Qiagen، 334707، QIAseq UPXome RNA Lib Kit HMR (384)

للبشر والفئران والجرذان والأنواع ذات الصلة؛ يتضمن كواشف تحضير مكتبة الحمض النووي الريبوزي لـ 384 عينة؛ QIAseq FastSelect –rRNA HMR لإزالة الحمض النووي الريبوزي السيتوبلازمي والميتوكوندري، وQIAseq Beads وQIAseq Advanced Analysis لبوابة تحليل تسلسل الحمض النووي الريبوزي.

سمات

- ابدأ بـ 500 بيكوغرام إلى 100 نانوغرام من الحمض النووي الريبي الكلي أو الحمض النووي الريبي الرسول المُخصب
- يعمل كاشف إزالة الحمض النووي الريبوزي QIAseq FastSelect المدمج على تثبيط الحمض النووي الريبوزي للميتوكوندريا والسيتوبلازم أو أنواع الحمض النووي الريبوزي غير المرغوب فيها الأخرى
- يتضمن بروتوكولات لبناء مكتبة للنسخ الجيني الكامل أو تسلسل الحمض النووي الريبوزي 3' بدءًا من الحمض النووي الريبوزي الكلي أو الحمض النووي الريبوزي الرسول المُخصب
- يؤدي تجميع 8 إلى 24 تفاعل cDNA بتقنية Ultraplex إلى زيادة إنتاجية العينات مع تقليل النفايات والمواد المستهلكة
- يشمل الوصول إلى بوابة تحليل تسلسل الحمض النووي الريبوزي (RNA-seq) للأنواع المدعومة

تفاصيل المنتج

تُمكّن مجموعات مكتبات QIAseq UPXome RNA من إنشاء مكتبات تسلسل الحمض النووي الريبوزي (RNA-seq) عالية الإنتاجية في يوم واحد، وذلك باستخدام أجهزة Illumina NGS. تتميز هذه المجموعات بتقنية التجميع الفائق (UPX) للحمض النووي التكميلي (cDNA)، وتدعم تسلسل النسخ الكامل أو تسلسل الحمض النووي الريبوزي 3' بدءًا من الحمض النووي الريبوزي الكلي أو الحمض النووي الريبوزي الرسول المُخصب. عند استخدامها مع مجموعات QIAseq UX Index IL UDI Index (تُباع منفصلة)، يُمكن تجميع ما يصل إلى 18,432 عينة معًا في خلية تدفق واحدة.

يتضمن الحل المتكامل إمكانية الوصول عبر الإنترنت إلى بوابة تحليل تسلسل الحمض النووي الريبوزي (RNA-seq) (للأنواع المدعومة)، مما يتيح للباحثين البدء بملفات FASTQ وإجراء محاذاة القراءات، وتحليل التعبير الجيني التفاضلي، وتحليل المسارات. علاوة على ذلك، يمكن تحديد فحوصات تفاعل البوليميراز المتسلسل الكمي (qPCR) وتفاعل البوليميراز المتسلسل الرقمي (digital PCR) للتحقق البيولوجي بسهولة في برنامج QIAGEN GeneGlobe بعد تحليل البيانات. كما تدعم مجموعة مكتبات QIAseq UPXome RNA برامج مثبتة في الموقع من خلال برنامج QIAGEN's CLC Genomics Workbench (يُباع بشكل منفصل).

أداء

يمكن استخدام مجموعات مكتبات QIAseq UPXome RNA لإنشاء مكتبات تسلسل الجيل التالي (NGS) للحصول على النسخ الجيني الكامل أو تسلسل الحمض النووي الريبوزي 3' (RNA-seq)، بدءًا من الحمض النووي الريبوزي الكلي أو الحمض النووي الريبوزي الرسول المُخصب، وذلك حسب سير العمل المُختار ونوع الحمض النووي الريبوزي المُستخدم. يتيح هذا للباحثين اختيار نوع المكتبة المناسب بناءً على الحمض النووي الريبوزي المُدخل، وجهاز تسلسل الجيل التالي، وميزانية القراءة، وأهداف المشروع العامة. وقد تم بنجاح إنشاء مكتبات تسلسل الحمض النووي الريبوزي من الحمض النووي الريبوزي الكلي عالي الجودة، والحمض النووي الريبوزي المُجزأ من عينات الأنسجة المُثبتة بالفورمالين والمُضمنة في البارافين (FFPE)، والحمض النووي الريبوزي الرسول المُخصب.

للاطلاع على بيانات العرض التوضيحي، قم بتسجيل الدخول إلى بوابة تحليل RNA-seq وانتقل إلى مجلد مكتبة QIAseq UPXome RNA، أو قم بتنزيل ملفات FASTQ لعرضها في مسار العمل الخاص بك (مكتبة بيانات العينة).

