كياجين، 59864، مجموعة EpiTect Fast LyseAll Bisulfite (50)

لتحضير 50 ​​عينة: محلول التحلل، بروتينيز K، محلول البيسلفيت، محلول حماية الحمض النووي، أعمدة MinElute DNA الدوارة، الحمض النووي الريبي الحامل، والمحاليل المنظمة.

سمات

- يتيح الإجراء المُحسَّن معدلات تحويل عالية للسيتوزين تتجاوز 99%
- تحويل فعال للبيسلفيت في أقل من 30 دقيقة
- حلول متخصصة للحمض النووي الجينومي، والدم الكامل، والخلايا، والأنسجة، وشرائح FFPE
- إجراء سريع ومبسط لتحويل وتنقية الحمض النووي بكفاءة، حتى في صفائح 96 بئراً
- تقنية حماية الحمض النووي الفريدة تمنع تدهور الحمض النووي

تفاصيل المنتج

تُعدّ مجموعات EpiTect Fast Bisulfite Conversion Kits نظامًا متكاملًا من المجموعات التي تُمكّن من تحويل السيتوزينات غير المُمَثْيَلة إلى يوراسيل بكفاءة عالية في غضون 30 دقيقة فقط، مع توفير مرونة فائقة في اختيار المادة الأولية. تُسهّل الإجراءات المُبسّطة لتحليل العينات والتحويل المباشر للحمض النووي (DNA) باستخدام البيسلفيت من الدم الكامل، والخلايا المُستزرعة، وعينات الأنسجة، والحمض النووي الجينومي، وشرائح الأنسجة المُثبّتة بالفورمالين والمُضمّنة في البارافين (FFPE)، عملية التحويل السريع والسهل للحمض النووي باستخدام البيسلفيت. تضمن تقنية DNA Protect المُبتكرة فصل الحمض النووي (DNA) بفعالية دون تحلله، مما ينتج عنه كمية كبيرة من الحمض النووي (DNA) ونتائج قابلة للتكرار. يُمكن أتمتة إجراءات عمود الدوران على جهاز QIAcube Connect. يُوفّر الإجراء في صيغة 96 بئرًا تحويلًا فائق السرعة وعالي الإنتاجية للحمض النووي (DNA) باستخدام البيسلفيت، ويُمكن معالجته باستخدام جهاز طرد مركزي أو مشعب تفريغ.

أداء

تحويل البيسلفيت بكفاءة عالية

تُعدّ معالجة الحمض النووي بالبيسلفيت، وما ينتج عنها من تحويل السيتوزينات غير المُمَثْيَلَة إلى يوراسيل، الخطوةَ الأهم في تحليل المَثْيَلَة، إذ تؤثر كفاءة التفاعل بشكل كبير على موثوقية التحليلات اللاحقة. تحتوي مجموعات EpiTect Fast Bisulfite Conversion Kits على محلول بيسلفيت مبتكر، يُتيح تحويلًا فائق السرعة وعالي الكفاءة للبيسلفيت، حتى على العينات صعبة التحليل، مثل الحمض النووي الجينومي للكروموسوم X المُستخلص من عينة أنثوية، حيث يكون أحد الكروموسومين X مُمَثْيَلًا بدرجة عالية (انظر الشكل "تحويل السيتوزين عالي الكفاءة للحمض النووي للكروموسوم X"). يُظهر التحديد الكمي لتحويل السيتوزين الفردي بواسطة تقنية التسلسل الناري أن مجموعة EpiTect Fast Bisulfite Conversion Kit تُحقق تحويلًا أفضل بكثير من مجموعة من مُورّد آخر، خاصةً عندما تكون كمية المادة الأولية محدودة (انظر الشكل "تحويل بيسلفيت فائق").

