مجموعة فيروجين فورينسيك كينتليجنس، من شركة كياجين، رقم الإصدار V16000120

تتضمن جميع الكواشف اللازمة لتحضير ما يصل إلى 12 عينة جنائية منخفضة الجودة لأغراض علم الأنساب الجيني الجنائي

سمات

- سير عمل مبسط لتقييم فعال للعلامات الجينية ذات الصلة بالطب الشرعي
- تعمل العلامات التي تم اختيارها بعناية وفقًا للمعايير الجنائية على تقليل المخاوف المتعلقة بخصوصية البيانات الطبية
- يعمل مُضاعف SNP واحد عبر السكان العالميين
- دمج سير عمل ForenSeq و GEDmatch مع دعم خاص بالتطبيق
- احتفظ بالسيطرة الكاملة على الأدلة والبيانات المرتبطة بها في مختبرك

تفاصيل المنتج

استهدف 10230 علامة SNP مُختارة بعناية لتحديد القرابة الموسعة باستخدام مجموعة ForenSeq Kintelligence. يُعدّ ForenSeq Kintelligence الاختبار الوحيد القائم على التسلسل والمصمم خصيصًا لعلم الأنساب الجيني الجنائي (FGG)، حيث يُقلل من مخاوف الخصوصية باستبعاد علامات SNP ذات المعلومات الطبية وعلامات SNP ذات التردد المنخفض الموجودة في تسلسل الجينوم الكامل (WGS) أو في سير العمل القائم على المصفوفات. تسمح تصميمات تفاعل البوليميراز المتسلسل (PCR) والبادئات القوية بإجراء تحليل متعدد لعلامات SNP واحد يعمل عبر مختلف المجموعات السكانية العالمية.

أداء

الميزة: التفاصيل
نوع العينة: الحمض النووي الجينومي من الشعر، والعظام، والأسنان، والدم، والسائل المنوي، ومسحات الخد
توصية إدخال الحمض النووي: 1 نانوغرام لكل عينة
مكونات المجموعة: 12 تفاعلًا
سعة الإرسال المتعدد الموصى بها: 3 مكتبات لكل تشغيل
عدد المتغيرات الجينية: 10230
متوسط ​​حجم الأمبليكون: أقل من 150 زوجًا قاعديًا
إجمالي وقت تجهيز المكتبة: 8 ساعات
مدة التحضير العملي للمكتبة: ساعة و55 دقيقة
إجمالي وقت التسلسل: 28 ساعة

- تسلسل العينات المخترقة على نظام معتمد لسهولة الوصول إلى النتائج
يضمن تصميم المحتوى المنسق خصوصية البيانات من خلال مجموعة من المؤشرات الجينية المختارة لأغراض التحليل الجنائي.
- احتفظ بالأدلة والبيانات المرتبطة بها في مختبرك واحتفظ بالسيطرة الكاملة.
- متكامل تمامًا ومدعوم لربط سيرَي عمل مألوفين، وهما ForenSeq و GEDmatch

ForenSeq Kintelligence هو حل متكامل لعلم الأنساب الجيني الجنائي. يتم إعداد المكتبات وتسلسلها وتحليلها ضمن سير عمل واحد مبسط لتقييم فعال للعلامات الجينية ذات الصلة بالطب الشرعي. تم تطوير هذه المجموعة وفقًا للأساليب القائمة على تقنية STR، مع الاستفادة من الأساليب المتوفرة في السوق والأبحاث وقواعد البيانات الموثوقة، مما يوفر للمختبرات تسلسلًا دقيقًا وتحليلًا دقيقًا لعينات الحمض النووي الجنائي، بما في ذلك العينات ذات الكميات القليلة والمتدهورة بشدة. من خلال تطبيق مجموعة مختارة من العلامات الجينية، ومتطلبات كمية قليلة، وسير عمل معتمد جنائيًا، مع الاعتماد على منهجية راسخة، يتيح ForenSeq Kintelligence فرصة تجاوز العقبات وإيجاد حلول للقضايا القديمة، وحالات الأشخاص المفقودين، وبقايا الجثث المجهولة الهوية.

غالبًا ما تتدهور عينات القضايا القديمة وعينات الأشخاص المفقودين بسبب قدمها، وتعرضها للعوامل البيئية والملوثات، واختلاف إجراءات الاستخلاص والتخزين. ولهذا السبب، صممت شركة Verogen مجموعة ForenSeq Kintelligence Kit لتحقيق معدلات استخلاص عالية من العينات المتضررة، وذلك بإجراء دراسات تحليلية على عينات متدهورة ومثبطة من نوع عينات القضايا، وإجراء تقييم حساسية باستخدام عينات ضابطة، بحيث تُنتج المجموعة نتائج قابلة للتكرار لتحديد تعدد أشكال النوكليوتيدات المفردة (SNP) عبر نطاق واسع من كميات الحمض النووي المدخلة.

