كياجين، 334792، QIAseq 24-مؤشر TCR UDI (24)

لفهرسة العينات، 24 مكتبة؛ تتضمن 24 فهرس TUDI مجففة في صفيحة ذات 96 بئرًا وأغطية شريطية ذات 8 آبار

سمات

- تعمل تقنية الفهرسة الجزيئية الفريدة (UMI) على إزالة التضخيم والتكرار والتشوهات الناتجة عن التسلسل لزيادة الدقة
- تحليل مستقبلات الخلايا التائية الفردية (TCR-alpha، TCR-beta، TCR-gamma، TCR-delta) أو دمج مجموعات منها للحصول على مجموعة شاملة من الخلايا المناعية
- يسمح تصميم المكتبة أحادي الأنبوب واللوحات متعددة الاستخدامات بتحليل مستقبل واحد أو اثنين أو ثلاثة أو جميع المستقبلات الأربعة في وقت واحد
- يقلل الفهرسة المزدوجة الفريدة (UDI) من أخطاء تعيين فهرس العينة.
- يتضمن الوصول إلى برنامج GeneGlobe Analyze لتحليل البيانات، بما في ذلك محاذاة القراءات وتقرير النمط المستنسخ

تفاصيل المنتج

تُمكّن لوحة QIAseq Targeted RNAseq لمستقبلات الخلايا التائية من إجراء تسلسل الجيل التالي (NGS) المُستهدف لمستقبلات الخلايا التائية (TCR) المُعبر عنها في الإنسان أو الفأر، والتي تشمل أربعة جينات متميزة: TCR-alpha وTCR-beta وTCR-gamma وTCR-delta. يُدمج هذا الحل المُحسّن للغاية مؤشرات جزيئية فريدة (UMIs) لتسهيل توصيف دقيق وحساس للغاية للذخيرة المناعية في الخلايا والأنسجة، بدءًا من 200 بيكوغرام إلى 1000 نانوغرام من الحمض النووي الريبي الكلي.

يتكون الجهاز المناعي التكيفي من الخلايا اللمفاوية التائية والبائية التي ترتبط بالمستضدات عبر مستقبلات الخلايا التائية (TCRs) ومستقبلات الخلايا البائية (BCRs) عالية التخصص على أسطحها. وللتعرف على عدد هائل من المستضدات المحتملة، يتم توليد تنوع تسلسلي واسع النطاق لمستقبلات الخلايا التائية والبائية من خلال إعادة تركيب V(D)J الجسدية لمواقع TCR وBCR، ومن خلال الطفرات الجسدية المفرطة اللاحقة وإعادة تركيب تبديل الفئة لمستقبلات الخلايا البائية عند تحفيز المستضد. يُعدّ التوصيف الدقيق لمجموعات مستقبلات الخلايا التائية والبائية أساسيًا لفهم الاستجابات المناعية التكيفية، وله تطبيقات عديدة في مختلف المجالات، بما في ذلك تطوير اللقاحات، وأمراض المناعة الذاتية، ومراقبة استجابة العلاج في الأورام اللمفاوية الخبيثة، والعلاج المناعي.

بالمقارنة مع الطرق التقليدية، توفر تقنية التسلسل الجيني من الجيل الجديد (NGS) صورة عالية الدقة وغير مسبوقة للمجموع المناعي. مع ذلك، تتضمن العديد من طرق تسلسل المجموعات المناعية المتاحة تفاعل البوليميراز المتسلسل المتعدد (multiplex PCR) باستخدام بادئات تستهدف مناطق V أو J مختلفة، مما قد يُدخل تحيزًا كبيرًا في التضخيم.

تستخدم لوحة QIAseq Targeted RNAseq لمستقبلات الخلايا التائية مؤشرات جزيئية فريدة (UMIs) مع تقنية QIAseq Enrichment لإنشاء مكتبات RNA-seq مُستهدفة لأجهزة التسلسل الجيني من الجيل التالي (NGS) بكفاءة عالية. يُحسّن هذا النهج في بناء المكتبات بشكل كبير من تجانس التضخيم مقارنةً بمجموعات بادئات V وJ القائمة على تفاعل البوليميراز المتسلسل المتعدد. كما يُقلل دمج المؤشرات الجزيئية الفريدة قبل خطوة التضخيم من تحيز التضخيم، مما يسمح بتقييم دقيق وحساس لنمط مستنسخ مستقبلات الخلايا التائية وتنوع ذخيرتها.