انخفاض تفتت الحمض النووي

تؤدي الظروف القاسية اللازمة لتحويل البيسلفيت الكامل عادةً إلى تفتت كبير في الحمض النووي وفقدان العينة، مما ينتج عنه انخفاض في كمية الحمض النووي، وتفتت شديد فيه، وعدم ثبات معدلات التحويل. يمنع محلول حماية الحمض النووي الفريد من نوعه من QIAGEN تحلل الحمض النووي، مما ينتج عنه حمض نووي مُحوَّل بالكامل بأحجام شظايا أكبر بكثير من الحمض النووي المُحوَّل باستخدام مجموعات الموردين الآخرين (انظر الشكل "تحليل أحجام شظايا الحمض النووي بعد تحويل البيسلفيت"). يُوفر مزيج النسخ العكسي المُحسَّن نسخًا عكسيًا فعالًا وحساسًا لمجموعة واسعة من كميات قالب الحمض النووي الريبي. ولتسهيل الاستخدام، يُمكن تخزين المزيج الرئيسي في درجة حرارة تتراوح بين 2 و8 درجات مئوية.

مبدأ

يُعدّ التحويل السريع والكامل للحمض النووي (DNA) باستخدام البيسلفيت ضروريًا لتحليل مثيلة الحمض النووي بدقة. تتضمن مجموعات EpiTect Fast Bisulfite Conversion Kits محلول بيسلفيت مبتكرًا يُتيح تحويلًا عالي الكفاءة في غضون 30 دقيقة فقط. تسمح بروتوكولات تحلل العينة والتحويل المُبسّطة بتنقية الحمض النووي وتحويله بكفاءة، بينما تُقلّل تقنية DNA Protect الفريدة من تفتت الحمض النووي أثناء المعالجة بالبيسلفيت. تتكامل مجموعات EpiTect Fast Bisulfite Conversion Kits الثلاث ومجموعات EpiTect Fast 96 Bisulfite Conversion Kits معًا، لتُشكّل نظامًا متكاملًا من المحاليل لتحويل الحمض النووي مباشرةً باستخدام البيسلفيت من مجموعة واسعة من المواد الأولية (انظر الشكل "البروتوكولات المترابطة لمجموعات EpiTect Fast Bisulfite Conversion Kits"). مع ذلك، تتميز كل مجموعة بخصائص فريدة، وتُعالج نوعًا مُحددًا من العينات، وتتضمن جميع المحاليل المنظمة والكواشف اللازمة للعمل بشكل مستقل. تتحد المكونات الموجودة في كل مجموعة لتقديم تحلل فعال للعينات، وفقدان ضئيل للحمض النووي أثناء التحلل، وتحويل كامل للبيسلفيت، وحماية قوية أثناء التحويل، وتنظيف شامل للحمض النووي.

تحويل سريع للبيسلفيت

توفر مجموعات EpiTect Fast Bisulfite Conversion Kits إجراءً سريعًا ومبسطًا لتحويل وتنقية الحمض النووي (DNA) بكفاءة عالية، سواءً كان مستخلصًا من الحمض النووي الجينومي، أو من عينات الأنسجة المثبتة بالفورمالين والمضمنة في البارافين (FFPE)، أو من الدم، أو الخلايا، أو الأنسجة. تحتوي هذه المجموعات على محلول بيسلفيت عالي التركيز، مما يقلل الوقت اللازم لتحويل بقايا السيتوزين غير الممثيلة إلى يوراسيل من عدة ساعات إلى 30 دقيقة فقط، بالإضافة إلى محاليل تحضيرية تغني عن عزل الحمض النووي قبل معالجته بالبيسلفيت. علاوة على ذلك، يوفر برنامج التدوير الحراري للبيسلفيت سلسلة مُحسَّنة من خطوات الحضانة اللازمة لتمسخ الحمض النووي حراريًا، ثم إضافة مجموعة السلفون، وإزالة مجموعة الأمين من السيتوزين، مما يُتيح معدلات تحويل عالية للسيتوزين تتجاوز 99%. تتم إزالة مجموعة السلفون، وهي الخطوة الأخيرة في التحويل الكيميائي للسيتوزين، من خلال خطوة سهلة تتم على العمود ضمن إجراء التنقية.