أظهرت تقنية ForenSeq Kintelligence أداءً متميزًا في دراسات محاكاة الحالات الجنائية، حيث حققت معدلات استدعاء عالية من عينات دم متدهورة، وعينات أسنان مثبطة بالكالسيوم، وعينات عظام حديثة تعرضت لعوامل الحرق والتحنيط. وقد قيّم اختبار الحساسية الحمض النووي المرجعي بكميات تتراوح من 5 نانوغرام إلى 50 بيكوغرام. وحققت جميع الكميات المدخلة، من 5 نانوغرام إلى 250 بيكوغرام، معدل استدعاء بنسبة 100%. وكان الأداء مرتفعًا بشكل مماثل عند 100 بيكوغرام و50 بيكوغرام، حيث بلغت النسبة 99.9% و99.6% على التوالي (انظر الشكل "معايرة حساسية الحمض النووي المرجعي عبر نطاق من الكميات المدخلة"). وتتيح التغطية المتوسطة العالية التي تبلغ حوالي 1500 ضعف عبر المواقع المستهدفة تحقيق هذه المعدلات العالية للاستدعاء، وتضمن نتائج موثوقة.

نظراً لتعرض عينات القضايا القديمة للعوامل الطبيعية وتدهورها بمرور الزمن، فإنها عرضة لعدم اجتياز فحوصات مراقبة الجودة، مما يؤدي إلى تغطية ضعيفة. ينتج عن ذلك انخفاض في استخلاص الحمض النووي، ويؤثر سلباً على معدلات تحديد الأليلات. ولتحقيق أقصى قدر من الاستخلاص، تتحمل محاليل ForenSeq Kintelligence العديد من المثبطات الشائعة، بما في ذلك الهيماتين، وحمض الهيوميك، والنيلي، وحمض التانيك، والملوثات الميكروبية مثل الإشريكية القولونية. بالنسبة لعينات الحمض النووي الجينومي بتركيز 1 نانوغرام مضاف إليها 10 نانوغرام من الحمض النووي الميكروبي، لاحظت شركة Verogen معدل استخلاص للنيوكليوتيدات المفردة (SNP) بنسبة 100%. أظهرت عينات التحكم، التي تم تثبيطها بإضافة كميات كبيرة من مثبطات الطب الشرعي الشائعة الأخرى، معدل تحديد مرتفعاً بلغ 99.2%، وهو معدل مماثل لعينات التحكم (انظر الشكل "تقييم أداء المثبط"). يتيح هذا المعدل المرتفع تغطية شاملة للعينات بغض النظر عن كمية الحمض النووي المدخلة.

مبدأ

الفئة: عدد المتغيرات الجينية المفردة
عدد المتغيرات الجينية المرتبطة بالأصل: 56
عدد المتغيرات الجينية المحددة للهوية: 94
تعدد أشكال النوكليوتيدات المفردة للقرابة: 9867
النمط الظاهري SNPs*: 22
X-SNPs: 106
Y-SNPs: 85

يُتيح تصميم تفاعل البوليميراز المتسلسل (PCR) القوي وتصميم البادئات إجراء تحليل متعدد للنيوكليوتيدات المفردة (SNP) في عينة واحدة، مما يُغني عن الحاجة إلى إجراء اختبارات متعددة. ويُحسّن متوسط ​​حجم المُضخّم الصغير (أقل من 150 زوجًا قاعديًا) كفاءة التضخيم، ويُسهّل استخلاص وتحليل الحمض النووي المتدهور. بالإضافة إلى ذلك، تتضمن مجموعة ForenSeq Kintelligence ستة محولات فريدة ذات فهرس مزدوج (UDI)، تُضيف تسلسلات تعريفية فريدة إلى طرفي العينة لتحقيق أفضل استخلاص للبيانات.

يقوم برنامج ForenSeq Kintelligence بالاستعلام عن 10230 من المتغيرات الجينية التي تم اختيارها بعناية لدعم التسلسل المستهدف لـ FGG.

تتداخل هذه المتغيرات النوكليوتيدية المفردة (SNPs) مع المؤشرات ذات الصلة في شريحة Illumina Infinium CytoSNP-850K BeadChip ومصفوفة Infinium Global Screening Array، ويتم التحقق منها بالرجوع إلى قاعدة بيانات تجميع الجينوم (gnomAD) الإصدار 3.0 وقاعدة بيانات تعدد أشكال النوكليوتيدات المفردة (dbSNP) الإصدار 151 لضمان أداء قوي عبر مختلف المجموعات السكانية العالمية. ومن الجدير بالذكر أن ForenSeq Kintelligence يستبعد المتغيرات النوكليوتيدية المفردة ذات الارتباطات الطبية المعروفة أو ذات الترددات المنخفضة للأليلات الثانوية، وذلك للحد من مخاوف الخصوصية وحماية البيانات الصحية الجينية.