تُعدّ لوحة QIAseq Targeted RNAseq لمستقبلات الخلايا التائية حلاً شاملاً من العينة إلى التحليل الدقيق، حيث تُتيح توصيفًا دقيقًا لمجموعة مستقبلات الخلايا التائية المناعية باستخدام تقنية التسلسل من الجيل التالي (NGS). يشمل شراء لوحة مستقبلات الخلايا التائية الوصول إلى برنامج GeneGlobe Analyze، الذي يحتوي على مسار مُحسَّن للغاية لرسم خرائط القراءات وتحديد النمط المستنسخ.

مبدأ

توفر لوحة QIAseq Targeted RNAseq لمستقبلات الخلايا التائية تقييمًا دقيقًا وحساسًا لنمط استنساخ مستقبلات الخلايا التائية وتنوعها باستخدام تقنية QIAGEN Enrichment Technology. وتُقدم اللوحة بادئات خاصة بمستقبلات الخلايا التائية للنسخ العكسي والإثراء، بالإضافة إلى جميع الكواشف اللازمة لبناء المكتبة. صُممت لوحة QIAseq Targeted RNAseq لمستقبلات الخلايا التائية لإثراء الوحدات الفرعية α و β و γ و σ لمستقبلات الخلايا التائية (بشكل فردي أو مجتمع) في تفاعل واحد باستخدام 200 بيكوغرام إلى 1000 نانوغرام من الحمض النووي الريبي (انظر الشكل "سير عمل لوحة QIAseq Targeted RNAseq لمستقبلات الخلايا التائية").

إجراء

مواصفات العينة
أنواع الحمض النووي الريبوزي: الحمض النووي الريبوزي الكلي، والحمض النووي الريبوزي المجزأ/المثبت بالفورمالين، والحمض النووي الريبوزي الرسول المُخصب
نوع المكتبة: RNA-seq المستهدف مع UMIs
الجينات المستهدفة: الإنسان: TRA، TRB، TRD، TRG، الفأر: Tcra، Tcrb، Tcrd، Tcrg
الحد الأدنى لتركيز الحمض النووي الريبي: 40 بيكوغرام/ميكرولتر
حجم الحمض النووي الريبي لكل تفاعل نسخ عكسي: 5 ميكرولتر
الحجم الكلي لتفاعل الحمض النووي المكمل: 6 ميكرولتر
متطلبات رقم تعريف التسجيل (RIN): من 1 إلى 10
الحد الأدنى للقيمة اليومية 600%: 30%

مواصفات التسلسل: هدف البحث
نوع العينة: مسح بتسلسل سطحي
خلايا الدم البيضاء المحيطية: من 200 بيكوغرام إلى 1000 نانوغرام من الحمض النووي الريبي الكلي: 0.016-80 مليون قراءة
الدم الكامل: من 500 بيكوغرام إلى 200 نانوغرام من الحمض النووي الريبي الكلي: 0.01-4 مليون قراءة
أنسجة الورم: 100 نانوغرام إلى 1000 نانوغرام من إجمالي الحمض النووي الريبي (RNA): 0.12-1.2 مليون قراءة
خلايا تائية نقية: من 10 إلى 10000 خلية من الحمض النووي الريبي: 0.002-2 مليون قراءة

مواصفات المنتج
مجموعات الفهرسة المدعومة (مطلوبة): 334792 QIAseq 24-Index TCR UDI (24) 334805 QIAseq 96-Index TCR UDI Set A (96)
الحمض النووي الريبوزي (RNA) المرجعي الموصى به لمراقبة أداء المكتبة (يباع بشكل منفصل): QIAGEN XpressRef Universal Total RNA
مجموعات قياس كمية المكتبات الموصى بها (تباع منفصلة): مجموعة QIAseq لقياس كمية المكتبات، رقم الكتالوج/المعرف: 333314
يتضمن البرنامج تحليل البيانات عبر الإنترنت: GeneGlobe Analyze
برنامج تحليل البيانات المكتبي المستقل (يباع بشكل منفصل): CLC Genomics Workbench
الأجهزة الموصى بها لتقنية التسلسل الجيني من الجيل التالي: Illumina MiSeq أو NextSeq 1000/2000
عدد دورات التسلسل/الطول الموصى به: تسلسل مزدوج النهاية، 600 دورة على جهاز Illumina NextSeq 1000/2000

