XP من التحليل المُدمج لاندماج الحمض النووي الريبوزي (RNA) مع تعدد أشكال النوكليوتيدات المفردة (SNV) والتعبير الجيني من عينة واحدة، مما يتيح لك الحصول على رؤى تسلسل الحمض النووي الريبوزي (RNA-seq) المعقدة التي يتطلبها بحثك. وقد وظّفت QIAGEN محتوى التصميم المُختار بعناية فائقة وقدرات التحليل المُخصصة غير المسبوقة لتوفير مرونة غير مسبوقة في تقنية التسلسل من الجيل التالي (NGS). تعاني العديد من أنظمة الكشف عن الاندماج الأخرى من ارتفاع معدل النتائج الإيجابية الكاذبة (FP)، نتيجةً للحساسية العالية التي تتطلبها هذه التحليلات. ومع ذلك، تتميز لوحات QIAseq Fusion XP Targeted Panels عن غيرها، حيث توفر معدلًا منخفضًا للغاية للنتائج الإيجابية الكاذبة وحساسية عالية في الكشف عن الاندماج.

بفضل تقنية QIAseq Enrichment Technology، التي لا تتطلب سوى بادئ جيني واحد لكل هدف، توفر لوحات QIAseq Fusion XP Targeted مرونة فائقة لاستهداف الاندماجات الجينية والتداخل الكثيف لمناطق SNV ذات الأهمية. إضافةً إلى ذلك، تم تحسين جميع المجموعات للاستخدام مع محولات الفهرسة المزدوجة (UDIs) الفريدة الخاصة بنا، والمتوافقة مع أنظمة تسلسل Illumina®. تشمل مجموعتنا من اللوحات المُفهرسة أهدافًا مُركزة لسرطان الأنسجة الرخوة، وسرطان الدم، وسرطان الغدد الليمفاوية، وغيرها من تطبيقات علم الأورام، كما أن لوحاتنا المُخصصة قابلة للتخصيص بالكامل وتدعم التصميمات القائمة على مستوى الجينات والنسخ الجينية.

أداء

تتميز لوحات QIAseq RNA Fusion XP بكفاءة وحساسية فائقتين. وقد أسفر تحليل باستخدام 5 نانوغرام فقط من الحمض النووي الريبي المرجعي كمدخل عن الكشف الناجح عن ثمانية عشر اندماجًا جينيًا ذا صلة سريرية (انظر الشكل "كفاءة وحساسية فائقتان").

يتأثر قياس التعبير الجيني النسبي باستخدام تقنية التسلسل من الجيل التالي (NGS) بشكل كبير بعدد القراءات، وحتى مع استخدام المؤشرات الجزيئية الفريدة (UMIs)، فإنه سيظل متأثرًا بكمية الحمض النووي الريبوزي (RNA) المدخل، وعمق قراءة التسلسل، وعوامل أخرى. لكن لوحات QIAseq Fusion XP Targeted Panels تُمكّن من إجراء تحليل دقيق للتعبير الجيني. كما أن عنصر التحكم المرجعي الداخلي المدمج يسمح بتطبيع مستويات التعبير لكميات مختلفة من عينات الإدخال (انظر الشكل "ارتباط عالٍ في التعبير الجيني على مدى فرق 5 أضعاف في كمية الحمض النووي الريبوزي المدخل").

توفر لوحات QIAseq RNA Fusion XP حساسية فائقة في الكشف عن تعدد أشكال النوكليوتيدات المفردة (SNPs) وعمليات الإدخال والحذف (InDels). عند استخدامها لتحليل عينات GM12878 RNA، حققت اللوحات حساسية بلغت 93.4% للكشف عن تعدد أشكال النوكليوتيدات المفردة (SNPs) (VMF ≥ 5%) ضمن المنطقة المستهدفة المغطاة والمعبر عنها. علاوة على ذلك، ونظرًا لأن المؤشرات الخاصة بالسرطان غالبًا ما تتواجد داخل الحويصلات الخارجية، يمكن للوحات أيضًا الكشف عن تعدد أشكال النوكليوتيدات المفردة (SNPs) في الحمض النووي الريبوزي الخارجي (exoRNA) (انظر الشكل "الكشف عالي الحساسية عن تعدد أشكال النوكليوتيدات المفردة/عمليات الإدخال والحذف").

إجراء

يُستَخلص الحمض النووي الريبوزي الكلي (10 نانوغرام أو أقل) ويُحوَّل عكسيًا بكفاءة عالية إلى الحمض النووي التكميلي أحادي السلسلة، يليه تخليق قوي للحمض النووي التكميلي ثنائي السلسلة. في خطوة بناء المكتبة اللاحقة، تُدمج مُركَّبات مُهايئة تحتوي على مؤشرات جزيئية فريدة (UMIs) ومؤشرات عينات في الحمض النووي ثنائي السلسلة المُنتَج في الخطوة السابقة. بعد ذلك، تُستخدم تقنية QIAseq Enrichment Technology من QIAseq لإثراء الأهداف المطلوبة، والتي يُمكن أن تكون أي مزيج من اندماجات الجينات، والتعبير الجيني، وأهداف SNP/InDel. أخيرًا، تُضخَّم المكتبات عبر تفاعل البوليميراز المتسلسل العالمي السريع، حيث يُضاف مؤشر ثانٍ (فهرسة مزدوجة).

التطبيقات

تستخدم لوحات QIAseq RNA Fusion XP تقنية QIAseq Enrichment وتقنيات الفهرس الجزيئي الفريدة (UMI) في NGS للمساعدة في تحديد وتوصيف أحداث الجينات المندمجة، والتعبير الجيني، وSNP/InDel على مستوى الحمض النووي الريبي.