استُلهم تصميم ForenSeq Kintelligence من ForenSeq DNA Signature Prep ليشمل جميع المتغيرات الجينية أحادية النوكليوتيد (SNPs) المتعلقة بالأصل الجغرافي الحيوي والهوية والنمط الظاهري، والتي تم التحقق من صحتها لتوليد معلومات استقصائية. كما يتضمن أيضًا متغيرات جينية أحادية النوكليوتيد (SNPs) خاصة بالكروموسوم Y والكروموسوم X، للمساعدة في تحديد السلالة والجنس البيولوجي، على التوالي.

يتحمل نظام المحلول المنظم المُحسَّن مجموعة من المثبطات الشائعة في عينات الطب الشرعي، مثل الكالسيوم والنيلي وحمض الهيوميك، مما يُنتج معدل استدعاء يزيد عن 98%. يوفر تصميم التحليل مستوى عالٍ من سلامة العملية وجودة البيانات، مما يُمكّنك من الوثوق بتحليل حتى أصعب عينات الطب الشرعي.

إجراء

تتوافق مدخلات ForenSeq Kintelligence مع طرق استخلاص الحمض النووي الشائعة في مختبرات الطب الشرعي. يعتمد تحضير المكتبات على البنية الكيميائية الأساسية لـ ForenSeq، والتي تُعدّ ركيزة أساسية لمجموعة منتجات Verogen لتحضير المكتبات. تُمكّن كواشف ForenSeq Kintelligence من تحضير ما يصل إلى 12 مكتبة مُفهرسة مزدوجة خاصة بالإنسان في غضون 8 ساعات، مع ساعة و55 دقيقة فقط من العمل اليدوي. يكتمل التسلسل في غضون 28 ساعة، والتحليل في غضون ساعة واحدة، مما يوفر سير عمل متكاملًا لتقنية التسلسل من الجيل التالي (NGS) يُقدّم النتائج، بما في ذلك تقرير GEDmatch PRO الذي يُمكن للمستخدمين تحميله مباشرةً إلى قاعدة البيانات، في أقل من 40 ساعة. في حال وجود تطابق، يُقدّم GEDmatch PRO النتائج في أقل من يومين.

إضافةً إلى توفير تحضير سريع للمكتبات يشمل المعايرة، توفر تقنية ForenSeq مرونة عالية لمصادر العينات مثل مسحات الخد والدم والعظام والأسنان، بينما يعزز حجم الإدخال البالغ 25 ميكرولتر دعم العينات المتدهورة والمثبطة. تتضمن مجموعة التفاعلات الاثني عشر مزيجًا رئيسيًا للتضخيم، وخرزات تنقية للتنظيف، وبروتوكولات بسيطة تتضمن ست نقاط توقف آمنة.

التطبيقات

تجمع تقنية FGG بين تقنيات تحديد النمط الجيني باستخدام المصفوفات الدقيقة أو تسلسل الجينوم الكامل (WGS) لإنشاء ملفات تعريف الحمض النووي، ومقارنتها بالأقارب الجينيين في قواعد بيانات الأنساب مثل GEDmatch، وهي أكبر قاعدة بيانات لملفات تعريف الحمض النووي المقدمة طواعيةً لأغراض المقارنات الجنائية. تُمكّن المقارنات التي تُجرى في قاعدة البيانات علماء الأنساب من بناء شجرة عائلة باستخدام سجلات التعداد السكاني، وسجلات الأحوال المدنية، ونعي الوفيات، وأرشيفات الصحف، ثم تتبع مصدر الحمض النووي عبر شجرة العائلة.

لا تستطيع طرق التحليل الجيني القائمة على المصفوفات الدقيقة وتسلسل الجينوم الكامل (WGS) تغطية جميع أنواع العينات البيولوجية المرتبطة بالقضايا الجنائية. غالبًا ما تكون هذه العينات متدهورة أو غير قابلة للتحلل بسبب قدم المادة الأصلية أو تعرضها للعوامل البيئية، مما ينتج عنه بيانات منخفضة الجودة تحد من دقة التحليل الجيني الجنائي. كما تُنتج المصفوفات الدقيقة وتسلسل الجينوم الكامل كميات كبيرة من بيانات تعدد أشكال النوكليوتيدات المفردة (SNP) ذات الصلة الطبية، والتي لا يمكن تطبيقها في التطبيقات الجنائية، مما يثير مخاوف بشأن خصوصية البيانات الجينية واستخدامها. تُعد مجموعة ForenSeq Kintelligence Kit التحليل الجيني الجنائي الوحيد المناسب للأغراض الجنائية. صُممت هذه المجموعة للتسلسل على نظام MiSeq FGx Sequencing System المعتمد من قِبل النظام الوطني لفهرسة الحمض النووي (NDIS)، ويتم تحليل البيانات باستخدام برنامج Universal Analysis Software (UAS)، بالإضافة إلى تحليل القرابة بعيد المدى في برنامج GEDmatch PRO. يُمكن لتقنية ForenSeq Kintelligence واختبار Verogen STR أن تُساعدك في الوصول من الحمض النووي إلى هوية مؤكدة.