تخليق الحمض النووي التكميلي (cDNA)

ابدأ باستخلاص الحمض النووي الريبوزي الكلي من كريات الدم البيضاء المحيطية، أو الدم الكامل، أو الخلايا التائية المُخصبة، أو الأورام الصلبة. تُنسخ عينات الحمض النووي الريبوزي عكسيًا إلى الحمض النووي التكميلي (cDNA) باستخدام بادئات خاصة بالجين. بعد ذلك، يحدث تخليق السلسلة الثانية، مما يُنتج الحمض النووي التكميلي ثنائي السلسلة (ds-cDNA). ثم يُصلح طرفا هذا الحمض النووي التكميلي ثنائي السلسلة بإضافة الأدينين في بروتوكول أنبوب واحد.

تحديد المؤشر الجزيئي الفريد (UMI)

قبل إثراء الهدف وتضخيم المكتبة، يُخصص لكل جزيء cDNA أصلي فهرس جزيئي فريد (UMI) يتكون من 18 قاعدة كحد أقصى. ويتم ذلك بربط محول تسلسل عشوائي يحتوي على الفهرس الجزيئي الفريد (UMI) بجزيء cDNA ثنائي السلسلة. إحصائيًا، توفر هذه العملية أكثر من 268 مليون فهرس محتمل لكل محول، حيث يحصل كل جزيء DNA في العينة على تسلسل فهرس جزيئي فريد (UMI).

إثراء الهدف وبناء المكتبة النهائية

بعد تحديد المعرفات الجزيئية الفريدة (UMI)، تُستخدم تقنية QIAseq Enrichment لالتقاط جزيئات الحمض النووي التكميلي (cDNA) لمستقبلات الخلايا التائية (TCR) المرتبطة بهذه المعرفات في مكتبة التسلسل عالي الإنتاجية (NGS). ولزيادة الإثراء، تُخضع جزيئات الحمض النووي التكميلي المربوطة لعملية إثراء خاصة بمستقبلات الخلايا التائية باستخدام لوحة مُستهدفة. بعد الإثراء، يُجرى تفاعل البوليميراز المتسلسل (PCR) الشامل لتضخيم المكتبة وإضافة مؤشرات ثنائية فريدة.

محول NGS وتقنيات الفهرسة المزدوجة الفريدة (UDI)

تتطلب لوحة QIAseq Targeted RNAseq لمستقبلات الخلايا التائية استخدام QIAseq 24-Index TCR UDI (24) (رقم المنتج 334792) أو QIAseq 96-Index TCR UDI Set A (96) (رقم المنتج 334805)، واللتان تحتويان على محولات TUDI وبادئات الفهرسة المزدوجة. يقلل تصميم UDI بشكل كبير من مخاطر مشاكل تداخل الفهارس ("قفز الفهارس") المرتبطة بأجهزة التسلسل من الجيل التالي التي تستخدم خلايا التدفق المنقوشة. بفضل الفهرسة المزدوجة الفريدة (UDI)، يتم تخصيص فهرسين فريدين لكل عينة للتغلب على الخطأ الناتج عن تحليل الصور، وخطأ التسلسل، وفك التشفير، ولإزالة خطأ إسناد بيانات التسلسل إلى العينات الخاطئة.

تقنية التسلسل من الجيل التالي على أنظمة Illumina NGS

تتوافق لوحة QIAseq Targeted RNAseq لمستقبلات الخلايا التائية مع أنظمة Illumina NGS (MiSeq وNextSeq 1000/2000 وNovaSeq 6000). وتُحقق أفضل نتائج التسلسل باستخدام خلايا التدفق ذات 500 أو 600 دورة.

تحليل البيانات

تُنفّذ منصة QIAseq Immune Repertoire جميع الخطوات اللازمة تلقائيًا لإنشاء تقارير تنوّع مستقبلات الخلايا التائية (TCR) وتصنيفها من بيانات التسلسل الجيني من الجيل التالي (NGS) الخام. تتوفر منصة QIAseq Immune Repertoire عبر حزم برامج سحابية، وبرامج سطح المكتب، وبرامج الخوادم. للتحليل السحابي، يمكن للباحثين استخدام قسم QIAseq في برنامج GeneGlobe Analyze. أما للدعم على أجهزة سطح المكتب والخوادم، فيمكن استخدام برنامج QIAGEN Genomics Workbench.