مبدأ

تتميز مجموعات مكتبة الحمض النووي الريبوزي QIAseq UPXome بالعديد من المزايا المبتكرة مقارنة بمجموعات مكتبة الحمض النووي الريبوزي الأخرى:

أولًا، يتيح دمج تقنية QIAseq FastSelect في سير العمل إزالة الحمض النووي الريبوزي (rRNA) بسرعة وكفاءة أثناء عملية التجزئة وتخليق الحمض النووي التكميلي (cDNA). في خطوة واحدة، تزيل QIAseq FastSelect ما يصل إلى 99% من جميع جزيئات rRNA غير المرغوب فيها، حتى عند التعامل مع عينات صعبة أو في الحالات التي يكون فيها الحمض النووي الريبوزي متحللًا بالفعل، مثل عينات الأنسجة المثبتة بالفورمالين والمضمنة في البارافين (FFPE).

ثانيًا، خلال عملية النسخ العكسي، يتضمن كل نسخ متسلسل مُعرّف عينة فريد. بعد هذه الخطوة، تُجمع من 8 إلى 24 عينة من الحمض النووي التكميلي (cDNA) معًا (تُدمج في أنبوب واحد)، وتُجرى جميع خطوات بناء المكتبة اللاحقة في أنبوب واحد. يُبسط هذا عملية تحضير مكتبة تسلسل الحمض النووي الريبوزي (RNA-seq)، مما يُؤدي إلى إنتاجية أعلى بكثير من طرق تحضير مكتبات التسلسل من الجيل التالي (NGS) التقليدية. يُمكن تحقيق هذه الإنتاجية المُحسّنة ببساطة عن طريق إجراء تحضيرات يدوية للمكتبة، أو تعزيزها بشكل أكبر من خلال أتمتة البروتوكولات.

أثناء فهرسة العينات وتضخيم المكتبة النهائية، يمكن استخدام ما يصل إلى 768 فهرسًا مزدوجًا فريدًا. عند استخدام البروتوكول القياسي، يمكن تسلسل ما يصل إلى 18432 عينة معًا (24 عينة لكل مجموعة × 768 فهرسًا مزدوجًا فريدًا).

إجراء

في دراسات النسخ الجيني، يُجزأ الحمض النووي الريبوزي الكلي عشوائيًا، ويقوم نظام QIAseq FastSelect بحجب الحمض النووي الريبوزي الريبوسومي وغير المرغوب فيه. ثم يُنسخ الحمض النووي الريبوزي المُجزأ عكسيًا لإنتاج الحمض النووي التكميلي (cDNA)، والذي يُوسم بمعرف عينة فريد. أما في دراسات تسلسل الحمض النووي الريبوزي الرسول (mRNA-seq)، فتُثرى العينات بالحمض النووي الريبوزي الرسول ثم تُجزأ عشوائيًا. بعد ذلك، يُنسخ الحمض النووي الريبوزي الرسول عكسيًا لإنتاج الحمض النووي التكميلي (cDNA)، والذي يحتوي على معرف خاص بالعينة. يمكنك اختيار إنشاء مكتبات النسخ الجيني الكاملة أو مكتبات تسلسل الحمض النووي الريبوزي 3' ببساطة عن طريق تعديل تفاعل النسخ العكسي.

بعد تخليق الحمض النووي التكميلي (cDNA)، تُجمع من 8 إلى 24 عينة في مكتبة واحدة نظرًا لدمج المعرفات الخاصة بكل عينة. يُسهم التجميع في زيادة إنتاجية المكتبة حتى مع العينات ذات الكميات القليلة. تُضخّم كل مكتبة بعد ذلك، وتُضاف إليها مؤشرات ثنائية فريدة باستخدام مجموعات QIAseq UX Index Kits في خطوة تفاعل البوليميراز المتسلسل (PCR) واحدة. تُقاس كمية المكتبات من حيث الإنتاجية وحجم القطع، ثم تُجمع وتُشغّل على جهاز Illumina NGS.

يمكن تحميل ملفات FASTQ إلى QIAGEN GeneGlobe لاستخدامها مع بوابة تحليل RNA-seq لفك تشفير العينات، والتعبير الجيني التفاضلي، وتحليل المسارات باستخدام خطوط أنابيب NGS والخوارزميات الشائعة الاستخدام المصممة خصيصًا لمكتبات QIAseq UPXome.

التطبيقات

تدعم مجموعات مكتبات QIAseq UPXome RNA بناء المكتبات لتحديد النسخ الجينية، واكتشاف الجينات المندمجة، والتعبير الجيني عالي الإنتاجية. يمكن أن يكون الحمض النووي الريبوزي المدخل عالي الجودة أو مجزأً، مما يسمح بإنشاء مكتبات تسلسل الحمض النووي الريبوزي من الأنسجة، والإكسوسومات، وعينات FFPE، وخطوط الخلايا. كما تدعم هذه المجموعات الحمض النووي الريبوزي من عينات حقيقية النواة، وبدائية النواة، والفطريات.