مخزن حماية الحمض النووي

يُعدّ التحويل السريع والكامل للحمض النووي (DNA) باستخدام البيسلفيت الخطوةَ الأهمّ لتحديد نمط المثيلة بدقة. ويتحقق ذلك بحضانة الحمض النووي في محاليل عالية التركيز من أملاح البيسلفيت عند درجة حرارة مرتفعة ودرجة حموضة منخفضة. غالبًا ما تؤدي هذه الظروف القاسية إلى تفتت الحمض النووي بشكل كبير، وما يتبعه من فقدان أثناء التنقية. تتطلب إجراءات البيسلفيت الشائعة كميات كبيرة من الحمض النووي المُدخل لتعويض تدهوره أثناء التحويل وفقدانه أثناء التنقية، مما يؤدي في كثير من الأحيان إلى انخفاض كمية الحمض النووي المُستخلص، وتفتته بشكل كبير، وعدم ثبات معدلات التحويل. مع مجموعات EpiTect Fast Bisulfite Conversion Kits، يُمنع تفتت الحمض النووي أثناء التحويل باستخدام محلول DNA Protect Buffer الفريد، المصمم خصيصًا لمنع التفتت الذي عادةً ما يصاحب معالجة الحمض النووي بالبيسلفيت عند درجات حرارة مرتفعة وقيم حموضة منخفضة. كما يوفر هذا المحلول فصلًا فعالًا لسلسلة الحمض النووي، مما ينتج عنه حمض نووي أحادي السلسلة ضروري لتحويل السيتوزين بشكل كامل. يحتوي محلول حماية الحمض النووي أيضًا على صبغة مؤشر الرقم الهيدروجيني ملائمة كعنصر تحكم في الخلط مما يسمح بتأكيد الرقم الهيدروجيني الصحيح لتحويل السيتوزين (انظر الشكل "محلول حماية الحمض النووي").

إزالة البارافين من عينات FFPE

تتمثل الخطوة الأولى في استخلاص الحمض النووي من عينات الأنسجة المثبتة بالفورمالين والمضمنة في البارافين (FFPE) في إزالة البارافين، حيث يُذاب البارافين أولاً ثم يُزال، مما يُعرّض العينات للمعالجة اللاحقة بمحلول التحلل وإنزيم البروتينيز K. باستخدام مجموعة EpiTect Fast FFPE Bisulfite Kit، يتم تحسين إزالة البارافين والتحلل وفك الارتباط المتشابك لشرائح FFPE باستخدام محلول إزالة البارافين، وهو تركيبة كيميائية مبتكرة تُسهّل إزالة البارافين بأقل قدر من التعامل. يُساهم محلول إزالة البارافين في ارتفاع معدلات استخلاص الحمض النووي، حيث يبقى على العينة أثناء عملية هضم البروتينيز K. وبفضل عدم الحاجة إلى ترسيب عينة FFPE أو إزالة السائل الطافي المحتوي على البارافين، يتم تجنب خطر فقدان العينة أثناء عملية إزالة البارافين.

إجراء

تتضمن إجراءات مجموعة EpiTect Fast Bisulfite Conversion Kit بضع خطوات بسيطة: تحضير الحمض النووي من العينة، وتحويل السيتوزينات غير الميثيلية باستخدام البيسلفيت، وربط الحمض النووي أحادي السلسلة المُحوَّل بغشاء عمود MinElute DNA الدوار أو غشاء صفيحة EpiTect 96، والغسل، وإزالة مجموعة الكبريت من الحمض النووي المرتبط بالغشاء، وغسل الحمض النووي المرتبط بالغشاء لإزالة عامل إزالة مجموعة الكبريت، واستخلاص الحمض النووي النقي المُحوَّل من العمود الدوار أو صفيحة 96 بئرًا. يختلف تحضير العينة باختلاف نوع العينة: شرائح FFPE، أو الدم الكامل، أو مزارع الخلايا، أو الأنسجة، بينما يكون إجراء تحويل الحمض النووي المُستخلص باستخدام البيسلفيت هو نفسه لجميع أنواع العينات (انظر الشكل "البروتوكولات المترابطة لمجموعات EpiTect Fast Conversion Kits"). تحقق جميع البروتوكولات نفس معدلات تحويل السيتوزين وتؤدي إلى استخلاص كميات متساوية من الحمض النووي بعد تنقية الحمض النووي المُحوَّل، بغض النظر عن كمية الحمض النووي الأولية.

وصف المجموعة

مجموعة EpiTect Fast DNA Bisulfite ومجموعة EpiTect Fast 96 DNA Bisulfite

تتضمن مجموعات EpiTect Fast DNA Bisulfite محاليل منظمة وكواشف مُصممة بعناية لتوفير تحويل فعال وسلس للحمض النووي الجينومي باستخدام البيسلفيت، بالإضافة إلى تنقية الحمض النووي المُحوّل (انظر الشكلين "إجراء مجموعة EpiTect Fast DNA Bisulfite" و"إجراء مجموعة EpiTect Fast 96 DNA Bisulfite"). يُمكّن محلول البيسلفيت المبتكر من إتمام عملية التحويل في غضون 30 دقيقة فقط، بينما تسمح تقنية DNA Protect وأعمدة QIAGEN الدوارة أو صفائح 96 بئرًا بإنتاج حمض نووي مُحوّل بالكامل مع الحد الأدنى من التحلل، والذي يمكن استخلاصه في 10 ميكرولتر فقط من المحلول المنظم للتطبيقات اللاحقة التي تتطلب تركيزات عالية من الحمض النووي. يمكن استخدام مجموعات EpiTect Fast DNA Bisulfite لتحويل 1 نانوغرام إلى 2 ميكروغرام من الحمض النووي في حجم يصل إلى 20 ميكرولتر، أو 1 إلى 500 نانوغرام في حجم أقصى يبلغ 40 ميكرولتر.

مجموعة EpiTect Fast FFPE Bisulfite

تُعالج الأنسجة المثبتة بالفورمالين والمضمنة في البارافين (FFPE) باستخدام مجموعة EpiTect Fast FFPE Bisulfite Kit، التي تتكون من مجموعة EpiTect Fast FFPE Lysis Kit، التي تحتوي على محاليل متخصصة لإزالة البارافين وتحليل شرائح أنسجة FFPE بكفاءة (انظر الشكل "إجراء استخدام مجموعة EpiTect Fast FFPE Bisulfite Kit")، ومجموعة EpiTect Fast DNA Bisulfite Kit لتحويل الحمض النووي المستخلص بسرعة وفعالية باستخدام البيسلفيت. يتضمن البروتوكول خطوة مُحسّنة لتسهيل ارتباط الحمض النووي، ويمكن استخدامه مع شرائح مفردة من أنسجة FFPE (بسماكة 10 ميكرومتر). يتفاقم تفتت الحمض النووي، الذي يحدث حتمًا عند استخلاصه من أنسجة FFPE، بسبب الظروف القاسية للمعالجة اللاحقة بالبيسلفيت. تعمل تقنية DNA Protect الموثوقة من QIAGEN على تقليل التفتت أثناء تفاعل التحويل، مما ينتج عنه كميات أكبر من الحمض النووي المُحوّل بالبيسلفيت.

مجموعة EpiTect Fast LyseAll Bisulfite (تنسيق عمود الدوران فقط)

تُعالج عينات الدم الكامل أو الخلايا المستنبتة أو الأنسجة باستخدام مجموعة EpiTect Fast LyseAll Bisulfite Kit، التي تتكون من مجموعة EpiTect Fast LyseAll Lysis Kit (انظر الشكل "إجراء استخدام مجموعة EpiTect Fast LyseAll Bisulfite Kit") مع محلول تحلل مبتكر، ومجموعة EpiTect Fast DNA Bisulfite Kit لتحويل الحمض النووي المستخلص باستخدام البيسلفيت. يتضمن البروتوكول خطوة مُحسّنة لتسهيل ارتباط الحمض النووي، بالإضافة إلى محاليل تحلل مُصممة خصيصًا لتبسيط عملية استخلاص الحمض النووي من العينات. يمكن استخدام هذه المجموعة مع 0.5-20 ميكرولتر من الدم أو 10-105 خلية (بكمية لا تقل عن 60 بيكوغرام من الحمض النووي).

التطبيقات

- تفاعل البوليميراز المتسلسل (PCR): نقطة النهاية، والوقت الحقيقي، والخاص بالمثيلة
- تسلسل البيسلفيت (المباشر والاستنساخ)
- COBRA (تحليل التقييد بالبيسلفيت المدمج)
- التسلسل الناري

توفر مجموعة EpiTect Fast Bisulfite Conversion Kit تحويلًا سريعًا وفعالًا للحمض النووي باستخدام البيسلفيت من مواد أولية متنوعة، وهي مناسبة للغاية لجميع التقنيات المستخدمة حاليًا لتحليل مثيلة الحمض النووي، بما في ذلك: